La diversité des espèces cultivées résulte d’une série d’évènements de domestication, de flux de gènes entre compartiments sauvages et cultivés, d’effets de la sélection adaptative naturelle et aussi de la sélection humaine et des dynamiques de diffusion à de larges échelles, souvent sur de longues périodes. L’impact de ces processus sur la diversité dépend non seulement de la biologie de l’espèce, mais elle est aussi fortement liée au contexte social et aux pratiques humaines. Cette thèse contribue à la compréhension de l’influence de l’Homme sur la dynamique de la diversité de l’amandier in situ. La démarche suivie fait appel à la génétique des populations et à l’anthropologie pour étudier la structuration de la diversité génétique de cette espèce fruitière pérenne allogame, cultivée au Liban. Cette étude comprend trois parties:Dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification continue de l’amandier cultivée en se basant sur des évidences tirées de l'archéologie, de l'histoire et de la biologie évolutive de l’amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nous avons utilisé une approche de génétique des populations avec de nombreux individus représentant chaque cultivar collecté auLiban. L'échantillonnage intensif de cultivars libanais a été comparé à un grand nombre d’arbres cultivés in situ provenant de différentes régions méditerranéennes. Les résultats nous ont permis de distinguer l’impact des différents périodes de diffusion sur la structure de la diversité génétique.La deuxième partie, a permis d’évaluer l’importance culturelle de l’amandier cultivé au Liban, et d’identifier sa diversité intra-spécifique telle qu’elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui a mené à une taxonomie locale flexible. La flexibilité de la taxonomie locale est révélée par la présence de catégories englobantes et par la complexité du système de nomenclature.Dans la troisième partie, nous avons évalué l’effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et dynamique de la diversité génétique entre les variétés et à l’intérieur de chacune des deux variétés étudiées. Nos résultats montrent que le cultivar traditionnel, multiplié par semis, est structuré géographiquement. L’introduction du mode de propagation clonal par greffage a été adoptée graduellement. Au début, les agriculteurs ont maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle du cultivar introduit. Par contre, l’introduction après l’adoption du greffage a réduit la diversité génétique intra-variétale dans les vergers récents.Cette thèse montre comment les connaissances et les décisions de l’Homme à différents échelles spatiales et temporelles influencent la structure et la dynamique de la diversité de cette espèce. / The diversity of cultivated species results from a series of domestication events, gene flow between wild and cultivated compartments, effects of natural adaptive selection and also on human selection and diffusion dynamics at large scales, often over long periods. The impact of these processes on diversity depends not only on the biology of the species but is also strongly related to social context and human practices. This thesis contributes to the understanding of the influence of human on the dynamics of almond diversity in situ. The approach followed uses population genetics and anthropology to study the structuring of the genetic diversity of this allogamous perennial fruit species, grown in Lebanon. This study consists of three parts:In the first part, we sought to understand the processes of continuous diversification of cultivated almond trees based on evidence from archeology, history and evolutionary biology of almond trees in the Mediterranean Basin. We used a population genetics approach with many individuals representing each cultivar collected in Lebanon. Intensive sampling of Lebanese cultivars was compared to a large number of in situ grown trees from different Mediterranean regions. The results allowed us to distinguish the impact of different diffusion periods on the structure of genetic diversity.The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that led to a flexible local taxonomy. The flexibility of local taxonomy is revealed by the presence of inclusive categories and the complexity of the nomenclature system.In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuration and dynamics of genetic diversity between two varieties and within each of the varieties studied.Our results show that the traditional cultivar, sexually propagated, is geographically structured. The introduction of clonal propagation mode by grafting was gradually adopted. At first, farmers maintained some genetic diversity through occasional sexual multiplication of the introduced cultivar. In contrast, introduction after grafting has reduced intra-varietal genetic diversity in recent orchards.This thesis shows how human knowledge and decisions at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of the diversity of this species.

Dans cette thèse nous nous interrogeons sur l'émergence d'une complémentarité stratégique entre l'agriculture et la biodiversité dans les territoires à haute valeur environnementale. Nous étudions l'exemple de la Camargue, zone humide d'intérêt international, où l'enjeu est de concilier agriculture et protection de l'environnement. Nous réalisons d'abord une analyse du contexte camarguais, en insistant sur les rapports ambivalents entre agriculture et biodiversité . Dans la mesure où la réforme future de la PAC va venir remettre en question les conditions d'octroi de ces aides, autant que leur volume global, le développement de la riziculture camarguaise passe à terme par son association à une image de terre sauvage et naturelle. Cette complémentarité stratégique de fait peut permettre de concevoir les futures politiques publiques et de justifier le maintien des aides à la riziculture camarguaise, par sa contribution à la gestion durable de la biodiversité. Nous examinons ensuite les conditions économiques d'émergence d'une riziculture biologique, dans ce contexte particulier. Les conditions de marché, et plus précisément la présence d'une concurrence imparfaite, caractérisés par la concentration de la fourniture d'intrants (herbicides et semences) en un petit nombre de fournisseurs. Leurs stratégies d'adaptation au développement des pratiques d'agriculture biologique sont contraintes par les conditions de marché et limitées aux quantités offertes. Nous étudions à quelles conditions un équilibre stratégique existe, et excluons des équilibres extrêmes (riz biologique dominant / exclu). Nos résultats placent les stratégies d'offre variétale au c?ur de ces interactions stratégiques, c'est pourquoi nous prolongeons cette approche stratégique par l'étude des déterminants économiques de la diversité variétale dans les exploitations rizicoles camarguaises. Celle-ci confirme la place accordée aux stratégies de niche, et met en avant le rôle des opportunités de marché et des réseaux dans les choix de porte-feuille de cultivars par les agriculteurs, au-delà des contraintes structurelles de l'exploitation. Enfin, une enquête de type "choice experiments" fait apparaître l'influence des normes collectives dans les préférences des riziculteurs camarguais pour les technologies de production dont ils disposent. Les résultats de cette étude empirique montrent qu'une grande majorité des producteurs pourrait adopter des technologies sans intrants chimiques, à condition d'être accompagnés de compensations financières équivalentes à celles accordées actuellement sans condition dans le cadre de la PAC. Au-delà du cas d'étude, la thèse fournit donc des enseignements utiles pour la conception de politiques publiques capables de concilier efficacité économique et développement durable. Elle est aussi une contribution à la réflexion sur la gestion intégrée multi-acteurs de l'agriculture et de la biodiversité à l'échelle d'un territoire à haute valeur environnementale. / In this research, we assessed the emergence of a strategic complementarity between farming and biodiversity, in a landscape with a high environmental value. We rely on the Rhone river delta, wetland of international interest, and well known biodiversity's hotspot. We examine the conditions of emergence of the organic agriculture in this particular context. The market conditions, more precisely the presence of imperfect competition for input (seeds and herbicides) are putting several constraints on adaptation's strategies accessibles to firms. As a consequence, the main way to adapt is the control of input supply. We study at which conditions an interior equilibrium does exist. The study of economic factors of rice' cultivar's diversity in farms in the Camargue area confirm the role played by niche strategies, and highlight the importance of market opportunities and commercial networks in the cultivar's portfolio choices made by farmers. They are naturally playing in interaction with factors governing the costs and benefits of managing a greater cultivar's diversity. Finally, the choice experiments survey put emphasis on the influence of collective norms in farmers' preferences for production technologies. The results show that a large majority of rice producers are adopt agro-ecological technologies at a price of monetary incentives equivalent to those obtained currently from the CAP, without conditions. Thus, the future of agricultural development in the Camargue area should be associated with environmental preservation. This de facto strategic complementarity could enables stakeholders and public authorities to design future public policies and give a conditional support to a sustainable agriculture.