權利變換為我國最重要的都市更新實施方式，該制度主要在處理權利人的負擔與分配，然而法令自1998年頒布至今已十年，在實務推動上不無發生爭議與衝突，尤其在實施者與土地權利人間權益的分配問題。本研究將權利變換權益分配問題分為兩部份來探討，其一為權利價值利益分配部份；其二為分配單元選配規則部份。並嘗試以機制設計理論(Mechanism Design Theory)作為觀察角度，透過對權利變換制度各參與角色的深入訪談及對於權利變換制度的解析以釐清該制度在權益分配上的課題與缺失。 在權利價值利益分配議題部份，本研究發現目前權利變換制度對於實施者與土地權利人的都市更新開發利益分配乃呈現其激勵不相容(Incentive Inconsistent)的情況。主因在於實施者或提供資金者對於都市更新事業所投入的創意、管理技術、資金與所承擔的風險，其所換得的報酬是以投入資金作為基數再乘以給定的費率計算，與其所創造的價值多少無關，甚至與其合作對象，即土地權利人的報酬成反向變動，導致這個制度設計會誘發實施者透過控制更新後權利價值估價與共同負擔費用提列額度這兩個變因，來滿足其期待的利益。過程中可能土地權利人的權益會遭受損害，而主管機關與更新審議會卻仍需努力的去搜尋真實訊息，耗費審議成本。而在分配單元選配規則議題部份主要的問題在於制度條文規範的缺乏，讓實施者或土地權利人分別可透過某些手法或以戰逼和來獲取利益或偏好，使得權利變換中，有關分配單元設計、選屋等程序的圓滿成就，仍需仰賴較無效率的協議行為。 本研究以機制設計理論中理想的機制設計邏輯，即激勵相容(Incentive Compatibility)、縮小資訊維度及決策分散化等論點，對於上述兩個議題面向嘗試提出機制改善方案。針對權利價值利益分配議題部份，主要是將共同負擔費用中實施者的利潤科目（台北縣市目前稱風險管理費），從前述的成本費率的計算方式修改為以實施者與土地權利人貢獻比分配開發利益的方式計算，而這樣的改善方案透過案例模擬計算發現，確實達到實施者與土地權利人激勵相容的效果。 而對於分配單元選配規則部份，研究結果所提出的改善方案有三個面向：其一為分配規則應予以細緻化，包括分配單元的設計原則、選配額度、區位及順序等規則；其二為分配權的改善，主要是建議修法使土地權利人的分配資格與更新事業的實際單元設計脫鉤，並使實施者在進行分配原設計時，必須考量土地權利人的分配需求；其三是異質性分配單元的分配規則，指當同一權利變換範圍內有多種異質性分配單元設計且存在著量身訂作的情形時，在權利變換分配上應修法考量先進行重劃換地，再進行房屋分配兩階段的負擔與分配計算較為公平，而上述的改善方案應可一定程度的消弭無效率的問題。