La transmission aux semences est l’un des moyens les plus efficaces de survie et de dispersion pour les champignons phytopathogènes. Les semences ainsi contaminées sont altérées dans leur germination et leur viabilité. De ce fait, nous avons cherché à identifier des mécanismes moléculaires qui pourraient être impliqués dans cette capacité de transmission en utilisant le pathosystème modèle Alternaria brassicicola - Arabidopsis thaliana. Pour cela, nous avons analysé la réponse d’A. brassicicola soumis à différentes contraintes in vitro et in vivo :l’exposition à des métabolites de défenses de la famille des Brassicacées (brassinine,camalexine et isothiocyanate) et à des perturbations de la balance hydrique (dessiccation,sorbitol and PEG) ainsi que lors de la colonisation de la semence à partir des siliques. Nous avons montré que la cible probable des phytoalexines indoliques était la mitochondrie avec notamment une altération de la respiration et du potentiel membranaire mitochondrial après une courte exposition. Nos analyses ont aussi révélé que plusieurs protéines de type hydrophilines-like ou en lien avec formation des eisosomes, semblaient être impliquées dans la réponse au stress hydrique. Nous avons également montré que l’expression de la majorité des gènes codant ces protéines était dépendante d’au moins une des trois protéines kinases,AbSch9, AbNik1 and AbHog1. Enfin, nos analyses in planta ont permis d’identifier un mécanisme inattendu, impliquant le remodelage de la chromatine comme élément potentiel,de la régulation de l’expression génique du champignon lors de l’infection. / Seed transmission is one of the most effective means of survival and dispersal for plant pathogenic fungi. The contaminated seeds are altered in their germination and viability. As a result, we have sought to identify molecular mechanisms that could be involved in this transmission capacity using the Alternaria brassicicola - Arabidopsis thaliana pathosystem model. To do this, we analyzed the response of A. brassicicola subjected to different stresses in vitro and in vivo: exposure to defence metabolites of the Brassicaceae family (brassininin, camalexin and isothiocyanate) and to perturbations of the water balance (desiccation, sorbitol and PEG) as well as during seed colonization from silicics. We have shown that the likely target of indolic phytoalexins is mitochondria, including impaired respiration and mitochondrial membrane potential after short exposure. Our analyses also revealed that several hydrophiline-like proteins or proteins related to eisosome formation appeared to be involved in the response to water stress. We have also shown that the expression of the majority of genes encoding these proteins is dependent on at least one of the three protein kinases, AbSch9, AbNik1 and AbHog1. Finally, our in planta analyses identified an unexpected mechanism, involving the remodelling of chromatin as a potential element in regulating the gene expression of the fungus during infection.