La méthode traditionnelle utilisée pour produire des vins mousseux (comme cava et champagne) est caractérisée par une seconde fermentation qui a lieu à l'intérieur de la bouteille. Cette deuxième fermentation présente des caractéristiques très spécifiques telles qu’une teneur élevée en éthanol, la pression croissante de CO2, une basse température et une faible disponibilité des nutriments. Dans cette thèse, on a tout d'abord analysé l'effet des facteurs environnementaux sur la cinétique de fermentation de Saccharomyces cerevisiae au cours de la seconde fermentation. Deuxièmement, on a analysé l'effet de pratiques communes, telles que l'ajout de nutriments au vin de base, sur la composition finale du vin mousseux. Enfin, nous avons cherché à identifier la base génétique de la variabilité phénotypique observée pendant la seconde fermentation en utilisant une approche Quantitative Trait Locus (QTL). Les résultats obtenus ont permis de déterminer la température, le vin de base utilisé, la souche de levure et la source d'azote utilisée dans l'acclimatation de levure comme les facteurs qui ont la plus grande incidence dans la cinétique de la seconde fermentation. Deuxièmement, par rapport à la composition finale du vin mousseux, nous avons trouvé que l'addition d'azote dans le vin base favorise la libération des acides aminés. Bien que l'ajout de levure sèche inactive favorise la libération des polysaccharides et les propriétés moussantes du vin mousseux. Enfin, on a pu identifier quatre gènes dont la variation allélique explique la variation phénotypique observée parmi les souches. / The traditional method used to produce sparkling wines (such as cava and champagne) is characterized by a second fermentation that takes place inside the bottle. This second fermentation has very specific characteristics such as a high ethanol content, increasing CO2 pressure, low temperature and low nutrient availability. In this thesis, we have firstly analyzed the effect of environmental factors on fermentation kinetics of Saccharomyces cerevisiae during the second fermentation, by monitoring the second fermentation development using aphrometers. Secondly, we analyzed what is the effect of common practices such as adding nutrients to the base wine on the final composition of the sparkling wine by HPLC analysis of content of amino acids and polysaccharides and its foaming capacity (mosalux) of the sparkling wine. Finally we aimed to identify the genetic basis of the second fermentation using Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and validation approach. The results obtained enabled us to identify the temperature, the base wine used, the yeast strain and source of nitrogen used in the acclimatization of yeast as the factors that have the highest impact in the second fermentation kinetics. Secondly, with respect to the final composition of sparkling wine, we have found that the addition of nitrogen to the wine base favors the release of amino acids. While the addition of inactive dry yeast, promotes the release of polysaccharides and favors the foaming properties of the sparkling wine. Finally, could identify four genes whose allelic variation explains the phenotypic variation observed among strains.

Thèse doctorat : Génie des Matériaux : Villeurbanne, INSA : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr., 8 p.

Thèse de doctorat : Chimie Informatique et Théorique : Nancy 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr.

Thèse doctorat : Biologie forestière : Nancy 1 : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Chimie organique, minérale et industrielle : Poitiers : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 212 réf.

Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2002. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Thèse--Sc. nat.--Paris XI. / Bibliogr. p. 183-199 . Bibliogr. des œuvres de l'auteur p. 205-208. Résumé en français et en anglais.

Th.--Pharm.--Paris, 1904. / Paris, agrég. 1904.

Th.--Sci. phys.--Grenoble 1, 1983. N°: 11. / Extr. en partie du Journal de physique, 41, 1980, 819-830 ; de Journal of physics. B, Atomic and molecular physics, 11, 1978, 22, 3875-3886 et de Journal of chemical physics, 72, 1980, 12. 6698-6705.

L'azote (N) est l'un des principaux nutriments nécessaires pour la croissance des plantes et le rendement de cultures. Il est bien documenté que les changements dans la disponibilité du nitrate, principale source d’azote dans les sols agricoles, influent largement sur le processus de développement de la plante, y compris sur ses réponses de défense. La première partie de ce travail correspond à une analyse transcriptomique réalisée afin d’étudier les changements transcriptionnels au cours de l’infection d’A. thaliana par E. amylovora, dans les plantes cultivées à deux régimes de nutrition azotée (limitant ou non). L’analyse des données montre que, globalement, la réponse transcriptomique à la bactérie chez les plantes cultivées en azote limitant ou non est proche malgré la différence de développement de ces plantes. Malgré ces réponses globalement proches, des différences d’expression en réponse à l’infection ont été observés pour certaines voies de signalisation, notamment pour la voie de l’acide jasmonique. L’analyse de l’interaction entre les deux stress (N et bactérie) montre qu’en réponse à la combinaison des deux stress, 32.5% de gènes ont une réponse spécifique de la combinaison des stress, suggérant une interaction entre les réponses aux stresses simples. Parmi ces gènes, plusieurs sont liés à la défense contre les agents pathogènes, comme les facteurs de transcription de type WRKYs et les protéines de résistance. Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons démontré l’effet de la disponibilité en azote sur l’expression des facteurs du pouvoir pathogène d’E. amylovora in planta. En effet, la bactérie E. amylovora se multiplie mieux dans des plantes cultivées à faible azote (2 mM NO3⁻) qu’à fort azote (10 mM NO3⁻). De plus, nous n’avions observé qu’un mutant affecté dans le pouvoir pathogène d’E. amylovora est aussi agressif que la souche sauvage dans des plantes cultivées à fort azote (10 mM NO3⁻), alors qu’on observe une différence d’agressivité entre les deux souches dans des plantes cultivées à faible azote (2 mM NO3⁻). Les expériences menées indiquent que l’effecteur de type 3 DspA/E, principal facteur du pouvoir pathogène d’E. amylovora, est significativement plus exprimé in planta à faible azote (2 mM NO3⁻) qu’à fort azote (10 mM NO3⁻). De plus, le niveau d’expression de ce facteur de virulence d’E. amylovora in planta est inversement corrélé avec l’expression des gènes de la voie de l’acide jasmonique PDF1.2 et JAR1. On a également observé une diminution de niveau des précurseurs chloroplastiques de l’acide jasmonique dans les plantes sensibles à Ea cultivées à faible N. / Nitrogen (N) is one of the key nutrients needed for plant growth and crop yield. It is well documented that changes in the availability of nitrate, the main source of nitrogen in agricultural soils, greatly influence the process of plant development, including its defense responses.The first part of this work corresponds to a transcriptomic analysis, carried out in order to study the transcriptional changes during the infection of A. thaliana by E. amylovora, in plants grown under two nitrogen nutrition regimes (limiting or not). Analysis of the data shows that, generally, the transcriptomic response to the bacterium in plants grown in nitrogen limiting or not is close despite the difference in development of these plants. Despite these broadly similar responses, differences in expression in response to infection have been observed for some signaling pathways, notably for the jasmonic acid pathway. Analysis of the interaction between the two stresses (N and bacteria) shows that in response to the combination of the two stresses, 32.5% of genes have a specific response to stress combination, suggesting an interaction between simple stress responses. Among these genes, several are linked to defense against pathogens, such as WRKY transcription factors and resistance proteins.In the second part of this work, we demonstrated the effect of nitrogen availability on the expression of E. amylovora pathogenicity factors in planta. Indeed, bacteria multiplicated more in plants grown in low nitrogen (2 mM NO3⁻) than high nitrogen (10 mM NO3⁻). In addition, we only observed that mutant affected in the pathogenicity of E. amylovora is as aggressive as the wild-type strain in plants grown in high nitrogen (10 mM NO3⁻), while there is a difference in aggressiveness between the two strains in plants grown in low nitrogen (2 mM NO3⁻). The experiments indicate that the DspA / E effector, the main factor in the pathogenicity of E. amylovora, is significantly more expressed in planta at low nitrogen (2 mM NO3⁻) than at high nitrogen (10 mM NO3⁻). In addition, the level of expression of this virulence factor of E. amylovora in planta is inversely correlated with gene expression of the jasmonic acid pathway PDF1.2 and JAR1. Out results showed also a decrease in the level of chloroplastic precursors of jasmonic acid in susceptible plants to Ea grown in low N.