Introducción: Las malformaciones congénitas consideradas actualmente como un problema de salud pública cuya incidencia han ido en aumento a lo largo de los años, se debe en gran parte a una asociación directa con los factores de riesgo. En el Perú se estima que representa entre el 2 – 5% de anomalías congénitas por año. El presente trabajo de investigación permitirá establecer la asociación entre diversos factores descritos en la literatura ayudando a tomar medidas adecuadas con el fin de prevenir y/o disminuir la incidencia de malformaciones congénitas. Objetivos: Evaluar los factores asociados a malformaciones congénitas en recién nacidos del servicio de Neonatología del Hospital Nacional Daniel Alcides Carrión en el año 2015. Material y métodos: Estudio observacional, analítico de casos y controles, retrospectivo, transversal, en el que se estudió 88 recién nacidos con malformaciones congénitas y 88 recién nacidos sin malformaciones congénitas durante el año 2015. Se aplicó el análisis estadístico de chi cuadrado para establecer la relación de independencia entre las variables con un valor de significancia p<0.05, así como también se estimó la fuerza de asociación a través de la medición del Odds Ratio (OR). Resultados: Se analizaron los factores de estudio a través del método estudio de chi cuadrado y se estimó la fuerza de asociación a través del OR obteniendo como resultado que los hábitos nocivos de la madre (p < 0.05 y OR=4.7), edad materna adolescente-añosa (p < 0.05 y OR=4), antecedente de anomalías congénitas (p < 0.05 y OR=5.3), enfermedad materna crónica (p < 0.05 y OR=4.8) y controles prenatales inadecuados (p < 0.05 y OR=3.9), muestran asociación estadísticamente significativa con relación a la presencia de malformaciones congénitas. 5 Conclusiones: Los hábitos nocivos maternos, edad materna adolescente-añosa, antecedente de anomalías congénitas, enfermedad materna crónica y controles prenatales insuficientes, son factores asociados a malformaciones congénitas.