Le parasite Echinococcus multilocularis cause l’échinococcose alvéolaire (EA), infection fatale si non prise en charge. Le traitement médical, pour les patients inopérables, est uniquement parasitostatique, et présente des effets secondaires. Néanmoins, chez certains patients, la viabilité du parasite régresserait suffisamment pour envisager un arrêt de ce traitement. Actuellement, les biomarqueurs pour estimer la viabilité parasitaire ne sont qu’indirects, évaluant la réponse immunitaire du patient. Trois études ont été menées, visant à évaluer des biomarqueurs, innovants ou déjà disponibles sur le marché.Nous avons étudié la présence d’ADN libre circulant (ADNlc), au moment du diagnostic, mais aussi quelques mois après la mise en place du traitement. Notre étude valide pour la première fois la présence d’ADNlc dans les cas d’EA, sur modèle animal puis sur des échantillons de patients. Même si la méthode n’est pas encore utilisable en diagnostic ou en suivi, c’est un point de départ vers l’utilisation de l’ADNlc pour la prise en charge de l’EA.De plus, nous avons mené une étude exploratoire sur des lésions parasitaires chez la souris et chez un patient ayant reçu un traitement médicamenteux très court. A partir d’un même échantillon, nous avons analysé l’ADN, afin d’estimer la proportion de cellules parasitaires, et nous avons quantifié différents transcrits parasitaires, afin d’estimer la viabilité du parasite de manière directe. Cet axe a permis de choisir la cible la plus transcrite : elle pourrait être utilisée sur une cohorte plus large, puis corrélée avec les biomarqueurs indirects utilisés aujourd’hui.Enfin, nous avons évalué un test de diagnostic rapide de l’échinococcose kystique, présentant de fortes réactions croisées en cas d’EA.Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives, principalement pour améliorer le suivi des patients atteints d’EA. / The parasite Echinococcus multilocularis is the causative agent of alveolar echinococcosis (AE), a fatal infection if not adequately managed. Medical treatment, for inoperable patients, is only parasitostatic, with many side effects. Nevertheless, in some patients, the viability of the parasite could regress sufficiently for treatment to be stopped. Currently, biomarkers for estimating parasite viability are only indirect, evaluating the immune response of the patient. Three studies were conducted to evaluate biomarkers that are innovative or already available on the market.We investigated the presence of circulating cell-free DNA (ccfDNA) at diagnosis, and after a few months of treatment. For the first time, our study identified the presence of ccfDNA in cases of AE, in an animal model and in human samples. Although the method cannot yet be used for diagnosis or follow-up, it is a starting-point for the use of ccfDNA in the management of AE.In addition, we conducted an exploratory study of parasitic lesions in mice, and in a patient who had only received medical treatment for a very short time. We analyzed DNA to estimate the proportion of parasite cells present in each sample. We then quantified different parasite transcripts from each sample, in order to directly estimate parasite viability. This approach allowed us to identify the most abundantly transcribed gene, which could potentially be used to study a larger cohort, in order to correlate results with the indirect biomarkers used today.Finally, we evaluated a rapid diagnostic test for cystic echinococcosis, which produces strong cross-reactions in the case of AE infection.This work opens new perspectives, mainly to improve the follow-up of patients with AE.

L'échinococcose alvéolaire (EA) humaine est une maladie parasitaire, rare et grave, due à un cestode parasite, Echinococcus multilocularis, dont le cycle sauvage, en France, passe généralement par le renard (hôte définitif) et le campagnol (hôte intermédiaire). La moitié des cas européens recensés sont regroupés en France, et se concentrent surtout dans les zones rurales de Franche-Comté et Lorraine. Malgré de nombreuses études, la répartition des malades et les facteurs de susceptibilité ou de protection de certaines personnes face à la maladie sont encore mal connus.Depuis 1997, il existe un réseau de surveillance épidémiologique de l’échinococcose alvéolaire humaine, qui a constitué un registre des cas français d’EA, collectant des données sur la pathologie mais aussi sur les lieux et habitudes de vie des patients. L’objectif de ce travail était :- d’étudier les facteurs de risque de l’EA humaine en France, en particulier les facteurs comportementaux impliqués,- d’étudier l’impact du climat et de l’environnement sur l’incidence de la maladie- de déterminer les principaux facteurs utiles pour la prévention de l'infection, ainsi que les populations-cibles pour d'éventuelles campagnes de prévention. / Human alveolar echinococcois (AE), a rare and serious parasitic disease, is caused by a cestode, Echinococcus multilocularis. In France, foxes and water voles are the main hosts (respectively definitive and intermediate). Half of the European human cases are French, mainly living in rural areas in Franche-Comté and Lorraine. Despite numerous studies, human distribution and factors affecting human vulnerability remain poorly understood.Created in 1997, the French epidemiological surveillance network for human AE collects data on the disease characteristics and also on lifelong locations and behaviors of the patients.The objectives of this study were:- to determine individual risk factors for human AE in France, and especially at-risk behaviors,- to study the role of the environment on human AE incidence,- to identify key messages and target populations for potential prevention campaigns.

L'échinococcose alvéolaire (EA) est une maladie parasitaire en relation non seulement avec la destruction hépatique quiaccompagne le développement du stade larvaire (métacestode) d'Echinococcus multilocularis, mais aussi avecl'importante réponse immunitaire granulomateuse qui l'entoure. La plupart des travaux antérieurs visant à caractériser le;relations hôte-parasite ont porté sur les cellules de l'immunité dans des sites éloignés de l'habituelle localisationparasitaire, dans le foie. Ce travail de thèse rapporte les mécanismes impliqués dans les modifications de l'homéostasiehépatique aux différents stades de l'infection, mais aussi l'analyse détaillée des profils de cytokines et chimiokinesprésents dans l'infiltrât cellulaire périparasitaire hépatique, de la présence du transforming growth factor-beta et desautres acteurs de sa voie d'activation, et de l'implication possible du Fibrinogen-like protein-2 (FGL2), une moléculeeffectrice des lymphocytes T-régulateurs récemment identifiée. Les résultats indiquent que la réaction inflammatoire quientoure le métacestode dans le foie contribue significativement à la sécrétion de cytokines et de chimiokines et auxmécanismes fonctionnels immunitaires de l'interaction hôte-parasite ; ils révèlent aussi pour la première foisl'intervention cruciale de FGL2 dans la tolérance vis-à-vis d'£. multilocularis. Ces résultats contribuent à identifier denouvelles cibles pour une thérapeutique immunologique qui permettrait de pallier les conséquences pathologiques del'infection par E. multilocularis et de complémenter l'action seulement parasitostatique des benzimidazoles, seuls agentsthérapeutiques connus actuellement. / Alveolar echinococcosis (AE) is a parasitic disease predominantly caused not only by thé direct hepatic damage whichfollows thé continuous tumor-like prolifération of thé larval stage (métacestode) of Echinococcus multilocularis, but alsoindirectly by thé intense local granulomatous immune response which surrounds thé parasitic tissue. Most of previousstudies which aimed at characterizing thé host-parasite relationship hâve been performed on cells of thé immune responsiin peripheral sites, far from thé usual location of E. multilocularis larvae, i.e. thé liver. This PhD thesis reports on thémechanisms involved in thé changes in hepatic homeostatis at thé various stages of infection, and also on a detailedanalysis of thé cytokine and chemokine profiles in thé hepatic periparasitic cell infiltrate, of thé présence of transforminggrowth factor-beta and other actors of its metabolic pathway, and of thé possible involvement of Fibrinogen-like protein-:(FGL2), a recently identified effector molécule of T-regulatory lymphocytes. Results indicate that thé inflammatoryreaction which surrounds thé métacestode in thé liver significantly contributes to cytokine and chemokine sécrétion and tthé functional immune mechanisms of thé host-parasite interactions; they also reveal for thé first time thé crucialintervention of FGL2 in thé tolérance towards E. multilocularis. Thèse results contribute to identify new targets fortherapeutic immune modulation in order to alleviate thé pathological conséquences of E. multilocularis and tocomplément thé parasitostatic-only action of benzimidazoles, thé currently available chemotherapy of thé disease