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Développement d’une méthode PCR-SSCP pour caractériser le régime alimentaire des gastéropodes

Ariey, Hinatea 09 1900 (has links)
Déterminer le régime alimentaire des gastéropodes terrestres est important étant donné leurs impacts écologiques et économiques. L’observation en nature est difficile, car les gastéropodes sont principalement actifs la nuit et sont de petite taille. De plus, l’analyse visuelle des contenus digestifs est compliquée car les gastéropodes broient leurs aliments, ne permettant pas une identification précise. L’objectif est de produire une méthode fiable et peu onéreuse pour déterminer le régime alimentaire des gastéropodes en milieu naturel. Le modèle, Arion fuscus, a été échantillonné au printemps dans quatre érablières anciennes du sud du Québec (Canada). Une approche basée sur l’ADN a été utilisée avec amplification par PCR d’un segment d’un gène chloroplastique. La diversité a été déterminée par électrophorèse sur gel non-dénaturant suivie d’un séquençage des variants d’intérêts pour identifier les plantes consommées. Pour les 52 limaces analysées, les PCR ont fonctionné avec succès et les extractions d’ADN de mêmes individus traités indépendamment ont montré les mêmes résultats sur les gels SSCP. Des résultats fiables ont été produits en quelques semaines et le nombre d’échantillons à séquencer a été limité, réduisant ainsi les coûts. Les résultats montrent une faible diversité végétale consommée (6 haplotypes) par A. fuscus; 78,8% des limaces ont uniquement consommé la même espèce de plante. Cette méthode peut permettre de meilleurs suivis des espèces consommées par les gastéropodes dans un contexte d’écologie de la conservation ou de contrôle des espèces nuisibles. / The diet of terrestrial gastropods is difficult to assess in nature because of their often-nocturnal activity and their small size. Moreover, visual analyzes of digestive contents are problematic because gastropods grind food into small particles, making visual identification unexploitable. Determining the gastropods ‘diet is nevertheless highly relevant because gastropods may have strong ecological and economic impacts. On the one hand, several species are listed endangered or critically endangered. On the opposite, numerous species are considered agricultural pests. The objective is to produce an accurate and inexpensive method to determine the diet of gastropods. More specifically, by using an approach based on PCR-amplified DNA followed by SSCP gels, it was possible to determine taxa diversity before Sanger sequencing, and thus reduce costs. We used Arion fuscus from four old maple forests sites in southern Quebec (Canada) as model to test the method. The 52 individuals’ digestive contents analyzed resulted in a successful PCR amplification and independent DNA extractions from a given individual gave the same SSCP pattern. This method produced reliable results in a few weeks and at a low cost, making it possible to sequence only a few samples to know the plant species consumed by all individuals in the study. Results revealed a low diversity of plants consumed (6 haplotypes). 78.8% of the slugs harvested in spring consumed one and the same species of plant. This method enables the monitoring of plant species consumed by gastropods in conservation and agricultural pest control.
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Une invasion dans la discrétion : répartition, origines et expansion des limaces européennes du complexe d'Arion subfuscus s.l. au Québec

L'Heureux, Érik 09 1900 (has links)
Une identification précise des espèces exotiques est essentielle afin de déterminer la nature et l’ampleur des impacts que ces espèces auront sur leurs nouveaux habitats. Le complexe d’Arion subfuscus s. l., originaire d’Europe, fait partie des limaces les plus abondantes dans le nord-est de l’Amérique du Nord et plusieurs impacts dus à leur présence ont été rapportés. Cependant, l’identité des espèces introduites demeure inconnue dans la plupart des régions. L’objectif de ce projet est donc de déterminer la répartition récente, la diversité taxonomique et l’origine des membres du complexe d’A. subfuscus s. l. au Québec en se basant sur leur identité mitochondriale (16S rDNA). Un total de 526 spécimens provenant de 68 sites à travers le Québec et un site en Nouvelle-Écosse ont été analysés à l’aide de la technique des SSCP et leurs séquences ont été déterminées. Huit haplotypes de deux espèces allopatriques, A fuscus et A. subfuscus s. s. (lignées S1 et S2) ont été détectés. Les résultats confirment que des limaces provenant de régions distinctes d’Europe ont été introduites à de multiples reprises. Une comparaison avec des données historiques de répartition a révélé une expansion fulgurante de la répartition depuis les 50 dernières années. Arion fuscus est la principale espèce envahissante qui a été détectée dans toutes les régions échantillonnées, ce qui contraste avec les études antérieures réalisées ailleurs en Amérique du Nord. Le rôle potentiel des échanges commerciaux internationaux dans l’histoire d’introduction des espèces exotiques est discuté. / Accurate identification of exotic species is required to assess the magnitude and nature of consequences on their new habitats. The Arion subfuscus s. l. species complex comprised slugs of European origins that are amongst the most abundant slug species in northeastern North America and various impacts of their presence are reported. However, the identities of the species introduced remain unknown in most regions. This study aims at determining the current distribution, taxonomic identity and the origins of the members of the A. subfuscus s. l. complex in Quebec (Canada) based on mitochondrial 16S rDNA. A total of 526 specimens from 68 locations throughout Quebec and one site in Nova Scotia were SSCP analysed and their sequences were determined. Eight haplotypes of the allopatric A. fuscus and A. subfuscus s. s. (lineages S1 and S2) were detected. Results confirmed that slugs from distinct European regions were introduced multiple times. Comparison with previous survey revealed an impressive expansion of the distribution during the last 50 years. Arion fuscus is the major invasive species found throughout Quebec, contrasting with previous North American studies. The potential role of international trade in the introduction history of exotic species is discussed.

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