近年來海峽兩岸交流熱絡，海上犯罪問題日益嚴重，主要有毒品、槍械及農漁畜產品等走私、偷渡、洗錢、破壞海洋環境資源、海盜及其他非法越界捕魚、船舶碰撞、絞網等海上糾紛所引發之刑事案件等，除對台灣海域治安造成嚴重威脅外，更因事涉敏感的兩岸關係，處理益形艱辛複雜。 由於兩岸兩會制度性協商迄無成果，兩岸刑事司法互助僅剩個案處理模式，因此在防制海上犯罪的時效與範圍方面均大打折扣而漏洞百出，無法構成周延的刑事偵防系統，對兩岸海上法律秩序與民眾福祉造成威脅。 本論文兼從學理與實務角度出發，以兩岸共同打擊海上犯罪為前提，首先探討目前兩岸海上犯罪之概況，歸納海上犯罪之類型，分析其未來發展趨勢，次就兩岸共同打擊海上犯罪之機制予以檢視，探討雙方在打擊海上犯罪之具備能量與面臨之共同性與個別性困境，並比較分裂國家德、韓及美國、古巴等國共同打擊海上犯罪之模式，探討其在法制面與執行面之特點，以作為未來兩岸合作之借鏡。最後結合因應當前兩岸情勢發展，在兩岸共同打擊海上犯罪上，分別就如何建立合作查緝基礎、建構兩岸單一聯繫窗口及建立兩岸刑事司法互助法制基礎等三方面，提出具體可行之策略與作法，期能作為政府及執法機關處理因應之道，進而達成兩岸共同打擊海上犯罪之目標。