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Isolement et détection des champignons causant la brûlure de la pousse dans les plantations de sapins du Québec

F. Guertin, Julien January 2017 (has links)
La production des arbres de Noël représente un marché distinct et marginal comparé aux autres types de production végétale. En effet, comme la valeur des arbres vendus dans ces activités économiques est proportionnelle à la qualité du feuillage, les différents facteurs influençant ce paramètre sont donc dominants dans les considérations des organismes régissant et encadrant cette culture. Les maladies d’origine fongique s’attaquant au feuillage des arbres de Noël représentent un phénomène environnemental important dans cette optique, engendrant des pertes de plus en plus prononcées dans les plantations du Québec. Dans le cas de cette province, considérée comme la plus grande productrice canadienne, la majorité des plantations produisent des sapins baumiers (Abies balsamea) qui sont, depuis ces dernières années, en proie à une maladie foliaire nommée la brûlure de la pousse. Cette maladie, causée par Delphinella abietis et Delphinella balsameae, est caractérisée par des symptômes comme un recroquevillement des aiguilles faisant partie des pousses de l’année, en plus de l’apparition de fructifications foncées visibles à l’oeil nu un an après l’infection. Même si des traitements aux fongicides sont présentement employés dans le but de contrôler cette maladie, la minime quantité d’informations disponibles au sujet des agents causaux et du cycle d’infection rend ces tentatives peu efficaces et relativement dommageables pour l’environnement. De plus, les seuls diagnostiques présentement disponibles pour les organismes de dépistage sont les observations au microscope des structures de dissémination qui n’est possible qu’à l’apogée des symptômes, rendant les diagnostics inefficaces pour contrer la maladie. Le but de ce projet de recherche était donc d’en apprendre davantage sur le cycle d’infection du Delphinella au Québec, de pouvoir isoler et caractériser les différents champignons qui sont présents au cours de la brûlure de la pousse et finalement de produire des outils diagnostiques, basés sur la technique des PCRs, qui permettraient de détecter plus rapidement et efficacement les agents pathogènes impliqués dans la brûlure de la pousse. À l’aide d’échantillonnages réguliers au courant des étés 2015 et 2016, des tendances plaçant les étapes critiques du cycle d’infection au début du mois de juin ont pu être observées par rapport à la dissémination des spores. Les échantillons récoltés en plantation suite à l’exposition ont permis l’acquisition d’aiguilles infectées qui ont été utilisées afin de pouvoir isoler les agents causaux de cette maladie. En effet, la dissection et le broyage des fructifications suivis par la mise sur milieu de culture des lysats résultants ont permis d’isoler plusieurs endophytes du sapin baumier. De plus, des isolements ont aussi été effectuée en plaçant au-dessus de la surface de milieux de culture stériles des fructifications, associées aux symptômes de la maladie, pendant l’étape de la dissémination et en obtenant ainsi une multitude de colonies appartenant à la même espèce. Dans les deux cas, l’identification moléculaire à l’aide du séquençage de la région ITS a permis de mettre en évidence l’acquisition d’isolats appartenant à l’espèce D. balsameae. Une autre espèce d’agent pathogène, Sydowia polyspora, a aussi été isolé à plusieurs reprises au cours du projet. Des protocoles de PCR basés sur la technique de type « touchdown » ont été développés afin de pouvoir détecter ces deux agents pathogènes dans les aiguilles de sapins. Pour ce faire, la région ITS ainsi que deux autres régions génétiques, le gène codant pour le facteur d’élongation 1 alpha (EF1A) et le gène codant pour la beta-tubuline (BTUB) ont été séquencés chez les isolats afin de concevoir des amorces spécifiques à l’ADN génomique des espèces ciblées. Les amorces se sont avérées efficaces pour détecter spécifiquement les deux champignons étudiés dans les aiguilles de sapins avec un seuil de détection de 10 ng/μl. De plus, ces outils de détection ont permis de déterminer des tendances quant à l’occurrence de D. balsameae qui n’est détecté que dans des aiguilles infectées et S. polyspora qui est autant retrouvé dans les aiguilles infectées que saines. Finalement, des sapins baumiers juvéniles ont été mis ou non en contact avec des aiguilles contaminées et apparemment matures en ce qui a trait à la dissémination des ascospores afin de confirmer le rôle d’agent pathogène de D. balsameae dans l’établissement de la brûlure des pousses. Deux mois après l’exposition, les arbres présentaient des symptômes de stress qu’ils aient ou non, été exposés à l’agent pathogène. Par contre, D. balsameae a pu être détecté avec les outils de diagnostic seulement dans certains des arbres exposés aux aiguilles porteuses de spores. Le projet a permis le développement d’outils qui pourront être appliqués dans la lutte contre cette maladie en expansion.
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Phénologie et modèles prévisionnels d'éclosion printanière pour trois arthropodes ravageurs en plantation commerciale d'arbres de Noël dans un contexte de changements climatiques

Doherty, Jean-François 24 April 2018 (has links)
Le puceron des pousses du sapin Mindarus abietinus et le tétranyque de l’épinette Oligonychus ununguis sont deux ravageurs d’importance économique pour l’industrie des arbres de Noël au Québec. Les changements climatiques en cours pourraient affecter leur biologie et physiologie de telle sorte que leurs dommages sur les sapins cultivés augmenteront dans les prochaines décennies. Afin d’étudier les interactions entre M. abietinus, son arbre-hôte et la température ambiante, j’ai suivi des populations du puceron pendant trois étés dans des sapinières commerciales du sud du Québec. Entre autres, j’ai montré qu’il est possible de séparer correctement les générations chevauchantes de filles ailées et aptères du cycle vital complexe de M. abietinus, ce qui m’a permis d’observer une proportion de filles aptères plusieurs fois supérieure à ce qui était connu auparavant. Dans une expérience en plantation de sapin baumier, j’ai montré qu’un milieu réchauffé causerait une augmentation significative du taux de croissance des colonies de M. abietinus sur les pousses, en comparaison avec les colonies sous conditions naturelles actuelles. Ces résultats supportent l’hypothèse qu’un climat plus chaud, causé par les changements anthropogéniques, pourrait favoriser des densités plus élevées de M. abietinus, ce qui pourrait augmenter ses dommages esthétiques sur le sapin. Dans une expérience de laboratoire, la durée du développement en fonction de la température des œufs de ces deux ravageurs et de ceux d’une autre espèce, la cochenille des aiguilles du pin Chionaspis pinifoliae, a été mesurée en milieu contrôlé, ce qui m’a permis d’élaborer des modèles prévisionnels linéaires et non linéaires du taux de développement des œufs hivernés postdiapausants nouveaux pour le Québec. Finalement, en suivant la masse fraîche d’œufs hivernants de M. abietinus tout au long de leur diapause de plusieurs mois, j’ai observé un accroissement de la masse au printemps, impliquant l’eau comme possible facteur de déclenchement de l’embryogenèse. / The balsam twig aphid Mindarus abietinus and the spruce spider mite Oligonychus ununguis are two pests of economic importance for the Christmas tree industry in Québec. Current climate change could affect their biology and physiology in such a way that, if their local densities in commercial fir plantations grow in the future, potential damage to cultivated firs could increase substantially. In order to study the interactions between M. abietinus, its host tree, and ambient temperature, I followed populations of the aphid during three consecutive summers in commercial fir plantations of southern Québec. I found it possible to separate overlapping generations of different morphs of this aphid in growing colonies on fir shoots, which allowed to record a proportion of wingless daughters several times larger than previously known for this aphid in its complex life cycle. Based on a field experiment, a warmer environment surrounding the aphids on balsam fir shoots increased spring colony growth rates significantly, when compared to unaltered colonies on neighbouring trees. These results support the hypothesis that a warmer climate, caused by anthropogenic change, would promote higher densities of M. abietinus on fir shoots, which could increase esthetic damage to Christmas trees. In a laboratory experiment, I studied the effect of ambient temperature on postdiapause development of the overwintering eggs of both aphid and mite species, along with that of another conifer-feeding pest, the pine needle scale Chionaspis pinifoliae, which led to parametrise new linear and nonlinear development rate models for postdiapause egg development of all three species. Finally, by following fresh mass of M. abietinus overwintering eggs throughout their diapause of several months, it was possible to observe a substantial increase in size and mass of these eggs in early spring, suggesting that water could trigger diapause termination and/or initiate embryogenesis of the first active stage.

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