La présente étude était divisée en deux volets. Le premier volet consistait à évaluer l’effet sur les rendements d’amandes, de la consommation en eau et de la réponse de ces arbres à quatre traitements de déclenchement d’irrigation. Trois de ces traitements reposaient sur le déclenchement de l’irrigation selon des seuils de potentiel matriciel de l’eau du sol (SWTT) (humide (-35 kPa), modéré (-45 kPa), sec (-55 kPa)) tandis que le quatrième était régi selon les techniques actuelles du producteur basées principalement sur le calcul de l’évapotranspiration de la culture (ETc). L’expérimentation a été menée durant la période de mai à août de 2012 à 2015 sur 16 rangées de 22 arbres d’amandiers de la variété Nonpareil. Les rangées étaient subdivisées en 4 blocs de 4 traitements. Pour chaque traitement du bloc 2, trois tensiomètres étaient installés à trois profondeurs différentes soient à 25, 50 et 50 cm. L’irrigation de chacun des traitements était contrôlée à distance pour ne jamais dépasser le seuil de tension prescrit. Les résultats montrent qu’une gestion d’irrigation basée sur un SWTT de -45 kPa durant la période du début mai à la récolte permettrait d’économiser 20% d’eau d’irrigation sans diminuer les rendements. Ces résultats indiquent aussi qu’une gestion humide (-35 kPa) influencerait tout autant les rendements qu’une gestion sèche (-55 kPa). Le second volet était d’ajuster le seuil optimal de -45 kPa établit au premier volet en fonction de la variabilité spatio-temporelle et des conséquences économiques liées à la mesure de la tension. L’expérimentation de ce volet a été effectuée de la fin juin à la fin juillet 2015 dans un champ de 30 ha. Le dispositif était constitué de 27 stations de 2 tensiomètres (25 et 50 cm) positionnées de manière uniforme dans le champ et les rangées d’arbres de la variété Nonpareil. Les analyses et les simulations indiquent qu’il serait économiquement avantageux d’utiliser 5 stations par champ de 30 ha et d’irriguer lorsque la moyenne des tensions à 25 et 50 cm des 5 stations atteint -45 kPa. / The present study was divided in two parts. The first part consisted in evaluating the effect on almond yield, water consumption and plant response of four different triggering irrigation treatments. Three of these treatments were based on soil water tension thresholds (SWTT) (wet (-35 kPa), medium (-45 kPa), dry (-55 kPa)) whereas the fourth was established according to the current techniques used by the producer which mainly relied on the calculation of crop evapotranspiration (ETc). The experiment was performed over the months of May to August from 2012 to 2015 in 16 rows of 22 Nonpareil almond trees. The rows were subdivided in four blocks of four treatments. Within each treatment of the second block, three tensiometers were installed at three different depths: 25, 50 and 75 cm. Irrigation of each treatment was remotely controlled to never exceed the prescribed SWTTs. The results show that irrigation based on a SWTT of -45 kPa from May to harvest (mid-August) allows saving 20% of water without decreasing yield. These results also indicate that a wet management (-35 kPa) would negatively affect yield just as much as a dry management (-55 kPa). The second part of the study consisted in adjusting the SWTT of -45 kPa found in part one according to spatiotemporal variability and economic aspects related to soil water tension measurement. The experiment was performed from the end of June to the end of July 2015 in a 30-ha field. The trials included 27 stations of two tensiometers (25 and 50 cm) uniformly located throughout the field within tree rows of the Nonpareil variety. The analyses and the simulations indicate that it would be economically advantageous to use 5 stations and to irrigate when the average of the soil water tensions at 25 and 50 cm of the 5 stations reaches -45 kPa.

La diversité des espèces cultivées résulte d’une série d’évènements de domestication, de flux de gènes entre compartiments sauvages et cultivés, d’effets de la sélection adaptative naturelle et aussi de la sélection humaine et des dynamiques de diffusion à de larges échelles, souvent sur de longues périodes. L’impact de ces processus sur la diversité dépend non seulement de la biologie de l’espèce, mais elle est aussi fortement liée au contexte social et aux pratiques humaines. Cette thèse contribue à la compréhension de l’influence de l’Homme sur la dynamique de la diversité de l’amandier in situ. La démarche suivie fait appel à la génétique des populations et à l’anthropologie pour étudier la structuration de la diversité génétique de cette espèce fruitière pérenne allogame, cultivée au Liban. Cette étude comprend trois parties:Dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification continue de l’amandier cultivée en se basant sur des évidences tirées de l'archéologie, de l'histoire et de la biologie évolutive de l’amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nous avons utilisé une approche de génétique des populations avec de nombreux individus représentant chaque cultivar collecté auLiban. L'échantillonnage intensif de cultivars libanais a été comparé à un grand nombre d’arbres cultivés in situ provenant de différentes régions méditerranéennes. Les résultats nous ont permis de distinguer l’impact des différents périodes de diffusion sur la structure de la diversité génétique.La deuxième partie, a permis d’évaluer l’importance culturelle de l’amandier cultivé au Liban, et d’identifier sa diversité intra-spécifique telle qu’elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui a mené à une taxonomie locale flexible. La flexibilité de la taxonomie locale est révélée par la présence de catégories englobantes et par la complexité du système de nomenclature.Dans la troisième partie, nous avons évalué l’effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et dynamique de la diversité génétique entre les variétés et à l’intérieur de chacune des deux variétés étudiées. Nos résultats montrent que le cultivar traditionnel, multiplié par semis, est structuré géographiquement. L’introduction du mode de propagation clonal par greffage a été adoptée graduellement. Au début, les agriculteurs ont maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle du cultivar introduit. Par contre, l’introduction après l’adoption du greffage a réduit la diversité génétique intra-variétale dans les vergers récents.Cette thèse montre comment les connaissances et les décisions de l’Homme à différents échelles spatiales et temporelles influencent la structure et la dynamique de la diversité de cette espèce. / The diversity of cultivated species results from a series of domestication events, gene flow between wild and cultivated compartments, effects of natural adaptive selection and also on human selection and diffusion dynamics at large scales, often over long periods. The impact of these processes on diversity depends not only on the biology of the species but is also strongly related to social context and human practices. This thesis contributes to the understanding of the influence of human on the dynamics of almond diversity in situ. The approach followed uses population genetics and anthropology to study the structuring of the genetic diversity of this allogamous perennial fruit species, grown in Lebanon. This study consists of three parts:In the first part, we sought to understand the processes of continuous diversification of cultivated almond trees based on evidence from archeology, history and evolutionary biology of almond trees in the Mediterranean Basin. We used a population genetics approach with many individuals representing each cultivar collected in Lebanon. Intensive sampling of Lebanese cultivars was compared to a large number of in situ grown trees from different Mediterranean regions. The results allowed us to distinguish the impact of different diffusion periods on the structure of genetic diversity.The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that led to a flexible local taxonomy. The flexibility of local taxonomy is revealed by the presence of inclusive categories and the complexity of the nomenclature system.In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuration and dynamics of genetic diversity between two varieties and within each of the varieties studied.Our results show that the traditional cultivar, sexually propagated, is geographically structured. The introduction of clonal propagation mode by grafting was gradually adopted. At first, farmers maintained some genetic diversity through occasional sexual multiplication of the introduced cultivar. In contrast, introduction after grafting has reduced intra-varietal genetic diversity in recent orchards.This thesis shows how human knowledge and decisions at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of the diversity of this species.

Titre de l'écran-titre (visionné le 5 février 2024) / La culture d'amande en Californie nécessite un apport en eau d'irrigation de plus 1000 mm annuellement. Avec les changements climatiques amplifiant cette dépendance à l'irrigation, il est essentiel d'optimiser la gestion de l'irrigation pour cette culture. Le premier objectif de ce projet était donc de déterminer la conduite d'irrigation optimale pour maximiser les rendements et l'utilisation de l'eau. Le second objectif visait à établir quelles variables complémentaires à la mesure de tension hydrique du sol peuvent être utilisées pour détecter l'apparition et la résorption d'un stress hydrique chez l'amandier. Enfin, le troisième objectif consistait à déterminer quelle stratégie d'irrigation est la plus rentable pour les producteurs. Pour ce faire, un plan en blocs complets aléatoires de 1 hectare (sept traitements répétés dans 4 blocs) a été mis en place chez un producteur. Les traitements étaient composés de techniques traditionnelles de gestion (seuil de tension fixe, évapotranspiration de la culture (ETc) et gestion humaine) et de méthodes utilisant l'intelligence artificielle pour le démarrage de l'irrigation, et furent divisés en trois grandes catégories : (i) sans stress hydrique, (ii) stress hydrique constant durant la saison de croissance et (iii) stress hydrique pendant certains stades de croissance spécifiques. Des mesures de potentiel hydrique du xylème, température foliaire et vitesse du flux de sève ont été effectuées à l'aide de différents capteurs placés dans les unités expérimentales afin de valider leur capacité à complémenter la mesure de tension hydrique du sol dans la gestion de l'irrigation. Les résultats n'ont montré aucune différence de rendement entre les traitements imposant un stress hydrique en comparaison avec le traitement sans stress hydrique, mais une diminution significative de la quantité d'eau appliquée fut observée. Tous les capteurs mis à l'essai ont montré une bonne corrélation entre eux lors d'un évènement prolongé sans irrigation avant la récolte. De plus, l'indice de stress hydrique (CWSI) calculé à partir des capteurs infrarouges a montré une bonne corrélation avec les mesures de rendement. En termes de profitabilité, le traitement combinant l'expertise d'un conseiller d'irrigation et de mesures précises de tensions hydriques du sol a obtenu la meilleure performance. / To achieve high yields in almond orchards, growers must irrigate to compensate a water deficit of over 1000 mm each year. This amount of water must, however, be reduced due to climate change decreasing winter precipitation, which results in less available water for irrigation during the growing season. Thus, the first objective of the project was to establish the best irrigation strategy to maximize yield and water usage. The second objective was to determine the best complementary variable to the soil tension to detect the onset of tree water stress and subsequent recovery upon irrigation . The third objective was to establish the best irrigation strategy to maximize profitability. Seven completely automated irrigation treatments were compared (four blocks, 28 plots of five trees each). Among the treatments, there were traditional irrigation management techniques (constant soil tension values, crop evapotranspiration (ETc), and human management) as well as artificial intelligence treatments (AI). Those treatments encompassed three irrigation strategies: no stress (control), regulated deficit irrigation (RDI) and sustainable deficit irrigation (SDI). Stem water potential, sap flow velocity and infrared sensors were installed in several experimental units to validate their capacity to complement soil tension to manage irrigation. Results indicate no significant differences in yield between deficit irrigation treatment and the control, but significantly less water was applied in those treatments. Water stress variables during the preharvest period were well correlated with each other which is promising to find a complementary variable. Furthermore, crop water stress index (CWSI) calculated using infrared sensors showed a good correlation with almond yield. In terms of profitability, the treatment using an irrigation advisor with in situ soil tension data performed the best.