El presente artículo tiene como finalidad resaltar la falta de conocimiento en cuanto a la diversidad microbiana, bajo la consideración de que es fundamental el rol que juegan los microorganismos en favor de la humanidad a través de numerosos procesos que benefician al hombre, plantas y animales. En los estudios sobre biodiversidad, los trabajos se han enfocado tradicionalmente hacia la flora y fauna haciendo caso omiso a las poblaciones microbianas; y, considerado el Perú un país megadiverso, no se hacen referencias, sin embargo, al componente microbiano cuya diversidad debe situarse en la misma proporción. Los estudios, asimismo, se enfocan en los efectos de los microoganismos sobre el hombre, plantas y animales (patógenos). Se sabe muy poco o nada en cuanto a los efectos de la intervención antrópica sobre estos a través de los variados sistemas de explotación del suelo. La diversidad microbiana en un centímetro cubico de suelo amazónico o en un gramo de lodo de un humedal costero constituye todavía un misterio. Estudios pioneros en la Amazonía peruana señalan la variabilidad en la ocurrencia de bacterias fijadoras de nitrógeno y de hongos formadores de micorrizas, así como los efectos del manejo de suelos sobre estos microorganismos. El conocimiento de las poblaciones microbianas y su funcionamiento puede contribuir grandemente a resolver problemas ambientales en diferentes ámbitos geográficos en el país. La biogeografía microbiana se presenta como una prioridad en la investigación de la diversidad biológica. En este artículo, se presentan algunas recomendaciones y pautas para el desarrollo de la referida investigación.   The purpose of the present paper is to highlight the lack of knowledge on microbial diversity considering the fundamental role microorganisms render to humankind through the various processes they intervene for the benefit of humans, plants and animals. In studies on biodiversity, work traditionally was centralized to flora and fauna, neglecting the microbial component. Peru is considered a country of megadiversity in biological terms, however, there are no references to the microbial resource whose diversity should exist in the same proportion. Additionally, studies are focused on the effects of microorganisms on humans, plants and animals (patoghens). Very little or nothing is known on the effects of human intervention to microbes through the various systems of soil use. Microbial diversity in a cubic centimeter from an amazon soil or one gram of mud from a coastal marsh is still a mistery. Pioneer studies conducted in the peruvian amazon showed the variable occurrence of nitrogen fixing bacteria and mycorrhizal fungi and the effects of soil management on these microoganisms. The knowledge of microbial populations and their functioning can greatly contribute to solve enviromental problems in different geographical landscapes in the country. Microbial biogeography is presented in this paper as a priority in research on biological diversity. Some recommendations and guidelines are proposed to this respect.