就地保育被認為是保育生物多樣性的重點工作之一，而設置保護區是最常見的就地保育做法。本文的研究重點在於如何提昇保護區規劃的效率，內容可分為兩大部份。第一部份為回顧用於保護網絡規劃的保護區選擇問題理論相關研究，將研究演進方向分為保育目標、保育成本與限制條件、演算法、空間配置及有效棲地四類進行探討。第二部份為兩個個案分析。個案一為台灣保護網絡規劃研究，利用三種不同的規劃方式來尋找不同水準保育經費限制下，能使保育目標（受保護物種數）極大化的保護區組合。結果發現以OSL演算法配合互補性原則的規劃方式最佳，無論在何種保育目標水準之下其成本均是最低的。個案二為陽明山國家公園北部保護網絡規劃研究，比較考慮保護區以外土地使用類型對保育的貢獻與否，對物種存活率總和－保育成本間的關係的影響。結果發現在保育水準（物種存活率總和）很低時，兩者達到相同的保育水準所需的成本相差很多。比較保護所有棲地和將所有棲地作為農地兩種情況，假設農地對物種保育有所貢獻時，保護所有棲地能使物種存活率總和提高約1.1；若假設農地對物種保育沒有貢獻，則保護區棲地能使物種存活率總和提高約5.2。