Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A APOBEC3G (A3G) tem sido descrita como um fator celular que inibe a replicação do HIV-1. Durante a transcrição reversa, a A3G promove a desaminação de citidinas para uracilas nas fitas negativas de DNA viral, induzindo hipermutação de guaninas para adeninas nas fitas positivas. O HIV-1 contra-ataca esse efeito pela atividade da proteína viral Vif, que neutraliza complexos A3G através de um mecanismo de degradação proteassômica. Apesar de alguns polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) terem sido descritos ocorrendo ao longo do gene A3G, seus efeitos sobre a progressão da infecção pelo HIV-1 não são claros. Este estudo tentou estabelecer, na população brasileira, a freqüência de 7 SNPs descritos anteriormente e seu impacto na carga viral e contagem de células T CD4+, em associação com a presença de hipermutação no gene da integrase. Além disso, foi analisada a diversidade genética do gene vif a fim de estabelecer sua associação com o estado clínico e os polimorfismos da A3G. Foram analisadas 400 amostras provenientes de indivíduos infectados pelo HIV-1 que não foram submetidos a tratamento antiretroviral. Os SNPs na A3G foram detectados por resequenciamento. Com o auxílio de ferramentas de bioinformática, foram utilizados modelos baseados em códons para estudar o processo evolutivo do gene vif, a partir de 156 sequências do subtipo B do HIV-1. A hipermutação foi investigada utilizando o corante Bisbenzamida-PEG durante a eletroforese em gel de agarose. Os géis foram analisados utilizando o software Image J e de acordo com a posição das bandas, quando comparados aos controles, as amostras foram categorizadas. Foi verificado que brasileiros e europeus têm freqüências genotípicas similares no gene A3G. A análise também revelou que os polimorfismos na maioria dos loci da A3G não tiveram qualquer influência na carga viral e contagem de células T CD4+. A análise das amostras em gel de agarose com HA-Yellow encontrou 36% de hipermutação. Notavelmente, códons sob o efeito de epistasia no gene vif foram associados com os níveis de células T CD4+. As análises baseadas em filogenia revelaram que os polimorfismos na A3G e a hipermutação tiveram um impacto insignificante na taxa de mutação neutra no gene vif. No entanto, códons sob selecção positiva foram detectados no gene vif entre as regiões MKSLVK e YRHHY, e nas regiões de interação com a BC-Box e Cullin5-Box. Estas regiões são envolvidas na degradação de Vif induzida por complexos A3G. Em conclusão, foi observado que a evolução do vif é parcialmente explicada pela resposta adaptativa otimizada para neutralizar a atividade da A3G, o que demonstra a plasticidade evolutiva do HIV-1 para se adaptar aos genes com função antiviral do hospedeiro. / APOBEC3G (A3G) has been described as a cellular factor that inhibits replication of HIV-1. During reverse transcription, A3G promotes deamination of cytidine to uracil in the minus strand viral DNA, inducing hypermutation of guanines to adenines in plus strand DNA. The HIV-1 counters this effect by the activity of the viral protein Vif, which counteracts A3G complexes through a mechanism of proteasome degradation. Although some single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been described occurring along the A3G gene, its effects on the progression of HIV-1 are unclear. This study attempted to establish, in the Brazilian population, the frequency of seven SNPs previous described and their impact on viral load and CD4 cell count, in association with the presence of hypermutation in the integrase gene. In addition, we analyzed the genetic diversity of the vif gene to establish its association with clinical status and polymorphisms of A3G. We analyzed 400 samples from drug naïve infected HIV-1 patients. SNPs were detected by resequencing. Bioinformatic tools for HIV-1 sequences analyses were used for studying the evolutionary process of gene vif. Hypermutation has been investigated using the dye-PEG Bisbenzimide in agarose gel electrophoresis. The gels were analyzed using Image J software and according to the position of the bands, when compared to controls, the samples were categorized. It was found that Brazilians and Europeans have similar genotype frequencies in the A3G gene. The analysis also revealed that the polymorphisms in most loci of A3G had no impact on viral load and CD4 + T cells counts. Analysis using agarose gels with HA-Yellow found that 36% of all samples ware hypermutated. Notably, the codons under epistasis influence in the vif gene were associated with levels of CD4 + T cells. The phylogenetic-based analysis revealed that A3G polymorphisms and hypermutation had insignificant impact in the rate of neutral mutation in vif gene. However, codons under positive selection were detected between the MKSLVK and YRHHY regions and within the BC-Box and the Cullin5-Box of vif gene. These regions are involved in the degradation of Vif-induced A3G complexes. In conclusion, we observed that the evolution of vif is partly explained by the optimized adaptive response to counteract A3G activity, which demonstrates evolutionary plasticity of HIV-1 to adapt to host genes with antiviral function. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-13T13:04:21Z No. of bitstreams: 2 TESE Mellina Neyla de Lima.pdf: 1594899 bytes, checksum: 915852c38dc427a7229a3afdb693cbed (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-13T13:04:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Mellina Neyla de Lima.pdf: 1594899 bytes, checksum: 915852c38dc427a7229a3afdb693cbed (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-12-17 / A tese foi construída a partir da hipótese de que escolares com dislipidemias tendem a apresentar alterações nas concentrações séricas de vitaminas antioxidantes lipossolúveis e exacerbação do risco cardiovascular quando comparados com escolares sem dislipidemias. Logo, os objetivos desse estudo foram investigar as concentrações séricas de retinol, beta-caroteno e alfa-tocoferol em adolescentes dislipidêmicos e a associação entre apolipoproteínas A-I e B e razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I com o risco cardiometabólico. A população estudada incluiu 104 adolescentes recrutados de escolas públicas do Recife, entre março/abril de 2013. Inicialmente foi realizado um estudo do tipo série de casos de dislipidemia, com grupo controle acoplado. Foram definidos como casos de dislipidemia adolescentes com concentrações de lipoproteínas de alta intensidade < 1,2 Mol/L e trigliceridemia > 3,4 Mol/L. Foram avaliadas variáveis sociodemográficas, antropométricas, clínicas e bioquímicas. As concentrações séricas de retinol, beta-caroteno e alfa-tocoferol foram analisadas por cromatografia líquida de alta eficiência. Adolescentes dislipidêmicos apresentaram concentrações séricas elevadas de retinol (p= 0,007) e da razão beta-caroteno/apolipoproteína A-I (p= 0,034) e baixas das razões beta-caroteno/colesterol total (p= 0,000) e beta-caroteno/apolipoproteína B (p= 0,033). O status sérico de alfa-tocoferol não mostrou associação com a dislipidemia. Excesso de peso, obesidade abdominal, marcadores do perfil lipídico e pressão arterial sistólica e diastólica foram mais prevalentes nos adolescentes dislipidêmicos. A associação entre as apolipoproteínas A-I e B e a razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I com o risco cardiometabólico foi investigada mediante corte transversal na população elegível, onde foram avaliadas variáveis clínicas, bioquímicas, antropométricas e sociodemográficas. As apolipoproteínas foram analisadas por Imunoturbidimetria. O aumento da escolaridade materna associou-se com concentrações séricas mais baixas de apolipoproteína A-I e mais elevadas da razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I. Índice de massa corporal, circunferência da cintura, circunferência da cintura/altura, triglicerídeos, colesterol/HDL e apolipoproteína B/apolipoproteína A-I mostraram redução com a progressão da distribuição percentilar das concentrações de apolipoproteína A-I, enquanto que HDL e apolipoproteína B aumentaram entre o primeiro e o último quartil das concentrações de apolipoproteína A-I. Pressão arterial sistólica, índice de massa corporal, circunferência da cintura, circunferência da cintura/altura, colesterol, LDL, triglicerídeos, colesterol/HDL e LDL/HDL apresentaram aumento progressivo na distribuição em quartis das concentrações de apolipoproteína B e da razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I. Os níveis séricos de alfa1-glicoproteina ácida aumentaram pari passu à progressão percentilar de apolipoproteína B. Gênero, idade, percentual de gordura corporal e glicemia não apresentaram diferenças entre os quartis das apolipoproteínas isoladas, bem como da razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I. Tomados em conjunto, os achados evidenciam associações da vitamina A com a dislipidemia e das apolipoproteínas A-I e B e da razão apolipoproteína B/apolipoproteína A-I com biomarcadores convencionais clínicos, bioquímicos e antropométricos de risco cardiometabólico. Investigações adicionais nesse grupo de risco são necessárias para elucidar os mecanismos de ação da vitamina A na patogênese da síndrome dislipidêmica, visando a redução de riscos cardiometabólicos desde idades precoces. De forma semelhante, estudos prospectivos são salutares para se avaliar a pertinência da implementação da análise das apolipoproteínas como marcadores laboratoriais de rotina na prática clínica.