L’empreinte écologique de l’homme sur les milieux naturels forestiers d’Afrique centrale n’a cessé de s’accroître au cours des dernières décennies, et rares sont les écosystèmes qui ne sont pas exploités. Ainsi, même des milieux a priori hostiles comme les grottes constituent des ressources répondant aux besoins primaires des populations environnantes (chasse, pêche, lieu de culte), mais permettant également le développement d’activités économiques (exploitation minière et écotourisme). Cette anthropisation est susceptible d’augmenter l’exposition des populations humaines à une multitude d'agents infectieux circulant au sein de la faune cavernicole. La présence d'animaux sauvages ou domestiques dans l'environnement immédiat des grottes contribue également à augmenter un tel risque. Parmi ces agents infectieux, certains peuvent être transmis par contact direct avec le réservoir animal, d’autres peuvent nécessiter l’intervention d’insectes hématophages. Le rôle de ces insectes dans l'épidémiologie de nombreux pathogènes est bien connu en Afrique en milieux épigés, mais demeure largement sous-investigué dans les environnements cavernicoles. Dans ce travail de thèse, nous nous sommes proposés de réponde à cette problématique. Dans six grottes du Gabon nous avons entrepris une étude de la diversité des diptères hématophages, en réalisant un inventaire taxonomique et l'étude de la dynamique temporelle des assemblages d'espèces. Dans un second temps, nous avons entrepris un criblage moléculaire d'agents infectieux parasitaires, bactériens et viraux en ayant recours à des techniques de détection par PCR nichée et séquençage à haut débit.Les travaux menés nous ont permis de réaliser un inventaire taxonomique de la faune diptérienne hématophage colonisant les grottes explorées. Notre étude a permis de découvrir une part importante de sa diversité de diptères hématophages cavernicoles, représentant plus de 60% des espèces de diptères (tout milieux confondus) actuellement au Gabon. Nos données ont montré que la composition des communautés de diptères était différente d'une grotte à une autre, et que ces dernières présentaient des variations au cours du temps en lien avec les variations microclimatiques des grottes. Le criblage d'agents infectieux chez les diptères collectés a permis 1) d'explorer la diversité parasitaire, virale et bactérienne qu'ils hébergent et 2) d'évaluer leur implication dans la transmission / The man's ecological mark on natural forest environments of central Africa has been increasing in recent decades, and only few natural areas remain non exploited yet. Thus, even supposedly hostile environments such as caves meet the primary needs of surrounding populations (hunting, fishing, shamanic practices), or economical needs (mining and ecotourism). That anthropization is likely to increase the exposure of human populations to multiple infectious agents carried by cave fauna. The presence of wild or domestic animals in the surroundings of caves also increase that risk. Among these infectious agents, some can be transmitted by direct contact with animal reservoirs, whereas others may require the involvement of blood-sucking insects. The role of these insects in the epidemiology of many pathogens is well known in Africa, particularly in epigeic environments, but remains largely investigated in caves. In this thesis work, we proposed to address that issue. In six caves of Gabon we firstly explored the diversity of blood-sucking Diptera, and we studied temporal dynamics of species assemblages. Secondly, we undertook a molecular screening of haemosporidia, bacteria and viruses using nested PCR and high-throughput sequencing.The work carried out has enable to make a taxonomic inventory of the Diptera fauna of the investigated caves. Our study revealed a significant diversity of the blood-sucking Diptera fauna, accounting for more than 60 percent of blood-sucking Diptera species currently known in Gabon, in all types of areas. Our data showed that the composition of Diptera communities was different from one cave to another, and that Diptera assemblages varied over time according to micro-climate fluctuations within caves. The screening of infectious agents in Diptera collected helped 1) to explore the parasitic, viral and bacterial diversity they host, and 2) to assess their involvement in transmission.

L'émergence des zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'Homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Sur l'ensemble des zoonoses émergentes chez l'Homme, la majorité provient d'animaux sauvages. L'étude du rôle de la faune sauvage dans la circulation des agents pathogènes est donc cruciale en particulier quand les interfaces faune sauvage/Homme sont fortes. L'objectif de cette thèse a été de comprendre par des approches éco-épidémiologiques à large échelle, la circulation d'agents pathogènes dans les populations d'un oiseau sauvage en contact étroit avec l'Homme, le goéland leucophée (Larus michahellis). Le premier chapitre présente les différentes méthodes utilisées dans la surveillance d'agents pathogènes ainsi que leurs limites lorsqu'elles sont menées en populations naturelles. Ce chapitre met en évidence au travers d'une étude portant sur les virus influenza aviaires, que la quantification des anticorps maternels dans les œufs est un outil efficace. Le second chapitre consiste à élargir l'échelle spatiale de l'étude afin de mettre en évidence plus finement les facteurs éco-épidémiologiques influençant la transmission des virus influenza aviaires dans et entre les populations de goéland leucophée de l'ouest méditerranéen. Enfin, le dernier chapitre repose sur la comparaison des patrons d'expositions obtenus pour des agents pathogènes au mode de transmission vectoriel : les flavivirus. Cette thèse permet de mettre en évidence les patrons d'exposition de certains agents pathogènes (virus influenza aviaire et flavivirus) et d'appréhender les facteurs éco-épidémiologiques potentiellement impliqués dans leurs circulations. Les résultats permettent d'envisager de futurs axes de recherches, nécessaires pour évaluer plus précisément la dispersion de ces virus en Méditerranée. / The emergence of zoonotic diseases is directly linked to the noise generated by humans on the natural environment to a greater or lesser extent. Of all the emerging zoonoses in humans, the majority comes from wild animals. The study of the role of wildlife in the circulation of pathogens is crucial, especially when wildlife/human interfaces are prominent. The aim of this thesis is to understand, using large scale eco-epidemiological approaches, the circulation of pathogens in a close to human population of wild bird, the yellow-legged gull (Larus michahellis). The first chapter presents the different methods used in the monitoring of pathogens and their limitations when they are conducted in natural populations. This chapter further highlights, through a study of avian influenza viruses, that the quantification of maternal antibodies in eggs is an effective tool. The second chapter expands the spatial scale of the study to highlight the finer eco-epidemiological factors influencing the transmission of avian influenza viruses within and between populations of Western Mediterranean yellow-legged gull. Finally, the last chapter is based on the comparison of exposition patterns obtained for vectorial transmission mode pathogens: flaviviruses. This thesis highlights patterns of exposure for certain pathogens (avian influenza virus and flaviviruses) and enables the understanding of the eco-epidemiological factors potentially involved in their circulations. The results allow to consider future areas of research needed to more accurately assess the dispersion of these viruses over the Mediterranean.