Plus de 800000 inséminations artificielles ovines en semence fraîche sont réalisées chaque année en France. Pour rester performants, les centres d'insémination ovins sont intéressés par une augmentation du nombre de doses utiles à l'insémination qu'un bélier peut produire (fonction du volume, de la concentration et de la motilité du sperme) et par une amélioration de la probabilité de réussite de l'insémination. Pour répondre à ces attentes, l'objectif de l'étude était d'estimer les facteurs environnementaux et génétiques de la production de semence et de la réussite de l'insémination en utilisant les méthodologies les mieux adaptées à la structure des données et à la spécificité des caractères étudiés. Les données des six principaux CIA ovins français, qui effectuent 96\% des IA françaises, ont servi aux analyses. Les données de production de semence étaient caractérisées par le nombre de répétitions des mesures intra et inter-année pour chaque bélier. Nous avons tenu compte de ces répétitions en ajustant dans un premier temps un modèle à répétabilité simple sur les données. Dans un deuxième temps, pour tenir compte de l'évolution de la corrélation entre mesures dans le temps, nous avons appliqué un modèle ''character process'' comportant trois effets environnementaux aléatoires: une environnement à long terme, un à court terme et la résiduelle. Dans pratiquement tous les cas, le modèle s'ajustant le mieux aux données était le modèle ''character process'' de processus spatial exponentielle pour l'environnement à court terme et autoregressive d'ordre 1 pour l'environnement à long terme. Les résultats obtenus étaient cohérents entre les races de l'étude et avec la littérature. Les principaux facteurs de variation de la production de semence retenus sont la combinaison année*saison, l'âge du bélier, l'intervalle de temps entre collectes et le nombre de sauts effectués par l'animal au moment de la collecte. Les héritabilités estimées sont moyennes (0.12 à 0.33) pour le volume, la concentration et le nombre de spermatozoïdes et plus faible pour la motilité (de 0.02 à 0.14). La réussite de l'insémination est mesurée en ovin par une variable binaire codée 1 si il y a mise-bas sur IA et 0 sinon. Elle est le résultat de la combinaison entre la fertilité de la femelle et la fécondance du mâle. Nous avons réalisé une première analyse conjointe des deux caractères en supposant que les effets génétiques et environnementaux du mâle et de la femelle s'associaient de manière additive (modèle additif). Les résultats obtenus étaient cohérents entre races et avec la littérature. Les principaux facteurs de variation de la réussite de l'IA étaient la combinaison année*saison, l'âge de la femelle, l'intervalle de temps avec la mise bas précédente, la motilité de sperme, l'inséminateur et la combinaison élevage*année. L'héritabilité de la fertilité femelle était faible (4 à 8\%), celle de la fécondance mâle était inférieure à 0.5\%. Pour être plus en adéquation avec les processus biologiques sous-jacent de la reproduction, nous avons considéré une autre modélisation conjointe: le modèle produit. Ce dernier considère qu'il existe deux phénotypes binaires sous jacent indépendants, la fécondance mâle et la fertilité femelle, et qu'il n'y a réussite de l'IA que si il y a réussite pour ces deux phénotypes. La probabilité de réussite de l'IA est le produit des probabilités de réussite des deux phénotypes non observés. Nous avons testé ce modèle sur des données simulées et montré qu'il était possible d'obtenir de bonnes estimations des paramètres. En revanche, appliquer un modèle additif alors que les données proviennent d'un modèle produit fournit des estimations biaisées, notamment pour les hautes valeurs génétiques. Nous avons réalisé une première application du modèle produit sur les données réelles. Enfin, nous avons estimé la corrélation génétique entre la fertilité femelle et la production laitière. Nous avons obtenus une corrélation génétique antagoniste similaire à ce qui a été reporté en bovin (-0.23).

Cette étude concerne la régulation de la dormance embryonnaire des semences de tournesol (Helianthus annuus L.) par le cyanure d'hydrogène (HCN), en relation avec les formes actives de l'oxygène (FAOs) et l'éthylène (C2H4). Les semences de tournesol fraîchement récoltées sont dormantes ce qui se caractérise par une germination difficile à des températures basses (10-15 °C). Un traitement de courte durée (3 h) des embryons dormants par du HCN gazeux élimine leur dormance et permet leur germination à 10°C. Cet effet stimulateur ne résulte pas d'une activation de la voie des pentoses phosphates ou de la voie insensible au cyanure, car d'autres inhibiteurs respiratoires ne permettent pas la germination des embryons dormants à 10°C. Après traitement par du HCN, les FAOs s'accumulent dans les cellules des axes embryonnaires ce qui s'accompagne d'une oxydation (carbonylation) de protéines spécifiques qui ont été en partie identifiées. Toutefois le cyanure ne modifie pas la transcription des gènes codant pour les enzymes impliqués dans la production et la signalisation des FAOs. L'effet stimulateur du cyanure sur la germination des embryons dormants n'est pas associé à une modification de la transcription des gènes impliqués dans la biosynthèse de l'éthylène, ACC synthétase et ACC oxydase, et ne résulte pas d'une augmentation de la production d'éthylène. En revanche, le HCN augmente nettement la transcription de ERF1 (ethylene response factor 1), mais n'a pas d'effet sur la transcription de ETR2 (ethylene response 2) et de CTR1 (constitutive triple response 1). Les résultats présentés permettent de proposer un nouveau mécanisme de régulation de la dormance des semences par le cyanure.

L'empaquetage des huit segments du génome des virus influenza de type A est une des étapes clef du cycle viral. Il intervient également dans l'apparition de virus réassortants, les virus pandémiques par exemple, ce qui en fait un enjeu fondamental de la recherche actuelle.Nous avons étudié ce mécanisme au cours de deux études, la première portant sur les vaccins antigrippaux (réassortiment), la seconde visant à construire un virus vecteur (incorporation d'un segment hétérologue). Les semences vaccinales sont obtenues par co-infection d'oeufs de poule embryonnés avec deux souches virales une donneuse (souche circulante de référence) et une accepteuse (A/Puerto Rico/8/34 (H1N1) (PR8)). L'analyse de la composition génétique de treize semences vaccinales H3N2 montre que le segment PB1 de la souche donneuse est présent dans plus de 50 % des semences analysées et qu'une grande variété de réassortants,allant de 6:2 à 2:6 (PR8:H3N2), peut résulter de ces coinfections. Des expériences de compétition d'encapsidation de segments à l'aide de la génétique inverse révèlent que l'encapsidation sélective du segment PB1 dépend de son environnement génétique notamment l'origine virale des segments HA et NA. La seconde partie de mon travail de thèse a été consacrée à la construction d'un vecteur réplicatif sur la base d'un virus influenza H3 naturel sans segment NA. Aucune des constructions contenant le transgène gfp n'a été incorporée dans les particules virales, contrairement à ce qui a été décrit dans la littérature. Bien que les mécanismes moléculaires régissant l'incorporation des segments des virus influenza A demeurent très complexes, le fond génétique semble être déterminant pour ce processus.

L’empaquetage des huit segments du génome des virus influenza de type A est une des étapes clef du cycle viral. Il intervient également dans l’apparition de virus réassortants, les virus pandémiques par exemple, ce qui en fait un enjeu fondamental de la recherche actuelle.Nous avons étudié ce mécanisme au cours de deux études, la première portant sur les vaccins antigrippaux (réassortiment), la seconde visant à construire un virus vecteur (incorporation d’un segment hétérologue). Les semences vaccinales sont obtenues par co-infection d’oeufs de poule embryonnés avec deux souches virales une donneuse (souche circulante de référence) et une accepteuse (A/Puerto Rico/8/34 (H1N1) (PR8)). L'analyse de la composition génétique de treize semences vaccinales H3N2 montre que le segment PB1 de la souche donneuse est présent dans plus de 50 % des semences analysées et qu’une grande variété de réassortants,allant de 6:2 à 2:6 (PR8:H3N2), peut résulter de ces coinfections. Des expériences de compétition d'encapsidation de segments à l’aide de la génétique inverse révèlent que l'encapsidation sélective du segment PB1 dépend de son environnement génétique notamment l’origine virale des segments HA et NA. La seconde partie de mon travail de thèse a été consacrée à la construction d’un vecteur réplicatif sur la base d’un virus influenza H3 naturel sans segment NA. Aucune des constructions contenant le transgène gfp n’a été incorporée dans les particules virales, contrairement à ce qui a été décrit dans la littérature. Bien que les mécanismes moléculaires régissant l’incorporation des segments des virus influenza A demeurent très complexes, le fond génétique semble être déterminant pour ce processus. / The packaging of the eight segments corresponding to the influenza A viruses genomeis a key process of the viral replication as well as a stake of actual scientific researchesbecause it leads to reassortant viruses, e.g. pandemic viruses. We studied the two main facetsof influenza segment packaging: reassortment, during vaccine seeds production and foreignsegment incorporation for influenza vector construction. Vaccine seeds are produced bycoinfection of hens’ eggs with two viruses, a donor one (reference circulating strain) and anacceptor one (A/Puerto Rico/8/34 (H1N1) (PR8)). Analysis of internal genetic composition ofthirteen H3N2 vaccine seeds reveals that PB1 segment of H3N2 donor strain is incorporatedin more than fifty per cent of the cases. Moreover, coinfection events lead to an extremelywide range of reassortants from 6:2 to 2:6 (PR8:H3N2). Segment incorporation competitionassays performed using plasmid-based reverse genetics show that selective packaging of PB1segment is based on genetic environment, i.e. viral origin of HA and NA segments. Thesecond part of my PhD work has been devoted to replicative influenza vector based on H3virus isolated from patients without NA segment at the native stage. None of the gfptransgenic constructions containing reporter gene have been incorporated in viral particles,contrary to literature studies performed using H1N1 laboratory-adapted strains. Even ifmolecular mechanisms controlling influenza A viruses segments incorporation remain stillcomplex, genetic background seems to be an essential element which must be considered withinterest.

L’image du germe, du développement organique, est très importante dans l’œuvre poétique et dramatique de Claudel. Dans ses écrits en prose qui constituent la seconde partie de son œuvre, et sont principalement consacrés à l’étude de la Bible et de ses mystères, cette métaphore devient centrale. Elle est le vecteur privilégié de l’interrogation du poète sur la vocation de l’homme, le sens de sa vie, les réalités spirituelles qui le déterminent souterrainement. La semence devient plus largement le symbole d’un monde dynamique, divinement orienté vers un achèvement parfait tout en restant acteur de son développement et ainsi véritablement créateur. À travers le travail sur cette métaphore, le poète atteint ainsi un équilibre entre la valorisation de la vitalité qu’il admire et célèbre, et la recherche d’une forme parfaite, liée à la reconnaissance d’un Dieu créateur. La mise au point de ce nouvel « art poétique » passe par un travail poétique sur les images et les motifs rencontrés dans la Bible, autour notamment de l’annonce de l’Incarnation. Pour les interpréter, Claudel puise dans la Tradition chrétienne, reçue à travers la liturgie, mais aussi par la lecture des Pères de l’Église ou de théologiens comme saint Augustin et saint Thomas. Mais il exploite également les découvertes scientifiques les plus récentes, et dialogue avec des philosophies plus modernes. L’insistance sur le mouvement et la prise en compte de la spontanéité du vivant et des obscurités de l’homme qu’exprime la métaphore séminale permettent ainsi de rapprocher Claudel, malgré son apparent isolement, de ses contemporains. / The symbol of the germ, and the model of the organic development, play a very important role in Paul Claudel’s poetical and dramatical works. When the poet devoted himself to the study and the poetic commentary of the Bible in the last part of his life, this metaphor becomes central. Claudel uses it particularly in questions such as the meaning of human life and its links with spiritual realities. More broadly speaking, the image expresses the energy and the power of development contained in a world that aims at its complete achievement. Through this image, Claudel celebrates the vigor he admires in nature, and, at the same time, the perfection of a divine realisation. The reading of the Bible leads him to renew his approach of these themes. We also have to consider the influence on him of other sources, especially the Fathers of the Church, great theologists as Thomas Aquinas or Saint Augustine and other spiritual books which he frequently refers to. Nevertheless, we should not forget that he exploits as well the more recent scientific discoveries and discusses contemporary issues. The image of the germ allows Claudel to stress the dynamism of the world, the spontaneity of living things and to illustrate the mystery of man; thus, it is at the heart of his poetical world.

La maîtrise des qualités physiologique (performance germinative) et sanitaire des semences (vection d'agents pathogènes) constitue un verrou scientifique et technologique majeur dans le cadre d'une agriculture raisonnée et mondialisée. La qualité physiologique repose notamment sur la tolérance à la dessiccation, la dormance et l'aptitude à la conservation qui s'acquièrent pendant le développement de la graine. Cependant les mécanismes régulateurs de ces processus restent mal compris. Chez Medicago truncatula, par une approche transcriptomique nous avons montré que la signalisation par l'acide abscissique participe via le facteur de transcription ABI5 à la régulation de la survie à l'état sec et à la dormance. ABI5 joue un rôle prépondérant dans les phases du développement allant de la fin de la maturation et à la levée. La transmission à et par les semences est l'un des principaux moyens de survie et de dissémination des bactéries phytopathogènes telles que Xanthomonas. Les éléments du dialogue moléculaire qui pourrait s'établir entre ces bactéries et la graine sont cependant méconnus. Après avoir établi que la contamination est plus efficace en situation compatible [Xanthomonas alfalfae subsp. alfalfae] qu'en situation incompatible [X. campestris pv. campestris, Xcc], nous démontrons l'existence d'un dialogue moléculaire entre Xcc et la graine en développement. La réponse transcriptionelle de la graine contaminée par Xcc et la réduction de leur poids suggèrent un trade-off entre l'activation des défenses basales et son développement. Cette thèse apporte des éléments permettant de suggérer que les qualités sanitaire et physiologique sont liées.

La transmission aux semences est l’un des moyens les plus efficaces de survie et de dispersion pour les champignons phytopathogènes. Les semences ainsi contaminées sont altérées dans leur germination et leur viabilité. De ce fait, nous avons cherché à identifier des mécanismes moléculaires qui pourraient être impliqués dans cette capacité de transmission en utilisant le pathosystème modèle Alternaria brassicicola - Arabidopsis thaliana. Pour cela, nous avons analysé la réponse d’A. brassicicola soumis à différentes contraintes in vitro et in vivo :l’exposition à des métabolites de défenses de la famille des Brassicacées (brassinine,camalexine et isothiocyanate) et à des perturbations de la balance hydrique (dessiccation,sorbitol and PEG) ainsi que lors de la colonisation de la semence à partir des siliques. Nous avons montré que la cible probable des phytoalexines indoliques était la mitochondrie avec notamment une altération de la respiration et du potentiel membranaire mitochondrial après une courte exposition. Nos analyses ont aussi révélé que plusieurs protéines de type hydrophilines-like ou en lien avec formation des eisosomes, semblaient être impliquées dans la réponse au stress hydrique. Nous avons également montré que l’expression de la majorité des gènes codant ces protéines était dépendante d’au moins une des trois protéines kinases,AbSch9, AbNik1 and AbHog1. Enfin, nos analyses in planta ont permis d’identifier un mécanisme inattendu, impliquant le remodelage de la chromatine comme élément potentiel,de la régulation de l’expression génique du champignon lors de l’infection. / Seed transmission is one of the most effective means of survival and dispersal for plant pathogenic fungi. The contaminated seeds are altered in their germination and viability. As a result, we have sought to identify molecular mechanisms that could be involved in this transmission capacity using the Alternaria brassicicola - Arabidopsis thaliana pathosystem model. To do this, we analyzed the response of A. brassicicola subjected to different stresses in vitro and in vivo: exposure to defence metabolites of the Brassicaceae family (brassininin, camalexin and isothiocyanate) and to perturbations of the water balance (desiccation, sorbitol and PEG) as well as during seed colonization from silicics. We have shown that the likely target of indolic phytoalexins is mitochondria, including impaired respiration and mitochondrial membrane potential after short exposure. Our analyses also revealed that several hydrophiline-like proteins or proteins related to eisosome formation appeared to be involved in the response to water stress. We have also shown that the expression of the majority of genes encoding these proteins is dependent on at least one of the three protein kinases, AbSch9, AbNik1 and AbHog1. Finally, our in planta analyses identified an unexpected mechanism, involving the remodelling of chromatin as a potential element in regulating the gene expression of the fungus during infection.

Les modèles économiques de la « filière semence » sont pluriels. Mais la réglementation ne prend en compte que l'un d'entre eux. Ses règles techniques sont dirigistes, répondent à la spécificité des variétés commerciales conçues pour la seule agriculture productiviste et entravent les pratiques caractéristiques des modèles économiques parallèles. <br />Cette thèse a pour objet d'aider à la compréhension de cette réglementation mal connue, de son élaboration, de sa mise en œuvre, de ses contraintes et de ses conséquences, ce qui clarifie le contexte juridique de la filière. D'autre part, elle montre que toutes les règles envisagées ou élaborées par le pouvoir réglementaire sont façonnées par les acteurs économiques et institutionnels du modèle dominant selon leurs intérêts propres et portent préjudice aux autres modèles. Or, il est possible qu'une autre réglementation puisse être élaborée, qui garantisse la pluralité, la viabilité et la spécificité de chacun des modèles concurrents.

The aim was selected in a commercial breeding (AGRO Vodňany a.s.) to analyze and evaluate herd reproductive performance of sows used for the production of piglets (final hybrids). The analysis was focused on the age structure of the sow, when the first and second litter was 28.8% on the 3rd to 5th litter 23.5% and the sixth and other litters of sows 47.7%.The annual renewal of the herd was culled 22.9% and 25.5% included sows for breeding.This breeding is used natural reproduction, where for the purposes of reproduction bred four boars lines of 48 (White paternity x Pietrain).The average gestation length breeding was 115.2 of days. In 2016, it was born an average of 13.8 piglet per litter, of which 11.5 piglet of live and been preserved was 10.2 piglet per litter.The length of the farrowing interval was 171,1 days and the onset of estrus after weaning piglets was an average of 4.9 days.Weaning is in monitored husbandry carried out between 28 to 31 day age of piglets.Part of this work was to evaluate zoohygiene also at stud and compared with the results of performance farms in the Czech Republic and recommendations for improving the results of husbandry evaluated. When comparing the results of selected indicators identified in Agro Vodňany a.s. with selected data published by the Czech Statistical Office for the South Bohemian Region and the Czech Republic in 2016, it was found that the number of piglets born per sow in the Czech Republic was 30.1 piglets. Piglets was born25.1 in South Bohemia and 24.3piglets was born per sow in Vodňany. The death of piglets from the number of births in the Czech Republic was 10.6% in the South Region accounted for 15.6% and in Vodňany it was 11.9%.The number of surviving piglets per sow in the Czech Republic was 26.9 piglets in South Bohemia have been preserved 21.3 piglet per sow and Vodnany during the reporting period have been preserved 21.4 piglets per sow.

Dans cette thèse nous nous interrogeons sur l'émergence d'une complémentarité stratégique entre l'agriculture et la biodiversité dans les territoires à haute valeur environnementale. Nous étudions l'exemple de la Camargue, zone humide d'intérêt international, où l'enjeu est de concilier agriculture et protection de l'environnement. Nous réalisons d'abord une analyse du contexte camarguais, en insistant sur les rapports ambivalents entre agriculture et biodiversité . Dans la mesure où la réforme future de la PAC va venir remettre en question les conditions d'octroi de ces aides, autant que leur volume global, le développement de la riziculture camarguaise passe à terme par son association à une image de terre sauvage et naturelle. Cette complémentarité stratégique de fait peut permettre de concevoir les futures politiques publiques et de justifier le maintien des aides à la riziculture camarguaise, par sa contribution à la gestion durable de la biodiversité. Nous examinons ensuite les conditions économiques d'émergence d'une riziculture biologique, dans ce contexte particulier. Les conditions de marché, et plus précisément la présence d'une concurrence imparfaite, caractérisés par la concentration de la fourniture d'intrants (herbicides et semences) en un petit nombre de fournisseurs. Leurs stratégies d'adaptation au développement des pratiques d'agriculture biologique sont contraintes par les conditions de marché et limitées aux quantités offertes. Nous étudions à quelles conditions un équilibre stratégique existe, et excluons des équilibres extrêmes (riz biologique dominant / exclu). Nos résultats placent les stratégies d'offre variétale au c?ur de ces interactions stratégiques, c'est pourquoi nous prolongeons cette approche stratégique par l'étude des déterminants économiques de la diversité variétale dans les exploitations rizicoles camarguaises. Celle-ci confirme la place accordée aux stratégies de niche, et met en avant le rôle des opportunités de marché et des réseaux dans les choix de porte-feuille de cultivars par les agriculteurs, au-delà des contraintes structurelles de l'exploitation. Enfin, une enquête de type "choice experiments" fait apparaître l'influence des normes collectives dans les préférences des riziculteurs camarguais pour les technologies de production dont ils disposent. Les résultats de cette étude empirique montrent qu'une grande majorité des producteurs pourrait adopter des technologies sans intrants chimiques, à condition d'être accompagnés de compensations financières équivalentes à celles accordées actuellement sans condition dans le cadre de la PAC. Au-delà du cas d'étude, la thèse fournit donc des enseignements utiles pour la conception de politiques publiques capables de concilier efficacité économique et développement durable. Elle est aussi une contribution à la réflexion sur la gestion intégrée multi-acteurs de l'agriculture et de la biodiversité à l'échelle d'un territoire à haute valeur environnementale. / In this research, we assessed the emergence of a strategic complementarity between farming and biodiversity, in a landscape with a high environmental value. We rely on the Rhone river delta, wetland of international interest, and well known biodiversity's hotspot. We examine the conditions of emergence of the organic agriculture in this particular context. The market conditions, more precisely the presence of imperfect competition for input (seeds and herbicides) are putting several constraints on adaptation's strategies accessibles to firms. As a consequence, the main way to adapt is the control of input supply. We study at which conditions an interior equilibrium does exist. The study of economic factors of rice' cultivar's diversity in farms in the Camargue area confirm the role played by niche strategies, and highlight the importance of market opportunities and commercial networks in the cultivar's portfolio choices made by farmers. They are naturally playing in interaction with factors governing the costs and benefits of managing a greater cultivar's diversity. Finally, the choice experiments survey put emphasis on the influence of collective norms in farmers' preferences for production technologies. The results show that a large majority of rice producers are adopt agro-ecological technologies at a price of monetary incentives equivalent to those obtained currently from the CAP, without conditions. Thus, the future of agricultural development in the Camargue area should be associated with environmental preservation. This de facto strategic complementarity could enables stakeholders and public authorities to design future public policies and give a conditional support to a sustainable agriculture.