L’étude des communautés microbiennes de la baie de raisin dans des conditions de production à l’échelle de la parcelle montre une dynamique temporelle des populations cultivables, qui se traduit par une augmentation des niveaux de population à partir des stades de début véraison et début maturité. Concernant la communauté bactérienne cultivable, 44 espèces appartenant à 21 genres ont été identifiées. Parmi les huit genres identifiés pour la population fongique, les espèces appartenant au genre Aureobasidium sont les plus abondantes, contrairement aux espèces fermentaires qui restent minoritaires. L’incidence des facteurs biotiques et abiotiques sur différents paramètres de population microbienne tels que la structure, la densité et l’activité métabolique a été analysée. Nous avons observé que les zones climatiques plus fraîches et humides, favorisent le développement des microorganismes. Ces travaux mettent en évidence l’impact écotoxique du cuivre sur la communauté microbienne, en particulier dans sa fraction bactérienne. Le développement de Botrytis cinerea sur la grappe modifie la communauté microbienne des baies de raisin sain : le nombre d’espèces bactériennes augmente ainsi que leur diversité. La communauté bactérienne de la baie de raisin est proche de celle des feuilles d’un point de vue de sa structure, et mais éloignée de celles des écorces et du sol, avec des indices de diversité et de richesse plus faibles. / The study of microbial communities associated with wine grapes under field conditions revealed changes in the size and structure during the berry ripening process, with levels rising gradually and reaching their highest value when the berries were over ripe. During this work several bacteria and fungi species, including fermentative yeast, have been isolated and identified. From cultured bacteria, over 44 species were identified from 21 genera. Concerning fungi population, among eight genera identified, the genus Aureobasidium was the most abundant. Our study reveals the impact of different abiotic and biotic factors over microbial community structure, density and metabolic activity. Comparing different vineyards in the same region, we observed that areas presenting more humid and colder climate favor the growth of microorganisms. Our results also show that the farming system has a clear impact on the microbial community, especially in the bacterial fraction. One of the reasons is the inhibiting effect of copper-based fungicides, frequently used in both organic and conventional farming systems. The presence of Botrytis cinerea in grape berries without visual symptoms of infection can change the microbial community of the grapes, increasing bacterial population density and diversity.

La composition minérale du sol influence la physiologie de la vigne, le potentiel qualitatif des baies et la qualité du vin. Parmi les éléments que la vigne prélève du sol, l'azote impacte son développement, la composition des baies ainsi que la synthèse de certains métabolites secondaires. Son effet peut être direct sur la voie métabolique, ou indirecte par exemple à travers une modification de la vigueur de la vigne. Le présent travail s’intéresse à un possible effet direct de l’azote sur la synthèse des thiols volatils, en particulier le 3SH (3-sulfanylhexan-1-ol) à l’odeur de pamplemousse et ses précurseurs (Glut-3SH et Cys-3SH), ainsi que l'IBMP (3-isobutyl-2-méthoxypyrazine) à l’odeur de poivron vert, en absence d’une contrainte hydrique et d’une modification de la vigueur des ceps. La vigne a été étudiée en faisant varier le statut azoté, en conditions contrôlées et en plein champ. Cependant l’état hydrique et la vigueur ont été similaires entre les modalités. Une augmentation de la teneur en Glut-3SH dans les baies et les moûts ainsi que du contenu en 3SH dans le vin a été observée en réponse à une augmentation de l’alimentation en azote. En revanche, aucun effet n’a été perçu sur la teneur en Cys-3SH, ni sur l'expression de VviGST3, VviGST4 et VviGGT de sa voie de synthèse. Cette observation semble montrer qu’en réponse à l’azote, le 3SH est synthétisé à partir du Glut-3SH, indépendamment du Cys-3SH et des trois gènes mentionnés. De nouveaux gènes candidats de la voie de biosynthèse des précurseurs du 3SH ont été identifiés par séquençage d’ARN. Le statut azoté de la vigne n’a pas influencé la teneur en IBMP, ni l'expression de VviOMT3 et VviOMT4, gènes clés de sa voie de biosynthèse. L’effet de N sur l’IBMP décrit précédemment est probablement indirect et dû à une modification du microclimat dans la zone de la grappe, induite par une vigueur plus forte des vignes ayant un statut azoté élevé. / Soil is a major component of the viticultural terroir. Its mineral composition influences vine physiology, berry quality potential and wine quality. Among the elements that vines pick up from the soil, nitrogen (N) has the strongest impact on vine physiology, berry composition and the synthesis of compounds that have an important sensory impact. This study has investigated a possible direct effect of N on the synthesis of volatile thiols i.e. 3SH (3-sulfanylhexan-1-ol) responsible for grapefruit aroma and its S-conjugates precursors (Glut-3SH and Cys-3SH), as well as IBMP (3-isobutyl-2-methoxypyrazine) responsible for green pepper aroma, without interference with water status and vigor variations. Vines were grown under variable N status in controlled conditions and in field trials. Water status was controlled during the season and vine vigor was similar among treatments. N supply increased Glut-3SH level in berries and in must and 3SH content in wines. In contrast, no effect of N was perceived on Cys-3SH concentration and on the expression of VviGST3, VviGST4 and VviGGT genes, which play a major role in its biosynthetic pathway. This observation indicates that, in response to N supply, 3SH could be synthetized from Glut-3SH, independently from Cys-3SH and the three mentioned genes. New candidate genes from the 3SH precursors pathway were also identified by whole transcriptome shotgun sequencing. There was no significant effect of vine N status on IBMP levels in berries, musts and wines, neither on the expression of VviOMT3 and VviOMT4, which are key genes in the biosynthetic pathway of IBMP. This result indicates that when an effect of N on IBMP was found in previous studies, it was likely mediated through the modification of bunch-zone microclimate, induced by the increased vigor of high N-status vines.

This thesis is a case study using paleoethnobotanical analysis of Kilgii Gwaay, a 10,700-year-old wet site in southern Haida Gwaii to explore the use of plants by ancestral Haida. The research investigated questions of early Holocene wood artifact technologies and other plant use before the large-scale arrival of western redcedar (Thuja plicata), a cultural keystone species for Haida in more recent times. The project relied on small-scale excavations and sampling from two main areas of the site: a hearth complex and an activity area at the edge of a paleopond. The archaeobotanical assemblage from these two areas yielded 23 plant taxa representing 14 families in the form of wood, charcoal, seeds, and additional plant macrofossils. A salmonberry and elderberry processing area suggests a seasonal summer occupation. Hemlock wedges and split spruce wood and roots show evidence for wood-splitting technology. The assemblage demonstrates potential for site interpretation based on archaeobotanical remains for the Northwest Coast of North America and highlights the importance of these otherwise relatively unknown plant resources from this early time period. / Graduate / cohenjenny2@gmail.com

Le diabète de type 2 et l’obésité affectent la population mondiale et, de façon disproportionnelle, chez la population adulte crie d’Eeyou Istchee. Afin de contribuer à la documentation des activités antidiabétiques de 17 plantes médicinales de la forêt boréale traditionnellement recommandées pour traiter les symptômes du diabète, cette étude procède à l’évaluation de l’activité enzymatique de la lipase pancréatique par différentes espèces de plantes. De plus, une évaluation de l’activité enzymatique de la lipase pancréatique est réalisée avec des espèces antidiabétiques de la pharmacopée urbaine de Niamey (Niger) ainsi qu’avec des baies québécoises. Enfin, des composés phénoliques sont identifiés chez ces deux derniers groupes d’espèces végétales. Les résultats de ces études démontrent que la majorité des espèces évaluées ont un effet inhibiteur sur la lipase pancréatique in vitro. Les espèces ayant démontré les plus fortes activités inhibitrices sur la lipase pancréatique sont Kalmia angustifolia, Gaultheria hispidula et Acacia nilotica. Ainsi, cette étude permet d’appuyer la justesse des connaissances traditionnelles en ajoutant la documentation d’une activité antidiabétique des espèces végétales au répertoire scientifique. / Type 2 diabetes and obesity affect the global population and, disproportionately, the adult population of the Eeyou Istchee Cree. In order to contribute to the documentation of the antidiabetic activities of 17 medicinal plants of the boreal forest traditionally recommended for treating the symptoms of diabetes, this study evaluates the pancreatic lipase enzymatic activity of different plant species. In addition, an evaluation of the enzymatic activity of the pancreatic lipase is carried out with antidiabetic species of the urban pharmacopoeia of Niamey (Niger) as well as with Quebec berries. Finally, phenolic compounds are identified in these last two groups of plant species. Results of these studies demonstrate that the majority of the evaluated species have an inhibitory effect on pancreatic lipase in vitro. Species showing the strongest inhibitory activities towards pancreatic lipase are Kalmia angustifolia, Gaultheria hispidula and Acacia nilotica. Thus, this study supports the accuracy of traditionnal knowledge by adding the documentation of an antidiabetic activity of plant species to the scientific repertoire.