署立醫院為全國分佈最廣，且數量最多之公立醫院體系，負有貫徹國家公共衛生政策之責任，故其經營績效之良瓠影響各地區民眾健康照護水準甚鉅。惟署立醫院目前之經營仍仰賴國庫補助，在國庫補助逐年縮減的情形下，署立醫院惟有提升經營績效，才能維持醫療照護品質。 本研究運用三階段DEA分析法，評估步驟第一階段運用一般DEA分析法，以原始投入及產出項衡量各DMU的相對效率值，求得總差額值；第二階段運用SFA將差額分解，探討環境變數對於各DMU的影響程度，並利用SFA的結果調整產出項，將處於不同外在環境或是不同運氣之DMU，調整為相同之情況；第三階段則利用第二階段調整後的產出項，再次以DEA分析法評估調整後的效率值。 由研究結果可知，各署立醫院之無效率主要來自於非處於最適經營規模所造成之無效率，整體而言，大部分署立醫院之產能實際上係存在擁擠現象，而產生規模不經濟，故建議主管機關應嘗試調整部分署立醫院之經營規模，考慮醫療的投入與產出的效率性，以符合經濟規模的要求，應可有效提升管理效率。 另部分署立醫院在各方面之管理效率均較呈現相對較佳之結果，因此，建議由主管機關主導，加強各署立醫院醫療資源之整合及技術交流，透過相互觀摩學習，以同時提升整體署立醫院之經營管理效率。至有關目前區域聯盟之整合作業，建議「北區區域聯盟」應加強注意手術業務部分之資源整合，而「中南區區域聯盟」應加強注意門診病患業務部分之資源整合。