台海兩岸因國共內戰分裂後，長期以來，中華民國與中華人民共和國都曾經堅持「一個中國」政策，而這「一個中國」政策的共同點就是台海兩岸都承認且堅持「世界上只有一個中國，台灣與大陸都是中國的一部份」。然而在「一個中國」的涵義上，自兩岸分裂分治以來，雙方就有其各自的堅持與解釋，從來沒有在「一個中國」的涵義上有任何的雷同之處。台海兩岸也都反對「兩個中國」或「一中一台」，所以，也都各自認為自己的「中國」才是唯一的法統中國。 但七○年代以後，中華民國經歷退出聯合國與「中共」與美建交等逆境，自此國際上大多數的國家轉而承認中共的中華人民共和國是代表中國的唯一合法政府。而中共在取得了「一個中國」的排他性壟斷權後，不斷在國際上將其「世界上只有一個中國；台灣是中國的一部分；中華人民共和國是代表中國的唯一合法政府」的「一個中國」原則向國際社會推行，有鑑於此，李登輝總統主政後開始在兩岸的政治定位層面上作出調整，先後提出了「一個中國，兩個對等政治實體」、「一個分治中國」、「特殊的國與國關係」等新的政治定位主張來突破中共「一個中國」原則的指涉及謀取兩岸間的對等地位及台灣之國際生存空間。 中共在國際上一再壓縮我中華民國外交空間的舉動，以及長期以來在不同場合釋放出諸如「台灣是中國的一個省」等之類充滿宗主國心態的談話，「特殊的國與國關係」論述的提出或許就是台灣意欲破解中共排他性「一個中國」的表示。面臨中共無法正視中華民國為一主權獨立國家的事實，再加上美國在九○年代末期中國政策的傾斜，提出了傷害台灣利益甚深的「三不政策」及與中共建立戰略夥伴關係，這使得台灣認為美國不再像過去一樣的重視台灣的存在，而且為了因應中共海協會汪道涵會長的訪台而爭取兩岸平等的政治地位，為避免台灣被地方化的危機，中華民國最後只好提出「特殊的國與國關係」來因應台海兩岸之間的政治定位關係。 李登輝總統對德國之聲提出「特殊的國與國關係」的論述，從憲法的層面來看，修憲後的憲法增修條文架構才能詮釋出這「特殊的國與國關係」。憲法增修條文架構下，「特殊的國與國關係」該論述所傳達出的意涵，第一，確認憲法增修條文第十一條（原第十條）已經改變了我國的『領土範圍』，換言之，我國憲法的地域效力僅及於台灣而不及於中華人民共和國治下的中國大陸，也就是承認中華人民共和國是有別於中華民國的另一個國家。第二，中華民國九○年代以後的歷次修憲，促使台灣走向民主化，而歷次修憲後的結果，諸如國會成員的全面更新、地方自治的徹底落實、主權在民的總統直選，這些修憲後的成果在在具有重新確立我國政府統治的民主正當性，因為不論是代表人民行使立法權的國會議員、或是直轄市長，或是身為國家元首的總統，都已經完全由台灣人民在公正、公開、公平及民主的選舉方式下產生，而中國大陸人民的選舉權自始自終就被排除，中國大陸地區的人民相對地無法參與我中華民國民主化的這些進程，由此可確認台海兩岸存在兩個國家。 另一方面，中華人民共和國一向主張的「領土主權」論述，也就是對台灣主張「固有領土權」，宣稱擁有台灣的主權，這是毫無意義的。本文中，特別了解在過往歷史上有哪些統治者統治過台灣，並且已得出確切的結果，無論中華人民共和國在國際上如何主張「台灣為中華人民共和國的一部分」這都不是事實。歷史上台灣政治地位的歸屬，中華人民共和國始終無法也未曾將其控制伸入台灣，所以台灣並不是中華人民共和國所管轄的區域，也並不是中華人民共和國固有之疆域。 另外，在涉及台灣主權地位的國際條約上，《馬關條約》將台灣的主權割讓給了日本，而《開羅宣言》與《波茨坦宣言》雖然聲明台、澎必須歸還中華民國的立場，但由於兩者僅只是戰爭中的政策聲明，所以並不具有任何強制性的法律效力。《舊金山對日和平條約》對於台灣的主權地位，沒有明確的規定，導致台灣的歸屬問題懸而未決，只能確定台灣脫離了日本的主權管轄。《中日和平條約》中，雖然日本只是完全遵照《舊金山對日和約》的領土條款來處理，但由於是日本與中華民國簽署的正式國際條約，所以這也就確定了台灣的主權是歸屬於中華民國的，所以《中日和平條約》對台灣的主權地位歸屬來說，意義是非常重大的。 觀諸台海兩岸對主權問題爭議的癥結所在，乃在於中共當局始終視台灣為地方政府，不肯面對在台灣的中華民國為一主權國家的事實。但是根據國際法上的「佔領」及「時效」原則而言，自西元一九四九年起，中華民國政府由中國大陸地區播遷至台灣，對於台、澎、金、馬等地區，一直是事實的佔有，擁有統治權，亦即台、澎、金、馬的主權一直是屬於中華民國，換言之，中華人民共和國迄今未曾統治過台、澎、金、馬地區，而「特殊的國與國關係」乃是據此而延伸出來一個對事實的陳述，目的也是在於突顯中華民國自一九一二年以來為一主權國家的事實。