2000年3月18日，台灣人民用選票共同創造了中華民國史上首度的政黨輪替，終結了兩岸「國共內鬥」之格局。民進黨長期以來的台獨主張是否落實為政策作為，成了國內外各界對民進黨新政府關注的焦點。 從民進黨創黨脈絡、在野闡述及執政實踐來觀察，其「台灣主權論」乃是一脈相承、與時俱進，其最主要的內涵就是維持「台灣與中國是兩個主體」的一個狀態，但是其包裝及闡釋的手法則隨著時空環境演變與政治態勢變化而有所調整。尤其是對「中華民國體制」之態度，從不承認、排斥、接受、承認，甚而內化揉合為「中華民國是台灣、台灣是中華民國」的過程演變，就是民進黨在確保台灣主體的基礎上，一種「審時度勢、借力使力」的作法。 本文認為，在野時期民進黨對於「台灣主權論」主張論述有著「台灣住民自決」、「台灣獨立建國」、「台灣主權獨立」與「台灣（中華民國）主權獨立」之論述焦點，而在執政時期民進黨「台灣主權論」主張論述則有「穩定和平現狀」、「探詢發展新機」、「彰顯台灣主體」、「建構國家內涵」與「實踐兩岸和平」之論述焦點。 台灣政黨間最大差異表現於其對台灣的「國家定位」與「主權論述」主張之不同，而前後執政的國民黨、民進黨對此之主張正分列於光譜兩端。為探究民進黨執政與國民黨執政對台灣主權論之異同，本文從「對台灣的定位」、「對中華民國的定位」、「對中華人民共和國的定位」及「終局選擇」等四個面向檢視。 如果「保台灣」是民進黨在握有執政機會時對台灣主權論的終極價值，那麼民進黨在做與不做是如何衡量，在兌現理想與兼顧現實間是如何取捨，本文則從「政黨理念」、「執政機會」、「執政責任」、「國家前途」等四項變數進行分析。 本文對執政時期民進黨的「台灣主權論」研究，提出下列看法： 一、民進黨在野至執政時期「台灣主權論」演變特徵：「一個不變、兩個堅持、三個轉向」。 二、執政時期民進黨與國民黨「台灣主權論」的差異：「價值理性」與「工具理性」之別，「選項之一」與「唯一選項」之別。 三、執政時期民進黨「台灣主權論」闡述與作為之平衡：法理闡述—籌碼運用，政策作為—紮根台灣。