Ce projet visait à caractériser la structure et la composition de la végétation de marécages isolés et riverains dans la région des Basses-terres du Saint-Laurent, dans le sud du Québec. Des inventaires de végétation ont été réalisés dans 56 marécages répartis dans deux bassins versants. Les caractéristiques physiques du sol, la micro et la macrotopographie, ainsi que l’occupation du territoire y ont été inventoriés. Des différences de composition ont été observées entre les marécages isolés et riverains, ces derniers montrant une abondance plus élevée d’herbacées latifoliées et de ptéridophytes, deux groupes de plantes associés à un bon drainage des sols. Les marécages isolés montraient une richesse et une diversité en espèces plus élevées que les marécages riverains, mais ces derniers possédaient le plus d’arbres à fort diamètre. Les résultats de cette étude suggèrent que des mesures de gestion distinctes devraient être élaborées pour ces deux types de marécages. / This project aimed to characterize the structure and composition of isolated and riparian swamps in the St. Lawrence lowlands region of southern Quebec. Vegetation surveys were made in 56 swamps distributed in two watersheds. We also collected data on soil physical characteristics, microtopography, topography and land use of those swamps. Isolated and riparian swamps showed differences in vegetation composition. Herbaceous broad-leaved plants and pteridophytes which are both associated with good soil drainage were more abundant in riparian swamp. The most important factors driving this pattern were associated with soil wetness that positively impacted plant establishment. Isolated swamps showed higher richness and diversity than riparian swamps but the latter had bigger trees. These distinctions might reflect the differences in the ecosystem services such swamps provide and suggest the need for management scenarios adapted to swamp types in order to preserve their biodiversity and associated ecosystem services.

Le manque de coordination est une importante lacune du secteur agricole, notamment en ce qui concerne la concertation horizontale des producteurs. En effet, outre les multiples imperfections de marché, la transmission des signaux du marché est brouillée par l’important délai qui existe entre la décision de produire, l’action et le résultat, ce qui fait en sorte qu’une institution est indispensable à l’organisation de la production agricole. C’est dans cette optique que le mouvement coopératif s’est développé afin de coordonner un secteur agricole alors démuni face au pouvoir de marché des acheteurs. Par contre, plusieurs problèmes internes au niveau de la gouvernance, de la capitalisation ainsi que de la préservation de l’identité coopérative ont limité le rôle de coordination de la coopération en agriculture. Ainsi, en considérant ces problématiques internes et en analysant une coopérative agroalimentaire qui connaît du succès actuellement, un nouveau modèle coopératif est développé afin de coordonner efficacement un secteur agricole canadien. Mots-clés : Coopérative, agriculture, agroalimentaire, coordination, gouvernance, capitalisation, identité coopérative, hybride, Fonterra. / The lack of coordination is an important issue in the agricultural sector, particularly in terms of horizontal coordination among producers. Indeed, in addition to the various market problems, the transmission of market signals is blurred by the important delay between the decision to produce, the action and the result. This fact implies that an institution is essential for the organization of agriculture. It is in this context that the cooperative movement has been developed to coordinate the agricultural sector against the market power of buyers. However, several internal problems in governance, capitalization and the preservation of cooperative identity have limited the role of cooperation in the coordination of agricultural sector. Therefore, considering these internal issues, and through analyzing a successful agri-food cooperative, a new cooperation model is developed to coordinate more efficiently a Canadian agricultural sector. Keywords: Cooperative, agriculture, agri-food, coordination, governance, capitalization, cooperative identity, hybrid, Fonterra.

La divergicine M35 est un peptide antimicrobien produit par une souche d'origine marine de Carnobacterium divergens M35 (C. divergens M35) et ayant une activité inhibitrice très marquée contre Listeria monocytogenes (L. monocytogenes). L'étude de son mode d'action est nécessaire à l'optimisation de son utilisation comme agent de bioconservation de certains aliments ainsi que son acceptation par l'industrie alimentaire. Afin de décrypter son mécanisme d'action, des mutants résistants à la divergicine M35 ont été développés à partir d'une souche alimentaire de L. monocytogenes LSD530 (DivM ou vD) par exposition progressive de la souche sauvage (DivS) à différentes concentrations. DivM présente une fréquence de mutation de 4xlO-2 et son phénotype de résistance est stable après 50 générations. Le profil de croissance de DivM montre plus de résistance aux lysozymes et/ou bactériocines par rapport à la souche sauvage de L. monocytogenes LSD530. Aucune différence du profil plasmidique et protéinique n'a pu être notée entre le mutant et la souche sauvage. L'étude des conséquences biologiques de la divergicine M35 (5ug/ml) sur les souches de DivS et DivM a permis de démontrer que la divergicine M35 induit la mort de la cellule par une lyse cellulaire accompagnée de l'hydrolyse d'ATP et d'un flux de potassium. L'étude de l'interaction cytologique entre la divergicine M35 et des membranes synthétiques (liposomes) a montré que la divergicine M35 n'interagit pas nécessairement avec une cible membranaire protéique spécifique. Il semble qu'une interaction électrostatique entre la divergicine M35 et la membrane est nécessaire pour causer des dommages cellulaires. D'autres mutants ont été développés contre des bactériocines de classe Ha (pédiocine PA-1 (vP) et thermophilicine B (vB)), et des bactériocines de classe I (nisine A (vA) et nisine Z (vZ)), afin de comparer leurs mécanismes de résistance avec celui de la divergicine M35. Tous les mutants développés présentent des différences au niveau du profil de croissance, de production d'acide lactique, et de l'efflux de potassium par rapport à la souche sauvage. Ces mutants présentent aussi des différences au niveau de leur sensibilité à différents antibiotiques, qui laisse présager une modification de la composition de la membrane cellulaire. L'analyse de la composition de la membrane chez tous les mutants développés montre un contenu plus élevé en acide gras saturés (C16:0 et C18:0) et un teneur plus faible en acides gras insaturés (C18:2 et C22:5) par rapport à la souche sauvage. Cette modification dans la composition de la membrane des mutants la rend plus rigide et limite les échanges des nutriments entre les milieux extra- et intracellulaire. L'étude de la résistance croisée (bactériocines/mutants) permet de conclure qu'une utilisation combinée des deux classes de bactériocines I et Ha serait nécessaire afin de limiter le développement et l'émergence des variants résistants. Finalement, une étude comparative du mode d'action des bactériocines et celui des toxines a montré que la divergicine M35 agit sur les canaux potassiques (canaux K+ ) voltage dépendants (Kv) de même que ceux activés par Ca2+ (Kca) entraînant une augmentation du flux potassique. / Divergicin M35 is an antimicrobial peptide produced by Carnobacterium divergens M35 (C. divergens M35), with a potential activity against Listeria monocytogenes (L. monocytogenes). The study of the mode action of divergicin M35 was necessary to optimise its use as a bio-conservation agent and its acceptance by the food industry. Mutant (DivM) of L. monocytogenes LSD53O was developed by a progressive exposition of the wild type strain of L. monocytogenes LSD530 (DivS) to different concentrations of divergicin M35. DivM was stable after 50 generations and its resistance frequency was estimated at 4.10"2 . No difference in total DNA and total protein profile was observed between the DivM and DivS strains. The biological conséquences of divergicin M35 on DivS and DivM strains were studied. Divergicin M35 presents an inductive effect on cellular autolysis, hydrolysis of ATP and potassium efflux. Divergicin M35 interacts with cell membrane in absence of a protein receptor probably involving electrostatic interaction. In this study, variants resistant to nisin A (vA), nisin Z (vZ), pediocin PA-1 (vP), and thermophilicin B (vB) were developed from sensitive DivS strains. Differences in acidogenous capacity, potassium efflux and growth rate were observed between DivS and ail resistant mutants. Bacteriocin resistance acquirement appeared to substantially affect the antibiogram profile of ail variants resistant strains which correlated with the compositional changes in their cell-membrane. Resistant mutants present a higher content of saturated fatty acid (Cl6:0 and Cl8:0) and a lower content of unsaturated fatty acid (Cl8:2 and C22:5) compared to the wild type stain. The cell membrane modification increases the membrane rigidity and reduces nutrients exchange between extra- and intracellular medium. The study of cross resistance between bacteriocin and mutant strains indicated that the use of combined classes I and Ha bacteriocin can limit the development of resistant strains. The comparison of the mode action of divergicin M35 and different toxins on potassium channel showed that divergicin M35 interacts with both voltage and calcium dependent potassium channel resulting in an increase of potassium efflux and consequently the amplification of inhibitory activity.

La production de paquets d’abeilles (abeilles adultes et une jeune reine) et de nucléi (petite colonie avec du couvain, des abeilles adultes et une jeune reine) assure la création de nouvelles colonies et le remplacement des colonies faibles ou mortes. Bien que ce travail soit réalisé par les apiculteurs à l’aide de diverses méthodes à travers le monde entier, les études scientifiques sur ce sujet sont rares. Au Canada, il y a besoin croissant de colonies pour remplacer et agrandir les cheptels afin de satisfaire la demande en service de pollinisation et combler les importantes pertes hivernales de colonies. L’objectif principal de notre étude était de développer une méthodologie pour produire de nouvelles colonies à la fois plus structurée et plus adaptée pour répondre au défi actuel de l’industrie apicole canadienne. Une technique de paquet d’abeilles et deux techniques de nucléi sur cadres ont été testées au Centre de Recherche en Sciences Animales de Deschambault en 2014: A) 1kg d’abeilles adultes + une jeune reine fécondée; B) un cadre de couvain + les abeilles adultes adhérentes à ce cadre + une jeune reine fécondée; et C) deux cadres de couvain + les abeilles adultes adhérentes à ces cadres + une jeune reine fécondée. Au total, 38 nouvelles colonies ont été produites. Ces colonies ont été évaluées de juillet 2014 à juin 2015, selon un ensemble de paramètres pour estimer leur force et l’infestation en varroa et nosémose. Les résultats démontrent que le développement des colonies était similaire peu importe la technique employée. Cependant, c’est la technique à un cadre de couvain (B) qui présente le meilleur potentiel de multiplication. Ce projet a également permit de confirmer que le prélèvement d’abeilles ou de couvain assure un meilleur contrôle du parasite varroa et réduit l’essaimage chez les colonies mères. / Producing package bees (adult bees and a young queen) and nuclei (small colonies, each with brood, adult bees and a young queen) is one strategy for establishing new colonies and replacing those that are weak or dead. Although beekeepers around the world commonly engage in this work using various methods, scientific literature on the subject is scarce. In Canada, there is a growing need to replace and increase colony numbers to satisfy the demand for pollination services and compensate for high winter colony mortality. The main objective of our study was to develop a methodology for producing new colonies that is both more structured and better adapted to the challenges facing today’s Canadian beekeeping industry. One package bee and two nuclei-making techniques were compared at the Deschambault Research Center for Animal Sciences in 2014: A) 1 kg of adult bees + young mated queen, B) one brood frame + adult bees covering frames + young mated queen, C) two brood frames + adult bees to covering frames + young mated queen. In total, 38 new colonies were produced. These colonies were monitored from July 2014 to June 2015, measuring a set of parameters designed to evaluate their strength as well as levels of varroa mite infestation and nosema disease infection. Results showed no significant statistical differences in the development of these colonies. However, the findings confirm that technique B) represents the best multiplication potential and that retrieving bees or brood in hives for making nuclei controls both varroa mite infestations and swarming.

L'hydrolyse enzymatique de la P-lactoglobuline (p-lg) par la trypsine permet la libération de différents peptides dont plusieurs possèdent des propriétés fonctionnelles et bioactives. Un phénomène d'agrégation inattendu a été observé durant la concentration par osmose inverse (01) d'un hydrolysat trypsique de P-lg. Des travaux récents démontrent qu'un peptide particulier, le peptide B-lg fl-8, initie l'agrégation observée dans l'hydrolysat de /?-lg floculé via le phénomène d'auto-assemblage peptidique. L'auto-assemblage peptidique est un type particulier d'agrégation selon lequel des peptides polymérisent spontanément ensemble afin de former des nanostructures bien définies comme des nanotubes, des nanofibres et des hydrogels. Le but de cette étude était d'étudier les interactions moléculaires impliquées dans le phénomène d'auto-assemblage du peptide /?-lg fl-8, d'une part en étudiant les conditions physico-chimiques qui déclenchent l'auto-assemblage et la formation de nanofibres et d'hydrogels et, d'autre part, en étudiant l'impact de la séquence d'acides aminés sur l'auto-assemblage. Les résultats ont d'abord démontré que l'auto-assemblage du peptide B-lg fl-8 était régi par les conditions de pH et par la concentration en peptide et que la force ionique ainsi que la température n'influençaient pas l'auto-assemblage. Les résultats ont aussi démontré que plusieurs interactions moléculaires (hydrophobes, électrostatiques, liens hydrogène) étaient impliquées dans l'auto-assemblage en feuillets P du peptide B-lg fl-8. Plus précisément, il a été démontré que l'extrémité hydrophobe du peptide était essentielle pour déclencher l'auto-assemblage en feuillets P et que les interactions électrostatiques provenant de l'extrémité hydrophile contribuaient considérablement à conserver un équilibre précis entre les interactions hydrophobes et électrostatiques nécessaires pour déclencher l'auto-assemblage. Globalement, les résultats démontrent qu'il est possible de concevoir à partir de l'auto-assemblage peptidique en feuillets P des hydrogels avec des propriétés particulières, de diversifier les conditions physico-chimiques qui déclenchent la formation de ces matériaux et de générer des nanostructures présentant des morphologies très différentes.

Les profils métabolomiques d’acides aminés (AA) sanguins d’individus obèses présentent des niveaux élevés d’acides aminés à chaîne ramifiée (AACR) possiblement en lien avec une altération des enzymes de leur catabolisme dans le tissu adipeux. Nous avons étudié les profils d’AA sanguins associés à l’obésité viscérale et aux facteurs de risque cardiométabolique ainsi que l’expression des gènes et l’abondance protéique des enzymes du catabolisme des AACR dans les tissus adipeux d’un échantillon de femmes ayant divers degrés d’adiposité. Nous avons démontré que les femmes obèses présentaient des niveaux d’AACR, de glutamate et de tyrosine augmentés. De plus, les taux circulants d’AACR étaient associés positivement aux marqueurs d’homéostasie du glucose et d’adiposité totale et sous-cutanée tandis que le glutamate et l’acylcarnitine C3 étaient associés positivement à l’aire de tissu adipeux viscéral et aux niveaux de triglycérides sanguins. L’expression et l’abondance protéique des enzymes du catabolisme des AACR étaient abaissées dans le tissu adipeux omental des femmes obèses. Les résultats de cette étude suggèrent que les concentrations sanguines d’AACR, de tyrosine et de glutamate sont plus élevées chez les individus obèses. Cette élévation des taux plasmatiques pourrait être associée à une diminution de l’expression et de l’abondance protéique des enzymes responsables du catabolisme des AACR, principalement observée dans les tissus adipeux omentaux des individus obèses. / Metabolomic profiling of obese individuals revealed high blood levels of branched-chain amino acids (BCAA) possibly linked to altered adipose tissue BCAA catabolism. We examined plasmatic AA profiling linked with visceral obesity and cardiometabolic risk factors as well as gene expression and protein abundance of BCAA-catabolizing enzymes in adipose tissue of lean-to-obese women. We showed that obese women had significantly higher circulating BCAA, glutamate and tyrosine levels. Moreover, circulating BCAA levels were positively related to glucose homeostasis variables in addition to total and subcutaneous adiposity markers while glutamate and C3 acylcarnitine levels were positively associated with visceral adipose tissue area and triglycerides. Obese women had lower expression and protein levels of BCAA-catabolizing enzymes in visceral adipose tissue specifically. The results of this study suggest that plasma concentrations of BCAA, tyrosine and glutamate are elevated in obese individuals. This could be associated with a reduction in expression and protein abundance of BCAA-catabolizing enzymes mainly observed in omental adipose tissue of obese individuals.

L'utilisation du biochar en agriculture permet une meilleure durabilité et productivité des cultures en améliorant la qualité et la structure du sol propice au développement de la flore microbienne, à une réduction du lessivage des nutriments et à une diminution des émissions de gaz à effet de serre. L'objectif de ce projet était d'évaluer l'impact du biochar (10 % v/v) pour six types de substrats biologiques sur la rétention en nutriments, l'activité biologique du sol et les émissions de gaz à effet de serre pour une culture de tomates (Solanum lycopersicum) sous serre. Les résultats ont montré que l'amendement en biochar a généré une meilleure réserve minérale et activité microbienne du sol, une réduction de 30 % des pertes de NO3-, une diminution des flux de CO2 et aucun impact sur les émissions de N2O. Somme toute, l'amendement en biochar des substrats biologiques a amélioré la durabilité de la culture.

Les carotenoides et polyphenols de la peau et la chair du cantaloupe ont été identifiés par CLHP et CLUP, respectivement. Des conditions optimales d'extraction éthanolique ont été déterminées pour maximiser d'extraction des caroténoïdes totaux (TC). Une durée d'extraction de 2 heures à une température de 50 °C s'est avérée optimale pour la chair alors celle pour la peau était 2 heures à 30 °C. Les valeurs de TC de la peau et de la chair, mesurées par CLHP, ont été 0,33 mg/g et 0,22 mg/g de poudre sèche, respectivement. Le caroténoïde prédominant dans la chair était le p-carotène, tandis que le caroténoïde majeur de la peau était la lutéine. Différents types de flavonoïdes, acides hydroxybenzoïque et hydroxylcinnamic ont été identifiés. La valeur de polyphenols totaux de la peau a été plus élevée que dans la chair. Les paramètres optimaux de laboratoire pour l'extraction éthanolique de caroténoïdes ont été utilisés dans l'échelle pilote pour valider les résultats de laboratoire et produire un produit riche en caroténoïdes.

Les systèmes de cultures intercalaires (SCI), qui combinent des plantes agricoles et des rangées d' arbres largement espacées les unes des autres, offrent de multiples bénéfices économiques et environnementaux, dans la mesure où les interactions arbre-culture sont bien maîtrisées. L'adoption à grande échelle de ces systèmes au Québec est cependant loin d'être acquise. Cette thèse visait à valider le potentiel des SCI pour le Québec, en accordant une attention particulière à la productivité de la culture intercalaire et des arbres, aux facteurs environnementaux qui la conditionnent et aux façons de l' optimiser. Les effets de différents clones de peupliers hybrides (PH) sur le rendement du soya ont été analysés. Un faible rendement du soya a été observé à l' interface PH-soya en situation de forte densité d' arbres et de concurrence pour la lumière. La floraison et la formation des gousses se sont avérées plus sensibles à l'ombrage des arbres que le remplissage des grains. Suite à une éclaircie des PH, le rendement du soya était toutefois plus régulier dans l' allée. Les résultats suggèrent que la concurrence pour la lumière peut être maîtrisée en optant pour des clones de PH qui minimisent l'ombrage et en favorisant de larges espacements des arbres sur les rangées et entre elles. Différents indices de qualité du sol ont aussi été évalués, dans un SCI avec soya et dans une plantation d'arbres sans culture intercalaire. À certaines dates, la disponibilité de l' azote et la biomasse microbienne étaient supérieures dans le traitement avec soya. On y a aussi observé un plus fort accroissement de la biomasse aérienne des PH, lesquels ont été plus efficaces à utiliser l' azote minéralisé. La qualité du sol à la base des PH, sous le paillis en polyéthylène, était inférieure à celle observée dans l' allée, contrairement à ce qui a été observé dans d'autres études portant sur des SCI sans paillis. Enfin, les effets de la culture intercalaire sur la croissance et le statut nutritif de différents clones de PH ont été quantifiés dans différents SCI. Globalement, la croissance des PH dans le traitement de culture intercalaire était supérieure à celle observée dans le traitement sans culture intercalaire. Les différents clones ont répondu de façon similaire aux traitements. L' azote s' est avéré limitant pour la croissance des PH. Les résultats suggèrent que les PH ont bénéficié de la régie des cultures intercalaires. En plus de démontrer le potentiel des SCI pour intensifier la production de bois en milieu agricole, cette étude indique que les premiers stades de l'association arbre-culture peuvent offrir une grande efficacité au plan de l' utilisation des ressources biophysiques.

Vingt-quatre combinaisons de croisements ont été réalisées entre huit cultivars de rosier en vue d'obtenir des informations sur leur potentiel d'hybridation. Toutes les combinaisons ayant le rosier 'AC Marie-Victorin' comme parent mâle ont produit des cynorhodons. Ce cultivar possède un bon potentiel pour effectuer des tests de fertilité mâle ou femelle avec les cultivars dont le potentiel est inconnu. Trois combinaisons effectuées avec ce cultivar ont produit une quantité appréciable de nouveaux plants aux fleurs de couleurs rares (principalement le jaune), soit 'AC Marie-Victorin' x 'Midas Touch', 'Sunflare' x 'AC Marie-Victorin' et 'Yellow Simplicity' x 'AC Marie-Victorin'. Même si leurs descendants sont peu nombreux, les rosiers 'Morden Sunrise' et 'Melody Parfumée' doivent être retenus, le premier permettant d'obtenir des teintes rares et des dégradées de couleurs et le second, des teintes de mauve et des fleurs parfumées. En revanche, les descendants des combinaisons de croisements des rosiers 'Golden Shower' et 'Graham Thomas' n'ont suscité aucun intérêt. Aucun descendant à fleur rouge n'a été obtenu^ De plus, la composition pigmentaire des pétales de roses de six parents et d'un certain nombre de descendants a été étudiée à l'aide de la spectrophotométrie d'absorbance.