Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-10-20T10:56:20Z No. of bitstreams: 1 DIS_VANESSA_STANGHERLIN_MACHADO_COMPLETO.pdf: 9505213 bytes, checksum: c355721326b3d2f7c04de64104755fac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-20T10:56:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_VANESSA_STANGHERLIN_MACHADO_COMPLETO.pdf: 9505213 bytes, checksum: c355721326b3d2f7c04de64104755fac (MD5) Previous issue date: 2015-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The prediction of protein tertiary structure is a problem of Structural Bioinformatics still unsolved by science. The challenge is to understand the relationship between the amino acid sequence of a protein and a three dimensional structure, which is related to the function of these macromolecules. Among the methods related to protein structure prediction is CREF (Central Residue Fragment-based Method) proposed by Dorn & Norbert Souza (2008) for prediction of proteins? or polypeptide?s approximate 3D structure. In this thesis we present the wCReF, the Web interface for the CREF method developed with a focus on usability. With this tool the users can enter the amino acid sequence of its target protein, and get as a result the approximate 3D structure of a protein in an automated manner without the need to install all the necessary tools for their use. To define the requirements for its development were conducted usability evaluations, guided by experts on both Human-Computer Interaction and bioinformatics domain areas, in three protein structures prediction servers - I-TASSER, QUARK and Robetta - all participants at CASP (Critical Assessment of Protein Structure Prediction) competition. The inspections were conducted through the Heuristic Evaluation method using Nielsens? 10 heuristics. As a result, violations were found in all heuristics resulting in 89 usability problems. They were classified into 5 severities, 29 scored as being of high priority solution and 25 as problems to be solved immediately. Assessment results serve as guiding orientation of the key features that wCReF must have compiled in a document software requirements for its implementation. From this step was carried out prototyping and glimpsing the detection of new usability problems with end users by adapting the Ssemugabi satisfaction questionnaire. As a final product we present the wCReF server, protein structure prediction server rooted in concern about the usability and interaction with its users. Furthermore, this study can contribute to improvement of usability of existing bioinformatics applications, the prediction servers analyzed and the development of new scientific tools. / A predi??o da estrutura terci?ria de prote?nas ? um problema da Bioinform?tica Estrutural ainda n?o solucionado pela ci?ncia. O desafio ? entender a rela??o entre a sequ?ncia de amino?cidos de uma prote?na e sua estrutura tridimensional 3D, que est? relacionada ? fun??o destas macromol?culas. Dentre os m?todos relacionados ? predi??o de estruturas de prote?nas est? o M?todo CReF (Central Residue Fragment-based Method), proposto por Dorn & Norberto de Souza (2008), para predi??o da estrutura 3D aproximada de uma prote?na ou polipept?dio. Nesta disserta??o, apresentamos o wCReF, a interface Web para o m?todo CReF desenvolvida com o enfoque em usabilidade. Com esta ferramenta o usu?rio informa a sequ?ncia de amino?cidos de sua prote?na alvo, e como resultado obt?m a estrutura 3D aproximada de uma prote?na, de forma automatizada, sem a necessidade de instala??o das ferramentas necess?rias para sua utiliza??o. Para definir os requisitos necess?rios para seu desenvolvimento foram realizadas avalia??es de usabilidade, realizadas por especialistas em Intera??o Humano-Computador e da ?rea de dom?nio, a bioinform?tica, em tr?s servidores de predi??o de estruturas de prote?nas - I-TASSER, QUARK e Robetta - todos participantes do CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). As inspe??es foram realizadas atrav?s do m?todo de Avalia??o Heur?stica, utilizando as 10 heur?sticas de Nielsen. Como resultado, foram encontradas viola??es em todas as heur?sticas e detectados 89 problemas de usabilidade. Eles foram classificados em 5 severidades, 29 pontuados como sendo de alta prioridade de solu??o e 25 problemas de resolu??o imediata. Os resultados das avalia??es serviram como orienta??o norteadora dos principais recursos que o wCReF deveria possuir, compilados em um documento de requisitos de software, para sua implementa??o. A partir desta etapa foi realizada a prototipagem, vislumbrando a detec??o de novos problemas de usabilidade, com os usu?rios finais, atrav?s da adapta??o do question?rio de satisfa??o de Ssemugabi. Como produto final, apresentamos o servidor wCReF alicer?ado na preocupa??o com a usabilidade e intera??o com seus usu?rios. Al?m disso, este estudo pode contribuir para melhoria da usabilidade das aplica??es de bioinform?tica j? existentes, dos servidores de predi??o analisados e no desenvolvimento de novas ferramentas cient?ficas.