Les pratiques artistiques, notamment depuis l’époque des Grandes Découvertes, ont été en liaison étroite avec les avancées scientifiques et technologiques. Les richesses naturelles qui s’offraient aux explorateurs furent l’origine d’une tradition des représentations naturalistes, sans cesse renouvelée par la description de nouvelles espèces animales et végétales. Or, au XXIe siècle, l'humanité est contemporaine d’une baisse sans précédent de la diversité biologique mondiale, dont elle est l’observatrice mais aussi la responsable. La biodiversité est une notion qui prend actuellement toute son importance dans un contexte d’inquiétude face aux problèmes environnementaux en éveillant des volontés écologiques, notamment dans les milieux artistiques. Cette recherche propose deux visions complémentaires : celle qui suppose que la diversité biologique porte en elle une manifestation artistique, et celle qui évoque une forme d’art dont la source est la biodiversité. L'ensemble de ces investigations est soutenu et alimenté par une pratique de plasticien naturaliste développée depuis une dizaine d'années. Des illustrations botaniques aux représentations multimédia, des descriptions zoologiques aux démarches conceptuelles de l’art écologique, des cabinets de curiosité aux créations biotechnologiques, les liens entre les pratiques passées et contemporaine sont la source d’une étude hybride, entre arts plastiques et sciences du vivant. / The artistic practices, in particular since the 15th century, were in narrow connection with the scientific and technological advances. The natural resources discovered by navigators were the origin of a tradition of naturalist artworks, always renewed by the discovery of new animal and vegetal species. Yet, the 21th century humanity is contemporary of an unprecedented reduction of the worldwide biological diversity. Biodiversity is a notion which takes nowadays all its importance because of environmental problems, and we can observe an awakening of the ecological wills, particularly in artistic circles. This thesis proposes two visions of the subject : the one who supposes that the biological diversity carries itself an artistic manifestation, and the one who evokes a kind of art which the source is biodiversity. All these investigations are supported and fed by naturalist art practices developed since a decade. From botanical illustrations to multimedia representations, from zoological descriptions to ecological art, from curiosity cabinets to biotechnological creations, the links between the past and the contemporary practices are the source of a hybrid study, between visual arts and biology.

L'objectif principal de cette étude était d'examiner comment la biodiversité du zooplancton est affectée par le phosphore total et les changements de l'hétérogénéité des ressources et de l'abondance relative du phytoplancton. Les études empiriques montrent assez clairement que la diversité des espèces de zooplancton est plus importante lors d'un niveau intermédiaire de production par le phytoplancton. Les études théoriques ont généré un certain nombre d'hypothèses pouvant expliquer le fait que cette relation existe. La présente étude a pour but de tester deux de ces hypothèses: soit les hypothèses « resource ratio» et « spatial resource heterogeneity ». Un objectif additionnel de cette étude était d'observer comment les patrons de richesse spécifique et de diversité fonctionnelle répondent à des gradients environnementaux. Dans le chapitre 1, j'ai effectué une revue de littérature des 50 dernières années sur le zooplancton d'Amérique du Nord et j'ai examiné la possibilité d'utiliser la diversité fonctionnelle dans les études de zooplancton. Un dendrogramme des communautés régionales d'espèces communes de zooplancton du nord-est de l'Amérique du Nord a été généré pour montrer le contraste entre les regroupements taxonomiques des espèces et ceux effectués en utilisant des traits fonctionnels. Bien que dans la littérature, les données fonctionnelles ne soient pas complètes, une combinaison des traits fonctionnels de la littérature et de ceux pouvant être mesurés sur le terrain a été utilisée pour décrire les niches fonctionnelles des espèces de zooplancton. Dans le chapitre 2, les traits mesurés au laboratoire, ainsi que ceux obtenus de la revue de littérature effectuée au chapitre 1, ont été utilisés pour mesurer la diversité fonctionnelle de 18 lacs de l'Estrie. Une relation curvilinéaire a été trouvée entre la diversité fonctionnelle et la distribution spatiale des algues bleues-vertes, permettant ainsi de supporter l'hypothèse « spatial resource heterogeneity ». Bien qu'une relation curvilinéaire entre la diversité fonctionnelle du zooplancton et le ratio des algues brunes sur les algues bleues-vertes ait été observée, une plus petite proportion de la variation dam la diversité fonctionnelle du zooplancton était expliquée comparativement à celle expliquée par la distribution spatiale des algues bleues-vertes. De façon générale, les mesures de diversité fonctionnelle étaient plus fortement reliées à les variables indépendantes environnementales qu'à la richesse spécifique. À travers les résultats obtenus, il est possible de conclure que l'abondance et la distribution des ressources jouent un rôle important dans la structure des communautés de zooplancton, et que les mesures de diversité fonctionnelle seront bénéfiques à la recherche écologique portant sur la biodiversité des lacs. ______________________________________________________________________________

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Dans un contexte de changement climatique, des dispositifs sont mis en place par les politiques publiques pour permettre le déplacement de la biodiversité et la recolonisation de nouveaux milieux (TVB, trame de vieux bois. . . ). Ces dispositifs semblent adaptés pour les espèces animales les plus mobiles. Or, les espèces ayant une faible capacité de déplacement représentent un enjeu important pour l'e‑cacité des dispositifs mis en place. Un grand nombre de ces espèces demeurent aujourd'hui mal connues. En forêt, les coléoptères saproxyliques aptères de litière sont des espèces ayant des capacités de déplacement et de dispersion limitées en raison de leurs petites tailles, de leurs aptérismes et de leurs exigences trophiques. Ces espèces constituent le modèle biologique de cette étude pour comprendre comment des espèces à faible capacité de déplacement peuvent évoluer dans les forêts et les paysages anthropisés, dans l'espace et le temps. L'échantillonnage par tamisage de litière de dix arbres par peuplement en utilisant un Winkler et une extraction par Berlese, a montré une puissance d'échantillonnage moyenne de 97.2% pour six forêts. Des relevés mensuels sur deux ans ont permis de caractériser la phénologie des espèces, à savoir qu'elles sont i/ présentes dans la litière toute l'année, ii/ davantage abondantes au printemps et en automne et iii/ ne présentent pas de variation interannuelle. Nous avons comparé la richesse spécique et la répartition des espèces, entre les forêts subnaturelles et les peuplements exploités des montagnes Pyrénéennes. Ceci a montré que les espèces sont peu impactées par l'exploitation sylvicole traditionnelle, mais présentent une grande variabilité de répartition qui semble liée à l'impact anthropique passé. Le paysage fragmenté des Coteaux de Gascogne s'est avéré être très pauvre en coléoptères saproxyliques aptères. Étonnamment, dans ce territoire, les répartitions des espèces sont mieux expliquées par les caractéristiques des paysages que celles des forêts. Pour la moitié des espèces, leurs répartitions sont mieux expliquées par la composition du paysage en 1850 que celle d'aujourd'hui. Un seuil critique de 15% de proportion de forêts dans le paysage en 1850 a pu être mis en évidence pour une espèce (Dienerella clathrata). Nous avons montré que les espèces sont capables (au moins) de se déplacer à travers les haies, quelles que soient les caractéristiques de ces dernières. Si les espèces étaient présentes dans la forêt connectée à la haie, elles ont été échantillonnées dans cette dernière. Les capacités de déplacement de trois espèces ont été étudiées en laboratoire et montrent une vitesse moyenne de 1,6m.h-1. Ces deux éléments conrment le fait que ces espèces sont mobiles dans le paysage. L'ensemble de ces résultats, ainsi que le fait que les territoires les moins anthropisés soient les plus riches en coléoptères saproxyliques aptères, nous amènent à conclure que ce groupe taxonomique supporte bien les impacts humains de faible amplitude spatiale et temporelle, mais qu'ils sont peu résilients à une anthropisation importante dans le temps et dans l'espace.

Soumise à une pression anthropique forte et croissante, la nature méditerranéenne connue pour sarichesse interspécifique est menacée sur les espaces continentaux et les plus grandes îles. Lespetites îles et les îlots se présentent alors comme les derniers refuges d’une biodiversité rare etmenacée. Dans ce contexte, la délégation Europe et International du Conservatoire du Littoral a créél’Initiative PIM, un programme d’assistance et d’échanges pour la protection de ces territoires.Par conséquent, même en Méditerranée, les îles, et particulièrement les plus petites d’entre ellesdeviennent un enjeu environnemental discuté dans les sphères politiques nationales etinternationales. En effet, si jusqu’à nos jours les îles ont occupé une place centrale dans laconstruction des savoirs scientifiques en sciences naturelles et en sciences sociales, elles seretrouvent aujourd’hui sur le devant de la scène dans de nombreuses politiques environnementales.Rendue possible par le dispositif CIFRE, ce travail de recherche s’intègre dans l’Initiative PIM par uneimmersion de plus de deux ans. Cette dernière s’incarne dans la réalisation d’un atlas encyclopédiquedes petites îles de Méditerranée occidentale. L’objectif de cet ouvrage est d’être le socle d’unplaidoyer pour la protection de la biodiversité de ces territoires, réalisé en s’appuyant sur les donnéesenvironnementales pour construire des stratégies de conservation. Les acteurs de la sciencedeviendraient alors centraux dans l’élaboration de ces stratégies. Ce travail de recherche interroge lesplaces prises par les scientifiques dans la fabrique des politiques environnementales. Qu’ils s’agissentde la construction de l’enjeu ou de la mise en place d’actions concrètes, les scientifiques peuvent êtreamenés à jouer différents rôles. En s’appuyant sur l’analyse de différentes actions environnementalesmenées pour protéger la biodiversité des petites îles de Méditerranée, une typologie des rôlesoccupés par les scientifiques est alors établie. Si les scientifiques prennent parfois une place enamont de la politique environnementale en orientant la décision, ils leur arrivent aussi d’être intégrés àl’action et les considérations écologiques qu’ils soulèvent sont mises en regards de nombreux autreséléments tels que l’acceptabilité sociale ; enfin dans certains cas, ils deviennent des cautions etjustifient l’action environnementale. / Under strong and increasing human pressure, the Mediterranean environment, famous for its richnessis threatened especially along continental areas and larger islands. Small islands and islets appear asthe last refuges of endemic and endangered biodiversity. In this context, the European andInternational delegation of Conservatoire du Littoral created the PIM Initiative, a program to promotethe exchange of best practices for the protection of these territories.Therefore, even the Mediterranean nature composed of the islands, and particularly the smaller ones,has become an environmental issue discussed on the national and international political stage. Islandshave occupied a specific place in the accrual of scientific knowledge in natural and social sciences oftoday, which are highlighted in many environmental policies.The resultant research work is part of the PIM Initiative and was performed in the frame of a CIFREprogram for three years. The main goal of the operational work was the realization of anencyclopaedic atlas of small islands in the western Mediterranean basin. Its aim was to buildconservation strategies by using environmental data. These strategies must be the basis for theprotection of biodiversity in these territories. So, the sciences stakeholders should become central inthe development of new conservation policies. This research work raises the question of the placesoccupied by scientists in the process of setting up environmental policies. From the construction of theissue to the implementation of concrete conservation actions, scientists play different roles. A typologyof the roles occupied by scientists is established based on the analysis of several environmentalactions developed in order to protect the biodiversity of small Mediterranean islands. Occasionallyscientists are involved upstream of the environmental policy by guiding the decision. Sometimes theyare more integrated in the action and the ecological regards that they raise are viewed as one elementamong other such as social acceptability. Finally, in some cases, scientists become a guarantee andjustify the environmental action.

Le développement durable est un concept qui concilie le progrès économique, l'équité sociale et l'intégrité écologique de la planète. La Convention sur la diversité biologique, basée sur les principes du développement durable, a adopté en 2004 des Lignes Directrices sur la diversité biologique et le développement du tourisme durable. Selon ces directives, une gestion durable du tourisme et de la biodiversité contribue à la réduction de la pauvreté. La Bulgarie, ex-pays communiste, affronte d'énormes obstacles socio-économiques dont l'origine peut encore être recherchée dans la fin du système socialiste. Depuis une dizaine d'années de nombreuses initiatives écotouristiques se sont développées dans ce pays. Afin de définir les limites de l'extension de l'écotourisme, le gouvernement bulgare a décidé de créer un cadre politique national pour le développement de l'écotourisme. Il a élaboré et planifié en 2003 une Stratégie nationale pour le développement de l'écotourisme. Pays membre de la Convention, la Bulgarie a décidé, en 2003, de se conformer à ses directives sur le tourisme et la biodiversité afin de développer elle-même du tourisme durable, à travers la mise en place de sa Stratégie sur l'écotourisme. Le but du présent mémoire est l'évaluation de l'applicabilité des directives internationales sur le tourisme durable et la biodiversité dans le cas de la Bulgarie – à travers la mise en place de la politique nationale sur l'écotourisme. Les objectifs à atteindre sont d'identifier les facteurs influençant le développement d'un tourisme durable en Bulgarie, en analysant les forces et les faiblesses des acteurs impliqués dans la prise de décision et la future mise en œuvre de la Stratégie sur l'écotourisme et en étudiant le cadre de gestion du tourisme et de la biodiversité en Bulgarie. Afin d'atteindre ces objectifs, une revue de la littérature a été effectuée, tant au niveau international que national, ainsi qu'une étude sur le terrain, des observations participantes et des entrevues. Étant donné le contexte socio-économique précaire de la Bulgarie, l'écotourisme, mis en œuvre efficacement, peut être très bénéfique au plan économique et social en instaurant une certaine équité sociale. Mais mal géré, il peut être dévastateur pour la biodiversité. Pour que le développement de l'écotourisme réponde aux objectifs de durabilité des directives internationales de la Convention, il faudrait renforcer les capacités endogènes du pays et éduquer et sensibiliser la population aux impacts du tourisme sur la biodiversité et à son utilisation durable. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Tourisme durable, Biodiversité, Écotourisme, Bulgarie

La pression anthropique, la variabilité climatique croissante et les changements climatiques entraînent une forte dégradation des écosystèmes. Par conséquent, pour pouvoir orienter leur conservation, il est nécessaire de disposer d’un maximum d’informations sur l’état de leur biodiversité. L’objectif global de cette thèse est de contribuer à la caractérisation de la biodiversité du Parc National de la Ruvubu (PNR), la plus grande aire protégée du Burundi, cela à travers l’analyse de sa composition floristique, de la structure de ses communautés végétales et des paramètres écologiques. Le travail a combiné des approches diversifiées, comprenant des échantillonnages de la végétation et du sol et des analyses de laboratoire. L’étude a ainsi fourni la première liste complète de la flore vasculaire du PNR comprenant 515 espèces réparties en 98 familles et 309 genres. Nonante-six espèces non encore relevées dans l’aire protégée ont été découvertes. Les familles les plus abondantes sont les Fabaceae, les Asteraceae et les Poaceae. Les savanes, les galeries forestières et les marais sont dominés respectivement par des hémicryptophytes, des phanérophytes et des géophytes. Dix groupements végétaux, dont cinq sont nouveaux, présents au sein de trois classes, quatre ordres et sept alliances phytosociologiques ont été individualisés. Les groupements présentent globalement une diversité taxonomique relativement faible tandis que l’équitabilité laisse entrevoir des communautés perturbées, particulièrement en savanes. L’altitude et quatre paramètres physico-chimiques du sol (azote total, carbone total, charge caillouteuse et pH) expliquent 48% de la variabilité floristique; cette dernière étant significativement influencée par l’altitude. Cependant, la variabilité floristique inexpliquée par les facteurs de l’environnement suggère l’implication d’autres facteurs. En matière de conservation, trente espèces sont des plantes ligneuses autochtones, prioritaires pour la revalorisation et la multiplication au Burundi. Dix espèces végétales figurent également sur la liste des espèces menacées prioritaires pour la conservation au Burundi. En définitive, le fait que le PNR abrite plusieurs éléments de la biodiversité protégés par la communauté internationale lui confère une fonction importante de réservoir de la biodiversité. Tous ces atouts militent en faveur du renforcement des stratégies de conservation et de réhabilitation de sa biodiversité dans toutes ses composantes./ Due to human pressure, increasing climate variability and climate change, ecosystems are subject to degradation. Therefore, in order to develop conservation guidelines for these ecosystems, it is necessary to have enough information on their biodiversity. The overall objective of this thesis is to contribute to the characterization of the biodiversity of the Ruvubu National Park (RNP), the biggest protected area of Burundi, through floristic composition analysis, vegetation structure and ecological parameters. The study combined a variety of approaches, including vegetation and soil sampling as well as laboratory tests. The study provided so the first complete list of vascular flora of the RNP, including 515 species distributed into 98 families and 309 genera. Ninety-six species not previously recorded from the protected area were found. The most common families were Fabaceae, Asteraceae and Poaceae. Savannahs, forest galleries and swamps were dominated respectively by hemicryptophytes, phanerophytes and geophytes. Ten plant community types, five of which were new, distributed into three classes, four orders and seven phytosociological alliances were individualized. Plant communities globally present a relative low taxonomic diversity while trends of evenness index suggest disrupted communities, especially in savannas. Altitude and four physico-chemical parameters (total nitrogen, total carbon, stoniness and pH) explained 48% of the variance of the species-environment relationship. The floristic variability was significantly influenced by altitude. However, the unexplained floristic variability by environmental factors suggests implication of other factors. As for conservation, 30 species are listed in important indigenous woody plants for revalorization and multiplication in Burundi. Ten plants are also among threatened species which require priority for conservation in Burundi. Finally, the fact that the RNP shelters several components of biodiversity protected by the international community confers an important function of biodiversity reservoir to the park. All these assets militate in favour of the reinforcement of conservation strategies and rehabilitation of RNP biodiversity in all its components. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les phénomènes étudiés par les sciences de la biodiversité sont complexes. Que peut apporter un chercheur, de son point de vue particulier, d'un champ d'investigation réduit, et de par ses moyens limités, à la compréhension de tels phénomènes ? Le sujet de ce mémoire s'inscrit dans ce registre, tout en précisant : " Quelle est la situation des analyses de la diversité génétique dans la recherche en écologie ? "

Résumé : L’action législative en matière de protection de l’environnement au Québec se caractérise par la mise en place de vastes pouvoirs discrétionnaires, lesquels permettent au gouvernement d’œuvrer au maintien d’un environnement sain et respectueux de la biodiversité dans la mesure qu’il aura préalablement déterminée. Cet état de fait n’est toutefois pas sans critiques, un tel droit se révélant en effet inadapté à bien des égards aux enjeux écologiques modernes. Le présent essai vise à mettre de l’avant une autre interprétation des normes constituant le droit québécois de l’environnement. Il y est argumenté que la Loi sur le développement durable, adoptée en 2006, peut être interprétée de manière à transformer le paradigme du droit de l’environnement, voire à systématiser ce sous-système juridique. Plus précisément, le propos œuvre à démontrer que les principes de prévention et de précaution prévus dans cette loi, loin de n’être que des principes incitatifs, imposent à l’Administration publique un devoir sous-jacent à l’ensemble de ses pouvoirs d’agir afin d’optimiser les probabilités de maintenir un environnement de qualité. Associés à l’article 46.1 de la Charte des droits et libertés de la personne, lequel devrait toutefois être réinterprété de manière à assujettir l’ensemble des droits et devoirs environnementaux au régime de responsabilité prévu par cette loi fondamentale, ces principes constitueraient dès lors la substance d’un droit pour toute personne de vivre dans un environnement sain et respectueux de la biodiversité. En seconde partie, cet essai vise à envisager le contenu d’un tel devoir découlant des principes de prévention et de précaution, puis à étudier sa possible mise en œuvre judiciaire. / Abstract : Legislative action regarding environmental protection in Québec is characterized by the establishment of wide discretionary powers, which allow the governement to maintain a healthful environment in which biodiversity is preserved to the extent that it has previously determined. However, this situation does not go without critics, such definition of environmental rights and powers have proven ill-adapted in many respects to deal with modern ecological issues. This essay aims to put forth another interpretation of the rules constituting Quebec’s environmental law. It is argued that the Sustainable Development Act, which was enacted in 2006, can be interpreted so as to transform the paradigm of environmental law, even so far as to systematize this legal subsystem. More specifically, this paper try to demonstrate that the principles of prevention and precaution provided for by this Act, far from being only incentive principles, can be interpreted as imposing an underlying duty to the Administration’s powers to maximize the probability of maintaining a healthy environment. Associated with provision 46.1 of Quebec Charter of human rights and freedoms, which should, however, be reinterpreted so as to secure the overall environmental rights and duties to the liability regime provided for by this fundamental law, these principles would thus constitute the substance of a right to a healthy environment in which biodiversity is preserved. The second part of this essay aims to consider the content of such a duty, and to foresee the consequences of its judicial application.

L'exploration complète de la diversité bactérienne reste incomplète, due à des limitations techniques (extraction d'ADN incomplète, limites des techniques de caractérisation...), à la complexité et l'hétérogénéité de la matrice sol (présence de microenvironnements...) et à l'existence de populations numériquement faibles. Bien que ces populations minoritaires jouent probablement un rôle important dans le fonctionnement de la communauté, elles sont rarement détectées par les techniques conventionnelles. Nos objectifs dans le cadre de ce travail de thèse ont été de développer des approches tant conceptuelles que techniques qui permettent d‟accéder à un niveau plus important de la diversité bactérienne présente dans les environnements complexes comme les sols. La première approche a pour but de favoriser le développement de bactéries minoritaires grâce à l'inoculation de communautés bactériennes dans des sols stérilisés avec des propriétés physico-chimiques différentes, afin de confirmer ou d‟infirmer le concept de Baas Becking « tout est partout et l‟environnement sélectionne ». Les changements de structures des communautés bactériennes inoculées, sont analysés à l'aide de puces à ADN taxonomique nouvellement développées. Les résultats confirment clairement l'impact de l'environnement sur la structure des populations bactériennes. De plus l'analyse des puces à ADN révèle des bactéries précédemment non détectées, confirmant la présence de populations minoritaires et la possibilité d‟augmenter leur abondance relative sous différentes conditions. La deuxième approche consiste au développement d'une souche bactérienne capable de capturer in situ des fragments d‟ADN. Elle a pour but d'éviter l'étape d'extraction d‟ADN. Cet outil est basé sur la construction d'un système de contre sélection positive permettant de sélectionner les clones ayant intégré des gènes d'intérêt. Nos travaux montrent clairement qu'il est possible d'améliorer l'accès à cette « rare biosphere » sans toutefois pouvoir répondre entièrement à la question : est-ce que tout est partout?