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Filogeografia de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae) /

Sabbag, Ariadne Fares. January 2013 (has links)
Orientador: Cinthia Aguirre Brasileiro / Coorientador: Mariana Lúcio Lyra / Banca: Cynthia Peralta de Almeida Prado / Banca: Maria Tereza Chiarioni Thomé / Resumo: A Mata Atlântica, uma formação florestal com alta diversidade e ameaçada por ação antrópica, é foco de interesse de vários estudos sobre diversificação de espécies. Este estudo teve como objetivo principal entender a história evolutiva das espécies de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae), que inclui T. miliaris, T. taophora, T. saxatilis e T. megatympanum. Utilizei sequências de DNA mitocondrial dos fragmentos 16S, ND2 e COI de indivíduos das quatro espécies (N = 487), distribuídos em um total de 98 localidades. Realizei análises de agrupamento para os três fragmentos separados, e posteriormente realizei análises filogenéticas sob Inferência Bayesiana, Máxima Verossimilhança e Máxima Parcimônia com os fragmentos concatenados. Além disso, fiz redes de haplótipos com as sequências de 16S, e calculei diversidades genéticas, além das divergências genéticas intra e interclados. Por fim, estimei tempos de divergência por meio de análises coalescentes (t MRCA) e das divergências genéticas (dA ). Encontrei a diversidade genética distribuída em oito clados distintos. Thoropa saxatilis e T. megatympanum são grupos monofiléticos bem estruturados. A primeira localiza-se no nordeste do Rio Grande do Sul e sudeste de Santa Catarina, e a segunda ocorre na Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris inclui cinco grupos parafiléticos em relação à T. taophora, e ocorrem desde o sudeste da Bahia até o sudeste do Rio de Janeiro, e sobrepõem-se no centro-sul do Espírito Santo e centro-norte do Rio de Janeiro. Thoropa taophora inclui populações do extremo sudeste do estado do Rio de Janeiro e do litoral do estado de São Paulo. Alguns clados de Thoropa miliaris são bem estruturados, e os outros formam, juntamente com T. taophora, um agrupamento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Atlantic Forest, a forest formation with high diversity and threatened by human action, is the subject of interest of many studies on species diversification. This study is based on the evolutionary history of the Thoropa miliaris group (Anura: Cycloramphidae), which includes T. miliaris, T. taophora¸ T. saxatilis and T. megatympanum. I used sequences of mitochondrial DNA fragments of 16S, ND2 and COI from individuals of the four species (N = 487), distributed in 98 localities. I performed cluster analysis for the three separated fragments, and after that, phylogenetic analyzes with Bayesian Inference, Maximum Likelihood and Maximum Parsimony with the concatenated fragments. In addition, I made haplotype networks using the 16S fragment, and also calculated genetic diversity and genetic divergences within and between clades. Finally, I estimated times of divergence using coalescent analysis (t MRCA) and genetic divergence (dA ). I found the genetic diversity distributed in eight distinct clades. Thoropa saxatilis and T. megatympanum are monophyletic and structured groups. The first located in northeastern Rio Grande do Sul and southeast Santa Catarina and the second occurs at Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris includes five paraphyletic groups that occur from southern Bahia to southern Rio de Janeiro, and these clades overlap in the center- south of the Espírito Santo and north-central Rio de Janeiro. Thoropa taophora includes populations from the extreme southeastern of the state of Rio de Janeiro, and the coast of the São Paulo state. Some clades of Thoropa miliaris are structured, and the others form, along with T. taophora, a group with low genetic diversity. Thoropa miliaris group possibly began its diversification in the Miocene (tempo de divergência: 8.5 to 3.7 My) and most recent common ancestors are from... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Filogeografia de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae)

Sabbag, Ariadne Fares [UNESP] 28 February 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:49:32Z : No. of bitstreams: 1 sabbag_af_me_sjrp_parcial.pdf: 281729 bytes, checksum: e0a57c9718410973d302e0afd7b6dd4d (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:06Z: sabbag_af_me_sjrp_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:25Z : No. of bitstreams: 1 000713955_20160228.pdf: 262208 bytes, checksum: 2e947072f90441db7014c4cdf6133fde (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-29T12:16:26Z: 000713955_20160228.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-29T12:17:25Z : No. of bitstreams: 1 000713955.pdf: 1305705 bytes, checksum: 3e29a2bd15ec794b73a281cd78030871 (MD5) / A Mata Atlântica, uma formação florestal com alta diversidade e ameaçada por ação antrópica, é foco de interesse de vários estudos sobre diversificação de espécies. Este estudo teve como objetivo principal entender a história evolutiva das espécies de Thoropa grupo miliaris (Anura: Cycloramphidae), que inclui T. miliaris, T. taophora, T. saxatilis e T. megatympanum. Utilizei sequências de DNA mitocondrial dos fragmentos 16S, ND2 e COI de indivíduos das quatro espécies (N = 487), distribuídos em um total de 98 localidades. Realizei análises de agrupamento para os três fragmentos separados, e posteriormente realizei análises filogenéticas sob Inferência Bayesiana, Máxima Verossimilhança e Máxima Parcimônia com os fragmentos concatenados. Além disso, fiz redes de haplótipos com as sequências de 16S, e calculei diversidades genéticas, além das divergências genéticas intra e interclados. Por fim, estimei tempos de divergência por meio de análises coalescentes (t MRCA) e das divergências genéticas (dA ). Encontrei a diversidade genética distribuída em oito clados distintos. Thoropa saxatilis e T. megatympanum são grupos monofiléticos bem estruturados. A primeira localiza-se no nordeste do Rio Grande do Sul e sudeste de Santa Catarina, e a segunda ocorre na Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris inclui cinco grupos parafiléticos em relação à T. taophora, e ocorrem desde o sudeste da Bahia até o sudeste do Rio de Janeiro, e sobrepõem-se no centro-sul do Espírito Santo e centro-norte do Rio de Janeiro. Thoropa taophora inclui populações do extremo sudeste do estado do Rio de Janeiro e do litoral do estado de São Paulo. Alguns clados de Thoropa miliaris são bem estruturados, e os outros formam, juntamente com T. taophora, um agrupamento... / The Atlantic Forest, a forest formation with high diversity and threatened by human action, is the subject of interest of many studies on species diversification. This study is based on the evolutionary history of the Thoropa miliaris group (Anura: Cycloramphidae), which includes T. miliaris, T. taophora¸ T. saxatilis and T. megatympanum. I used sequences of mitochondrial DNA fragments of 16S, ND2 and COI from individuals of the four species (N = 487), distributed in 98 localities. I performed cluster analysis for the three separated fragments, and after that, phylogenetic analyzes with Bayesian Inference, Maximum Likelihood and Maximum Parsimony with the concatenated fragments. In addition, I made haplotype networks using the 16S fragment, and also calculated genetic diversity and genetic divergences within and between clades. Finally, I estimated times of divergence using coalescent analysis (t MRCA) and genetic divergence (dA ). I found the genetic diversity distributed in eight distinct clades. Thoropa saxatilis and T. megatympanum are monophyletic and structured groups. The first located in northeastern Rio Grande do Sul and southeast Santa Catarina and the second occurs at Serra do Espinhaço. Thoropa miliaris includes five paraphyletic groups that occur from southern Bahia to southern Rio de Janeiro, and these clades overlap in the center- south of the Espírito Santo and north-central Rio de Janeiro. Thoropa taophora includes populations from the extreme southeastern of the state of Rio de Janeiro, and the coast of the São Paulo state. Some clades of Thoropa miliaris are structured, and the others form, along with T. taophora, a group with low genetic diversity. Thoropa miliaris group possibly began its diversification in the Miocene (tempo de divergência: 8.5 to 3.7 My) and most recent common ancestors are from... (Complete abstract click electronic access below)
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Processos ecológicos e filogenéticos na estruturação de comunidades de girinos

Jordani, Mainara Xavier [UNESP] 21 February 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-21Bitstream added on 2014-06-13T20:10:13Z : No. of bitstreams: 1 jordani_mx_me_sjrp.pdf: 496922 bytes, checksum: 53192c339992141dcf9a964d92f8fe77 (MD5) / A história evolutiva das linhagens e as características ambientais são fatores conhecidos por influenciar a coexistência das espécies em uma comunidade. Ao longo da evolução, os atributos funcionais das espécies, que determinam a forma como as espécies utilizam os recursos, podem se diferenciar ou se manter semelhantes aos de seus ancestrais. As características abióticas promovem a seleção de espécies que possuam atributos que possibilitem sua sobrevivência sob um conjunto específico de condições ambientais. Nosso objetivo foi verificar se a ocorrência de girinos em poças está relacionada com as variáveis ambientais dos corpos d’água, o que indica a atuação de processos ecológicos como filtros ambientais ou competição, considerando as relações de parentesco entre as espécies. Esperamos que as diferenças nas características dos corpos d’água afetem os padrões de co-ocorrência de girinos e que espécies filogeneticamente próximas co- ocorram mais do que o esperado ao acaso. Amostramos girinos em 13 corpos d’águas lênticos no Parque Estadual da Serra do Mar – núcleo Picinguaba, entre setembro de 2011 e março de 2012. Testamos a influência do hidroperíodo dos corpos d’água, cobertura de dossel, temperatura e pH da água na co-ocorrência dos girinos. Inferimos a relação de parentesco entre os anuros presentes nas comunidades através de uma hipótese filogenética já proposta e obtivemos os comprimentos dos ramos em milhões de anos a partir das idades dos nós. Analisamos o efeito do ambiente e do parentesco sobre três padrões de co-ocorrência de espécies: agrupado, associado e mutuamente excludente. Nossos resultados indicam que as características dos corpos d’água influenciam fortemente a estruturação das comunidades de girinos. Nossos resultados demonstram que a influência... / The evolutionary history of lineages and the environmental characteristics are factors known for influencing the species coexistence in a community. Along evolution, functional traits of species, which determine the way species use resources, can differ or remain similar to their ancestors. Abiotic characteristics promote selection of traits that allow survival under a set of environmental conditions. Our objective was to verify whether the co-occurrence of tadpoles in ponds is related to environmental variables of water bodies, what indicates either ecological processes as environmental filters or competition, or to relatedness among species. We expect that differences in characteristics of the ponds affect the co-occurrence patterns of tadpoles and also that related species co-occur more than expected at random. We sampled tadpoles in 13 ponds at Parque Estadual da Serra do Mar – núcleo Pincinguaba, between September of 2011 and March of 2012.We tested the influence of the hydroperiod of the ponds, the canopy cover, water temperature and pH in co-occurrence of tadpoles. We determinedrelatedness between anurans present in communities through an already proposed topology and obtained the length of branches in millions of years from the age of the nodes. We analyzed the effects of habitat and species relatedness on three possible patterns of species co-ocorrence: clumping, togetherness and checkerboard. Our results show that environmental filters have strong influence in structuring communities. The gradient of canopy cover, hydroperiod and pH seem to be important environmental filters in habitat selection of species with togetherness and checkerboard co-occurrence patterns. Also, we detected the co-occurrence of pairs of closely related species in ponds with distinct environmental characteristics, evidencing... (Complete abstract click electronic access below)
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Processos ecológicos e filogenéticos na estruturação de comunidades de girinos /

Jordani, Mainara Xavier. January 2013 (has links)
Orientador: Denise de Cerqueira Rossa Feres / Banca: Paula Cabral Eterovick / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A história evolutiva das linhagens e as características ambientais são fatores conhecidos por influenciar a coexistência das espécies em uma comunidade. Ao longo da evolução, os atributos funcionais das espécies, que determinam a forma como as espécies utilizam os recursos, podem se diferenciar ou se manter semelhantes aos de seus ancestrais. As características abióticas promovem a seleção de espécies que possuam atributos que possibilitem sua sobrevivência sob um conjunto específico de condições ambientais. Nosso objetivo foi verificar se a ocorrência de girinos em poças está relacionada com as variáveis ambientais dos corpos d'água, o que indica a atuação de processos ecológicos como filtros ambientais ou competição, considerando as relações de parentesco entre as espécies. Esperamos que as diferenças nas características dos corpos d'água afetem os padrões de co-ocorrência de girinos e que espécies filogeneticamente próximas co- ocorram mais do que o esperado ao acaso. Amostramos girinos em 13 corpos d'águas lênticos no Parque Estadual da Serra do Mar - núcleo Picinguaba, entre setembro de 2011 e março de 2012. Testamos a influência do hidroperíodo dos corpos d'água, cobertura de dossel, temperatura e pH da água na co-ocorrência dos girinos. Inferimos a relação de parentesco entre os anuros presentes nas comunidades através de uma hipótese filogenética já proposta e obtivemos os comprimentos dos ramos em milhões de anos a partir das idades dos nós. Analisamos o efeito do ambiente e do parentesco sobre três padrões de co-ocorrência de espécies: agrupado, associado e mutuamente excludente. Nossos resultados indicam que as características dos corpos d'água influenciam fortemente a estruturação das comunidades de girinos. Nossos resultados demonstram que a influência... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The evolutionary history of lineages and the environmental characteristics are factors known for influencing the species coexistence in a community. Along evolution, functional traits of species, which determine the way species use resources, can differ or remain similar to their ancestors. Abiotic characteristics promote selection of traits that allow survival under a set of environmental conditions. Our objective was to verify whether the co-occurrence of tadpoles in ponds is related to environmental variables of water bodies, what indicates either ecological processes as environmental filters or competition, or to relatedness among species. We expect that differences in characteristics of the ponds affect the co-occurrence patterns of tadpoles and also that related species co-occur more than expected at random. We sampled tadpoles in 13 ponds at Parque Estadual da Serra do Mar - núcleo Pincinguaba, between September of 2011 and March of 2012.We tested the influence of the hydroperiod of the ponds, the canopy cover, water temperature and pH in co-occurrence of tadpoles. We determinedrelatedness between anurans present in communities through an already proposed topology and obtained the length of branches in millions of years from the age of the nodes. We analyzed the effects of habitat and species relatedness on three possible patterns of species co-ocorrence: clumping, togetherness and checkerboard. Our results show that environmental filters have strong influence in structuring communities. The gradient of canopy cover, hydroperiod and pH seem to be important environmental filters in habitat selection of species with togetherness and checkerboard co-occurrence patterns. Also, we detected the co-occurrence of pairs of closely related species in ponds with distinct environmental characteristics, evidencing... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

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