Les fromages de spécialités supportent un écosystème complexe regroupant des bactéries, des levures et des moisissures. Bien que des ferments d’acidification et des cultures d’affinage soient ajoutés lors du procédé de fabrication, plusieurs autres microorganismes peuvent s’y développer. Ainsi, les levures indigènes, naturellement présentes dans l’environnement laitier, pourraient contribuer de façon directe et/ou indirecte au développement des propriétés sensorielles (saveur, odeur, texture) des fromages. Une étude précédente a permis de caractériser la microflore des fromages québécois. Trois espèces de levures indigènes (Cyberlindnera jadinii, Kazachstania servazzii et Pichia k udriavzevii) ont été détectées dans le lait cru et/ou dans les fromages de spécialité provenant de la province de Québec, mais leur prédominance et leur rôle n’avaient pas été déterminés. Le but de ce projet était d’évaluer la distribution de ces trois espèces de levures indigènes dans les fromages de spécialités du Québec. Pour ce faire, une méthode spécifique et sensible utilisant la PCR quantitative en temps-réel a été développée afin de pouvoir détecter et quantifier ces trois espèces de levures. Par la suite, la croûte et la pâte de fromages québécois ont été analysées afin d’obtenir plus d’indices quant à la localisation de ces espèces dans les fromages et leur importance dans l’affinage de ceux-ci. Ce projet a permis de mettre en évidence que C. jadini iet P. k udriavzevii sont des levures fréquemment retrouvées dans la majorité des fromages de spécialités du Québec. Il serait donc intéressant d’approfondir leur impact au niveau de la production de composés aromatiques et d’analyser si le développement de nouveaux ferments qui contiendraient ces espèces serait bénéfique. / The complex fungal ecosystems of specialty cheeses are increasingly studied because of the potential contribution of indigenous yeasts to the development of the cheese’s sensory properties. They may contribute directly or indirectly by their interaction with the funga l ecosystem or the modification of the cheese matrix. Previous studies detected Cyberlindnera jadinii, Kazachstania servazzii and Pichia k udriavzeviiin both raw milk and/or artisanal specialty cheeses from the province of Québec. The aim of this project was toanalyze the distribution of these three yeast species in cheeses made in the province of Québec. A highly specific and quantitative real time PCR assay was developed to quantitate these yeast species. The rind and the core of cheeses made in the province of Québec were sampled and analyzed using this method. Tracking of C. jadinii and P. k udravzeviirevealed that these yeasts are found within the majority of the analyzed cheeses. This study is the first step toward a better understanding of the possible contribution of these indigenous yeasts species in the development of cheese flavors, and their role in the cheese’s fungal ecosystem.

Le présent travail vise à expliquer les facteurs favorisant la contamination par les aflatoxines dans la filière arachide en Haïti. Les résultats obtenus à partir d’une revue de la littérature, d’observations et d’entretiens avec des acteurs de la filière dans les départements Nord et Nord-Est du pays ont permis de relever différentes pratiques favorables à la contamination des produits telles que : l’absence de rotation culturale, la récolte précoce ou tardive, le séchage et le stockage inadéquats, la faible rigueur dans la sélection des arachides pendant et après la récolte. D’autres pratiques néfastes comme le mouillage des arachides et le mélange incontrôlé voire délibéré d’arachides de bonne et de mauvaise qualités augmentent substantiellement les risques de contamination pendant la commercialisation. Les résultats des tests d’aflatoxines réalisés sur certains produits ont montré des taux élevés allant de 22 ppb à 36 864 ppb pour 55 des 100 échantillons collectés sur le terrain, ce qui témoigne du grave problème auquel est confrontée la filière. Plusieurs facteurs à la base des mauvaises pratiques et de la contamination des produits ont été analysés. Ces facteurs sont d’ordre organisationnel, socioéconomique, institutionnel, politique, technologique et environnemental. Nous avons ainsi pu construire un schéma systémique qui montre comment ces multiples facteurs se conjuguent pour entrainer des pratiques qui favorisent la contamination par les aflatoxines et fourni des pistes d’intervention pour une amélioration de la qualité des produits dans la filière. / This work aims to explain the factors that facilitate aflatoxins contamination in the peanut sector in Haiti. The results obtained from by literature review, observations and interviews with actors in North and North-East areas of the country have revealed several practices favorable to the contamination of products such as : lack of crop rotation, early or late harvest, inadequate drying and storage, poor rigor in peanut selection during and after harvest. Other harmful practices such as wetting peanut and uncontrolled or even deliberate mixing of good and poor-quality peanuts substantially increase the risk of contamination during marketing. Aflatoxin test results on some products showed high rates ranging from 22 ppb to 36 864 ppb in 55 out of 100 field-collected samples, indicating the serious quality problem in the chain. Several factors sustaining the bad practices and product contamination were analyzed. Dimensions are organizational, socio-economic, institutional, political, technological and environmental. We have thus been able to build a systemic diagram that shows how these multiple factors combine to lead practices that strengthen aflatoxins contamination and provided paths of intervention for improving products quality in the commodity chain.

L'ovule est la seule cellule capable de remodeler l'information génétique de deux parents en celle d'un nouvel embryon, et ce potentiel s'est hautement conservé au cours de l'évolution. La reprogrammation d'un noyau se produit, pour la majorité des espèces, en absence de transcription. Ainsi. l'ARN et les protéines présentes dans l'ovule au moment de la fécondation constituent tout le matériel nécessaire pour soutenir le développement embryonnaire précoce. Les mécanismes tels que l'arrêt méiotique, la méthylation/déméthylation de l'ADN et les réarrangements épigénétiques sont communs à la majorité des vertébrés. Par contre, certaines différences peuvent être observées dans des processus tels la fécondation et la reconnaissance des gamètes. Ce projet vise à identifier des gènes conservés chez les vertébrés et impliqués dans les mécanismes de reprogrammation, puis d'évaluer l'impact de la surexpression de gènes sélectionnés sur la configuration de la chromatine de cellules humaines. La première étape du projet était d'établir un profil fonctionnel des différences et similitudes observables dans le transcriptome de l'ovule des vertébrés. Pour ce faire, nous avons comparé le transcriptome de l'ovule humain aux transcriptomes spécifiques à l'ovule de souris, de bovin et de xénope via une analyse par biopuce développée au sein de notre laboratoire. Pour la seconde partie de la thèse, nous avons sélectionné des candidats qui ont été surexprimés dans des cellules humaines en culture, et avons évalué leur impact à plusieurs niveaux sur la chromatine. Suite aux résultats obtenus, nous nous sommes concentrés sur l'analyse de gènes pouvant être impliqués dans la déméthylation de l'ADN et avons vérifié si leur coexpression pouvait induire la déméthylation d'ADN dans des fibroblastes humains. Une approche d'immunoprécipitation de chromatine et de séquençage au bisulfite nous a permis d'observer une déméthylation modérée à certains sites spécifiques, confirmant un rôle de ces gènes dans la déméthylation de l'ADN humain. Les travaux présentés dans cette thèse permettent de souligner le potentiel de gènes ovocytaires à reconfigurer la chromatine dans d'autres types cellulaires. Leur caractérisation plus poussée pourrait notamment contribuer à des avancements dans la compréhension et la maîtrise des mécanismes de reprogrammation pour la recherche en reproduction ou en médecine regenerative.

Un enjeu actuel en biotechnologie est d'obtenir des plantes haploïdes doublées par la technique de la culture de microspores isolées (CMI). Pourtant, la CMI génère parfois une proportion importante de plantes albinos, laquelle peut atteindre 100 % chez certains cultivars. Des travaux antérieurs ont indiqué que des remaniements du génome chloroplastique seraient à l'origine de cet albinisme. Afin de mieux comprendre ce processus menant à l'albinisme, nous avons entrepris d'étudier l'intégrité du génome chloroplastique au sein de microspores d'orge et de plantes albinos via une approche de séquençage à grande échelle. L'ADN total extrait de microspores à un stade précoce de la CMI, d'une feuille de la plante-mère (témoin), et de feuilles albinos, a été séquencé et les séquences chloroplastiques ont été analysées. Ceci nous a permis de documenter pour la première fois une diminution de l'ADN chloroplastique chez les microspores. De plus une étude de variations structurales a démontré un abaissement généralisé de la quantité de génomes chloroplastiques chez les microspores. Enfin, d'importants remaniements du génome chloroplastique ont été observés chez les plantes albinos, révélant une forte abondance de génomes chloroplastiques altérés de forme linéaire.

La conduite du présent mémoire repose essentiellement sur la caractérisation de la nature de la Régie des marchés agricoles et alimentaires du Québec (RMAAQ) et l’analyse de sa gouvernance. Cette institution s’inscrit dans le système québécois de la mise en marché collective et se trouve, plus précisément, à l’interface entre le cadre général de la Loi sur la mise en marché des produits agricoles, alimentaires et de la pêche et l’ensemble des acteurs et organisations qui gouvernent les transactions de cette industrie. La RMAAQ traverse un moment charnière, affectée par ce qui semble être la judiciarisation des litiges. Ainsi, il devient de plus en plus pertinent de s’y intéresser, notamment en regard du rôle essentiel qu’elle joue dans cet écosystème, soit celui de régulateur économique et d’arbitre. Une meilleure compréhension de cette institution est possible que par l’entreprise d’un important déchiffrage de connaissances théoriques sur cette institution. À cet égard, les outils descriptifs et le cadre analytique explorent les notions et concepts qui permettent de mieux comprendre la nature institutionnelle, les interventions et l’environnement légal de la RMAAQ. Sur la base des attributs recensés, un guide d’entretien a été développé et soumis à dix-sept (17) utilisateurs de l’organe de résolution des litiges de la RMAAQ, en l’occurrence certains offices de commercialisation, associations accréditées d’acheteurs et leurs représentants (avocats). L’objectif était de connaître leurs perceptions à l’égard de la résolution des litiges et des interventions connexes de la RMAAQ. Les résultats empiriques qui en ressortent permettent de classer ses caractéristiques institutionnelles et économiques, selon qu’elles soient en concordance ou en écart avec ce qui est prédit par les approches théoriques. Ainsi, nous proposons une réponse schématique, qui se rapproche de la réalité, où sont exposées les nombreuses composantes du processus décisionnel. Enfin, nous discutons des forces et des faiblesses apparentes de la gouvernance de la résolution des litiges, notamment en termes de coûts de transaction. / This search relies essentially on the characterization of the institutional nature and analyzing the governance of a regulatory body, called Régie des marchés agricoles et alimentaires du Québec (RMAAQ), supervising activities and arbitrating disputes in the agricultural products marketing. This institution is inserted between the general rules established by the Act respecting the marketing of agricultural, food and fish products and the organizations making transactions and using those rules. The RMAAQ is going through a particular moment, with the pressure of the apparent litigiousness of disputes. In this perspective, it is increasingly relevant to be concerned by this institution, especially in view of its important role in the global ecosystem that is an economic regulator and arbitrator. A better understanding is only possible if a significant decryption of academic knowledge is undertaken. Therein, the theoretical tools and the analytic framework browse notions and concepts that allow to understand the institutional nature, the interventions and the legal environment of the RMAAQ. On the basis of the identified attributes, an interview guide has been developed and administered to seventeen (17) users of the dispute’s resolution body: marketing boards, certified associations of buyers and their legal agents (lawyers). The objective was to know the perceptions toward disputes resolution and the related RMAAQ’s interventions. Empirical results involved make it achievable ranking institutional attributes (gap or matching) according to theoretical conjectures. In doing so, we propose a schematic representation, close to reality, where the numerous constitutive parts of the decision-making process are exposed. Finally, we discuss apparent strengths and weaknesses in the institution framing the dispute’s resolution governance, especially in terms of transaction costs.

La lutte contre la pourriture à sclérotes du soya nécessite le développement de méthodes d'inoculation pour évaluer la résistance des nouvelles lignées à la maladie. Dans le cadre de ce projet, une nouvelle méthode d'inoculation artificielle (méthode du coton imbibé d'une suspension de mycélium), développée antérieurement dans notre laboratoire pour emploi en serres, a été optimisée pour permettre son emploi en conditions de champ. Pour ce faire, deux stades de développement des plantes au moment de l'inoculation et la nécessité ou non de l'irrigation ont été testés. Les résultats ont montré qu'un système d'irrigation n'est pas obligatoire, bien qu'il améliore la capacité de discrimination et contribue à assurer une pression de maladie constante. Quant au stade d'inoculation, les deux stades employés (RI et R3) se sont avérés équivalents. Une fois optimisée, cette méthode a été comparée à la méthode des sclérotes, laquelle est utilisée par le Réseau des grandes cultures du Québec (RGCQ) lors des essais officiels d'enregistrement. La méthode du coton imbibé s'est avérée reproductible et significativement corrélée avec la méthode des sclérotes. Elle a montré une discrimination très fine des cultivars résistants et sensibles dans tous les essais, même lors d'un été chaud et sec, ce que n'a pas permis la méthode des sclérotes.

Le babeurre, sous-produit de fabrication du beurre, est riche en composés mineurs associés à la membrane du globule de gras (MFGM). Ces composés possèdent d'excellentes propriétés fonctionnelles et certaines propriétés biologiques uniques. Le but de ce projet était de développer une approche de séparation des composés de MFGM par microfiltration. Plusieurs conditions de filtration (température, diamètre de pores, type de babeurre) on été étudiées. Les résultats on démontré que la présence de micelles de caséines dans le babeurre nuisait à la séparation de la MFGM en raison des tailles comparables des composés. Des différences de comportement en MF du babeurre ayant subi des traitements de séchage par rapport au babeurre frais on été notées mais une étude de la microstructure du babeurre en fonction des étapes du procédé industriel n'a permis de dévoiler que des changements compositionnels subtils et non structurels de la MFGM. L'utilisation d'un babeurre dérivé d'une crème de lactosérum dépourvue de caséine a permis d'améliorer la séparation de la MFGM. Enfin une approche de lavage de la crème avant le barattage a permis une concentration efficace des composés de la MFGM par microfiltration et ce en plus de générer des flux de perméation 2 fois plus élevés que dans les procédés étudiés auparavant. Les procédés étudiés dans ce projet ont permis de mieux comprendre la séparation des composés de la MFGM à partir de babeurre et de produire des fractions pouvant potentiellement être exploitées pour leur propriétés fonctionnelles et nutraceutiques. / Buttermilk is the by product from churning of cream to make butter. This by product is rich in minor components associated with the milkfat globule membrane (MFGM). MFGM components demonstrate excellent functional properties as well as some significant biological properties. The goal of this project was to develop an approach for the separation of MFGM material from buttermilk by microfiltration. Various filtration parameters (temperature, pore size, buttermilk type) were studied. Results showed that the presence of casein micelles in buttermilk was detrimental to the separation of MFGM because of the similitude of both components sizes. However, differences in the behavior of buttermilk during MF were noted with the use of reconstituted buttermilk as opposed to fresh buttermilk. A study of the composition and microstructure of buttermilk after each step of buttermilk powder processing revealed subtle changes in buttermilk composition but it was impossible to correlate those changes with a modification of buttermilk microstructure. The use of a buttermilk derived from churning of whey cream deprived in caseins, allowed for an improvement of the separation of MFGM. Finally an approach of cream washing prior to churning was shown to be efficient to remove caseins from the buttermilk and therefore improve separation of MFGM. Permeation fluxes were also increased by 2 folds while using washed cream buttermilk as opposed to normal cream buttermilk. The processes studied in this project allowed for a better understanding of MFGM separation in buttermilk and the creation of fractions with potential functional and nutraceutical properties.

L’abeille domestique (Apis mellifera Linnaeus) joue un rôle crucial comme pollinisateur dans l’industrie de l’agriculture. Cependant, durant les dernières décennies, une mortalité des colonies d’abeilles a été observée partout à travers le monde. La conservation du sperme d’abeille est un outil efficace pour sauvegarder la diversité génétique. Sa conservation est possible à température pièce, mais la cryoconservation serait une meilleure méthode pour la conservation à long terme. Notre objectif général est de développer une méthode de cryoconservation de la semence d’abeille. L’hypothèse no.1 était que la cryoconservation de la semence d’abeille est plus efficace à long terme que les températures au-dessus de 0 °C. Nous avons évalué l’efficacité, basé sur la viabilité des spermatozoïdes, de deux températures de conservation: -196 °C et 16 °C. Après un an de conservation, la semence congelée avait une meilleure viabilité comparée à 16°C (76% ± 5% vs 0%; p < 0,05). Par la suite, la spermathèque des reines inséminées avec la semence cryoconservée a été évaluée par la migration des spermatozoïdes ainsi que la viabilité des spermatozoïdes. Il y avait beaucoup de variabilités dans nos résultats. Nous n’avons pas été en mesure de vérifier si l’ajout de la centrifugation après la conservation améliore la fertilité des reines après insémination. Toutefois, nos résultats confirment que la cryoconservation est une technique efficace pour conserver la semence d’abeille à long terme. / Honey bees (Apis mellifera Linnaeus) are critical players in the agricultural industry for food production as they account for the vast majority of insect pollination. In the last decades, however, there have been dramatic losses of honey bee colonies worldwide. Coupled with instrumental insemination, conservation of honey bee sperm is an effective strategy to protect the species and their genetic diversity. Sperm storage is possible at room temperature, but for many mammal species, cryopreservation is the preferred method for the long-term storage of gametes. However, cryopreservation of honey bee drone semen is not optimized. Our overall objective is to develop a method of drone semen cryopreservation, therefore, two experiments were conducted. Hypothesis #1 was that cryopreservation of drone semen is more effective for long-term storage than at above-freezing temperatures. We therefore compared the efficacy based on sperm viability, of two honey bee semen preservation temperatures: frozen (-196°C) and 16°C. After 1 year of storage, frozen sperm viability was higher than at 16°C (76% ± 5% vs. 0%; p < 0.05), showing that cryopreservation is necessary to conserve semen in vitro. However, the cryoprotectant used for drone sperm freezing, DMSO (dimethyl sulfoxide), is toxic to queens after instrumental insemination. Hypothesis #2, therefore, was that centrifugation of cryopreserved semen to remove DMSO prior to insemination improves queen fertility. Our results indicate that centrifuging semen does not affect sperm viability (78% ± 3% vs 75% ± 4% viable sperm; p > 0.05). After queen insemination, both spermathecae and brood production were evaluated, but the results varied greatly, possibly due to the undesirable mucus present in the semen. Therefore, we cannot yet confirm that centrifugation improves queen health after insemination. Nonetheless, our study confirms that cryopreservation of honey bee sperm is necessary and possible for long-term conservation.

L'incompatibilité thermodynamique des isolats de protéines lactosérum (IPL) et de Kcarraghénane (K-car) a été largement étudiée dans des conditions statiques. Toutefois, l'effet de cisaillement sur la séparation de phases de type segrégative necessite encore plus d'investigation. Dans cette thèse l'étude des mélanges des IPL et de K-car sous cisaillement a été étudiée par diverses techniques chimiques et physiques à pH 7.0. Tout d'abord, la séparation de phases des Inélanges IPL/K-car a été étudiée par la théorie de Vrij et la méthode de l'analyse d'image. Des agrégats sphériques d 'IPL dans une phase continue de K-car ont été démontrés par MCBL. L'épaisseur de la couche de déplétion a été calculée. Ensuite, le diagramme de phases du système modèle choisî (IPL/K-car) a été étudié au repos et sous cisaillement. La détennination expérimentale de la binodale est une bonne approximation de celle déterminée par la théorique de, Vrij. Le processus de cisaillement déplace la binodale vers les faibles concentrations d 'IPL. La gélification thennique de différents systèmes mixtes de IPL/K-car a été étudiée. En effet, l'augmentation de la concentration de K-car augmente la fermeté des gels. Par MCBL des gels opaques et blanchâtres ont été observés, indiquant l'agrégation protéique. Ensuite, une vitesse de cisaillement a été appliquée durant un traitement thennique à des systèmes contenant 5%IPL et différentes concentrations de K-car. Par la suite, un balayage de vitesse de cisaillement a été fait à 80°C pour chaque systèlne. L'ajustement des courbes d'écoulement par le modèle de Cross montre une augmentation de la viscosité Newtonienne au plateau initial des systèmes mixtes cisaillés vs non cisaillés. Par la suite, différentes vitesses de cis~illement ont été appliquées durant le traitement thennique pour un même Inélange. Puis, ces systèmes ont été suivis par des mesures en régime harmonique et en régime transitoire. Ces résultats confirment que le cisaillement favorise 'l' agrégation des protéines dénaturées. Enfin, nous avons caractérisé les agrégats solubles dans la phase supérieure d'un système mixte de 5%IPL/O.5%K-car soulnis à différentes vitesses de cisaillement. Par exclusion moléculaire, on a observé que les agrégats solubles sont nettement influencés par la vitesse de cisaillement. En conclusion, le cisaillement des systèmes mixtes en condition de séparation de phases, pennet de contrôler la taille des microgels fonnés. Pour compléter les travaux réalisés dans cette thèse, il serait très intéressant de vérifier si la binodale et la microstructure des mélanges varient en fonction d' autres paramètres intrinsèques et extrinsèques au système.

La situation économique difficile des fermes québécoises suscite beaucoup d’intérêt. Plusieurs études se sont consacrées à l’analyse technico-économique des entreprises agricoles, toutes productions confondues. C’est aussi le cas du présent mémoire. L’objectif général est d’analyser la santé financière des entreprises laitières, céréalières et de fruits et légumes sur la période 2005-2015. Pour y parvenir, les méthodes d’analyses comparatives, de régressions paramétriques et non paramétriques sont combinées. Les données sont issues de l’enquête financière sur les fermes co-réalisée par Statistique Canada et Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). L’absence de données sur le coût de vie des exploitants a contraint l’étude à se limiter aux entreprises en compagnie. Ces dernières sont tout de même assez bien représentatives de l’échantillon total. Les résultats ont montré que les producteurs laitiers ont une meilleure santé financière bien qu’elle soit instable et évolue en se dégradant. Les producteurs de fruits et légumes affichent une santé financière acceptable avec une tendance prometteuse. Les céréaliers sont en mauvaise posture avec une mauvaise santé financière et une tendance à l’aggravation de la situation. Les analyses ont montré aussi que les producteurs laitiers doivent leur bonne santé financière à une excellente maîtrise des coûts de production. L’excellente productivité du capital des producteurs de fruits et légumes justifie leurs résultats malgré les coûts de production élevés auxquels ils font face. La faible productivité du capital, ajoutée aux coûts de production élevés, explique la mauvaise santé financière des céréaliers. La grande entreprise de fruits et légumes est en meilleure santé financière. Inversement, la grande entreprise laitière est moins rentable. La taille n’explique pas la santé financière des céréaliers. L’expérience n’impacte pas significativement la santé financière des entreprises laitières, céréalières et de fruits et légumes. Mots clés : santé financière, entreprise agricole, lait, céréales, fruits et légumes. / The difficult economic situation of Québec farms inspires much interest. Several studies are devoted to the technical and economic analysis of farms, all production combined. This is also the case of the current thesis. Its overall objective is to analyze the financial health of dairy, cereals and fruit & vegetable enterprises over the period 2005-2015. To achieve this, comparative analysis, parametric and nonparametric regressions have been combined. Data analyzed were from the “Farm Financial Survey” conducted both by Statistics Canada and Agriculture and Agri-Food Canada (AAC). The absence of the “cost of living” data forced the study to be limited to farming enterprises that were organized in corporation. The latter were nonetheless quite enough representative of the total sample. Results showed that dairy farmers have the best results although their financial health was unstable and was gradually degrading. Fruit and vegetable producers have an acceptable financial health with an improving trend over the years. Cereal farmers were in a bad position with poor financial health and a worsening trend. Our results also showed that dairy farmers owed their good financial health to an excellent control of production costs. The excellent productivity of cash investments (capital) of fruit and vegetable producers justifies their results despite the high production costs they face. The low productivity of capital, coupled with high production costs, explains the poor financial health of cereals. The large fruit and vegetable enterprise is in better financial health. Conversely, the large dairy enterprise is less profitable. Size does not explain the financial health of cereal farmers. Experience does not significantly impact the financial health of dairy, cereals and fruit and vegetable enterprises. Keywords: financial health, farming enterprise, milk, cereals, fruits and vegetables