Les larves de poulamon (Microgadus tomcod) élevées au laboratoire ont permis de valider l'accroissement journalier desotolithes. Des comparaisons portant sur la taille, l'âge et le taux de croissance ont été vérifiées en utilisant l'otolithe. Les résultats indiquent que les poissons nés tôt pendant la période d'éclosion étaient plus petits et avaient un taux de croissance plus faible que ceux nés plus tard. L'analyse numérique démontre que les écarts importants au niveau de la taille sont dus à la période prolongée d'éclosion. L'hypothèse voulant qu'un gradient spatio-temporel de taille soit attribué a une mortalité sélective a été vérifiée chez les individus de petite taille nés tôt dans la saison. Des indices sur les dates de naissance et la survie comparée indiquent que les poissons de plus grande taille n'ont pas nécessairement un avantage sur ceux de plus petite taille, mais plutôt que la survie était plus évidente selon la date d'éclosion.

Le nombre important de saumons atlantiques domestiques échappés annuellement a le potentiel d'engendrer des conséquences négatives pour les populations sauvages. Cette situation pourrait entraîner un fardeau génétique accru, de même qu'une capacité réduite à s'adapter aux changements environnementaux chez les populations sauvages. L'objectif principal de ce projet de maîtrise est de vérifier si des populations sauvages distinctes de saumons atlantiques subissent des conséquences génétiques différentes à la suite de l'hybridation avec des saumons d'origine domestique. Les niveaux d'expression de 16 000 transcrits ont été mesurés chez des individus de cinq lignées, soit: deux populations sauvages, une lignée domestique ainsi que deux lignées rétrocroisées (hybride x sauvage). Les profils de transcription de ces cinq lignées ont été comparés afin de caractériser leurs niveaux de différenciation, les fonctions biologiques affectées par l'hybridation ainsi que la présence d' effets additifs versus non-additifs dans la régulation de l'expression des gènes. Nous mettons ainsi en évidence que i) les deux populations sauvages sont génétiquement différentes, ii) la population domestique est distincte des deux populations sauvages, et iii) l'hybridation entre des individus domestiques et sauvages entraîne des conséquences spécifiques dans chacune des populations sauvages subissant l'introgression. Globalement, cette étude démontre que les effets engendrés par l'hybridation introgressive dépendent de l'architecture génétique des populations introgressées.

La population de phoque gris (Halichoerus grypus) du nord-ouest de l'Atlantique a augmenté de manière exponentielle au cours des quatre dernières décennies, passant de 20 000 bêtes en 1970 à 250 000 en 2000. Les premiers signes attendus d'une régulation dépendante de la densité sont des changements dans la condition physique et dans la croissance des individus, ainsi que des changements dans les paramètres de reproduction. La condition physique et la croissance ont été examinées sur 3 302 phoques gris échantillonnés dans l'Atlantique canadien de 1954 à 2004 en utilisant des courbes de croissance non linéaires. La condition physique n'a pas changé de 1954 à 2004 mais la taille corporelle a diminué depuis les années 50. Les paramètres de reproduction de la population, dont les taux de reproduction selon l'âge et l'âge à la première naissance ont été examinés avec un échantillon de 208 femelles récoltées entre 1993 et 2004 et l'âge à maturité sexuelle a été examiné à partir de mâles récoltés en 2004. Les taux de reproduction ont diminué comparativement aux taux obtenus dans les années 70 et 80 et l'âge moyen des mâles à maturité sexuelle a augmenté, par contre, l'échantillon ne comptait que 15 individus. Ces diminutions de la croissance corporelle et des taux de reproduction suggèrent que des changements dépendants de la densité dans la population du phoque gris du nord-ouest de l'Atlantique se produisent. / The Northwest Atlantic grey seal (Halichoerus grypus) population has been growing exponentially over the last four decades, increasing from 20, 000 animals in 1970 to 250, 000 in 2000. Early indications of density-dependent regulation are expected to be reflected as changes in physical condition, individual growth and changes among reproductive parameters. Changes in body size and condition were examined in a sample of 3 302 grey seals collected from Atlantic Canada from 1954 to 2004 using nonlinear growth curves. Condition did not change since the 1950s, but body size declined. Reproductive parameters, such as age specific reproductive rates and age at first birth were examined from 208 females collected from 1993 to 2004 and age at sexual maturity was examined from males collected in 2004. Reproductive rates declined compared to the rates obtained in the 1970s and 1980s, and the mean age of male sexual maturity increased, but only 15 males were sampled. The decline in body size and changes among reproductive parameters suggest that density-dependent changes in the Northwest grey seal population are occurring.

Titre de l'écran-titre (visionné le 30 octobre 2023) / Les variations structurales (SV) sont maintenant reconnues comme la principale source de polymorphisme génétique intraspécifique et peuvent contribuer aux processus évolutifs chez plusieurs organismes. Elles demeurent toutefois peu documentées en contexte de génomique des populations sauvages, en raison des nombreuses difficultés que comportent leur détection et leur génotypage. Le saumon atlantique (Salmo salar), qui montre une importante variabilité interpopulationnelle dans ses traits d'histoire de vie et son habitat, représente une espèce idéale pour étudier les SV d'importance adaptative. Dans ce contexte, nous avons développé un pipeline bio-informatique permettant de caractériser et d'analyser l'ensemble de la variation génétique à une échelle populationnelle, soit les SV, les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) et les indels courts. Ce pipeline repose, entre autres, sur la combinaison de données de séquençage en lectures courtes et en lectures longues et sur l'intégration des graphes pangénomiques. À l'aide de ce pipeline, nous avons catalogué 115,907 SV, 8,777,832 SNP et 1,089,321 indels courts dans les génomes de 60 saumons des rivières Romaine et Puyjalon (Côte-Nord, Québec), deux populations présumément adaptées localement dont les individus diffèrent fortement dans leurs traits d'histoire de vie, incluant l'âge de la maturité sexuelle et le taux de croissance. L'analyse comparative des trois formes de polymorphisme a révélé une excellente concordance entre elles quant à la structure de population et à l'ampleur de la différenciation génétique entre les saumons des deux populations. De plus, plusieurs variants présentant la signature moléculaire de sélection naturelle touchent à des gènes impliqués dans la fonction du système nerveux : ces variants pourraient donc indirectement contribuer à la variation phénotypique observée chez les populations à l'étude, et ainsi avoir un rôle dans leur adaptation locale. Ce travail démontre la faisabilité de l'étude populationnelle des SV et témoigne de sa pertinence pour la génomique des populations des salmonidés. / Structural variants (SVs) are now recognized as the main component of intraspecific genetic polymorphism and can contribute to evolutionary processes in various organisms. However, they are inherently difficult to detect and genotype and therefore remain poorly documented in wild populations. Atlantic salmon (Salmo salar), which displays strong interpopulation variability in life history traits and habitat, offers a prime context for studying adaptive SVs. Here, we developed a population-scale variant characterization and analysis pipeline targeting SVs, single nucleotide polymorphisms (SNPs) and short indels. This pipeline mainly relies on the combination of both short- and long-read sequencing and on the integration of pangenome graphs. Using this pipeline, we catalogued 115,907 SVs, 8,777,832 SNPs and 1,089,321 short indels in the genomes of 60 salmon from the Romaine and Puyjalon rivers (Côte-Nord, Québec), two putatively locally adapted populations exhibiting pronounced variation in life history traits, namely age at maturity and growth rate. Comparative analysis of the three types of polymorphism revealed a highly consistent population structure and genetic differentiation between both populations. In addition, numerous variants bearing molecular signatures of natural selection were located nearby genes involved in nervous system function: these variants might thus indirectly contribute to the observed phenotypic variation in the Romaine and Puyjalon populations, especially in age at smoltification, and could therefore play a role in their local adaptation. This research demonstrates the feasibility of population-scale study of SVs and highlights its relevance for population genomics of salmonids.

"Mémoire de maitrise"--Université nationale du Bénin, 1991. / Includes bibliographical references (leaves [40]-43).

Texte abrégé de: Thèse--Lettres--Nantes, 1986.

Th. 3e cycle--Struct. et évolution géol. des océans--Brest, 1979. / 108.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les patrons de migration de saumonneaux sauvages du saumon Atlantique (Salmo salar L.) ont été déterminés dans un système fluvial / estuarien de la péninsule de Gaspé, Québec, Canada. Vingt-quatre saumonneaux en 2005 et trente saumonneaux en 2006 ont été munis d'émetteurs acoustiques codés et leur migration a été suivie en rivière et en estuaire grâce à un large déploiement de récepteurs fixes de type VR2. L'effet de la période du jour (jour vs. nuit), du débit et des caractéristiques des saumonneaux (poids et facteur de condition) sur le temps de transit d'une section fluviale a été déterminé par régression linéaire. La relation entre la vélocité observée des smolt (par rapport au sol) et les caractéristiques des saumonneaux et les conditions environnementales - mesurées et prédites par un modèle hydrodynamique validé - a été déterminée par modèle de régressions multiples. Un effet circadien important a été remarqué en rivière, les mouvements se produisant surtout durant la nuit. La migration était plus lente durant le jour. Le débit de la rivière avait un effet sur la vitesse de transit durant la nuit, suggérant une composante passive de la migration durant la nuit. Dans l'estuaire, la migration était aussi affectée par la vélocité des courants et les smolts se déplaçaient vers la mer aux marées baissantes et vers l'amont aux marées montantes. L'effet de la vélocité des courants était plus prononcé durant la nuit que durant le jour ce qui peut suggérer que les saumonneaux adoptaient un comportement d'alimentation ou d'évitement des prédateurs durant le jour comme en rivière. Suivant une augmentation de la salinité, les mouvements vers la mer étaient plus fréquents aux marées montantes et la vélocité observée des saumonneaux augmentait avec un biais vers la mer. Il est proposé que les saumonneaux subissant une augmentation de la salinité ambiante vont modifier leur comportement passant de déplacements plutôt passifs à une nage active orientée vers la mer.

Dans cette étude, nous tirons avantage de l'outil moléculaire et des techniques d'assignation parentale afin de décrire le système de reproduction du saumon atlantique (Salmo salar L.) et de mesurer l'impact de la remise à l'eau sur son succès reproducteur (SR). La variance du SR observée au sein des mâles était plus importante qu'au sein des femelles. Mâles et femelles sont majoritairement polygames et le nombre de partenaires est d'ailleurs positivement corrélé au SR. Les tacons précoces ont produit 44% des alevins réassignés. Les saumons remis à l'eau participent à la reproduction, mais la taille du saumon ainsi que l'interaction entre la température de l'eau et l'exposition à l'air ont un impact négatif sur le SR d'un saumon remis à l'eau. Finalement, nos résultats améliorent notre compréhension du système de reproduction du saumon atlantique et confirment que les saumons remis à l'eau se reproduisent et participent à la pérennité des populations exploitées.