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Muitas espécies de Leishmania são responsáveis por sérias doenças cutâneas e viscerais, que exibem alta incidência em regiões tropicais e subtropicais. Os medicamentos disponíveis são potencialmente carcinogênicos, requerem múltiplas administrações e a hospitalização do paciente. Um programa efetivo de desenvolvimento de novos fármacos requer a validação genética e bioquímica dos alvos. Neste contexto, uma das diferenças metabólicas mais marcantes entre os protozoários parasitas e o hospedeiro mamífero encontra-se na cadeia de síntese de purino-nucleotídeos. A enzima adenilosuccinato liase (ADSL), no hospedeiro mamífero, atua em duas etapas no metabolismo de purino-nucleotídeos: uma na via de síntese de novo e outra na via de recuperação. Esta característica particular da ADSL nos motivou a investigar como esta enzima poderia nos fornecer evidências sobre a evolução desta via metabólica em Kinetoplastida. Assim, os objetivos do presente trabalho foram validar a ADSL como potencial alvo terapêutico, através da técnica de RNA de interferência (RNAi), usando Trypanosoma brucei como modelo, bem como, caracterizar molecularmente o gene adsl-Lm e caracterizar bioquímica e estruturalmente a enzima recombinante de Leishmania major Friedlin (ADSL-Lm). Os resultados de RNAi demonstraram que a ADSL pode ser considerada um potencial alvo, uma vez que ela se apresentou essencial a viabilidade do parasita. Em relação à caracterização molecular do gene adsl-Lm suas regiões não traduzidas 5\'UTR e 3\'UTR foram definidas por RT-PCR, indicando que o RNA mensageiro maduro possui 2060 nucleotídeos. Análises com enzimas de restrição e eletroforese em campo pulsado (PFGE), seguidas de \"Southern blot\" revelaram que adsl-Lm trata-se de um gene de cópia simples e está localizado no cromossomo 4 deste parasita. O gene adsl-Lm foi clonado em um vetor de expressão e um protocolo de purificação da enzima recombinante foi estabelecido. A forma tetramérica da ADSL-Lm foi confirmada por eletroforese em gel nativo e por espalhamento dinâmico de luz (DLS). ADSL-Lm apresentou um pI experimental de 6,07 e exibiu atividade máxima no pH 8,5. Os parâmetros cinéticos de Km, Vmax , Kcat e eficiência catalítica (Kcat/Vm) foram determinados para o substrato adenilosuccinato. Experimentos de complementação funcional evidenciaram que ADSL-Lm foi capaz de complementar de maneira eficiente o genoma deficiente em ADSL da linhagem de E. coli JK268 (mutação purB58). Entretanto, esta complementação deve ocorrer na via de recuperação, uma vez que ensaios enzimáticos com o SAICAR (substrato da via de novo) mostraram que a enzima não retém atividade sobre este composto. Estes resultados indicam que provavelmente os tripanosomatídeos não representam um caso de perda da via de síntese de novo. Adicionalmente, ADSL-Lm foi cristalizada no grupo espacial tetragonal I4122, com parâmetros de cela unitária a= b= 130,023 \'angstron\', c= 316,826 \'angstron\', = = =90°. A estrutura cristalográfica da ADSL-Lm foi resolvida por SIRAS (substituição isomórfica simples com dispersão anômala) usando um cristal nativo (2.2 \'angstron\') e um derivado de Gadolínio. O monômero é composto por três domínios em um enovelamento típico das enzimas da superfamília de -eliminação e é constituído quase exclusivamente por hélices- . Para o sitio ativo, três subunidades são requeridas e os resíduos envolvidos são His 153 (ácido geral), His 231 (base geral), Gln 308, Asn 364 and Glu 369. Entretanto, sem um ligante (substrato ou inibidor) no sítio ativo torna-se difícil estudar detalhadamente as interações entre a enzima e seus dois substratos. Desta forma, experimentos de co-cristalização e modelagem molecular podem auxiliar nesta questão. / Many species of Leishmania are responsible for serious visceral or skin diseases that exhibit high incidence in tropical and subtropical regions. The drugs currently employed in the treatment of parasitic diseases are potentially carcinogenic, often require prolonged treatment and patient hospitalization. An effective program of drug design requires the validation of the potential target. In this context, one of the most striking metabolic discrepancies between Trypanosomatidae and their human hosts is the purine nucleotide biosynthesis pathway. Adenylosuccinate lyase (ADSL) is a bifunctional enzyme that catalyses two non-sequential steps in this cycle (one in the de novo purine pathway and another in the salvage pathway). This particular ADSL feature motivated us to investigate if ADSL could give us information about purine biosynthesis evolution in Kinetoplastida. Hence, the present work is aimed to validate ADSL as a potential target using the RNAi (RNAi) technique, as well as to characterize the adsl gene and the recombinant enzyme from Leishmania major Friedlin (ADSL-Lm). The RNAi results proved that ADSL can be considered a potential target, because it is shown to be essential for parasite viability. Regarding the molecular characterization of the adsl-Lm gene, the mature mRNA transcript containing 2060 nucleotides was defined by 5\' and 3\'RT-PCR. Restriction analysis and Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE) followed by Southern Blot hybridizations showed that adsl-Lm is a single copy gene and is located in chromosome 4 of this parasite. The adsl-Lm gene was cloned into an expression vector and a purification protocol of the recombinant enzyme was established. The tetrameric form of the recombinant ADSL-Lm enzyme was confirmed by native gel electrophoresis and Dynamic Light Scattering. ADSL-Lm has an experimental pI of 6.07 and exhibited maximum enzymatic activity at pH 8.5. The kinetic parameters of Km, Vmax , Kcat and kinetic efficiency (Kcat/Vm) were obtained for adenylosuccinate substrate. Functional complementation experiments showed that the adsl-Lm gene can effectively complement the E. coli JK268 purB58 mutation. However, this complementation must be in the salvage pathway, because enzymatic assays were performed using SAICAR (de novo pathway substrate) and ADSL-Lm did not convert this compound into product. This result indicates that probably Trypanosomatidae is not an example of de novo purine nucleotide cycle lost. In addition, ADSL-Lm was crystallized in the tetragonal I4122 space group, with unit cell parameters a= b= 130,023 \'angstron\', c= 316,826 \'angstron\', = = =90° and diffracted beyond 2.2\'angstron\'. ADSL-Lm crystal structure has been determined by SIRAS (Single Isomorphous Replacement with Anomalous Dispersion), using both native and Gadolinium derivative crystals. The ADSL-Lm monomer is composed of three domains arranged in the elongated manner typical of enzymes in the p-elimination superfamily, and is constituted almost exclusively by helices. Three subunits are necessary to form the active site cleft and the residues His 153, His 231 (general bases), Gln 308, Asn 364 and Glu 369 are involved. Without a bound inhibitor or substrate, the specific contacts made by the enzyme to its two substrates cannot be analyzed in detail. Hence, co-crystallization and docking can help in this question.

Muitas espécies de Leishmania são responsáveis por sérias doenças cutâneas e viscerais, que exibem alta incidência em regiões tropicais e subtropicais. Os medicamentos disponíveis são potencialmente carcinogênicos, requerem múltiplas administrações e a hospitalização do paciente. Um programa efetivo de desenvolvimento de novos fármacos requer a validação genética e bioquímica dos alvos. Neste contexto, uma das diferenças metabólicas mais marcantes entre os protozoários parasitas e o hospedeiro mamífero encontra-se na cadeia de síntese de purino-nucleotídeos. A enzima adenilosuccinato liase (ADSL), no hospedeiro mamífero, atua em duas etapas no metabolismo de purino-nucleotídeos: uma na via de síntese de novo e outra na via de recuperação. Esta característica particular da ADSL nos motivou a investigar como esta enzima poderia nos fornecer evidências sobre a evolução desta via metabólica em Kinetoplastida. Assim, os objetivos do presente trabalho foram validar a ADSL como potencial alvo terapêutico, através da técnica de RNA de interferência (RNAi), usando Trypanosoma brucei como modelo, bem como, caracterizar molecularmente o gene adsl-Lm e caracterizar bioquímica e estruturalmente a enzima recombinante de Leishmania major Friedlin (ADSL-Lm). Os resultados de RNAi demonstraram que a ADSL pode ser considerada um potencial alvo, uma vez que ela se apresentou essencial a viabilidade do parasita. Em relação à caracterização molecular do gene adsl-Lm suas regiões não traduzidas 5\'UTR e 3\'UTR foram definidas por RT-PCR, indicando que o RNA mensageiro maduro possui 2060 nucleotídeos. Análises com enzimas de restrição e eletroforese em campo pulsado (PFGE), seguidas de \"Southern blot\" revelaram que adsl-Lm trata-se de um gene de cópia simples e está localizado no cromossomo 4 deste parasita. O gene adsl-Lm foi clonado em um vetor de expressão e um protocolo de purificação da enzima recombinante foi estabelecido. A forma tetramérica da ADSL-Lm foi confirmada por eletroforese em gel nativo e por espalhamento dinâmico de luz (DLS). ADSL-Lm apresentou um pI experimental de 6,07 e exibiu atividade máxima no pH 8,5. Os parâmetros cinéticos de Km, Vmax , Kcat e eficiência catalítica (Kcat/Vm) foram determinados para o substrato adenilosuccinato. Experimentos de complementação funcional evidenciaram que ADSL-Lm foi capaz de complementar de maneira eficiente o genoma deficiente em ADSL da linhagem de E. coli JK268 (mutação purB58). Entretanto, esta complementação deve ocorrer na via de recuperação, uma vez que ensaios enzimáticos com o SAICAR (substrato da via de novo) mostraram que a enzima não retém atividade sobre este composto. Estes resultados indicam que provavelmente os tripanosomatídeos não representam um caso de perda da via de síntese de novo. Adicionalmente, ADSL-Lm foi cristalizada no grupo espacial tetragonal I4122, com parâmetros de cela unitária a= b= 130,023 \'angstron\', c= 316,826 \'angstron\', = = =90°. A estrutura cristalográfica da ADSL-Lm foi resolvida por SIRAS (substituição isomórfica simples com dispersão anômala) usando um cristal nativo (2.2 \'angstron\') e um derivado de Gadolínio. O monômero é composto por três domínios em um enovelamento típico das enzimas da superfamília de -eliminação e é constituído quase exclusivamente por hélices- . Para o sitio ativo, três subunidades são requeridas e os resíduos envolvidos são His 153 (ácido geral), His 231 (base geral), Gln 308, Asn 364 and Glu 369. Entretanto, sem um ligante (substrato ou inibidor) no sítio ativo torna-se difícil estudar detalhadamente as interações entre a enzima e seus dois substratos. Desta forma, experimentos de co-cristalização e modelagem molecular podem auxiliar nesta questão. / Many species of Leishmania are responsible for serious visceral or skin diseases that exhibit high incidence in tropical and subtropical regions. The drugs currently employed in the treatment of parasitic diseases are potentially carcinogenic, often require prolonged treatment and patient hospitalization. An effective program of drug design requires the validation of the potential target. In this context, one of the most striking metabolic discrepancies between Trypanosomatidae and their human hosts is the purine nucleotide biosynthesis pathway. Adenylosuccinate lyase (ADSL) is a bifunctional enzyme that catalyses two non-sequential steps in this cycle (one in the de novo purine pathway and another in the salvage pathway). This particular ADSL feature motivated us to investigate if ADSL could give us information about purine biosynthesis evolution in Kinetoplastida. Hence, the present work is aimed to validate ADSL as a potential target using the RNAi (RNAi) technique, as well as to characterize the adsl gene and the recombinant enzyme from Leishmania major Friedlin (ADSL-Lm). The RNAi results proved that ADSL can be considered a potential target, because it is shown to be essential for parasite viability. Regarding the molecular characterization of the adsl-Lm gene, the mature mRNA transcript containing 2060 nucleotides was defined by 5\' and 3\'RT-PCR. Restriction analysis and Pulse Field Gel Electrophoresis (PFGE) followed by Southern Blot hybridizations showed that adsl-Lm is a single copy gene and is located in chromosome 4 of this parasite. The adsl-Lm gene was cloned into an expression vector and a purification protocol of the recombinant enzyme was established. The tetrameric form of the recombinant ADSL-Lm enzyme was confirmed by native gel electrophoresis and Dynamic Light Scattering. ADSL-Lm has an experimental pI of 6.07 and exhibited maximum enzymatic activity at pH 8.5. The kinetic parameters of Km, Vmax , Kcat and kinetic efficiency (Kcat/Vm) were obtained for adenylosuccinate substrate. Functional complementation experiments showed that the adsl-Lm gene can effectively complement the E. coli JK268 purB58 mutation. However, this complementation must be in the salvage pathway, because enzymatic assays were performed using SAICAR (de novo pathway substrate) and ADSL-Lm did not convert this compound into product. This result indicates that probably Trypanosomatidae is not an example of de novo purine nucleotide cycle lost. In addition, ADSL-Lm was crystallized in the tetragonal I4122 space group, with unit cell parameters a= b= 130,023 \'angstron\', c= 316,826 \'angstron\', = = =90° and diffracted beyond 2.2\'angstron\'. ADSL-Lm crystal structure has been determined by SIRAS (Single Isomorphous Replacement with Anomalous Dispersion), using both native and Gadolinium derivative crystals. The ADSL-Lm monomer is composed of three domains arranged in the elongated manner typical of enzymes in the p-elimination superfamily, and is constituted almost exclusively by helices. Three subunits are necessary to form the active site cleft and the residues His 153, His 231 (general bases), Gln 308, Asn 364 and Glu 369 are involved. Without a bound inhibitor or substrate, the specific contacts made by the enzyme to its two substrates cannot be analyzed in detail. Hence, co-crystallization and docking can help in this question.

Ingeniero Civil Eléctrico / El objetivo general de este trabajo es la simulación de un nodo de acceso DSLAM para realizar proyecciones de tráfico para diferentes aplicaciones. Esta problemática surge por parte de la empresa Movistar Chile S.A. que tiene la necesidad de realizar estudios para evaluar sus sistemas de banda ancha fija y como se enfrentan éstos a diversos servicios como lo son IPTV y VoIP. Por esto se requiere de una herramienta capaz de generar tráfico similar al que hay en Internet y con la flexibilidad suficiente para representar estos sistemas y servicios, además de requerimientos como la cuantificación de los clientes que superen un retardo mínimo o el poder generar tráfico temporalmente distribuido siguiendo alguna distribución estadística. También se agregan características como configuración de retardos, tamaños de las colas en la red, división de clientes en grupos para asignarles factores de multiplicación de tráfico y/o velocidad, etc., de forma tal de tener más parámetros posibles de configurar en la red. Por otro lado para hacer más sencilla la utilización del código resultante del trabajo se genera una interfaz gráfica que permite configurar la simulación. El proceso de desarrollo consiste en modelar la red y cada parte que la integra, definiendo las nuevas funcionalidades, los parámetros configurables y mediciones que se esperan simular. Luego se pasa a la etapa de implementación de los modelos en el simulador OMNeT++, el cual utiliza el lenguaje C++ y el lenguaje NED para la descripción de las redes. Para esta etapa se utilizan las librerías Inet y ReaSE donde la primera contiene los protocolos base utilizados en Internet y la segunda contiene utilidades para el manejo de los flujos de tráfico. Los modelos de red se rehacen para poder satisfacer las necesidades requeridas por Movistar o por parte del código cuando necesita la creación de nuevos módulos de red. Simultáneamente se trabaja en la construcción de la interfaz gráfica la cual debe ser compatible con todos los cambios de la red y con todos los parámetros configurables pudiendo generar los archivos necesarios para ejecutar las simulaciones. Finalmente se logra un modelo estable de la red, que permite configurar todas las funcionalidades y parámetros que se plantearon como requisitos del simulador y además se crea una interfaz gráfica que permite crear nuevas simulaciones de manera sencilla y rápida, además de una máquina virtual con todos los programas necesarios ya instalados. Los datos proyectados de tráfico son útiles para generar valiosos análisis como se observa en la sección de resultados y son coherentes con los tráficos reales de verificación.

Nowadays the technologies of communication are widely developing due to the huge requirements in the world, such as asymmetric digital subscriber line (ADSL), wireless fidelity (Wi-Fi), and high definition television (HDTV). We are seeking for high performance and quality communication schemes. The scheme of orthogonal frequency division multiplexing (OFDM) catches everyone's eyes due to the advantages of the OFDM. Not only high bit rate in the long haul transmission but also reconfigurable network is the charming contention, and the penalties are reduced by the cyclic prefix which can reduce the inter-symbol interference (ISI). In this thesis, I will introduce the demand for optical fiber communications, then, interpret the motivation and the organizations in a nutshell. Next, the theoretical studies will be discussed, including mathematical formulations and basic theories of one tap equalizer, a cyclic prefix, a training symbol synchronization, and a discrete multitone (DMT) modulation. In addition, the experimental setups are successfully constructed and used for verifying the impact of one tap equalizer and the training symbol synchronization. Also, the performance of the systems are measured. Finally, the thesis is concluded.

<p>Operators and Internet service providers invest in broadband to be able to deliver new services that require higher data transmission rate. A way to make this possible is to use ADSL, Asymmetric Digital Subscriber Line, as the access technology. To be able to handle this technology, the service providers should do a pre-qualification. Methods and tools are needed to analyze the local copper lines and decide if these qualify for ADSL with respect to service availability and possible bandwidth through the lines. This report brings up some methods for pre-qualification of ADSL, the important quality parameters and how to gather them from the available services today. Further is the usage of quality parameters discussed for future demands on pre-qualification methods and tools.</p>

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. / Made available in DSpace on 2012-10-22T06:06:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 228600.pdf: 905207 bytes, checksum: 1336e2892106335bcbab7b7eac1bfe4d (MD5) / O objetivo deste trabalho é apresentar uma proposta de melhoria a problemas de desempenho do TCP, que ocorrem devido aos efeitos da assimetria. Estes problemas acontecem em redes de acesso assimétricas, causando degradação no desempenho final do TCP, os quais ocorrem devido as imperfeições e variações no retorno dos pacotes de confirmação, Acknowlegement, enviados pela estação cliente em resposta aos pacotes de dados recebidos da estação servidora. Este trabalho detalha algumas soluções a este problema, os quais usam técnicas locais de camada de rede. Como resultado de nossa pesquisa apresentamos uma proposta baseada no aperfeiçoamento e combinação de algumas destas técnicas, e cujos resultados obtidos analisamos através de simulação de modelos.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2007. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-12-21T12:51:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Sandro Monteiro_definitiva.pdf: 1446262 bytes, checksum: 039fe88051938836de13664ad2e5d658 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2009-12-21T22:32:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao Sandro Monteiro_definitiva.pdf: 1446262 bytes, checksum: 039fe88051938836de13664ad2e5d658 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-21T22:32:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Sandro Monteiro_definitiva.pdf: 1446262 bytes, checksum: 039fe88051938836de13664ad2e5d658 (MD5) Previous issue date: 2007-09-21 / A tecnologia das linhas digitais de assinantes – DSL (Digital Subscriber Line) tem sido uma boa solução para atender a demanda de serviços de dados, permitindo a transmissão em altas taxas sobre a mesma rede de acesso utilizada pelo sistema de telefonia convencional, que opera em freqüências abaixo de 4 kHz. Mas os sinais DSL trabalham com freqüências superiores e sua transmissão sobre os pares de cobre sofre altas perdas e provoca fortes induções nos demais pares do cabo, reduzindo a taxa de bits transmitidos e impondo limites sobre o comprimento da rede. Dessa forma, é importante que as operadoras de telecomunicações conheçam esses limites para utilizar ao máximo a rede para os serviços DSL, garantindo os níveis de qualidade do serviço. Este trabalho propõe um modelo para avaliar a capacidade da rede de pares metálicos para os serviços que utilizam o sistema ADSL (Asymmetric Digital Subscriber Line), sendo esse o tipo de DSL mais popular por oferecer acesso à internet e sinais de TV para clientes residenciais a baixo custo. A avaliação é feita em cima da taxa máxima transmitida pelo ADSL no sentido estação-cliente, considerando as perdas no canal, o ruído térmico, as interferências provocadas pelo tráfego de sinais ADSL e HDSL nos outros pares do cabo, e algumas topologias características da rede de cabos de cobre. Os parâmetros do modelo são obtidos a partir de medidas executadas sobre os principais tipos de cabos. Algumas simulações são feitas com o modelo para analisar a capacidade da rede para os serviços ADSL, e seus resultados são comparados com medidas da taxa de transmissão realizadas na rede real. Os resultados mostram o modelo como uma boa ferramenta para a estimativa inicial da máxima taxa de transmissão de bits dos serviços ADSL, estabelecendo o comprimento máximo da rede para cada serviço considerando a taxa requerida. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The digital subscriber lines - DSL technology has been a good solution to support the service data demand, by transmitting data in high bit rate through the same access network used for POTS (Plain Old Telephone System). This network is formed with pairs of copper cables which were originally installed for voice signal’s traffic and works with low frequencies (below 4 kHz). However DSL signals work with frequencies above 4 kHz and the traffic over copper pair has high losses and originates hard induction on other cable pairs. These effects can reduce the bit rate imposing hard limits to the network length. So, it is important that telecommunication operators know about these limits to use the maximum of the network for DSL services to guarantee the quality of the services. The presented work proposes a model for evaluating the copper pair network capacity for service over ADSL system, since this is the most popular type of DSL, which offers internet access and TV signals for residential customers with low cost. The evaluation is made over the maximum downstream bit rate that ADSL system can pass through copper pairs considering the losses in the channel, thermal noise, interferences from traffic of ADSL and HDSL signals on others pairs, and some topological characteristics of the copper cables network. The model parameters are taken from real measures on the principal types of the cables. Some simulations are made with the presented model to analyze the network capacity for ADSL services. Its simulations are compared with real measures of the bit rate transmission on the network, and the results show the model as a good tool for initial estimate of the maximum bit rate ADSL services, establishing the network length for each service from required bit rate.

Operators and Internet service providers invest in broadband to be able to deliver new services that require higher data transmission rate. A way to make this possible is to use ADSL, Asymmetric Digital Subscriber Line, as the access technology. To be able to handle this technology, the service providers should do a pre-qualification. Methods and tools are needed to analyze the local copper lines and decide if these qualify for ADSL with respect to service availability and possible bandwidth through the lines. This report brings up some methods for pre-qualification of ADSL, the important quality parameters and how to gather them from the available services today. Further is the usage of quality parameters discussed for future demands on pre-qualification methods and tools.

The aim of this thesis is to choose two products of the telecommunication company Telefónica O2 Czech Republic, a.s. - internet ADSL/IPTV, through the sales analysis describe their development,competition, trends on the market etc. and in the end evaluate if it's efficient for the company to continue providing these services or not, choose a the best suitable strategy and simulate probable sales and revenues in 2009, 2010 and 2011. For this running average method will be used.