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Proveniência de dados em workflows de bioinformáticaPaula, Renato de 11 July 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas,
Departamento de Ciência da Computação, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-04-02T15:07:00Z
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2012_RenatodePaula.pdf: 7698577 bytes, checksum: dc8fd7334d6b68f154510b6f7fc82753 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-04-03T14:02:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2012_RenatodePaula.pdf: 7698577 bytes, checksum: dc8fd7334d6b68f154510b6f7fc82753 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-03T14:02:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2012_RenatodePaula.pdf: 7698577 bytes, checksum: dc8fd7334d6b68f154510b6f7fc82753 (MD5) / Avanços tecnológicos, tanto em equipamentos quanto em algoritmos, têm tornado a execução de experimentos científicos cada vez mais rápida e eficiente. Isso permite que os cientistas executem mais experimentos e possam compará-los entre si, o que traz maior acurácia às análises. Porém, a quantidade de dados que devem ser tratados aumenta a cada novo experimento executado, o que dificulta a identificação da origem dos dados e como os mesmos foram transformados em cada experimento. Assim, tem-se a necessidade de novas ferramentas que tornem possível preservar, não só as conclusões de um experimento científico, mas também a origem dos dados utilizados e as condições e parâmetros com os quais foram executados. Estudos recentes mostram que a utilização de modelos de proveniência de dados facilita o gerenciamento dos dados tanto em ambiente científico quanto naqueles disponibilizados pela internet. Uma importante área para o uso de proveniência de dados é o da bioinformática, principalmente em projetos genoma e transcritoma de alto desempenho, visto que seus experimentos geram grande volume de dados e seus processos podem ser executados diversas vezes com diferentes ferramentas, dados e parâmetros. Neste trabalho propomos a utilização de uma estrutura de proveniência de dados baseada no modelo PROV-DM para experimentos em projetos de bioinformática a fim de permitir que os cientistas possam trabalhar com seus experimentos em detalhes e, quando necessário, possam consultá-los e reexecutá-los de forma mais planejada e controlada. _____________________________________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Technological Advances, both in equipment and algorithms, have made the execution of scientific experiments increasingly faster and more e efficient. This allows scientists to execute more experiments and compare them, generating greater accuracy in analyses. However, the great quantity of data to be treated increases with each new experiment performed, which makes it difficult to identify the origin of data and how they were transformed in each experiment. Thus, there is a pressing need for new tools that make possible the preservation of, not only conclusions of scientific experiments, but also the origin of data used and the conditions and parameters with which each were performed. Recent studies show that the use of data provenance models facilitates the management of data, both in the scientific environment and those available on the internet. An important area for the use of data provenance is in bioinformatics, mainly in genome and high performance transcriptome projects, since these experiments generate a large volume of data and their process can be executed many times with different tools, data and parameters. In this work we propose the use of a data provenance structure based on the model PROV-DM for experiments in bioinformatics projects with the objective of allowing scientists to work with their experiments in ne detail, and, when necessary, consult them or re-execute them in a more planned and controlled way.
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Protein Locator : um método para consolidação de resultados na identificação de proteínasRodrigues, Higor de Souza 30 July 2008 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2008. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-04-18T14:13:30Z
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DISSERTACAO_2008_HigordeSRodrigues.pdf: 5051692 bytes, checksum: 7aa9d05ff0ab6e2222f3573941a1df11 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2011-04-21T18:22:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1
DISSERTACAO_2008_HigordeSRodrigues.pdf: 5051692 bytes, checksum: 7aa9d05ff0ab6e2222f3573941a1df11 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-21T18:22:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1
DISSERTACAO_2008_HigordeSRodrigues.pdf: 5051692 bytes, checksum: 7aa9d05ff0ab6e2222f3573941a1df11 (MD5) / Um dos papéis mais importantes da Bioinformática proteômica pode ser descrito
como o tratamento do conjunto de dados gerado a partir do sequenciamento de
proteínas, construindo de forma eficaz e organizada, informações inteligíveis para os
pesquisadores dessa área. Existem diversos bancos de dados de seqüências, como o EMBL, o SwissProt e o UniProt, bem como diferentes programas para realizar buscas por similaridades nestes bancos de dados, como o Mascot, o Fasta, o Blast e AACompIdent. O objetivo deste estudo foi construir um sistema inédito que apresente de maneira probabilística a similaridade entre proteínas que constituem os bancos de
dados pré-existentes e os dados experimentais fornecidos pelos pesquisadores. A partir da inserção dos dados, o sistema, chamado Protein Locator, busca as seqüências similares nos programas já existentes, e utiliza o algoritmo QFAST de combinação de pvalores e também o algoritmo PLscore, uma nova versão do QFAST proposto por este estudo, para a combinação de todos os resultados obtidos. Os algoritmos realizam a combinação das probabilidades dos resultados fornecidos pelos programas de identificação e o Protein Locator apresenta ao usuário os valores originais de cada programa e o valor consolidado pela combinação dos resultados, sendo formado pelo identificador da proteína e a probabilidade de erro do match. Para a validação do método de combinação de resultados e do algoritmo PLscore, foram realizadas pesquisas de identificação de 18 conjuntos de dados de experimentos teóricos com proteínas que simularam seu seqüenciamento, análise de composição de
aminoácidos e obtenção da lista de massa de peptídeos. Em 9 desses experimentos, foram incluídos desvios laboratoriais e nos outros 9 foram utilizadas as informações completas. Em 14 dos 18 resultados, a combinação dos dados possibilitou o aumento na acurácia do resultado; em 4 casos, não houve mudanças nas conclusões das pesquisas e em nenhum caso houve piora dos resultados. O tempo entre o armazenamento de informações das pesquisas e a espera pelos resultados combinados foi de aproximadamente 30 minutos, bastante inferior ao tempo medido para se realizar um experimento semelhante de forma manual, cerca de 3 horas. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The analysis of protein sequencing data is one of the most important roles of proteomic bioinformatics. In addition, bioinformatics organizes data in an optimized way to be used by researches in this area. There are some protein databases, such as EMBL, SwissProt and Uniprot with software to search for sequencing similarities such as Mascot, Fasta, Blast and AACompIdent. The aim of this study was to create a new system to calculate statistical similarity degree between proteins described in databases and experimental data. The system, called Protein Locator, compares experimental data
with sequences through the preexisting software and uses both the QFAST p-value
combination algorithm and the PLscore algorithm (a new version of QFAST proposed
by this study) to combine results. The algorithms combine probability between the
results from the sequences search software and Protein Locator shows the original pvalues from each software, the p-value obtained from results combination, and also the protein identifier and the probability of match. To evaluate the results combination method and the PLscore algorithm, we have used 18 data collections from theoretical experiments in which protein sequencing, analysis of amino acids composition and peptides mass were simulated. In 9 of these experiments, we have included the laboratory error and in the other 9 we have used the complete data. In 14 out the 18 results, data combination method increased accuracy; in the other 4, results were equivalent to those found without combination. Combination of results and protein identification required 30 minutes from laboratory data insertion
while manual search would usually require approximating 3 hours.
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Estudo comparativo de desempenho em ambiente tradicional e virtualizado aplicado a banco de dados em plataforma X86 / Comparative study of performance in traditional and virtualized environments applied to database in X86 plataformNeiva, Adriana Silva 30 July 2010 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2010. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-05-02T14:18:25Z
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2010_AdrianaSilvaNeiva.pdf: 1474012 bytes, checksum: f28791658ed66c4220f7be93f32ae233 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2011-05-25T02:10:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1
2010_AdrianaSilvaNeiva.pdf: 1474012 bytes, checksum: f28791658ed66c4220f7be93f32ae233 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-25T02:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2010_AdrianaSilvaNeiva.pdf: 1474012 bytes, checksum: f28791658ed66c4220f7be93f32ae233 (MD5) / Esta dissertação de mestrado apresenta um estudo comparativo de desempenho em ambiente tradicional e virtualizado aplicado a banco de dados em plataforma x86. O objetivo deste trabalho é identificar a sobrecarga de uso de recursos computacionais em banco de dados decorrente da virtualização. Por meio de estudo comparativo foram realizados testes e análises para identificar o real impacto da camada de virtualização em relação à capacidade de tratar transações em banco de dados. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This dissertation presents a comparative study of performance in traditional and virtualized servers applied to the database on x86 platform. The objective is to identify the overhead of using computing resources in the database due to virtualization. Through comparative study tests and analysis were conducted to identify the real impact of virtualization layer over the ability to handle transactions in the database.
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Modelo de gerenciamento de versões para evolução de Data WarehousesSchlöttgen, Alexandre January 2004 (has links)
Sistemas de tomada de decisão baseados em Data Warehouse (DW) estão sendo cada dia mais utilizados por grandes empresas e organizações. O modelo multidimensional de organização dos dados utilizado por estes sistemas, juntamente com as técnicas de processamento analítico on-line (OLAP), permitem análises complexas sobre o histórico dos negócios através de uma simples e intuitiva interface de consulta. Apesar dos DWs armazenarem dados históricos por natureza, as estruturas de organização e classificação destes dados, chamadas de dimensões, não possuem a rigor uma representação temporal, refletindo somente a estrutura corrente. Para um sistema destinado à análise de dados, a falta do histórico das dimensões impossibilita consultas sobre o ambiente real de contextualização dos dados passados. Além disso, as alterações dos esquemas multidimensionais precisam ser assistidas e gerenciadas por um modelo de evolução, de forma a garantir a consistência e integridade do modelo multidimensional sem a perda de informações relevantes. Neste trabalho são apresentadas dezessete operações de alteração de esquema e sete operações de alteração de instâncias para modelos multidimensionais de DW. Um modelo de versões, baseado na associação de intervalos de validade aos esquemas e instâncias, é proposto para o gerenciamento dessas operações. Todo o histórico de definições e de dados do DW é mantido por esse modelo, permitindo análises completas dos dados passados e da evolução do DW. Além de suportar consultas históricas sobre as definições e as instâncias do DW, o modelo também permite a manutenção de mais de um esquema ativo simultaneamente. Isto é, dois ou mais esquemas podem continuar a ter seus dados atualizados periodicamente, permitindo assim que as aplicações possam consultar dados recentes utilizando diferentes versões de esquema.
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Processeur base de donnees MAGE aspect materielNavaux, Philippe Olivier Alexandre January 1979 (has links)
Resumo não disponível
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TVMSE : uma implementação do versionamento de esquemas segundo o modelo TVMJantsch, Anelise January 2003 (has links)
Um esquema de banco de dados certamente sofrerá alguma alteração com o passar do tempo. Algumas das causas destas modificações são ocorrência de um aumento no domínio do sistema, erros ocorridos na fase de projeto, mudanças na realidade representada pelo sistema, ou a necessidade de melhoria no seu desempenho. O uso de bancos de dados temporais é uma alternativa para o armazenamento das informações da evolução, pois permite sua recuperação por meio do histórico de suas mudanças. O presente trabalho propõe um ambiente para implementar evolução de esquemas sobre um BDOO, utilizando o Modelo Temporal de Versões (TVM). Deste modo, características de versões e de tempo são utilizadas tanto no nível dos esquemas como nos dados armazenados. Estados são associados às versões de esquema para representar seus estágios de desenvolvimento durante a evolução. O gerenciamento das versões de esquema é realizado por intermédio de uma camada denominada meta-esquema. Em um outro nível, o gerenciamento das instâncias é realizado por meio de uma camada denominada metadados, inserida para cada versão de esquema definida. Por intermédio destes controles é possível analisar a evolução dos esquemas como um todo e, para cada esquema, as correspondentes versões de seus dados e sua evolução temporal. Algumas alternativas de consulta para um ambiente com estas características são analisadas. O trabalho apresenta, ainda, as características básicas de um protótipo implementado para verificar a viabilidade da proposta apresentada.
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Análise e aperfeiçoamento de benchmark OLTP para avaliação de desempenho em SGBDPESSOA, Fábio Ávila Rêgo January 2006 (has links)
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Previous issue date: 2006 / Resumo:
Medir o desempenho de ambientes de missão crítica é uma tarefa importante para consumidores e fornecedores de software e hardware. O desenvolvimento de metodologias (ou benchmarks) que viabilizem a comparação do desempenho conjunto de software e hardware foi objeto de estudo na comunidade de Banco de Dados, principalmente nos anos 80 e 90. Nos últimos 20 anos, foram propostos benchmarks que propõem métricas relevantes ao negócio do usuário final, tais como número de transações realizadas por intervalo de tempo e custo de cada transação. Muitas vezes, estes benchmarks modelam o funcionamento de uma aplicação completa, e têm destaque na mídia em anúncios de marketing dos fornecedores de hardware e software, com o objetivo de demonstrar desempenho superior ao de produtos concorrentes. Apesar da importância dos benchmarks para diversas áreas, não há trabalhos de pesquisa que realizam avaliações críticas de benchmarks, há poucos resultados experimentais mostrando possíveis melhorias nos benchmarks, e este trabalho fica sempre confinado nas organizações de benchmark. Mesmo com a abertura das especificações e resultados, uma análise mais crítica e minuciosa pode revelar pontos de melhoria nos benchmarks e nos seus processos de auditoria, execução e publicação. Um processo de benchmark dos benchmarks é importante para garantir a qualidade, credibilidade e aplicabilidade dos benchmarks ao longo do tempo. Um trabalho de pesquisa sem conflito de interesses com fabricantes dos produtos envolvidos mostra-se bastante adequado para este fim. O objetivo deste trabalho é proporcionar uma análise crítica do TPC-C, benchmark OLTP padrão de indústria. São propostas melhorias simples na implementação do benchmark, com o objetivo de torná-lo mais popular e adequado ao hardware tipicamente utilizado para sistemas OLTP na realidade atual. É proposta uma consolidação de conceitos em relação aos requisitos e qualidade de um benchmark, sugerindo um novo agrupamento e conceituação para proporcionar um melhor entendimento dos termos utilizados. Também é relatado como ocorre uma publicação TPC-C de acordo com as especificações oficiais, sugerindo pontos de melhoria no processo de publicação e auditoria do resultado. O relato é baseado em uma publicação real conduzida por um projeto de pesquisa no Centro de Informática/UFPE.
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Um modelo de arquitetura para sistemas gerenciadores de dados na WebOLIVEIRA, Lairson Emanuel Rodrigues de Alencar 03 March 2017 (has links)
Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-06-21T22:07:46Z
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DISSERTAÇÃO Lairson Emanuel Rodrigues de Alencar Oliveira.pdf: 5129050 bytes, checksum: 566fd5b3e1493b6e1691d7e9ff17cfaa (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-21T22:07:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2
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Previous issue date: 2017-03-03 / FACEPE / A grande quantidade de dados disponível na Web, juntamente com a facilidade de acesso e representação desses dados, criam novos desafios tanto para quem deseja publicar e compartilhar dados na Web quanto para os que desejam usar tais dados. De modo geral, não existe um conhecimento prévio entre os interesses de quem publica os dados, os produtores, e os interesses de quem consome os dados, os consumidores. Nesse contexto, recentemente foi proposta, pelo W3C, uma recomendação para Dados na Web, que busca um entendimento comum entre os produtores e os consumidores e discursa sobre diferentes aspectos relacionados ao compartilhamento de dados na Web, como formatos de dados, acesso, identificadores e metadados. Ao longo dos anos, várias soluções foram desenvolvidas objetivando a publicação e o compartilhamento desses dados na Web. No entanto, as soluções de publicação de dados atuais, que são responsáveis por prover catálogos de dados e manter a interface de comunicação entre os produtores e consumidores, não implementam boa parte das orientações propostas pelo W3C como boas práticas. Dado que existe uma carência de soluções que possibilitem o gerenciamento adequado dos dados compartilhados na Web, esta dissertação tem como principal objetivo propor um modelo de arquitetura para um Sistema de Gerenciamento de Dados na Web (SGDW). Pretende-se identificar os principais requisitos que um sistema desse tipo deve atender para prover soluções para as limitações encontradas. Além disso, é proposta uma coleção de serviços que visam facilitar a definição, criação, manutenção, manipulação e compartilhamento dos conjuntos de dados na Web entre diversos usuários e aplicações. / The large amount of data available on the Web along with the ease access and representation of these data create new challenges for those who wish to share data on the Web. In general, there is no prior knowledge between the interests of who share the data, called data producers, and the interests of who use, called data consumers. In this context, W3C proposed a recommendation, called Data on the Web Best Practices (DWBP), that aims a common understanding between data producers and data consumers. The DWBP deals with several aspects related to sharing data on the Web, such as data format, data access, data identifiers and metadata. Besides, over the years, a broad of solutions have been developed for the purpose of publishing and sharing data on the Web. However, current data publishing solutions, which are responsible for providing data catalogs and maintaining the communication interface between data producers and data consumers, do not implement much of the guidelines proposed by the DWBP. Given the lack of solutions that allow the management of shared data on the Web, this work has as main objective to propose an architectural model for a Data on the Web Management System (DWMS). We also identify the main requirements that a DWMS must meet to overcome the limitations of existing solutions. In addition, we developed a proof of concept and we propose a collection of services that aim to facilitate the definition, creation, maintenance, manipulation and sharing of datasets on the Web among users and applications.
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Usando um serviço de mensageria criado com a API JMS para manter a consistência de dados em banco de dados relacionais distribuídosLIMA JUNIOR, Rivaldo Guimarães de 12 May 2017 (has links)
Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-01T19:49:40Z
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Previous issue date: 2017-05-12 / De acordo com o Teorema CAP (Consistency, Availability e Partition Tolerance), não é possível alcançar, em um sistema distribuído, e ao mesmo tempo, as características de Consistência, Disponibilidade e Tolerância à Partição (em caso de falhas). Por conta dessa idéia, diversos sistemas de banco de dados em nuvem optaram por relaxar a consistência, priorizando a disponibilidade do serviço. Essa decisão apóia-se no fato de que para muitas aplicações inconsistência nos dados é aceitável quando se consegue a disponibilidade das mesmas, porém, para um número grande de aplicações, essa inconsistência pode representar prejuízos imensuráveis, como no caso de uma aplicação bancária consultando dados inconsistentes de seus clientes. Diante desse quadro se faz necessário investigar e explorar novas opções, que permitam a consistência dos dados, quando estes estão replicados e disponibilizados em nuvem, sem abrir mão da disponibilidade do serviço. Diante do exposto e considerando a Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) interessada em replicar seus dados, formando uma nuvem privada, garantindo sua consistência, este trabalho propõe um modelo para manutenção de consistência de dados relacionais replicados, baseado na troca de mensagens entre a aplicação e as réplicas do banco de dados. Realizados testes de cadastros, alterações e exclusões no modelo proposto, foi verificado que o mesmo foi eficaz em manter três réplicas de um banco de dados consistentes entre si. / According to the CAP Theorem (Consistency, Availability e Partition Tolerance), it cannot be achieved in a distributed system, and at the same time, the characteristics of Consistency, Availability and Partition tolerance (in case of failures). Considering this idea, various cloud database systems have chosen to relax the consistency, prioritizing service availability. That decision is supported by the fact that for many applications data inconsistency is acceptable should such data be available. However, for a large number of applications, this inconsistency may cause great losses, as in the case of a banking application querying inconsistent data of their customers. Therefore, it is necessary to investigate and explore new options to allow mantaining data consistency, when such data are replicated and available in the cloud, without giving up service availability. Taking the above into consideration as well as that Federal University of Pernambuco (UFPE) is interested in replicating its data, forming a private cloud, ensuring their consistency, this work proposes a model to mantain consistency of replicated relational data, based on the exchange of messages between the application and the database replicas. After performing tests of registrations, changes and exclusions in the proposed model, it was verified that it was effective in keeping three replicates of a database consistent with each other.
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Smartcluster: a metamodel of indicators for smart and human citiesAFONSO, Ricardo Alexandre 13 March 2017 (has links)
Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-01T20:31:48Z
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TESE Ricardo Alexandre Afonso.pdf: 7029668 bytes, checksum: a2cadbe53da512082c8668f3c7c383d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:34:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2
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Previous issue date: 2017-03-13 / FACEPE / Currently, there are several works on smart cities and the advances offered to the routine of its inhabitants and optimization of resources, however, there is still no consensus on the definition of the term "Smart Cities", nor their domains and indicators. The lack of a clear and widely usable definition, as well as the delimitation of domains and indicators makes it impossible to compare or measure cities in this context. It is very common for governments and private companies to redefine the concepts of Smart Cities and create models that meet only their interests. These models become isolated initiatives or serve as success cases for few domains of use. This work presents a proposal for a metamodel called SmartCluster, which was developed to allow uniformity in intelligent city models so that they can be used in any context and can be expanded at any time. The use of this metamodel will allow indicators drawn from public databases to serve to assist municipal managers in measuring, comparing and managing resources of smart cities. / Atualmente existem vários trabalhos sobre cidades inteligentes e os avanços oferecidos à rotina de seus habitantes e otimização de recursos, entretanto, ainda não existe um consenso sobre a definição do termo “Cidades Inteligentes”, nem de seus domínios e indicadores. A falta de uma definição clara e amplamente utilizável, bem como a delimitação de domínios e indicadores impossibilita comparar ou medir cidades nesse contexto. É muito comum que governos e empresas privadas redefinam os conceitos sobre Cidades Inteligentes e criem modelos que atendam somente aos seus interesses. Estes modelos acabam se tornando iniciativas isoladas ou servem como casos de sucesso para poucos domínios de uso. Por isso, esse trabalho apresenta uma proposta de um metamodelo chamado SmartCluster, que foi desenvolvido para permitir uma uniformidade nos modelos de cidades inteligentes de forma que possam ser utilizados em quaisquer contextos e possam ser ampliados a qualquer momento. A utilização deste metamodelo vai permitir que indicadores extraídos de bases de dados públicas possam servir para auxiliar os gestores municipais a medir, comparar e gerenciar recursos das cidades inteligentes.
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