Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-09T14:40:35Z No. of bitstreams: 1 Tese - Solange Pires de Araújo.pdf: 3515735 bytes, checksum: b93126b2f4b53b8defbc853c668965cc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T14:47:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Solange Pires de Araújo.pdf: 3515735 bytes, checksum: b93126b2f4b53b8defbc853c668965cc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T14:52:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Solange Pires de Araújo.pdf: 3515735 bytes, checksum: b93126b2f4b53b8defbc853c668965cc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-09T14:52:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Solange Pires de Araújo.pdf: 3515735 bytes, checksum: b93126b2f4b53b8defbc853c668965cc (MD5) Previous issue date: 2014-10-20 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Amazon, which owns the largest fauna and flora in the world presents unparalleled wealth of biological diversity, however, keep intact this megadiversity requires scientific and technological knowledge. In this context, there is an important biotechnological tool that is the bioremediation of impacted environments with petroleum hydrocarbons and derivatives. In the present study samples of microbial communities of fungi and bacteria associated with aquatic macrophytes Eichhornia crassipes (Mart.) Solms, Ichnanthus calvescens Döll and Cyperus ligularis L., were researched. These host plants common at Rio Negro were collected in contaminated environments by oil and oil products at Waterway Station from Manaus. From the species selected, 155 bacterial strains were isolated, being 97 epiphytic and 58 endophytic, and 54 fungi strains, being 30 epiphytic and 24 endophytic. Selective media were used for isolation of microorganisms such as BH liquid medium (Bushhnell Haas) plus oil. The oil and diesel used are from the Base Oil Urucu, Amazonas. The biodegradability tests were performed on selective medium (BH), with the addition of oil as the carbon source known as Medium I This test was repeated with the addition to the medium I the redox indicator 2,6-dichlorophenol indophenol (DCPIP), called medium II. After the evaluationof microbial isolates were selected 6 bacteria and 7 fungi. Molecular identification of bacteria was performed by the 16S ribosomal DNA region and revealed the presence of Bacillus pumilus (endophytic / epiphytic), Lysinibacillus fusiform (epiphytic), Pseudomonas aeruginosa (epiphytic) and Acinetobacter junii (epiphytic/epiphytic). For molecular identification of fungi was performed by the ITS1 and ITS2 region and revealed the presence of Curvularia trifolii (epiphytic), Curvularia clavata (endophytic / epiphytic), Gibberella intermedia (epiphytic/endophytic), Phoma herbarum (epiphytic) and Dothideomycetes sp (epiphytic). These microorganisms were selected for composition of microbial consortium that were used for hydrocarbon biodegradation tests. The measurement of biodegradation of oil and diesel activities was estimated by chromatography and mass spectrometry. In tests we used water of Rio Negro with the aim of approaching research the environment that are being studied. Degradation of hydrocarbons by consortia of fungi and bacteria had significant average values (98.7 to 100%), but did not show any statistical difference between the degradation of the control containing water of the Rio Negro (97.3%). In the experiment with the mixed consortium (FB), there were significant differences, because although the control containing water of the Rio Negro has promoted degradation of diesel by wild microbiota (81.7%), this degradation was lower and statistically different from the mixed consortium (97,5%). Analysis were carried out for degradation of the compounds naphthalene and phenanthrene of diesel by consortia . It was observed that phenanthrene was the best that has been degraded by the mixed consortium (F / B), however the naphthalene was better degraded by the control containing only water from the Rio Negro, highlighting the potential of wild microorganisms that deserve attention in future research, the isolation of these ones in waters from Rio Negro. In the experimental design with the consortia, the results showed that mixed consortia (FB) have potential for use in future bioremediation. / A Amazônia, detentora da maior fauna e flora do mundo apresenta riqueza inigualável de diversidade biológica, entretanto, manter intacta essa megadiversidade requer conhecimentos científicos e tecnológicos. Nesse contexto, situa-se uma importante ferramenta biotecnológica que é a biorremediação de ambientes impactados por hidrocarbonetos de petróleo e derivados. No presente trabalho realizou-se estudo de amostras das comunidades microbianas de fungos e bactérias associadas às macrófitas aquáticas Eichornia crassipes (Mart.) Solms, Ichnanthus calvescens Döll e Cyperus ligularis L. Essas plantas hospedeiras comuns nas águas do rio Negro foram coletadas em ambientes contaminados por petróleo e derivados na Estação Hidroviária de Manaus. Das espécies vegetais selecionadas foram isoladas 155 linhagens de bactérias, sendo 97 epifíticas e 58 endofíticas e 54 cepas de fungos, sendo 30 epifíticos e 24 endofíticos. Foram empregados meio seletivo para isolamento dos microrganismos tal como meio liquido BH (Bushhnell Haas) acrescido de petróleo. O petróleo e o diesel utilizados foram provenientes da Base Petrolífera de Urucu, Amazonas. Os ensaios de biodegradabilidade foram realizados em meio seletivo (BH), com a adição de petróleo como fonte de carbono denominado Meio I. Este ensaio foi repetido com a adição ao meio I do indicador redox 2,6-diclorofenol indofenol (DCPIP), denominado meio II. Após a avaliação dos isolados microbianos foram selecionados 6 bactérias e 7 fungos. A identificação molecular das bactérias foi realizada por meio da região do DNA ribossomal 16S e revelou a presença de Bacillus pumilus (Endofítica/epifítica), Lysinibacillus fusiformes (Epifítica), Pseudomonas aeruginosa (Epifítica) e Acinetobacter junii (Epifítica/epifítica). A identificação molecular dos fungos foi realizada por meio da região TS1 e ITS2 e revelou a presença das seguintes espécies: Curvularia trifolii (epifítica), Curvularia clavata (endofítica/epifítica), Gibberella intermedia (epifítica/endofitica), Phoma herbarum (epifítica) e Dothideomycetes sp (epifítica). Estes microrganismos foram selecionados para composição do consórcio microbianos que foram utilizados em ensaios de biodegradação de hidrocarbonetos. A mensuração das atividades de biodegradação de petróleo e diesel foi estimada por cromatografia e espectrometria de massa. Nos ensaios utilizou-se água do rio Negro com o objetivo de aproximar a pesquisa ao ambiente de estudo. A degradação dos hidrocarbonetos pelos consócios de fungos e bactérias apresentaram médias significativas (98,7-100%), mas não apresentaram diferenças estatísticas entre a degradação do controle contendo água do rio Negro (97,3%). No experimento com o consórcio misto (F/B), houve diferenças significativas, pois embora o controle contendo água do rio Negro tenha promovido degradação do diesel pela microbiota selvagem (81,7%), esta degradação foi inferior e diferente estatisticamente do consórcio misto (97,5%). Foram realizadas análises de degradação dos compostos naftaleno e fenantreno do óleo diesel pelos consórcios Observou-se que o composto fenantreno foi o que melhor foi degradado pelo consórcio misto (F/B). Entretanto, o naftaleno foi melhor degradado pelo controle contendo somente água do rio Negro, destacando o potencial dos microrganismos selvagens que merecem atenção nas futuras pesquisas, no isolamento destes em águas do rio Negro. O índice de toxicidade dos extratos microbianos foram avaliados como toxicidade moderada para o consórcio misto (F/B), já para o consórcio de fungos e consórcios de bactérias não apresentou toxicidade. No planejamento experimental com os consórcios, os resultados obtidos demonstraram que consórcios mistos (F/B) apresentaramm potencial para uso em futuros processos de biorremediação.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Ieda.pdf: 2549784 bytes, checksum: a9a4b9fb883e1aa2757719de2c81ea18 (MD5) Previous issue date: 2009-06-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Biodiversity is a fundamental element for biotechnology development, especially in Amazon because its incontestable potential. One aspect of high interest is the search for management mechanisms that can promote environmental quality, ensuring the maintenance of natural features of ecosystems. In this context is located an important biotechnology tool that is the bioremediation of environments contaminated with toxic and recalcitrant compounds. Thus the exploration of microrganisms for use in these processes has been a challenge. This work presents a study about sample of bacterial community associated with the aquatic macrophyte Eichornia crassipes, assessing their potential for biodegradation of petroleum hydrocarbons. Selective isolations and preliminary identification of some of the isolates by region of 16S ribosomal DNA sequences to compare with the Gen Bank were done. The potential to produce biossurfactantes was evaluated by the activity of bacteria in emulsification. The growth of strains was assessed by mineral medium with hydrocarbons mixing and mineral medium with crude oil. The rate of toxicity was evaluated in mixture of hydrocarbon extracts with the five strains that showed the best growth. Considering the results of these first tests, it was produced a consortium with bacteria more efficient. It was evaluated the degradation of aliphatic and aromatic hydrocarbons in experiment containing Amazon river water, using the techniques of bioaugmentation and biostimulation. There were isolated 71 bacteria, 42 epiphytic and 29 endophytic. The preliminary identification revealed the predominance of the genera Acinetobacter, Pseudomonas, Bacillus and Stenotrophomonas. There was more bacterial growth in medium with crude oil, especially the strain Stenotrophomonas sp,. reaching around 13.4 x106 UFCs / mL. The methods used in bacterial growth indicated the degradation of petroleum hydrocarbons, whereas they were the sole source of carbon. Highlighted in the production of biossurfactantes the strains Methylobacterium sp and Stenotrophomonas radiotolerans, with better results in the medium with oil. The indices of toxicity showed better results in extracts of bacterial growth compared to control extracts. The strains that showed better results were used for consortium production: Stenotrophomonas sp., Uncultured Klebsiella sp., Enterobacter sp., Methylobacterium radiotolerans and Acinetobacter baumannii. In the experimental design with the consortium, the results showed that the main effect of all parameters studied influenced the degradation of the hydrocarbons studied, however the addition of the consortium was the most important factor in this decline, demonstrating the potential of these strains for use in future processes of bioremediation. / A biodiversidade é elemento fundamental para o desenvolvimento da Biotecnologia, em especial na Amazônia devido sua inconteste potencialidade. Um dos aspectos de elevado interesse é a busca por mecanismos de gestão que possam promover a qualidade ambiental, garantindo a manutenção das características naturais dos ecossistemas. Neste contexto situa-se uma importante ferramenta biotecnológica que é a biorremediação de ambientes contaminados por compostos tóxicos e recalcitrantes. Assim, a prospecção de microrganismos para uso nesses processos tem sido um desafio permanente. No presente trabalho realizou-se estudo de amostra da comunidade bacteriana associada à macrófita aquática Eichornia crassipes, avaliando seu potencial de biodegradação de hidrocarbonetos de petróleo. Foi feito isolamento seletivo e identificação preliminar de parte dos isolados por meio da região do DNA ribossomal 16S com comparação com sequências do Gen Bank. Verificou-se o potencial para a produção de biossurfactantes por meio da avaliação da atividade de emulsificação em cepas bacterianas. O crescimento de cepas foi avaliado em meio mineral com mistura de hidrocarbonetos e em meio mineral com petróleo bruto. O índice de toxicidade foi avaliado nos extratos dos meios com mistura de hidrocarbonetos das cinco cepas que apresentaram melhor crescimento. Considerando os resultados destes primeiros testes, foi produzido um consórcio com as cepas bacterianas mais eficientes. Este consórcio foi avaliado quanto à degradação de hidrocarbonetos alifáticos e aromáticos em experimento contendo água de rio da Amazônia, sendo utilizadas as técnicas de bioaumentação e bioestimulação. Obteve-se no isolamento 71 bactérias, sendo 42 epifíticas e 29 endofíticas. A identificação preliminar revelou a predominância dos gêneros Acinetobacter, Pseudomonas, Bacillus e Stenotrophomonas. Verificou-se melhor crescimento bacteriano no meio com petróleo bruto, destacando-se a cepa Stenotrophomonas sp. que atingiu cerca de 13,4x106 UFCs/mL. O crescimento bacteriano nos meios utilizados indicou a degradação dos hidrocarbonetos de petróleo, considerando que estes eram a única fonte de carbono. Destacaram-se na produção de biossurfactantes as cepas Stenotrophomonas sp e Methylobacterium radiotolerans, com melhores resultados no meio com petróleo. Os índices de toxicidade mostraram melhores resultados nos extratos do crescimento bacteriano em comparação aos extratos controles. As cepas que demonstraram melhores resultados e que foram utilizadas para a produção do consórcio foram Stenotrophomonas sp., Uncultured Klebsiella sp., Enterobacter sp., Methylobacterium radiotolerans e Acinetobacter baumannii. No planejamento experimental com o consórcio, os resultados obtidos demonstraram que o efeito principal de todos os parâmetros analisados influenciaram na degradação dos hidrocarbonetos avaliados, entretanto a adição do consórcio foi o fator mais importante nesta degradação, demonstrando o potencial destas linhagens para uso em futuros processos de biorremediação.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-08-25T13:30:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nélly Mara Vinhote da Silva.pdf: 662011 bytes, checksum: 008fdae35511497291f0cd0b8ca08a91 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-26T20:41:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nélly Mara Vinhote da Silva.pdf: 662011 bytes, checksum: 008fdae35511497291f0cd0b8ca08a91 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-26T20:44:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nélly Mara Vinhote da Silva.pdf: 662011 bytes, checksum: 008fdae35511497291f0cd0b8ca08a91 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-26T20:44:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nélly Mara Vinhote da Silva.pdf: 662011 bytes, checksum: 008fdae35511497291f0cd0b8ca08a91 (MD5) Previous issue date: 2008-03-11 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The study of habitats that have been few explored with purpose of obtaining composts with biotechnological interest that has been produced by the Amazonian’s biological diversity it’s a strategy that will allow the discovery of important bioactive principles. In microbial biodiversity, the actinomycetes represents the most important bacterial group. They have a filamentous organization that occur in great varieties of substrata and present a great application in pharmaceutical industry. The scope of this work was to analyze taxonomically the actinomycetes associated at lichens and to determine the capability of these bacteria for antibiotic producing. Ten samples of foliose lichens were collected in area Federal University of Amazonas (UFAM), South Section. For the isolation of actinomycetes were utilized the culture media Yeast Extract-Malt Extract Agar–Starch (ISP-2A), Casein-Starch Agar (CAA), Raffinose-Histidin Agar (RHA) and Water Agar (AA), added with antifungics. Were isolated 71 actinomycetes associated to foliose lichens. The isolated were tested for antimicrobial activity against eight microorganisms-test by the techniques with cultivation in solid medium and broth culture. Among the actinomycetes tested by solid medium 80% shown antimicrobial activity, mainly against Aspergillus niger, Candida albicans and Staphylococcus aureus. In assay by broth cultivation 79% of the actinomycetes inhibited the growth of microorganisms-test, although the higher activities were against Mycobacterium smegmatis and Staphylococcus aureus. The isolated antimicrobial activity varied from moderate (halo=13 at 18 mm) to high (halo=19 at 35 mm) activity. It was observed that 68% of isolated presented high antimicrobial activity. The identification of the actinomycetes was done by the macro and micromorphological determination, physiologic tests and by the determination of aminoacids from the cell wall, and most of them belonging to genus Streptomyces. The microorganisms were preserved by freezing at -20 oC and by preservation of actinomycetes colony directly in water (Castellani’s method). / O estudo de habitats pouco explorados com a finalidade de obter biocompostos de interesse biotecnológicos produzidos pela diversidade biológica da Amazônia é uma estratégia que permitirá a descoberta de importantes princípios bioativos. Dentre a biodiversidade microbiana, destacam-se os actinomicetos, que são um grupo de bactérias de organização filamentosa que ocorrem em uma grande variedade de substratos e apresentam múltiplas aplicações na indústria farmacêutica, principalmente no que tange a produção de antimicrobianos. Este trabalho teve como escopo analisar taxonomicamente os actinomicetos associados a liquens e determinar a capacidade destas bactérias em produzir antibióticos. Foram coletadas dez amostras de liquens folhosos das árvores presentes na área do Campus Universitário, Setor Sul, da Universidade Federal do Amazonas (UFAM). Para o isolamento dos actinomicetos foram utilizados os meios de cultivo: Ágar Extrato de Levedura-Extrato de Malte-Amido (ISP-2A), Ágar Caseína-Amido (CAA), Ágar Rafinose-Histidina (RHA) e Ágar-Água (AA), suplementados com antifúngicos. Como resultados foram isolados 71 actinomicetos associados aos liquens. Os isolados foram testados quanto à caracterização da atividade antimicrobiana contra oito microrganismos-teste, através de técnicas em meio sólido e em meio líquido. Das linhagens de actinomicetos testados, 80% apresentaram atividade antimicrobiana em meio sólido, principalmente contra Aspergillus niger, Candida albicans e Staphylococcus aureus. No ensaio em meio líquido, 79% das linhagens foram capazes de inibir o crescimento dos microrganismos-teste, sendo que as maiores atividades foram detectadas contra Mycobacterium smegmatis e Staphylococcus aureus. A atividade antimicrobiana dos isolados variou de moderada (halo=13 a 18 mm) a alta (halo=19 a 35 mm) atividade. Observou-se que 68% dos isolados em meio sólido apresentaram alta atividade antimicrobiana frente aos microrganismos-teste. A identificação dos actinomicetos se deu em nível de gênero, através da determinação da micromorfologia, testes fisiológicos e da determinação de aminoácidos da parede celular, sendo a grande maioria pertencente ao gênero Streptomyces. Os microrganismos foram preservados por congelamento a -20 oC e através da técnica de preservação em água (método de Castellani).