Résumé Parmi les rétrovirus tumorigènes, les rétrovirus appelés « complexes » dont font partie HTLV-1 chez l’homme et BLV chez le mouton, sont responsables de leucémies lymphoïdes chroniques caractérisées par des pathogenèses similaires. Bien que la contribution essentielle de la protéine Tax dans la leucémogenèse soit bien établie pour ces deux virus, il existe toujours une contreverse quant à l’expression des protéines virales -dont l’oncoprotéine Tax- dans les cellules transformées. Dans le cas de HTLV-1 et BLV, le virus est latent. Une hypothèse attrayante suggère que l’extinction complète du provirus accompagnée du blocage transcriptionnel de l’expression de Tax dans la cellule leucémique serait un élément indispensable au développement de la tumeur en réduisant son immunogénicité. Le silencing viral permettrait à la cellule infectée d’échapper à la reconnaissance par le système immunitaire de l’hôte. Dans la première partie de notre travail, nous avons pu montrer, grâce à l’observation et le suivi de deux moutons infectés par BLV, que l’extinction virale était associée au développement tumoral. Alors que la phase asymptomatique est caractérisée par l’existence de différents clones cellulaires infectés et exprimant le virus, la phase tumorale est caractérisée par l’existence d’un seul clone cellulaire dans lequel l’expression virale est éteinte. Dans le cas du mouton S2531, nous avons mis en évidence que le silencing observé dans la phase tumorale est d’origine génétique. L’extinction de l’expression virale et la domination du clone muté au niveau de la protéine Tax (K303) sont associées à l’émergence de la leucémie et constituent une caractéristique de la phase tumorale. Le deuxième mouton étudié, S267, est caractérisé par la présence de cellules infectées non transformées et transformées au même moment. Par ailleurs, le mouton S267 est caractérisé par une absence de mutations ou délétions au niveau du provirus intégré dans les cellules tumorales. Dans la deuxième partie de notre travail, nous avons pu, grâce à l’établissement de la lignée L267 dans laquelle le silencing viral n’est pas lié à une défection dans la structure génomique du provirus, élucider les mécanismes épigénétiques responsables du silencing. Nous montrons que ce provirus silencieux peut être réactivé in vitro 1) lorsque la protéine Tax sauvage est introduite par transfert rétroviral, 2) après traitement des cellules par la trichostatine A (TSA), un inhibiteur des histones désacétylases, 3) par traitement des cellules à la 5’azacytidine, un agent inhibiteur de DNA méthyltransférases. La réactivation du provirus silencieux lui confère la capacité d’infecter des moutons sains, suggérant que le provirus est complet et exempt de mutation qui pourrait altérer son fonctionnement. Les complexes de désacétylation des histones msin3A et HDAC-1 jouent un rôle important dans l’établissement du silencing viral via la condensation de la chromatine, et ce changement de la structure chromatinienne est lié a un ensemble de modifications ciblant les acides aminés des queues N-terminales des histones H3 et H4 établissant ainsi un code histone pour l’extinction et l’expression du provirus. Enfin, l’étude comparative des profils d’expression génique de cellules B tumorales dans lesquelles le provirus BLV est soit silencieux, soit ré-activé suite à l’expression exogène de Tax a montré que les mécanismes épigénétiques de silencing se superposent même dans le modèle génétique de silencing. De plus le rétablissement de l’expression virale par Tax est associé à une élimination des complexes de désacétylation des histones au niveau du promoteur viral. Nos résultats ouvrent le champ vers l’utilisation de modèle de leucémie ovine dans des essais thérapeutiques basés sur la combinaison du traitement par des inhibiteurs des HDACs et des DNMTs et une immunothérapie ciblant des antigènes tumoraux d’origine virale ou cellulaire. De telles expériences in vivo constitueront un modèle utile pour le traitement l’ATLL et de pathologies prolifératives touchant les cellules B chez l’homme.

Plus de 800000 inséminations artificielles ovines en semence fraîche sont réalisées chaque année en France. Pour rester performants, les centres d'insémination ovins sont intéressés par une augmentation du nombre de doses utiles à l'insémination qu'un bélier peut produire (fonction du volume, de la concentration et de la motilité du sperme) et par une amélioration de la probabilité de réussite de l'insémination. Pour répondre à ces attentes, l'objectif de l'étude était d'estimer les facteurs environnementaux et génétiques de la production de semence et de la réussite de l'insémination en utilisant les méthodologies les mieux adaptées à la structure des données et à la spécificité des caractères étudiés. Les données des six principaux CIA ovins français, qui effectuent 96\% des IA françaises, ont servi aux analyses. Les données de production de semence étaient caractérisées par le nombre de répétitions des mesures intra et inter-année pour chaque bélier. Nous avons tenu compte de ces répétitions en ajustant dans un premier temps un modèle à répétabilité simple sur les données. Dans un deuxième temps, pour tenir compte de l'évolution de la corrélation entre mesures dans le temps, nous avons appliqué un modèle ''character process'' comportant trois effets environnementaux aléatoires: une environnement à long terme, un à court terme et la résiduelle. Dans pratiquement tous les cas, le modèle s'ajustant le mieux aux données était le modèle ''character process'' de processus spatial exponentielle pour l'environnement à court terme et autoregressive d'ordre 1 pour l'environnement à long terme. Les résultats obtenus étaient cohérents entre les races de l'étude et avec la littérature. Les principaux facteurs de variation de la production de semence retenus sont la combinaison année*saison, l'âge du bélier, l'intervalle de temps entre collectes et le nombre de sauts effectués par l'animal au moment de la collecte. Les héritabilités estimées sont moyennes (0.12 à 0.33) pour le volume, la concentration et le nombre de spermatozoïdes et plus faible pour la motilité (de 0.02 à 0.14). La réussite de l'insémination est mesurée en ovin par une variable binaire codée 1 si il y a mise-bas sur IA et 0 sinon. Elle est le résultat de la combinaison entre la fertilité de la femelle et la fécondance du mâle. Nous avons réalisé une première analyse conjointe des deux caractères en supposant que les effets génétiques et environnementaux du mâle et de la femelle s'associaient de manière additive (modèle additif). Les résultats obtenus étaient cohérents entre races et avec la littérature. Les principaux facteurs de variation de la réussite de l'IA étaient la combinaison année*saison, l'âge de la femelle, l'intervalle de temps avec la mise bas précédente, la motilité de sperme, l'inséminateur et la combinaison élevage*année. L'héritabilité de la fertilité femelle était faible (4 à 8\%), celle de la fécondance mâle était inférieure à 0.5\%. Pour être plus en adéquation avec les processus biologiques sous-jacent de la reproduction, nous avons considéré une autre modélisation conjointe: le modèle produit. Ce dernier considère qu'il existe deux phénotypes binaires sous jacent indépendants, la fécondance mâle et la fertilité femelle, et qu'il n'y a réussite de l'IA que si il y a réussite pour ces deux phénotypes. La probabilité de réussite de l'IA est le produit des probabilités de réussite des deux phénotypes non observés. Nous avons testé ce modèle sur des données simulées et montré qu'il était possible d'obtenir de bonnes estimations des paramètres. En revanche, appliquer un modèle additif alors que les données proviennent d'un modèle produit fournit des estimations biaisées, notamment pour les hautes valeurs génétiques. Nous avons réalisé une première application du modèle produit sur les données réelles. Enfin, nous avons estimé la corrélation génétique entre la fertilité femelle et la production laitière. Nous avons obtenus une corrélation génétique antagoniste similaire à ce qui a été reporté en bovin (-0.23).

La mélatonine est une hormone synthétisée et sécrétée uniquement la nuit par la glande pinéale. Son rôle principal est son implication dans la synchronisation de la saison de reproduction. La mélatonine se lie aux récepteurs, MT1 et MT,, membres de la famille des récepteurs à sept domaines transmembranaires couplés aux protéines G (RCPG).Le clonage récent du récepteur ovin MT2a remis en cause toutes les données connues. La pharmacologie et les voies de signalisation du récepteur oMT2ont été étudiées et sont communes à celles des récepteurs des autres espèces. En revanche, oMT2possède une originalité de séquence avec la présence du motif DRY, fortement impliqué dans l’établissement de l’activité constitutive des RCPG. D’une part, nous avons montré que l’ensemble des récepteurs MT possèdent une activité constitutive. D’autre part, nous avons identifié deux agonistes inverses pour les récepteurs hMT2, initialement décrits comme antagonistes. Dans l’optique de discriminer les rôles respectifs des récepteurs MT in vivo, le développement d’une approche par ARN interférents a été validée dans un modèle cellulaire, la lignée CHO-KI exprimant les récepteurs ovins et de rat. / Melatonin is a hormone synthesized and secreted only during night by pineal gland. A main role of melatoninconcerns its implication in the synchronization of reproductive seasonality. Binding sites of melatonin are MT1and MT2 receptors which belong to the superfamily of seven-transmembrane-spanning G protein-coupledreceptors (GPCRs).Recent cloning of ovine MT2 receptor has challenged the knowledge about melatonin receptors. Wedemonstrated that its pharmacology and signalling pathways were similar to subtype 2 receptor of othersspecies (human and rat). Nevertheless, oMT2 receptor possesses a particularity of sequence, with the presenceof DRY motif which is known to be involved in the establishment of constitutive activity of GPCRs. In ourstudy, we demonstrated the existence of constitutive activity for ail the melatonin receptors. In addition, weidentified two inverse agonists for human MT2 receptors, previously described as antagonists. To describe therespective roles of each subtype of melatonin receptors in vivo, siRNA approach was developed in cell line,CI-10-K Iexpressing ovine and rat melatonin receptors

Mise en contexte: Le syndrome d'aspiration méconiale (SAM) sévère est une détresse respiratoire causée par l'inhalation de liquide amniotique teinté de méconium. Les nouveau-nés atteints d'un SAM sévère nécessitent souvent un support ventilatoire invasif qui mène à un haut taux de morbidité et de mortalité. La ventilation liquidienne totale (VLT) est considérée comme une avenue thérapeutique prometteuse de lavage bronchoalvéolaire (LBA) effectué avec un perfluorocarbone dans le cas d'un SAM sévère. L'équipe Inolivent a développé récemment un 4 e prototype de ventilateur liquidien total (Inolivent 4) conçu pour des applications pédiatriques qui fait l'objet d'études expérimentales. Objectif: Les objectifs de cette maîtrise étaient de valider le ventilateur liquidien, d'optimiser les paramètres ventilatoires de la VLT, de mettre au point un modèle néonatal ovin de SAM ainsi que de caractériser l'efficacité et la tolérance d'un VLT-LBA en comparaison avec un lavage bronchoalvéolaire contenant une dilution de surfactant exogène (S-LBA) dans ce même modèle. Notre hypothèse est que le VLT-LBA sera mieux toléré et plus efficace qu'un S-LBA dans le cas d'un SAM sévère. Matériel et méthode: La validation du prototype 4 a été effectuée avec cinq agneaux à poumons sains et plusieurs paramètres ont été testés de façon à optimiser la ventilation. Ensuite, sept agneaux ont servis à développer le modèle pathologique de SAM. Étude animale randomisée contrôlée approuvée par notre comité d'éthique institutionnel. Une fois anesthésiés et paralysés, 20 agneaux nouveau-nés ont subis une chirurgie visant le monitorage des gaz du sang (GDS) et les paramètres hémodynamiques par thermodilution (Pulsion medical system, Ger). Un SAM sévère fut alors induit à l'aide de l'instillation de 2 aliquotes de 1mL/kg d'une dilution à 25% de méconium humain dans le salin. Les agneaux ont ensuite été randomisés dans deux groupes : VLT-LBA (n=10) à une ventilation minute de 160 mL/kg/min avec le PFDEC (Perfluorodecalin; F2Chemicals, UK) et S-LBA (n=10) ventilé conventionnellement en administrant deux LBA de 15 mL/kg contenant 5mg/mL de surfactant (BLES biochemicals Inc., Canada). Les deux groupes furent ventilés pour un total de 4 heures suivant la randomisation. Résultats: Le VLT-LBA permet une PaO[indice inférieur 2] significativement supérieure au S-LBA tout au long de l'expérimentation. Les valeurs de PaCO[indice inférieur 2], de pH ainsi que les paramètres hémodynamiques sont comparables pour les deux groupes à l'exception d'une augmentation de la pression artérielle pulmonaire moyenne (PaPm) durant la VLT. Le VLT-LBA permet le lavage de 43.14% du méconium instillé alors qu'avec le S-LBA on en retire 28.10% (p < 0,022). L'analyse histologique des coupes de poumons n'a montré aucune différence entre les scores totaux. Conclusion: Le VLT-LBA est bien toléré et est plus efficace que le S-LBA dans ce model expérimental ovin de SAM sévère. Les niveaux surélevés de PaPm durant la VLT nécessite d'être investigués. Cette expérimentation ouvre la voie à une éventuelle étude clinique avec le VLT-LBA comme traitement d'un SAM sévère.

La paratuberculose est une maladie enzootique contagieuse des ruminants due à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). La longue période d'incubation et les faibles performances diagnostiques des tests limitent l'efficacité des plans de maîtrise. Les grands effectifs des troupeaux ovins limitent l'approche par dépistage individuel exhaustif, et les plans de maîtrise s'orientent vers la vaccination, dont les effets n'ont pas été évalués dans les troupeaux français. Á partir d'échantillons de sérum et de fèces de près de 4000 brebis issues de 30 élevages du Lot, les performances diagnostiques de deux trousses sérologiques ELISA et d'une qPCR sur fèces ont été estimées par des modèles à classes latentes bayésiens et fréquentistes. Nos résultats confirment la faible sensibilité et le défaut de spécificité des sérologies ELISA pour la détection des ovins infectés ; la qPCR présentant de meilleures performances diagnostiques. Par ailleurs nous avons évalué les performances diagnostiques relatives des ELISA et de la qPCR appliquées à des mélanges d'échantillons. Dans les deux cas les animaux forts répondeurs étaient détectés de façon systématique, les animaux faiblement positifs étant détectés de façon moins constante. Sur la base de simulations, nous avons évalué les performances des stratégies de dépistage et de suivi basées sur les analyses de mélanges d'échantillons à l'échelle des troupeaux. Alors que la sérologie ELISA est apparue insuffisamment spécifique, l'analyse de mélange de fèces par qPCR semble être une approche prometteuse, permettant de détecter des faibles prévalences d'infection. Enfin les travaux menés dans les troupeaux vaccinés ont précisé dans quelles mesures leur situation épidémiologique pouvait être approchée par l'emploi d'analyses en mélanges. / Paratuberculosis is a contagious enzootic disease in ruminants caused byMycobacteriumavium ssp. paratuberculosis (Map). The long incubation period and the low informative values of antemortem diagnostic tests limit the effectiveness of control plans. In large sheep flocks, exhaustive individual testing is unfeasible and control plansmainly focus on vaccination, the effects of which have not yet been evaluated in French flocks. Using blood and feces samples from nearly 4000 ewes in 30 sheep flocks from the French department of Lot, the diagnostic performances of two serum ELISA and one fecal qPCR kits were estimated using bayesian and frequentist latent class modeling. Our results confirm the low sensitivity and non-perfect specificity of serum ELISA for the detection of subclinically infected animals, while the diagnostic performances of fecal qPCR were better. We also evaluated the relative diagnostic performances of pooled-sample analysis for both tests. Highly qPCR/ELISA positive samples were invariously detected while low positive ones were associated with lower detection rates. The flock-level epidemiological performances of screening strategies based on pooled-sample analysis were evaluated by simulation studies. Pooled serum ELISA appeared lowly specific. Conversely, pooled fecal qPCR appeared promising, allowing the detection of low infection prevalence. Finally, the work carried out in the vaccinated flocks made it possible to better know their epidemiological status and to specify to what extent it could be approached using pooled-sample analysis.

Chez les mammifères, les spermatozoïdes, au cours du transit à travers le tractus génital femelle, rencontrent des environnements qui influencent leur mobilité et leur pouvoir fécondant. L’analyse par spectrométrie de masse de ces milieux (plasma séminal, mucus cervical, fluides de l’utérus et de l’oviducte) a permis une caractérisation approfondie de leur protéome et l’identification de protéines modifiant l’activité des gamètes comme la Zinc Alpha Glycoprotein. L’étude du protéome du tractus génital femelle au cours du cycle oestral a montré une régulation différentielle de la sécrétion des protéines selon l’organe et le stade du cycle. La comparaison du protéome et des propriétés mécaniques du mucus cervical a montré l’impact de la mucine 5AC sur la viscosité du mucus et la mobilité des spermatozoïdes dans ce mucus. Cette interaction entre le mucus cervical et les spermatozoïdes se traduit par la fixation à leur surface de nouvelles protéines, comme la myosine 9, ayant un impact potentiel sur leur pouvoir fécondant. / During their transit through the female genital tract, mammalian spermatozoa encounter several environments that influence their mobility and fertilizing ability. Analysis by mass spectrometry of these environments (seminal plasma, cervical mucus, fluids from the uterus and the oviduct) enabled characterization of their proteomes and the identification of proteins able to modify gamete function such as Zinc Alpha Glycoprotein. The study of the female genital tract proteome during the oestrous cycle showed differential regulation of the protein secretion according to the organ and the stage of the cycle. Comparison of the proteome and the mechanical properties of cervical mucus showed the impact of mucin 5AC on the viscosity of mucus and the motility of spermatozoa in its presence. 52 cervical mucus proteins, such as myosin 9, bind to the surface of spermatozoa which may impact sperm function and fertilizing ability.

La tremblante atypique a été découverte suite à l'intensification du dépistage des encéphalopathies spongiformes transmissibles des petits ruminants. Les premiers éléments disponibles suggéraient que cette forme pourrait ne pas être d'origine infectieuse, à la différence de la forme classique de tremblante. Cette nouvelle forme a soulevé des questions sur sa dangerosité pour l'homme et l'animal et ses conséquences sur l'efficacité des programmes de lutte contre la tremblante. L'objectif global de la thèse, était de décrire la situation épidémiologique de la maladie chez les ovins et d'en explorer les facteurs de risque. Nous avons entrepris une étude descriptive des résultats de la surveillance de la tremblante en France et en Europe, une exploration des facteurs de risque liés aux pratiques d'élevage et à la génétique ainsi qu'une étude de l'agrégation des cas sur le plan géographique et dans les troupeaux atteints. Dans la plupart des cas, nous avons comparé nos résultats à ceux obtenus pour la tremblante classique. Ces études ont montré que la tremblante atypique avait une prévalence assez homogène entre les différentes sous-populations comparées de l'ordre de six cas pour dix mille animaux testés, ce qui contrastait avec les résultats pour la tremblante classique, nettement plus variables. Les facteurs de risque génétique étaient marqués et aucun facteur de risque évoquant une origine infectieuse de la maladie n'a été identifié. De plus, la prévalenve de la tremblante atypique n'est pas différente dans les troupeaux atteints et dans la population générale et les cas n'avaient pas tendance à s'agréger. Ces résultats confortent l'idée que la tremblante atypique est peu ou pas contagieuse, ce qui est compatible avec une origine non infectieuse.

La spécialisation des systèmes agricoles et des territoires montre ses limites, principalement d’un point de vue environnemental mais aussi économique si les prix augmentent. La diversification et l’intégration de culture et d’élevage au sein des exploitations apparaît être une solution de production plus durable, mais leur fonctionnement n’est pas totalement appréhendé. Nous émettons les hypothèses qu’il existe des conditions d’intégration sous lesquelles les systèmes de polyculture-élevage (PCE) sont effectivement plus durables que les systèmes spécialisés et que les méthodes de caractérisation et d’évaluation des systèmes de polyculture-élevage ne permettent pas d’identifier ces conditions. Dans l’objectif de vérifier ces hypothèses, nous avons développé le modèle Sheep’n’Crop pour simuler des systèmes de polyculture-élevage ovin allaitant contrastés auxquels deux types d’analyses ont été effectuées : (i) analyses d’indicateurs économiques, de productivité et environnementaux (GES, MJ, bilan N) à l’échelle de l’exploitation agricole et des ateliers de production en vue d’évaluer la durabilité des systèmes, et (ii) analyse d’efficience énergétique à partir de la méthode de frontière de production DEA pour caractériser la complémentarité des ateliers de culture et d’élevage. Ces analyses ont été menées sur trois stratégies de production à possibilités d’interactions décroissantes – systèmes intégrés, non-intégrés, diversifiés fictifs – au sein desquels l’organisation culture-élevage (% culture) et la saisonnalité de la production ovine (printemps ou automne) varient. L’évaluation de la durabilité montre que les interactions culture-élevage et une mise-bas de printemps permettent d’améliorer tous les indicateurs de durabilité, mais un pourcentage de culture élevé réduit les performances pour la consommation d’énergie non-renouvelable et le bilan azoté. La caractérisation de l’intégration des systèmes PCE par leur gain d’efficience énergétique – la complémentarité - montre que les systèmes intégrés et non-intégrés simulés sont plus efficients que les systèmes diversifiés fictifs de +6.4% et +0.4%. Le lien entre l’indicateur de complémentarité et la durabilité des systèmes est néanmoins difficile à établir étant donné l’existence de trade-off. Nous recommandons de compléter ces résultats en améliorant la considération des contextes pédoclimatiques et socio-économique, de l’efficience d’échelle de production, du niveau d’intensification de l’atelier animal et des effets agronomiques et techniques des interactions culture-élevage. / Specialization of farming systems and territories are not environmental-friendly, moreover those systems are threatened by the expected higher prices of inputs of production. Diversification and integration of crop and livestock at the farming system scale appears to be a valuable way to enhance farming system sustainability. We posit that they must be conditions of integration that permit mixed crop-livestock systems to be more sustainable than specialized systems and that existing methods of mixed crop-livestock systems characterization do not permit identifying those conditions. To test those hypothesis, we designed a whole-farm model – Sheep’n’Crop – that permits simulating contrasted mixed crop-livestock systems and evaluating (i) their sustainability through economic, productive and environmental (MJ, GHG, N balance) indicators and (ii) their energetic efficiency through a DEA production frontier analysis in order to characterize the complementarity that exists between crop and livestock subsystems. Those analyses were run on three contrasted farming system strategies, distinguished by a decreasing possibility of interactions between crop and livestock subsystems: integrated systems, non-integrated systems and virtual diversified systems. Those systems are also characterized by various crop-livestock organizations (% of crops) and lambing’s periods (spring or autumn). The analysis of sustainability indicates that crop-livestock interactions and spring seasonality permit enhancing each performance of sustainability. However, a high percentage of crops makes decrease the MJ consumption and N balance performances. The characterization of mixed crop-livestock systems through their energetic efficiency gains – the complementarity – show that integrated and non-integrated systems are respectively more efficient than virtual diversified systems by +6.4% and +0.4%. Comparing the complementarity index and indicators of sustainability of farming systems, we highlighted the existence of trade-off. Before analyzing and identifying the best trade-off compromise, we recommend completing our results by testing various pedoclimatic and socio-economic context, the effect of scale efficiencies, the effect of livestock intensification and increasing agronomic and technical effects of crop-livestock interactions.

Coxiella burnetii est une bactérie zoonotique affectant un grand nombre d’espèces animales. Chez les ruminants domestiques, l’infection est généralement asymptomatique, mais parfois associée à des problèmes reproducteurs. Néanmoins, le cycle de transmission de l’infection chez ceux-ci demeure peu connu. Dans ce contexte, nous avons réalisé une étude auprès de fermes bovines, ovines et caprines dans deux régions administratives du Québec afin d’estimer les prévalences de cette infection et d’identifier les facteurs de risque, aux niveaux individuel et troupeau, associés à la positivité. Nous avons estimé une prévalence de positivité au niveau troupeau de 44.6 % (IC95%=33.0-56.6) chez les bovins, de 70.8 % (IC95% =48.9-87.4) chez les ovins et de 66.7 % (IC95% =22.3-95.7) chez les caprins. Une association a été observée chez les troupeaux bovins entre leur positivité et la densité de petits ruminants par kilomètre carré dans un rayon de cinq kilomètres entourant la ferme. Chez les petits ruminants, une association avec la positivité des troupeaux a été observée avec la taille des troupeaux et la présence d’un chien sur la ferme. Au niveau individuel, le nombre de jours en lait ainsi que l’âge des petits ruminants étaient associés à la positivité, et ce dernier facteur était modulé par l’accès des animaux au pâturage. Aucun agrégat spatial de fermes positives n’a été détecté chez aucune des trois espèces. L’infection par Coxiella burnetii est donc fréquente dans les troupeaux de ruminants domestiques québécois et semble associée à certaines pratiques de régie et à la présence, ou proximité, d’autres animaux domestiques. / Coxiella burnetii is a zoonotic bacteria affecting a vast range of animal species. In domestic ruminants, the infection is usually asymptomatic, but sometimes linked with reproductive disorders. However, the transmission cycle of infection among them remains unclear. In that context, we conducted a study among dairy cattle, sheep and goats farms in two administrative regions of Québec to estimate the infection prevalence and identify the risk factors associated with farms and animals positivity. We estimated a herd prevalence of 44.6 % (95%CI=33.0 to 56.6) in dairy cattle, 70.8 % (95%CI=48.9 to 87.4) in sheep and 66.7 % (95%CI=22.3-95.7) in goats. On dairy cattle farms, we observed an association between their positivity and the density of small ruminants per square kilometer within a five kilometers radius around the farm. In small ruminants, at herd level, we observed an association with positivity and herd’s size and the presence of a dog on the farm. At the individual level, an association with positivity was found with the number of days in milk for small ruminants and their age, but the latter was also modulated by the individual’s previous access to pasture. No spatial cluster of positive farms was detected significant among dairy cattle nor small ruminants. The infection by Coxiella burnetii is therefore common on dodmestic ruminants’ farms in Québec and associated with some farm management practices and the presence, or proximity, of other domestic animals.

Cette recherche prend pour objet l'un des cas les plus aboutis de coopération entre le Parc national des Cévennes et des éleveurs ovins producteurs d'agneaux de boucherie. Ce partenariat constitue une expérience en droite file des nombreuses démarches de qualification de produits agricoles qui s'observent en France et en Europe, avec comme particularité de tenter, dans le même temps, de répondre à des enjeux de gestion de la biodiversité. Nous montrons en premier lieu comment ce partenariat s'inscrit dans l'évolution des politiques de conservation de la nature allant de la protection d'une nature remarquable au développement durable et à la conservation de la diversité biologique. Nous analysons ensuite comment et au gré de quels compromis, une telle coopération permet de concilier mieux qu'ailleurs production et conservation de la diversité biologique. Nous analysons finalement comment ce partenariat s'inscrit dans un ensemble cohérent de choix stratégiques (systèmes économes, circuit court, collectif restreint) pour des petits producteurs en quête d'autonomie et cherchant à mieux valoriser le produit de leur travail. Les engagements pratiques de ces éleveurs sont analysés à la lumière de leurs histoires personnelles et familiales ainsi que de leurs situations productives. Les tensions qui traversent la démarche et divisent les éleveurs dans les choix d'organisation et de mise en marché de la production sont identifiées. Les réponses individuelles à ces tensions et les conséquences sur la dynamique du groupe sont discutées. <br />Cette thèse participe d'une mise à l'épreuve empirique du discours aujourd'hui dominant sur le développement durable. Elle questionne l'accompagnement par les pouvoirs publics de formes alternatives d'agriculture et d'organisation de producteurs et offre une réflexion sur la question des Parcs nationaux, confrontés de nos jours à la nécessité d'inventer de nouveaux modes de gouvernement de la nature et de trouver leur place dans le cadre des années « développement durable ».