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Predição de ganhos genéticos via REML/BLUP em progênies s2 de mamoeiro / Prediction of genetic gains via REML/BLUP in progenies s2 of papaya

Silva, Tamiris Pereira da January 2015 (has links)
SILVA, Tamiris Pereira da. Predição de ganhos genéticos via REML/BLUP em progênies s2 de mamoeiro. 2015. 55 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Agronomia / Fitotecnia, Fortaleza, 2015 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-18T13:36:39Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_tpsilva.pdf: 2166972 bytes, checksum: 0de92041ba6608b1e1d6c3eec9dfedde (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-18T13:37:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_tpsilva.pdf: 2166972 bytes, checksum: 0de92041ba6608b1e1d6c3eec9dfedde (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-18T13:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_tpsilva.pdf: 2166972 bytes, checksum: 0de92041ba6608b1e1d6c3eec9dfedde (MD5) Previous issue date: 2015 / The reduced number of registered papaya cultivars has made breeders to access the genetic variability of the species in order to gather in one genotype the maximum phenotypes required by producers and consumers. Among the commercial hybrids,Tainung 1 and Calimosa are the most used, which the first has its seeds imported from Taiwan to high costs. In order to increase the accuracy and to obtain selective genetic gain, more efficient selection methodologies have been explored. For this reason, the adoption of more refined genetic statistical procedures is a trend in plant breeding, such as the REML / BLUP methodology. Based on the above, the aims of the present study are: (i) estimate the main genetic parameters in papaya progenies, (ii) predict genetic gain with selection of the best progenies and (iii) the selection of the best individuals within the progenies. The experiment was conducted at the Experimental Field of Curu, which belongs to Embrapa Agroindústria Tropical in the municipality of Paraipaba. The genetic material consisted of 36 S2 progenies and two witnesses, 17 derived from hybrid Calimosa and 19 Tainung1, all evaluated in a randomized block design with four replicates. The analyzed characters were height of first flower, fruit and plant at 6, 12 and 18 months; stem diameter at 6, 12 and 18 months; number of days after planting to emergence of first flower and fruit; number, mass and average mass of marketable fruits and number and mass of carpelloid, pentandric and bananiformes fruits. For data analysis, the methodology via linear mixed models REML / BLUP (Restricted Maximum Likehood / Best Linear Unbiased Prediction) was used, by which genetic parameters were estimated and the prediction of breeding values was made. The magnitudes of the genetic parameters indicated that the variability present in most of the characters enables genetic gain if the selection is practiced at the progenies level and not at individual plants, since the greater heritability and accuracies values are relative to the average of the progenies. For the selection of progenies, PROC-323, PROC-130, PROT-13 and PROC-217 were the most promising, bearing greater genetic gains among most of the analyzed characters. Regarding the selection among and within progenies, individuals 1421 and 1422 are the most potential for continuity of selection. Finally, the increase of the character expression was higher in number of marketable fruits and the reduction of expression was higher for pentandric number of fruits. / O reduzido número de cultivares de mamoeiro registrados, tem feito com que melhoristas acessem a variabilidade genética da espécie, a fim de reunir em um só genótipo o máximo de fenótipos exigidos pelos produtores e consumidores. Dentre os híbridos comerciais, Tainung nº 1 e Calimosa são os mais empregados, onde este primeiro tem suas sementes importadas de Taiwan a altos custos. Tem-se então buscado metodologias mais eficientes de seleção, a fim de aumentar a acurácia seletiva e obter maiores ganhos genéticos. Em razão disto, a adoção de procedimentos genético-estatísticos mais refinados é uma tendência no melhoramento genético de plantas, como a metodologia REML/BLUP. Com base no exposto, objetivou-se com o presente estudo: (i) estimar os principais parâmetros genéticos em progênies de mamoeiro, (ii) predizer os ganhos genéticos com a seleção das melhores progênies e (iii) com a seleção dos melhores indivíduos dentro de progênies. O experimento foi conduzido no Campo Experimental do Curu, pertencente à Embrapa Agroindústria Tropical no município de Paraipaba. O material genético foi constituído de progênies 36 progênies S2 e duas testemunhas, sendo 17 derivadas do híbrido Calimosa e 19 do Tainung nº1, avaliadas no delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições. Os caracteres avaliados foram altura de primeira flor, fruto e planta aos 6, 12 e 18 meses; diâmetro de caule aos 6, 12 e 18 meses; quantidade de dias após plantios para surgimento da primeira flor e fruto; número, massa e massa média de frutos comerciais e número e massa de frutos carpelóides, pentândricos e bananifornmes. Para análises dos dados, a metodologia utilizada foi via modelos lineares mistos REML/BLUP (Restricted Maximum Likehood/ Best Linear Unbiased Prediction), onde foram estimados os parâmetros genéticos e feita a predição dos valores genéticos. As magnitudes dos parâmetros genéticos estimados indicaram que a variabilidade presente para a maioria dos caracteres, possibilita maiores ganhos genéticos se a seleção for praticada a nível de progênies e não por plantas individuais, já que os maiores valores de herdabilidades e acurácias são relativos a média de progênies. Para a seleção entre progênies, PROC-323, PROC-130, PROT-13 e PROC-217, foram as mais promissoras, comportando-se com ganhos genéticos superiores entre maior parte dos caracteres envolvidos. Na seleção entre e dentro de progênies, os indivíduos 1421 e 1422 são os mais potenciais para continuidade da seleção. O aumento da expressividade de caráter foi superior para número de frutos comerciais e a redução da expressividade foi superior para número de frutos pentândricos.
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Prediction of genetic gains via REML/BLUP in progenies s2 of papaya / PrediÃÃo de ganhos genÃticos via REML/BLUP em progÃnies s2 de mamoeiro

Tamiris Pereira da Silva 14 July 2015 (has links)
FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / The reduced number of registered papaya cultivars has made breeders to access the genetic variability of the species in order to gather in one genotype the maximum phenotypes required by producers and consumers. Among the commercial hybrids,Tainung 1 and Calimosa are the most used, which the first has its seeds imported from Taiwan to high costs. In order to increase the accuracy and to obtain selective genetic gain, more efficient selection methodologies have been explored. For this reason, the adoption of more refined genetic statistical procedures is a trend in plant breeding, such as the REML / BLUP methodology. Based on the above, the aims of the present study are: (i) estimate the main genetic parameters in papaya progenies, (ii) predict genetic gain with selection of the best progenies and (iii) the selection of the best individuals within the progenies. The experiment was conducted at the Experimental Field of Curu, which belongs to Embrapa AgroindÃstria Tropical in the municipality of Paraipaba. The genetic material consisted of 36 S2 progenies and two witnesses, 17 derived from hybrid Calimosa and 19 Tainung1, all evaluated in a randomized block design with four replicates. The analyzed characters were height of first flower, fruit and plant at 6, 12 and 18 months; stem diameter at 6, 12 and 18 months; number of days after planting to emergence of first flower and fruit; number, mass and average mass of marketable fruits and number and mass of carpelloid, pentandric and bananiformes fruits. For data analysis, the methodology via linear mixed models REML / BLUP (Restricted Maximum Likehood / Best Linear Unbiased Prediction) was used, by which genetic parameters were estimated and the prediction of breeding values was made. The magnitudes of the genetic parameters indicated that the variability present in most of the characters enables genetic gain if the selection is practiced at the progenies level and not at individual plants, since the greater heritability and accuracies values are relative to the average of the progenies. For the selection of progenies, PROC-323, PROC-130, PROT-13 and PROC-217 were the most promising, bearing greater genetic gains among most of the analyzed characters. Regarding the selection among and within progenies, individuals 1421 and 1422 are the most potential for continuity of selection. Finally, the increase of the character expression was higher in number of marketable fruits and the reduction of expression was higher for pentandric number of fruits. / O reduzido nÃmero de cultivares de mamoeiro registrados, tem feito com que melhoristas acessem a variabilidade genÃtica da espÃcie, a fim de reunir em um sà genÃtipo o mÃximo de fenÃtipos exigidos pelos produtores e consumidores. Dentre os hÃbridos comerciais, Tainung n 1 e Calimosa sÃo os mais empregados, onde este primeiro tem suas sementes importadas de Taiwan a altos custos. Tem-se entÃo buscado metodologias mais eficientes de seleÃÃo, a fim de aumentar a acurÃcia seletiva e obter maiores ganhos genÃticos. Em razÃo disto, a adoÃÃo de procedimentos genÃtico-estatÃsticos mais refinados à uma tendÃncia no melhoramento genÃtico de plantas, como a metodologia REML/BLUP. Com base no exposto, objetivou-se com o presente estudo: (i) estimar os principais parÃmetros genÃticos em progÃnies de mamoeiro, (ii) predizer os ganhos genÃticos com a seleÃÃo das melhores progÃnies e (iii) com a seleÃÃo dos melhores indivÃduos dentro de progÃnies. O experimento foi conduzido no Campo Experimental do Curu, pertencente à Embrapa AgroindÃstria Tropical no municÃpio de Paraipaba. O material genÃtico foi constituÃdo de progÃnies 36 progÃnies S2 e duas testemunhas, sendo 17 derivadas do hÃbrido Calimosa e 19 do Tainung nÂ1, avaliadas no delineamento em blocos casualizados, com quatro repetiÃÃes. Os caracteres avaliados foram altura de primeira flor, fruto e planta aos 6, 12 e 18 meses; diÃmetro de caule aos 6, 12 e 18 meses; quantidade de dias apÃs plantios para surgimento da primeira flor e fruto; nÃmero, massa e massa mÃdia de frutos comerciais e nÃmero e massa de frutos carpelÃides, pentÃndricos e bananifornmes. Para anÃlises dos dados, a metodologia utilizada foi via modelos lineares mistos REML/BLUP (Restricted Maximum Likehood/ Best Linear Unbiased Prediction), onde foram estimados os parÃmetros genÃticos e feita a prediÃÃo dos valores genÃticos. As magnitudes dos parÃmetros genÃticos estimados indicaram que a variabilidade presente para a maioria dos caracteres, possibilita maiores ganhos genÃticos se a seleÃÃo for praticada a nÃvel de progÃnies e nÃo por plantas individuais, jà que os maiores valores de herdabilidades e acurÃcias sÃo relativos a mÃdia de progÃnies. Para a seleÃÃo entre progÃnies, PROC-323, PROC-130, PROT-13 e PROC-217, foram as mais promissoras, comportando-se com ganhos genÃticos superiores entre maior parte dos caracteres envolvidos. Na seleÃÃo entre e dentro de progÃnies, os indivÃduos 1421 e 1422 sÃo os mais potenciais para continuidade da seleÃÃo. O aumento da expressividade de carÃter foi superior para nÃmero de frutos comerciais e a reduÃÃo da expressividade foi superior para nÃmero de frutos pentÃndricos.
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Eficiência da análise estatística espacial na classificação de famílias do feijoeiro - estudo via simulação / Efficiency of spatial statistical analysis in the classification of common bean families - the study via simulation

Campos, Josmar Furtado de 24 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 446864 bytes, checksum: 1ba8efc18a08b922adc7e2c5eb3dc55c (MD5) Previous issue date: 2011-02-24 / The aim of this study was to evaluate the efficiency of spatial analysis, which considers spatially dependent errors, for classification of common bean families in relation to traditional analysis in randomized blocks and lattice that assuming independent errors. Were considered different degrees of spatial dependence and experimental precision. Were taken as reference to simulate the results of seven experiments carried out in simple square lattice for genetic evaluation of yield (g/plot) of families and bean cultivars of winter crops and water used in 2007 and 2008. From the results presented in the simulation, it was possible to assess the quality of their experiments based on different analysis (Block, lattice and Spatial) and simulated average of 100 families in different scenarios for Spatial Dependence (DE) and Accuracy Selective (AS). In the process of simulation, the average yield (645 g/plot) and the residual variance (7744.00), was defined based on the analysis results of the tests in blocks of bean breeding program at UFV. To make up the four simulated scenarios were considered magnitude of spatial dependence (null, low, medium and high), corresponding to ranges of 0, 25, 50 and 100% of the maximum distance between plots. Were also simulated three classes of selective accuracy (0.95, 0.80 and 0.60), corresponding to the experimental precision very high, high and average, respectively. The actual classification of families was used to evaluate the efficiency of analysis methods tested by Spearman correlation applied to orders and genotypic classification of Selection Efficiency between classifications based on tested methodologies and the actual classification for the selection of 10, 20 and 30% of the best families. To compare the efficiency of adjustment of the models tested, was used the Akaike information criterion (AIC), based on likelihood. Spatial analysis has provided estimates of residual variance very close to the simulated residual variance and higher selective accuracy estimated in all scenarios, indicating greater experimental accuracy. With the reduction in the accuracy and selective increase in spatial dependence, there was greater influence of analysis on the classification of families, and the spatial analysis showed the best results, providing more efficient selection of bean families than traditional analysis of randomized blocks and lattice, mainly for the selection of fewer families. The results for selective accuracy estimated on the basis of F statistics were very close to those obtained with the Spearman correlation between estimated and simulated averages for families, indicating that the accuracy should be used selectively as a measure of experimental precision tests of genetic evaluation. / O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência da análise Espacial, que considera erros dependentes espacialmente, para classificação de famílias de feijoeiro em relação às análises tradicionais em blocos casualizados e em látice que assumem erros independentes. Considerou-se diferentes graus de dependência espacial e de precisão experimental. Foram tomados como referência para simulação os resultados de sete ensaios instalados em látice quadrado simples para avaliação genética da produtividade de grãos (g/parcela) de famílias e cultivares de feijoeiro das safras de inverno e das águas de 2007 e 2008. A partir dos resultados apresentados na simulação, foi possível avaliar a qualidade dos respectivos experimentos com base nas diferentes análises (Bloco, Látice e Espacial) e médias simuladas das 100 famílias nos diferentes cenários para Dependência Espacial (DE) e Acurácia Seletiva (AS). No processo de simulação, a média de produção (645 g/parcela), bem como a variância residual (7744,00), foi definida com base nos resultados de análises em blocos de ensaios do programa de melhoramento do feijoeiro da UFV. Para a composição dos cenários simulados foram consideradas quatro magnitudes de dependência espacial (nula, baixa, média e alta), correspondendo aos alcances 0, 25, 50 e 100% da distância máxima entre parcelas. Também foram simuladas três classes de acurácia seletiva (0,95, 0,80 e 0,60), correspondente a precisão experimental muito alta, alta e média, respectivamente. A classificação real das famílias foi utilizada para avaliar a eficiência das metodologias de análise testadas através da correlação de Spearman aplicada às ordens de classificação genotípica e da Eficiência de Seleção entre classificações com base nas metodologias testadas e na classificação real, para a seleção de 10, 20 e 30% das melhores famílias. Para comparar a eficiência de ajuste dos modelos testados, foi utilizado o critério de Informação de Akaike (AIC), baseado em verossimilhança. A análise Espacial apresentou estimativas de variância residual muito próxima da variância residual simulada e maior acurácia seletiva estimada em todos os cenários, indicando maior precisão experimental. Com a redução na acurácia seletiva e aumento na dependência espacial, observou-se maior influência do tipo de análise sobre a classificação das famílias, sendo que a análise espacial apresentou os melhores resultados, proporcionando seleção mais eficiente das famílias do feijoeiro do que as análises tradicionais em Látice e em Blocos casualizados, principalmente, para seleção de menor número de famílias. Os resultados para acurácia seletiva estimada em função da estatística F foram muito próximos aos obtidos para a correlação de Spearman entre médias estimadas e simuladas para as famílias, indicando que a acurácia seletiva deve ser utilizada como medida de precisão experimental nos ensaios de avaliação genética.

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