美國最高法院於2014 年6 月對Alice v. CLS Bank 案作出判決，對於商業方法專利與軟體專利之專利適格性產生巨大之衝擊。最高法院在Alice v. CLS Bank案專利適格性的判斷上援用了Mayo 案的二步驟測試法則，首先判斷系爭專利是否使用了司法判定不予專利適格標的之類別，再者就專利請求項「個別」及「整體」綜合觀察判斷請求項是否存在發明概念，使其顯著不同於司法判定不予專利適格的類別。而最高法院認為，以消除交割風險為目的之系爭專利與Bilski 案的避險概念相似，屬於商業運作中的基礎經濟實施行為，而為抽象概念。且不論是系爭方法、系統或是媒介專利請求項，皆只是使用了一般電腦功能來完成習知的商業步驟，並未加入了實質的發明概念使其顯著不同於抽象概念，因此系爭專利應不具適格性。然而最高法院除了並未在判決中對於「抽象概念」進行定義外，在發明概念的判斷上，最高法院提出了不能僅是利用普通運算功能之電腦設備來完成抽象概念，而是需與「特定機器」加以結合才能符合專利適格性的要件，但仍未說明「特定機器」之定義，以及方法與「特定機器」間應達到何種程度的結合，才能具備顯著不同於抽象概念的發明概念。 根據實證研究結果之建議，「當下級法院能有機會探索並發展見解時，最高法院將得以在重新審視議題時從下級法院的經驗中得到啟發」。因此在最高法院尚未明確解釋專利適格性判斷的細部分析要件時，下級法院之判決經驗與見解不僅將得以協助最高法院對於「專利適格性」的議題做出更適切的詮釋，更是在短期內瞭解司法判決趨勢之方法。因此，本論文蒐集聯邦法院在「2014 年6 月19日最高法院判決日後至2015 年12 月31 日」間引用Alice. v. CLS Bank 案所作成之判決案件主文中判決結果為「系爭專利具備專利適格性」者，以及針對美國發明法案中對於專利適格性此一議題較切為相關之「涵蓋商業方法專利複審程序」(CBM)為實證研究範圍，藉由判決實證分析方法瞭解下級法院與專利審判暨訴願委員會(PTAB)如何在個案中詮釋與適用二步驟測試法則中的「抽象概念」與「發明概念」，並著重於通過適格性判斷之判決，試以對於軟體專利及商業方法專利權人及發明人未來的專利申請方向提出建議。 針對判決分析之結果，本論文認為通過二步驟測試法則的請求項要件包含：應在請求項限制中對於機器設備作更進一步的功能描述、對於電腦或機器加入「足夠且有意義」的限制條件(例如限定於特定的產業、使用對象或是機器設備)、並盡可能限縮於抽象概念中的一項特定應用方法。此外，企業在考慮申請軟體專利或商業方法專利時，更應將電腦或網路技術層面之功能提升做為主要的專利申請方向。

電腦軟體與商業方法是否為可專利標的，一直是各國專利實務之一大爭點。美國聯邦最高法院甫於2014年6月作出眾所矚目的Alice v. CLS bank案判決，確立了使用Mayo v. Prometheus案的二步分析法來檢驗發明是否屬於美國專利法第101條之適格客體，隨後美國專利商標局亦因應Alice案判決而公布最新的審查基準。再加上我國亦於2014年公布最新的電腦軟體相關發明審查基準，其中對於電腦軟體與商業方法之可專利性亦多所著墨。以上種種皆使得此一爭點近期又成為熱門的話題。 本論文試圖藉由整理美國及歐洲關於電腦軟體與商業方法專利標的適格性之重要案例，歸納出美國及歐洲實務見解之演進歷程，並從美國及歐洲專利制度面討論造成不同見解的原因。再進一步分析美國及歐洲實務見解對我國2014年版電腦軟體相關發明審查基準及相關法院判決的影響。 經由本論文之研究可得知，美國實務已由原本寬鬆的認定標準轉為逐漸限縮電腦軟體與商業方法的專利標的適格性。歐洲實務雖一直堅守以「技術性」要件作為判斷專利標的適格性之核心標準，卻已將原本要求的「技術貢獻」要件移至進步性審查階段。至於我國2014年版電腦軟體相關發明審查基準，則似乎有意兼採美國與歐洲近期的判決見解來進一步限縮電腦軟體與商業方法的可專利性。本論文將比較我國2014年版電腦軟體審查基準與美國及歐洲近期實務見解之間的對應關係，並提供相關的修訂建議。