Tufted ducks were trained to dive to and from a respirometer box on a 1.7 m dive tank, so that measurements of respiratory gas exchange could be measured, along with time budget data. These data were combined with power cost estimates of diving to show that the optimal breathing model quantitatively predicted surface duration and the oxygen metabolised during foraging for the mean of all subject ducks but not for individual birds. Respirometry data also showed that both the oxygen and carbon dioxide stores were close to full adjustment after mean surface duration suggesting they have a similar influence on surface duration in tufted ducks, while pre-dive hyperventilation caused hypocapnia suggesting carbon dioxide is more often a limiting factor on dive duration. Oxygen uptake was not affected by hypercapnic exposure between dives and minimally affected by hypoxia, however dive time budgeting changed in both cases. This confirmed an influence of carbon dioxide on diving behaviour while estimates of respiratory exchange ratios above one during dives from hypoxia suggested the employment of anaerobic metabolic pathways in hypoxic conditions. Allometric studies investigating relationships between body mass and diving parameters across and within taxonomic groups of divers highlighted a number of limitations in our current knowledge of diving animals and also questioned some of the mass associated correlations that have been widely considered to exist across diving species.

La Corse abrite une grande diversité de zones humides soumises à des pressions et menaces d’origine anthropique qui n’ont cessé de croître et de se diversifier au cours de ces dernières décennies. La conservation de ces milieux à forte valeur patrimoniale et du peuplement d’odonates original qui s’y développe, représente aujourd’hui d’importants enjeux environnementaux et sociétaux afin de préserver les services écologiques essentiels rendus par ces éléments clefs des écosystèmes aquatiques et terrestres. Le projet de recherche appliquée développé dans le cadre de cette thèse s’est attaché à améliorer les connaissances disponibles sur les libellules de Corse, afin de proposer des mesures de conservation et de gestion concrètes en faveur de ce groupe et de ses principaux habitats naturels sur l’île. Dans cet objectif, la première partie de ces travaux s’est employée à combler les principales lacunes de connaissance identifiées par les études antérieures sur la situation des espèces, notamment en intensifiant l’effort de prospection consenti à l’échelle régionale. Les particularités, la répartition, les exigences et habitats écologiques de nombreuses libellules se développant en Corse ont pu être décrits avec précision. Les informations disponibles sur certains taxons à forte valeur patrimoniale ont particulièrement augmenté comme l’illustre la définition très complète de la situation éco-biogéographique de Chalcolestes parvidens. La deuxième partie de ces travaux s’est attachée à évaluer et comparer l’efficacité des principales méthodes d’échantillonnage couramment utilisées pour l’étude des populations d’odonates. Dans ce cadre, les nombreuses informations récoltées sur l’organisation spatiale et la dynamique des populations étudiées ont notamment été employées afin de proposer aux principaux gestionnaires d’espaces naturels de l’île (Conseils départementaux, PNRC, Communes…) des méthodes adaptées pour l’évaluation et le monitoring des espèces à fort enjeu de conservation, dont l’emblématique et menacé Lestes macrostigma.La troisième partie de ces travaux est consacrée au développement d’outils pour le suivi de la qualité des principaux habitats d’odonates. Elle a permis d’aboutir à l’élaboration d’un tout nouvel indice biologique adapté à l’évaluation de l’état écologique des rivières de Corse : « Odonata Community Index – Corsica » (OCIC). Cet outil innovant, basé sur l’étude du peuplement caractéristique des libellules des cours d’eau, s’est montré particulièrement performant lors de sa confrontation aux autres indices biologiques actuellement utilisés sur l’île. L’indice OCIC et le groupe des odonates apparaissent aujourd’hui clairement comme des solutions alternatives prometteuses, en vue d’améliorer l’efficacité du système d’évaluation de la qualité écologique des rivières de Corse, compte tenu des failles de représentativité mises en évidence par les expérimentations réalisées.La dernière partie de cette thèse, basée sur des évaluations patrimoniales et écologiques du peuplement insulaire d’odonates réalisées à l’aide des informations produites, se conclue par le développement de nouveaux dispositifs régionaux de conservation en lien avec les services de l’Etat : un Plan Régional d’Actions, une liste rouge d’espèces menacées ainsi qu’une liste actualisée d’espèces déterminantes pour les Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique. Ces dispositifs permettront d’améliorer l’état de conservation des libellules de Corse et des principales zones humides qui les abritent.Au final, ces travaux de thèse qui ont permis de plus de tripler les données disponibles jusqu’alors sur les libellules de Corse, fourniront un nouveau cadre de développement pour l’odonatologie insulaire. / Corsica is home to a great diversity of wetland subject to anthropogenic pressures and threats which have continued to grow and diversify in recent decades. The conservation of these environments with high heritage value and of the original Odonata community that develops in it, today represents significant environmental and societal challenges in order to preserve essential ecological services provided by these key elements of aquatic and terrestrial ecosystems. The applied research project developed as part of this thesis is focused on improving the knowledge available on the corsican dragonfly’s community, to propose concrete conservation and management measures for this group and its main insular natural habitats.In this objective, the first part of this work has sought to fill principal knowledge gaps identified by previous studies on the situation of listed species, including by greatly intensifying exploration effort at the regional level. The special features, distribution, habitat requirements and ecological of many dragonflies growing in Corsica have been described with great precision. The information available on some taxa with high heritage value increased as illustrated by the comprehensive definition of eco-bio-geographical situation of Chalcolestes parvidens.The second part of this work has sought to evaluate and compare the effectiveness of the main sampling methods commonly used for the study of dragonfly’s populations. In this context, the informations collected on the spatial organization and dynamics of the populations studied were especially used to propose appropriate methods for evaluation and monitoring the species to high conservation issue to main managers of natural areas of the island (County Councils, PNRC, municipalities ...), including the emblematic and threatened Lestes macrostigma.The third part of this work is devoted to the development of tools for monitoring the quality of the main Odonata habitats. It lead to the development of a new biological index adapted to assess the ecological status of corsican rivers: "Odonata Community Index - Corsica '(OCIC). This innovative tool, based on the study of characteristics of Odonata community of watercourses, was particularly effective during its confrontation with other biological indicators currently used on the island. The OCIC index today appear clearly as an alternative solution to improve the efficiency of the ecological quality assessment system of the Corsican rivers, given the representativeness vulnerabilities which have been highlighted by the tests performed.The final part of this thesis, based on heritage and environmental assessments of the insular dragonfly’s community made with all the information produced, ended with the development and the proposal of several regional conservation devices whose implementation is encouraged by the state services: a first regional actions plan, a first red list of threatened species and an updated list of species determinative for natural areas of ecological, flora and fauna interest. These important features are intended to contribute to improve the overall state of conservation of Corsican dragonflies and main wetlands that support them. They should enable the implementation of truly operational management actions and ensure better consideration of the main regional conservation and valuation issues identified.In the end, the thesis work that increased more than triple the previously available data on dragonflies of Corsica, will provide a new framework to developpe the isular odonatology.

Le denté commun, plus couramment appelé denti, Dentex dentex (Linnaeus, 1758), est un poisson marin côtier (0-200m) emblématique et patrimonial en Méditerranée. Il représente un intérêt économique important pour la pêche artisanale et récréative, en Corse en particulier. En tant que prédateur supérieur, il occupe une position clé au sommet de la pyramide trophique. Il dispose un statut de conservation en étant classé comme « Vulnérable » par l’UICN. Malgré son importance écologique et économique, les données disponibles sur cette espèce sont encore limitées. L’objectif de cette thèse vise à améliorer l’état des connaissances sur l’exploitation, la biologie et la structure de population du denti en Corse. En premier lieu, un travail de synthèse bibliographique a été effectué, qui compile toutes les informations parcellaires existantes sur la biologie, l’exploitation, et la structure de population du denti sur l’ensemble de son aire de répartition. De manière générale, il existe un manque d’information, mais à travers les axes développés, ce manuscrit fourni une vision claire de l’état des connaissances actuelles sur le denti et des lacunes qu’il reste à combler. Deuxièmement, une étude a été menée pour déterminer quels facteurs pouvaient influencer les variations spatio-temporelles des captures (CPUE) du denti par la pêche artisanale et décrire la structure démographique de la population exploitée à l’échelle de la Corse. Les CPUE ont varié dans l’espace (profondeur) et dans le temps (mois), mais ont montré une stabilité annuelle. Les résultats ont montré un pic d’exploitation (des individus grands/âgés) au mois de mai pendant la période de reproduction. Cette étude a fourni également les premières cartes à fine échelle de l’exploitation au niveau spatial du denti, avec l’identification de «hot spots», qui représentent probablement des habitats essentiels dans l’histoire de vie de cette espèce. Troisièmement, une étude a comparé l’exploitation du denti par la pêche artisanale et récréative au sein de la Réserve Naturelle des Bouches de Bonifacio. Le denti est ciblé par une grande variété d’engins, ce sont la palangre (pêche artisanale) et la traine (pêche récréative) qui présentent les taux d’exploitation les plus élevés. Au niveau spatial, les captures étaient quantitativement maximales dans les zones de protection renforcée. Les résultats indiquent que la pêche récréative contribue significativement à la mortalité par la pêche de cette espèce dans la zone d’étude (3.4 t/an soit 37 % de l’ensemble des captures). Ensuite, une comparaison de trois différentes méthodes d’estimation d’âge (écailles, otolithes entiers et sectionnés) a été effectuée pour évaluer quelle structure etait la plus fiable et précise et définir les paramètres de croissance du denti en Corse. A partir des résultats obtenus, la lecture sur écaille apparait comme fiable jusqu’à cinq ans, la lecture sur otolithe entier jusqu'à 12 ans et sur otolithe sectionné peut être employée sur toutes les tranches d'âges (âge record de 36 ans). Le taux de croissance dans l’étude est relativement élevé et semble assez rapide par rapport aux études antérieures en Méditerranée. Pour finir, le dernier chapitre avait pour but d'identifier la structure du stock de denti autour de la Corse, par une approche holistique, avec une combinaison de marqueurs : les microsatellites, l'analyse de la forme des otolithes et les communautés de parasites. L’étude a mis en lumière une structuration spatiale complexe de la population, donnant de nouvelles perspectives pour la conservation des stocks de denti en Corse. Cette thèse fourni de nouvelles connaissances sur l’exploitation, la biologie et la structure de population du denti en Corse et préconise des mesures de protection pour promouvoir une gestion durable de cette importante ressource halieutique en Corse. / The common dentex, Dentex dentex (Linnaeus, 1758), is an iconic marine coastal bony fish in the Mediterranean Sea. The common dentex, due to its large size, flesh quality, and high commercial value, is targeted by both artisanal and recreational fishing, especially in Corsica. As a top predator, it is a potential indicator species for the structure and functioning of the coastal ecosystems on which it depends. D. dentex is classified by the IUCN as «Vulnerable». Despite its economic and ecological importance, scientific data on this species in its natural environment are still very scant.The aim of this thesis is to improve the state of knowledge on fisheries, biology and population structure of D. dentex in Corsica. First, a review evaluates the current literature on D. dentex biology, ecology, stock structure, fisheries on its global geographical range. In general, there is a lack of information, but across the developed axes, this manuscript provided a clear view of the current state of knowledge on D. dentex and suggests future research directions to fill important gaps. Secondly, a study was conducted to determine which factors could influence the spatial and temporal variations in catches (CPUE) by artisanal fisheries and describe the demographic structure of the population exploited in Corsica. The CPUE varies over spatial (depth) and temporal scales (month), but show annual stability. The results exhibits a peak of exploitation during May (large/old specimens), probably related to reproductive strategies,. This study generated the first fine scale maps showing the spatial exploitation of common dentex and the identification of exploited fishing grounds clearly indicates the existence of ‘hot spots’, which probably represent essential habitats, of the life history of this species. Third, a study compared the exploitation of common dentex by artisanal and recreational fishing in the Bonifacio Strait Natural Reserve. It is targeted by a wide variety of gears; longline (artisanal fishing) and trolling (recreational fishing) have the highest rate of exploitation. Spatially, catches were quantitatively maximal in partially protected areas. The results suggest also that recreational fishing contributes significantly to total fishing mortality of the common dentex in the study area (3.4 t/year or 37 % of the total catch). Then, a comparison of three methods of age estimation (scales, whole and sectioned otoliths) was performed to evaluate which structure was the most reliable and accurate and define the growth parameters in Corsica. The scales appear suitable for estimating age between 0 and 5 years old, whole otoliths can be used up to 12 years and sectioned otoliths are the most accurate and reliable structure for all age ranges (age record of 36 years). The growth rate of the Corsican common dentex seems very high and quite fast compared to previous studies in the Mediterranean Sea. Finally, the aim of the last chapter was to identify the stock structure of the common dentex around Corsica Island, using a combination of markers that have different spatial and temporal scales of integration: microsatellite DNA markers, otolith shape analysis and parasites communities. A complex population structure around Corsican coasts has been reported, providing a new perspective on common dentex fishery stock conservation and management strategies.This thesis make a significant contribution to the knowledge of several aspects of the fisheries, biology and population structure of common dentex around Corsica Island and recommends protection measures to promote sustainable management of this important halieutic resource in Corsica.