非營利組織在運作形式上可分為贊助型與運作型兩種。本研究以財團法人感恩社會福利基金會為例，探討贊助型基金會評鑑運作型機構時所採用的財務管理指標合適性；並以財團法人感恩社會福利基金會所贊助的兩個單位：社團法人觀世音慈心會、社團法人嘉義縣仁愛慈善會，在初期規模相同的情況下，進行現今發展產生差異的探討。 本研究將以非營利組織之財務管理運作相關文獻作為基礎，配合非營利組織之財務管理績效指標與主管機關評鑑指標，整理出訪談紀錄調查表。以該調查表來對財團法人感恩社會福利基金會的贊助以及未贊助單位進行深度訪談，從訪談的記錄中進行歸納分析。研究者也將以訪談過程記錄配合參與公益的經驗來分析社團法人觀世音慈心會與社團法人嘉義縣仁愛慈善會的績效差異原因。 分析結果顯示，贊助單位對大部分的評鑑指標皆表認同，但在餘絀管理上各單位看法不一。社團法人觀世音慈心會與社團法人嘉義縣仁愛慈善會的績效差異原因則可歸納為：選擇活動成員、選擇活動時間以及財務運作理念的差異。研究者針對分析結果，針對主管機關提出了電子化以及明定指標的建議；針對非營利組織則提出了有關餘絀保留、運作型基金會交流平台以及贊助型基金會知識累積的建議。