Human Caprin-1 and Caprin-2 are prototypic members of the caprin (cytoplasmic activation/proliferation-associated protein) protein family. Vertebrate caprin proteins contain two highly conserved homologous regions (HR1 and HR2) and C-terminal RGG motifs. Drosophila caprin (dCaprin) shares HR1 and RGG motifs but lacks HR2. Caprin-1 and Caprin-2 have important and non-redundant functions. The detailed molecular mechanisms of their actions remain largely unknown.

Les objectifs du projet de thèse étaient: 1) d'apporter des connaissances sur le potentiel boucher et les qualités de la viande du cabri Créole, 2) de déterminer les principales conditions d'élevage et d'abattage qui influencent le potentiel boucher et les qualités de la viande. Concernant ce deuxième point le système d'alimentation et l'âge/poids d'abattage des animaux ont été les 2 principaux facteurs de variation. Deux essais ont été conduits. Le premier a mobilisé 91 chevreaux selon un dispositif factoriel 2x3 qui a permis de tester l'effet d'herbe seule versus une ration mixte (50 %) de concentré à 3 âges d'abattage: 7, 11 et 15 mois. Le deuxième essai a mobilisé 40 chevreaux alimentés recevant une ration composée d'herbe avec 0, 140, 240 ou 340 g/j d'un concentré commercial. Le principal résultat du travail de la thèse est qu'il est possible d'améliorer la vitesse de croissance (jusqu'à 85 g/j), le poids (jusqu'à 12 kg) la conformation des carcasses (jusqu'à 4 sur une note de 5) et la qualité la viande du caprin Créole au moyen de l'alimentation. L'alimentation à base d'herbe seule et les rations mixtes permettent potentiellement d'obtenir des carcasses de qualité assez similaires avec des durées d'engraissement variables. A l'intérieur des régimes herbe, le pâturage et l'auge ne conduisait pas aux mêmes résultats. En matière de qualité de la viande, il a été mis en évidence que comme chez tous les caprins, la viande de caprin Créole demeurait relativement maigre même avec des régimes riches en énergie du fait d'une accumulation préférentielle du gras dans la cavité abdominale (4-7 % du poids vif vide). En ce qui concerne les autres caractéristiques des viandes, tels que les profils d'AG et les niveaux de pH, ils sont similaires à ceux de nombreuses races. L'apport de concentrés n'a pas augmenté les AG hypercholestéromiants au sein des AGS dans la viande et a réduit le rapport n-6/n-3 sous la valeur de 4 avec un apport de 240 g de concentré soit un peu moins de 50 % de la ration. Les retombées de ce travail de thèse sont potentiellement importantes. Des bases sont jetées pour la promotion d'itinéraires techniques et de choix génétiques adaptés au contexte guadeloupéen et aussi la création d'une niche économique autour d'une viande de cabri labélisée. L'étude des qualités sensorielles, de l'impact du parasitisme dans les systèmes pâturés et l'évaluation technico-économique de nouveaux systèmes d'alimentation basés sur l'emploi des matières premières locales constituent de nouvelles pistes de recherches mises en évidence par ce travail

PART I: CRYSTAL STRUCTURE OF A DIMERIZATIO DOMAIN OF DROSOPHILA CAPRIN Drosophila Melanogaster Caprin (dCaprin) shares conversed HR1 domain with Caprin protein family members, which are RNA binding proteins that play critical roles in many important biological processes, such as synaptic plasticity, stress response, innate immune response and cellular proliferation. One of the Caprin protein family members, Caprin-1, is involved in the pathway of several human diseases, including breast cancer, neurodegenerative disorders, osteosarcoma, hearing loss, and viral infection. The functions of Caprin protein relies on their molecular interactions. Several direct interactions have been established between Caprin-1 and the Fragile X mental retardation protein (FMRP), Ras-GAP SH3 domain-binding protein 1 (G3BP1), and the Japanese encephalitis virus (JEV) core protein. We have determined the crystal structures of a fragment (residues 187-309) of Drosophila Melanogaster Caprin (dCaprin), which mediates homodimerization through a substantial interface created by a mainly alpha-helical fold. A larger hollow surface is created by homodimerization suggesting a protein binding groove. The FMRP binding should not affect dCaprin homodimerization for an integral alpha-helix in the dimeric dCaprein which formed by the FMRP interacting sequence motif. PART II: CHARACTERIZATION OF TWO TYPE VI-B CRESPR SYSTEMS: PGI5CAS1B AND PGI8CAS13B WHICH EFFECTOR PROTEINS ARE CAPABLE OF PROCESSING PRE-CRRNA INTO MATURE CRRNA CRISPR-Cas adaptive immune system protects microorganism from foreign nucleic acids invasion through endonucleases activity guided by RNA, which system has turned to a powerful genome editing tool applied to a multifold species, ranging from bacteria to human. Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b are identified by a computational sequence database mining approach, the CRISPR arrays lack of Cas1 and Cas2 encoding genes but contain a large candidate effector protein around 1,200 amino acids. They can be potentially classified as subtype VI-B CRISPR-Cas systems. We characterized the mature crRNA for Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b via Northern blot and small RNA sequencing. By EMSA (Electrophoretic mobility shift assay) experiments, we identified the binding constant between Pgi5Cas1b/Pgi8Cas13b and their corresponding crRNAs. The CRISPR loci of two of the Cas13b systems were cloned in pACYC vector and expressed in E. coli cells. Small RNAs were extracted and characterized by Northern Blotting and NGS (small RNA-seq) methods. The NGS results revealed the exact sequences of the crRNAs, which show a few new features not previously observed in other systems, including the longest spacer-derived sequences (32 and 31 nt), spacer-derived sequences flanking both ends of the full DR-derived sequence. The results also indicate different rules of pre-crRNA processing by the Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b systems. The characterization of these CRISPR systems extends the application of CRISPR based genome editing tools and promotes the development of single transcript manipulation tools.

Coxiella burnetii est une bactérie zoonotique affectant un grand nombre d’espèces animales. Chez les ruminants domestiques, l’infection est généralement asymptomatique, mais parfois associée à des problèmes reproducteurs. Néanmoins, le cycle de transmission de l’infection chez ceux-ci demeure peu connu. Dans ce contexte, nous avons réalisé une étude auprès de fermes bovines, ovines et caprines dans deux régions administratives du Québec afin d’estimer les prévalences de cette infection et d’identifier les facteurs de risque, aux niveaux individuel et troupeau, associés à la positivité. Nous avons estimé une prévalence de positivité au niveau troupeau de 44.6 % (IC95%=33.0-56.6) chez les bovins, de 70.8 % (IC95% =48.9-87.4) chez les ovins et de 66.7 % (IC95% =22.3-95.7) chez les caprins. Une association a été observée chez les troupeaux bovins entre leur positivité et la densité de petits ruminants par kilomètre carré dans un rayon de cinq kilomètres entourant la ferme. Chez les petits ruminants, une association avec la positivité des troupeaux a été observée avec la taille des troupeaux et la présence d’un chien sur la ferme. Au niveau individuel, le nombre de jours en lait ainsi que l’âge des petits ruminants étaient associés à la positivité, et ce dernier facteur était modulé par l’accès des animaux au pâturage. Aucun agrégat spatial de fermes positives n’a été détecté chez aucune des trois espèces. L’infection par Coxiella burnetii est donc fréquente dans les troupeaux de ruminants domestiques québécois et semble associée à certaines pratiques de régie et à la présence, ou proximité, d’autres animaux domestiques. / Coxiella burnetii is a zoonotic bacteria affecting a vast range of animal species. In domestic ruminants, the infection is usually asymptomatic, but sometimes linked with reproductive disorders. However, the transmission cycle of infection among them remains unclear. In that context, we conducted a study among dairy cattle, sheep and goats farms in two administrative regions of Québec to estimate the infection prevalence and identify the risk factors associated with farms and animals positivity. We estimated a herd prevalence of 44.6 % (95%CI=33.0 to 56.6) in dairy cattle, 70.8 % (95%CI=48.9 to 87.4) in sheep and 66.7 % (95%CI=22.3-95.7) in goats. On dairy cattle farms, we observed an association between their positivity and the density of small ruminants per square kilometer within a five kilometers radius around the farm. In small ruminants, at herd level, we observed an association with positivity and herd’s size and the presence of a dog on the farm. At the individual level, an association with positivity was found with the number of days in milk for small ruminants and their age, but the latter was also modulated by the individual’s previous access to pasture. No spatial cluster of positive farms was detected significant among dairy cattle nor small ruminants. The infection by Coxiella burnetii is therefore common on dodmestic ruminants’ farms in Québec and associated with some farm management practices and the presence, or proximity, of other domestic animals.