Das Ziel dieser Arbeit war es einen geeigneten internen Standard für die linksventrikuläre mRNA-Quantifizierung bei kardialer Hypertrophie und Herzinsuffizienz in der Ratte zu finden. Die mRNA-Expression von GAPDH, 18SrRNA, Cyclophilin and Porphobilinogen-Desaminase (PBGD) wurde vier Wochen nach Induktion von Hypertrophie (kleiner aortokavaler Shunt) und Herzinsuffizienz (großer aortokavaler Shunt bzw. Myokardinfarkt) mit Hilfe des Ribonuklease Protektion Assay (RPA) und der TaqMan PCR bestimmt. Die linksventrikuläre ANP-mRNA-Expression war in allen untersuchten Modellen unabhängig von der angewendeten Detektionsmethode erhöht. Die mRNA-Expression der Housekeeping Gene mit Hilfe des RPA bestimmt, war in allen untersuchten Modellen im Vergleich zu den Kontrollen unverändert (GAPDH: kleiner Shunt: 105.1+-7.4, großer Shunt: 105.2+-6.8, MI: 88.4+-3.7; 18SrRNA: kleiner Shunt: 110.7+-8.2, großer Shunt: 104.4+-8.9, MI: 107.5+-12.0; Cyclophilin: kleiner Shunt: 96.4+-7.9, großer Shunt: 112.9+-4.9, MI: 95.7+-13.8; PBGD: kleiner Shunt: 81.9+-6.3, großer Shunt: 83.7+-4.7, MI: 79.8+-9.7; % Kontrolle). In der sehr sensitiven TaqMan PCR zeigte sich eine veränderte mRNA-Expression von GAPDH, PBGD und Cyclophilin, lediglich 18S wurde unverändert exprimiert (GAPDH: kleiner Shunt: 114.5+-18.7, großer Shunt: 133.6+-19.1, MI: 64.2+-6.2, p / The purpose of this study was to identify an appropriate left ventricular mRNA as internal standard in gene expression analysis in cardiac hypertrophy and heart failure in the rat. Expression levels of GAPDH, 18SrRNA, Cyclophilin and porphobilinogen desaminase (PBGD) were measured four weeks after induction of either cardiac hypertrophy (small aortocaval shunt) or heart failure (large aortocaval shunt or myocardial infarction) using Ribonuclease protection assay (RPA) and TaqMan PCR. The left ventricular expression of ANP mRNA was increased in all these experimental models independently of the used method. Using RPA the mRNA expression of all studied housekeeping genes was unchanged in all experimental models compared to controls (GAPDH: small shunt: 105.1+-7.4, large shunt: 105.2+-6.8, MI: 88.4+-3.7; 18SrRNA: small shunt: 110.7+-8.2, large shunt: 104.4+-8.9, MI: 107.5+-12.0; Cyclophilin: small shunt: 96.4+-7.9, large shunt: 112.9+-4.9, MI: 95.7+-13.8; PBGD: small shunt: 81.9+-6.3, large shunt: 83.7+-4.7, MI: 79.8+-9.7; % control). Using the TaqMan PCR as a much more sensitive method only 18SrRNA levels were unchanged whereas GAPDH, PBGD and Cyclophilin mRNA expression was regulated (GAPDH: small shunt: 114.5+-18.7, large shunt: 133.6+-19.1, MI: 64.2+-6.2, p

MSc (Microbiology) / Department of Microbiology / See the attached abstract below

Le mycobiome digestif comprend l’ensemble des espèces de champignons contenu dans le tube digestif. Au cours de cette thèse, nous avons réalisé dans un premier temps une revue de la littérature sur le mycobiome digestif afin d’établir le répertoire des espèces de champignons décrites dans le tube digestif et leur implication dans les infections digestives et systémiques. Puis dans un second temps, notre travail expérimental a combiné l’approche culture et l’approche moléculaire basée sur le séquençage des clones pour explorer la diversité du mycobiome digestif. Nous avons répertorié une variété d’amorces PCR dans la littérature ciblant le gène 18S rRNA et ITS rRNA. En appliquant ces outils moléculaires et la culture à l’analyse d’une selle chez un sujet obèse nous avons détecté 16 espèces de champignons dont 11 espèces sont associées à l’alimentation avec 8 espèces de champignons observées pour la première fois dans les selles.Ensuite, la même approche appliquée à une selle collectée chez un sujet anorexique a permis de détecter 8 espèces de champignons dont 5 espèces associées au régime alimentaire du sujet et 3 espèces retrouvées pour la première fois dans les selles humaines.Dans un dernier temps en utilisant la même méthodologie, nous nous sommes intéressés à la diversité du mycobiome en fonction de l’origine géographique des sujets. Pour cela, nous avons exploré la communauté du mycobiome dans les selles provenant des quatre continents Afrique, Asie, Amérique et l’Europe. Dans ce travail, nous avons détecté 40 espèces de champignons provenant de l’environnement dont certains pathogènes opportunistes. / The human gut mycobiome, comprising of all fungal species detected in the gut. The Human Microbiome Project and the Metagenomics of the Human intestinal tract projects has led to new interest in the study of the human gut mycobiome. Recently, culture-independent approaches including PCR-based molecular clone libraries sequencing and high-throughput sequencing allowed to explore the diversity of gut mycobiota. In this thesis, firstly, we reviewed fungal species described in the human gut and their implication in systemic infections. We reported from literature fungal species described in healthy individuals compared to repertoire described in diseased individuals.Secondly, in our experimental work we used molecular and culture approaches to explore gut mycobiota diversity related to host physiology. We selected various set of PCR primers from literature targeting 18S rRNA gene and ITS rRNA gene. Combining molecular and culture tools in stool specimen from an obese individual we detected 16 fungal species, 11 were linked to food and 8 species were found for first in the human stools. Using the same approaches in an anorexic individual stool we identified 8 fungal species, five were associated to subjected diet collected and three fungal species were observed for the first time in the human stools. From these two studies, we observed that the gut mycobiome diversity is part associated to diet.Using the same methodology, we to explored gut mycobiota diversity according to different geographical locations. For this, fungal diversity was screened in stools samples from four continents Africa, America, Asia and Europe.