Made available in DSpace on 2015-04-14T14:49:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 444045.pdf: 8676416 bytes, checksum: 5dc6fddb810c5c4102aeef934f1d8983 (MD5) Previous issue date: 2012-08-06 / Metagenomic sequencing technologies are advancing rapidly and the size of output data from high-throughput genetic sequencing has increased substantially over the years. Our optim?zations and performance evaluations are focused in some of the most critical and time-consuming steps of a metagenomic analys?s: pre-processing, taxonomic classification assignment and post-processing of classification results. Optimizations and functions were implemented and introduced in a new architecture, PANGEA+, based on the PANGEA metagenomic pipeline. The main improvements of the present tool are: support of new input file formats and NCBI taxonomy database, new species classification methods, consensus analysis, implementation of distributed memory (MPI) for species classification step, and low complexity optimizations for the post-processing of classification results. The evaluation of the new architecture, shows remarkable improvements in many features and, mainly, in the species classification accuracy and performance. / As tecnologias de sequenciamento metagen?mico tem avan?ado rapidamente e a quantidade de dados gerados a partir do sequenciamento em larga escala tem aumentado substancialmente ao longo dos anos. As presentes otimiza??es e avalia??es de desempenho tem foco em algumas das etapas mais cr?ticas e que consomem mais tempo em uma an?lise metagen?mica: pr?-processamento, classifica??o taxon?mica e p?s - processamento dos resultados de classifica??o. Otimiza??es e fun??es foram implementadas e introduzidas em uma nova arquitetura, PANGEA+, baseada no pipeline metagen?mico PANGEA. Os principais melhoramentos alcan?ados com a presente ferramenta foram: suporte a v?rios formatos de arquivos de entrada e a base de dados taxon?micos do NCBI, novos m?todos de classifica??o de esp?cies inclu?dos, an?lise consenso, implementa??o de mem?ria distribu?da para a fase de classifica??o de esp?cies, otimiza??es de baixa complexidade para o p?s-processamento dos resultados de classifica??o. A avalia??o da nova arquitetura, PANGEA+, demonstra melhoramentos consider?veis em v?rias funcionalidades e, principalmente, na etapa de classifica??o de esp?cies, tanto em exatid?o quanto em desempenho computacional.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:27:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 447379.pdf: 3722659 bytes, checksum: 57c8270733a620883bb76c7a8ad89dcc (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / This dissertation evaluates economic efficiency level of Minas Gerais s farmers, at municipalities, in 1996 and 2006. This period is characterized for an increase technology through new equipment and agricultural research, by plant species in connection with physical chemical properties, as well. The methodologies were applied Data Envelopment Analysis DEA and Stochastic Frontier Analysis SFA, in 750 municipalities and 842 municipalities, for 1996 and 2006, separately. For the non-parametric method a Scale Constant Returns technology was useful, despite in the parametric technology a half-normal asymmetric and truncated distributions were adopted. In connection with our results, a censored regression, Tobit methodology, was functional for identifying variables that explain efficiency ranks across municipalities. The major part of municipalities, in both measures, develops an efficiency level between 0.50 and 0.70, in a scale until 1.0. Only in half-normal error distributuion in SFA, for the 2006 year, the efficiency level was worst and observation distribution was below 0.50. In the SFA analysis any municipality was totally efficient despite two municipalities in DEA analysis becomes totally efficient. In relationship with efficiency level, a Tobit exercise demonstrates that fertilizers, soils chemicals and average of study yeares are statistically significant and, in consequence, contributes to better efficiency levels. In oppose indication, irrigation and soil rotation were variables that produces worst results for efficiencies levels. The results indicates the obligation to have a private and public policies, that encourage the adoption of new techniques by farmers, that would be resulting in improvement of efficiency levels. / O presente trabalho analisa o n?vel de efici?ncia econ?mica dos produtores rurais de Minas Gerais, a n?vel municipal, nos anos de 1996 e 2006. Esse intervalo temporal caracteriza-se por um incremento tecnol?gico seja atrav?s de novos equipamentos agr?colas ou por pesquisas que desenvolveram esp?cies de plantas mais adaptadas ?s caracter?sticas f?sicas-qu?micas das regi?es. Os m?todos utilizados foram a An?lise Envolt?ria de Dados (DEA) e a An?lise da Fronteira Estoc?stica (SFA), considerando-se 750 munic?pios para 1996 e 842 para 2006. Para o m?todo n?o-param?trico considerou-se uma tecnologia com Retornos Constantes de Escala enquanto para o param?trico admitiu-se as distribui??es do erro assim?trico meia-normal e normal-truncada. Ap?s essa estima??o utilizou-se de um modelo de regress?o censurada (TOBIT) para tentar identificar quais vari?veis minimizaram os escores de efici?ncia. Nota-se que a grande maioria dos munic?pios, em ambas as metodologias, obteve um ?ndice de efici?ncia maior que 0,50 e menor ou igual a 0,70. Somente para a fronteira estoc?stica 2006, sob o pressuposto de uma distribui??o meia-normal, o n?vel de efici?ncia no qual se concentrou a maioria dos munic?pios ficou abaixo de 0,50. No modelo n?o-param?trico dois munic?pios alcan?aram a efici?ncia m?xima enquanto para a fronteira de produ??o estoc?stica nenhum munic?pio foi classificado como economicamente eficiente. Com rela??o aos condicionantes dos escores, percebe-se que todas as vezes em que as vari?veis adubos e corretivos do solo e m?dia dos anos de estudo foram estatisticamente significantes essas melhoraram o n?vel de efici?ncia, por sua vez, t?cnica de irriga??o e lavouras em descanso eram inversamente proporcionais a vari?vel explicada, logo, minimizaram a efici?ncia econ?mica. Os resultados encontrados neste trabalho indicam haver a necessidade de uma pol?tica de fomento que oriente, capacite, e estimule a ado??o de novas t?cnicas pelos produtores, melhorando assim o n?vel de efici?ncia.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-03-22T19:28:11Z No. of bitstreams: 1 JennyPaolaBravoCastrillon_TESE.pdf: 21271647 bytes, checksum: 8adb4a5df0dbdb4f20b049cb610cd4d2 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-03-23T21:59:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JennyPaolaBravoCastrillon_TESE.pdf: 21271647 bytes, checksum: 8adb4a5df0dbdb4f20b049cb610cd4d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-23T21:59:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JennyPaolaBravoCastrillon_TESE.pdf: 21271647 bytes, checksum: 8adb4a5df0dbdb4f20b049cb610cd4d2 (MD5) Previous issue date: 2014-12-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / An?logas ?s manchas e f?culas fotosf?ricas solares, cuja visibilidade ? modulada por rota??o estelar, as regi?es ativas estelares consistem em grupos de manchas escuras na superf?cie da estrela e f?culas brilhantes causadas pelo seu campo magn?tico. Atualmente, as manchas estelares est?o bem estabelecidas como os principais marcadores usados para estimar o per?odo de rota??o estelar. Por outro lado, o comportamento din?mico das manchas tamb?m pode ser utilizado para analisar outros fen?menos relevantes, tais como a presen?a de atividade magn?tica e os seus ciclos. Para determinar o per?odo de rota??o estelar, identificar a presen?a de regi?es ativas e investigar se a estrela manifesta ou n?o rota??o diferencial, aplicamos dois m?todos: uma an?lise wavelet e um modelo de manchas. O procedimento wavelet tamb?m ? aplicado na an?lise de pulsa??es e na busca por assinaturas espec?ficas para esta variabilidade estelar particular dentre os diferentes tipos de estrelas vari?veis pulsantes. A transformada wavelet tem sido usada como uma ferramenta poderosa para o tratamento de v?rios problemas em astrof?sica. Neste trabalho mostramos que a an?lise em tempo-frequ?ncia das curvas de luz estelares, utilizando a transformada wavelet, ? uma ferramenta pr?tica para a identifica??o de rota??o, atividade magn?tica e assinaturas de pulsa??o. Apresentamos a composi- ??o espectral e as varia??es multiescala das s?ries temporais para quatro classes de estrelas: alvos dominados pela atividade magn?tica, estrelas com planetas, aquelas com tr?nsitos bin?rios, e estrelas pulsantes. Aplicamos a wavelet Morlet de 6 a ordem, que oferece alta resolu??o em tempo e frequ?ncia. Ao aplicar a transformada wavelet no sinal, obtemos os espectros de pot?ncia wavelet local e global. O primeiro ? interpretado como a distribui??o de energia do sinal no espa?o tempo-frequ?ncia, e o segundo ? obtido por integra??o temporal do mapa local. Sendo a transformada wavelet uma ferramenta matem?tica ?til para sinais n?o estacion?rios, esta t?cnica aplicada v ?s curvas de luz, obtidas a partir das miss?es espaciais Kepler e CoRoT, nos permite identificar claramente determinadas assinaturas para diferentes fen?menos. Em particular, foram identificados padr?es para a evolu??o temporal do per?odo de rota??o, bem como uma outra periodicidade decorrente dos efeitos das regi?es ativas nas curvas de luz analisadas; a continuidade de uma determinada escala (frequ?ncia) durante a maior parte do tempo pode representar um indicador de rota??o e atividade. Al?m disso, uma assinatura de padr?o de batimento no mapa wavelet local de estrelas pulsantes ao longo de todo o tempo tamb?m foi detectada. O segundo m?todo ? baseado na detec??o de manchas estelares durante os tr?nsitos de um planeta extrasolar que orbita sua estrela-m?e. Quando um planeta eclipsa sua estrela-m?e ? poss?vel detectar fen?menos f?sicos que ocorrem na superf?cie da estrela. Se uma mancha escura na superf?cie estelar ? eclipsada parcial ou totalmente, a luminosidade estelar integrada aumentar? ligeiramente. A an?lise da curva de luz medida durante um tr?nsito planet?rio nos permite inferir propriedades f?sicas das manchas estelares como o tamanho, a intensidade, a posi??o e a temperatura. Ao detectar a mesma mancha em tr?nsitos consecutivos, ? poss?vel obter informa??es adicionais, como o per?odo de rota??o estelar na latitude do tr?nsito planet?rio, a rota??o diferencial, e os ciclos de atividade magn?tica. Observa??es do tr?nsito planet?rio nas estrelas CoRoT-18 e Kepler-17 foram usadas para aplicar este modelo. / Analogous to sunspots and solar photospheric faculae, which visibility is modulated by stellar rotation, stellar active regions consist of cool spots and bright faculae caused by the magnetic field of the star. Such starspots are now well established as major tracers used to estimate the stellar rotation period, but their dynamic behavior may also be used to analyze other relevant phenomena such as the presence of magnetic activity and its cycles. To calculate the stellar rotation period, identify the presence of active regions and investigate if the star exhibits or not differential rotation, we apply two methods: a wavelet analysis and a spot model. The wavelet procedure is also applied here to study pulsation in order to identify specific signatures of this particular stellar variability for different types of pulsating variable stars. The wavelet transform has been used as a powerful tool for treating several problems in astrophysics. In this work, we show that the time-frequency analysis of stellar light curves using the wavelet transform is a practical tool for identifying rotation, magnetic activity, and pulsation signatures. We present the wavelet spectral composition and multiscale variations of the time series for four classes of stars: targets dominated by magnetic activity, stars with transiting planets, those with binary transits, and pulsating stars. We applied the Morlet wavelet (6th order), which offers high time and frequency resolution. By applying the wavelet transform to the signal, we obtain the wavelet local and global power spectra. The first is interpreted as energy distribution of the signal in time-frequency space, and the second is obtained by time integration of the local map. Since the wavelet transform is a useful mathematical tool for nonstationary signals, this technique applied to Kepler and CoRoT light curves allows us to clearly identify particular signatures for different phenomena. In particular, patterns were identified for the temporal evolution of the rotation period and other periodicity due to active regions affecting these light curves. In addition, a beat-pattern vii signature in the local wavelet map of pulsating stars over the entire time span was also detected. The second method is based on starspots detection during transits of an extrasolar planet orbiting its host star. As a planet eclipses its parent star, we can detect physical phenomena on the surface of the star. If a dark spot on the disk of the star is partially or totally eclipsed, the integrated stellar luminosity will increase slightly. By analyzing the transit light curve it is possible to infer the physical properties of starspots, such as size, intensity, position and temperature. By detecting the same spot on consecutive transits, it is possible to obtain additional information such as the stellar rotation period in the planetary transit latitude, differential rotation, and magnetic activity cycles. Transit observations of CoRoT-18 and Kepler-17 were used to implement this model.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-07-25T23:16:57Z No. of bitstreams: 1 RumenickPereiraDaSilva_DISSERT.pdf: 40328627 bytes, checksum: b5789f90e3e1373ccbfeacedf5301e7c (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-08-04T22:01:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RumenickPereiraDaSilva_DISSERT.pdf: 40328627 bytes, checksum: b5789f90e3e1373ccbfeacedf5301e7c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T22:01:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RumenickPereiraDaSilva_DISSERT.pdf: 40328627 bytes, checksum: b5789f90e3e1373ccbfeacedf5301e7c (MD5) Previous issue date: 2015-10-23 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Em an?lise de sobreviv?ncia a vari?vel em estudo ? o tempo at? a ocorr?ncia de um determinado evento de interesse. Este tempo ? denominado de tempo de vida ou tempo at? a falha. A teoria usual assume que, se observado por um longo per?odo de tempo todos os indiv?duos ir?o experimentar o evento em algum momento. Mas, em algumas situa??es uma propor??o da popula??o pode n?o estar mais sujeita ? ocorr?ncia deste evento, por mais longo que seja o tempo de observa??o. Neste sentido, alguns modelos foram propostos e s?o conhecidos na literatura como modelos com fra??o de cura ou de longa dura??o. Ao considerar o aumento do interesse no ajuste desses modelos, percebe-se a import?ncia da exist?ncia de rotinas amig?veis e capazes de obter de forma precisa as estimativas de m?xima verossimilhan?a. Neste contexto, o objetivo principal deste trabalho foi a implementa??o de um pacote em linguagem R com um conjunto de rotinas amig?veis (de forma did?tica e de f?cil utiliza??o) para analisar dados de sobreviv?ncia com fra??o de cura, a partir do uso de alguns modelos param?tricos flex?veis. Neste programa, denominado de flexcure, foram considerados os modelos de tempo de falha acelerado log-gama generalizado, log-F generalizado e Weibull na forma estendida de Marshall-Olkin, para modelar os tempos dos indiv?duos suscept?veis e, para a fra??o de curados foram considerados os modelos usuais de mistura padr?o e de tempo de promo??o. O desempenho destas implementa??es foi avaliado atrav?s de um extensivo estudo de simula??o, considerando diferentes cen?rios. Al?m disso, o uso deste pacote foi ilustrado em algumas aplica??es.

Submitted by PPG Ci?ncia da Computa??o (ppgcc@pucrs.br) on 2018-06-19T12:02:08Z No. of bitstreams: 1 CAROLINE_QUEIROZ_SANTOS_TES.pdf: 16112949 bytes, checksum: fe22f5c9acd1d52e51f0dcfb05c80e68 (MD5) / Approved for entry into archive by Sheila Dias (sheila.dias@pucrs.br) on 2018-06-27T11:19:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CAROLINE_QUEIROZ_SANTOS_TES.pdf: 16112949 bytes, checksum: fe22f5c9acd1d52e51f0dcfb05c80e68 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-27T11:39:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CAROLINE_QUEIROZ_SANTOS_TES.pdf: 16112949 bytes, checksum: fe22f5c9acd1d52e51f0dcfb05c80e68 (MD5) Previous issue date: 2018-04-12 / The analysis of data from social media has been a growing practice, making data visualization an important aspect in the context of presenting the large volumes of data typically extracted from these media. One of the challenges in this area is the efficient presentation of these large volumes of data, providing techniques that support the design processes, analysis and understanding of these data. Moving forward in this direction, this thesis presents CIViS, a customizable interface design model to support the construction of interactive narrative visualizations of data extracted from social media. It is a descriptive model, based on the theory of Semiotic Engineering and its view on End-user Development, as well as on narrative visualization concepts. The model considers that the social-media data analyst has interest in organizing his/her data presentation in such a way to tell a story with them. Thus, CIViS proposes a set of components that structure the design space, with the purpose of assisting designers and data analysts as co-designers to reflect on different aspects that influence the construction of customizable interactive narrative visualizations. We carried out four studies and, based on the results triangulation, we obtained the bases for consolidating the idea of the model, continuing with its creation. After conceiving the CIViS model, we conducted a study focusing on the use of the model by social-media data analysts. With the conclusion of the study of use of the CIViS, we obtained results that indicate pertinent ways of representing relevant narrative aspects. We have also verified that the model is satisfactorily descriptive to assist in the design of visualizations, whether narrative or not. Finally, we present the potential epistemic value of the CIViS, considering that its use can instigate important discussions and reflections during the process of designing customizable interactive narrative visualizations, assisting both designers and co designers in its epistemic character. / A an?lise de dados de m?dias sociais tem sido uma pr?tica crescente, tornando a visualiza??o de dados um aspecto importante no contexto de apresenta??o dos grandes volumes de dados tipicamente extra?dos dessas m?dias. Um dos desafios nesta ?rea est? na apresenta??o eficiente desses grandes volumes de dados, provendo t?cnicas que apoiem os processos de design, an?lise e compreens?o destes dados. Avan?ando neste sentido, esta tese apresenta o CIViS, um modelo de design de interface customiz?vel para apoiar a constru??o de visualiza??es narrativas interativas de dados extra?dos de m?dias sociais. Trata-se de um modelo descritivo, fundamentado na teoria da Engenharia Semi?tica e sua vis?o sobre End-user Development, assim como em conceitos de visualiza??o narrativas. O modelo considera que o analista de dados de m?dias sociais tem interesse em organizar a apresenta??o de seus dados de forma a contar uma hist?ria com eles. Assim, o CIViS prop?e um conjunto de componentes que estruturam o espa?o de design, tendo o prop?sito de auxiliar designers e analistas de dados co-designers a refletirem sobre diferentes aspectos que influenciam a constru??o de visualiza??es narrativas interativas customiz?veis. Realizamos quatro estudos e, a partir da triangula??o dos resultados, obtivemos subs?dios para a consolida??o da ideia do modelo, dando prosseguimento ? sua cria??o. Ap?s a concep??o do modelo CIViS, realizamos um estudo com foco no uso do modelo por analistas de dados de m?dias sociais. Com a conclus?o do estudo de uso do CIViS, obtivemos resultados que sinalizam formas pertinentes de representar aspectos relevantes de narrativas. Tamb?m verificamos que o modelo ? satisfatoriamente descritivo para auxiliar no design de visualiza??es, sejam elas narrativas ou n?o. Por fim, apresentamos o potencial valor epist?mico do CIViS, considerando que seu uso pode instigar discuss?es e reflex?es importantes durante o processo de design de visualiza??es narrativas interativas customiz?veis, atendendo tanto designers quanto co-designers em seu car?ter epist?mico.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:48:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RonildoPAM_DISSERT.pdf: 2783175 bytes, checksum: c268ade677ca4b8c543ccc014b0aafef (MD5) Previous issue date: 2014-02-21 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Symbolic Data Analysis (SDA) main aims to provide tools for reducing large databases to extract knowledge and provide techniques to describe the unit of such data in complex units, as such, interval or histogram. The objective of this work is to extend classical clustering methods for symbolic interval data based on interval-based distance. The main advantage of using an interval-based distance for interval-based data lies on the fact that it preserves the underlying imprecision on intervals which is usually lost when real-valued distances are applied. This work includes an approach allow existing indices to be adapted to interval context. The proposed methods with interval-based distances are compared with distances punctual existing literature through experiments with simulated data and real data interval / A An?lise de Dados Simb?licos (SDA) tem como objetivo prover mecanismos de redu??o de grandes bases de dados para extra??o do conhecimento e desenvolver m?todos que descrevem esses dados em unidades complexas, tais como, intervalos ou um histograma. O objetivo deste trabalho ? estender m?todos de agrupamento cl?ssicos para dados simb?licos intervalares baseados em dist?ncias essencialmente intervalares. A principal vantagem da utiliza??o de uma dist?ncia essencialmente intervalar est? no fato da preserva??o da imprecis?o inerente aos intervalos, pois a imprecis?o ? normalmente perdida quando as dist?ncias valoradas em R s?o aplicadas. Este trabalho inclui uma abordagem que permite adaptar ?ndices de valida??o de agrupamento existentes para o contexto intervalar. Os m?todos propostos com dist?ncias essencialmente intervalares s?o comparados a dist?ncias pontuais existentes na literatura atrav?s de experimentos realizados com dados sint?ticos e reais intervalares