La transition d'une agriculture diversifiée à un système productiviste a entraîné une perte de diversité cultivée et pose de nombreux enjeux environnementaux, sociétaux et de santé. Des alternatives telles que l'agro-écologie ont émergé, reposant sur la valorisation de l'agro-biodiversité, notamment de la diversité génétique au sein des agroécosystèmes. Constatant qu'aucune des variétés du catalogue n'est adaptée à leurs besoins, des paysan.ne.s et animateur.trice.s du Réseau Semences Paysannes (RSP) mènent depuis 2006, en collaboration avec l'équipe DEAP (Diversité, Évolution et Adaptation des Populations) de l'UMR GQE Le Moulon, un projet de sélection participative (SP) du blé tendre. Ces paysan.ne.s mobilisent la diversité pour sélectionner des populations adaptées à leurs pratiques, terroirs et débouchés, dans le but de retrouver une autonomie semencière et une cohérence de leur système. Ma thèse porte sur l'étude des impacts des pratiques de gestion collective et de sélection paysanne sur la diversité cultivée du blé et l'adaptation des populations. Elle vise à proposer des adaptations éventuelles des pratiques de SP existantes et d'appuyer la mise en place de nouveaux projets. Les impacts de pratiques de création et sélection à la ferme de mélanges de populations sur leur comportement agronomique et morphologique ont été évalués par une expérimentation en collaboration avec une quinzaine de paysan.ne.s et animateur.trice.s du RSP. Dans une deuxième partie nous avons étudié les impacts de la sélection naturelle et la sélection paysanne sur l'évolution des populations, leur stabilité et leur adaptation aux environnements au cours du projet de SP blé. Ensuite une étude prospective a porté sur les impacts de l'adoption de peuplements hétérogènes sur la diversité cultivée à l'échelle du paysage, par l'évaluation de la diversité des populations issues de SP, la simulation de scénarii d'adoption des peuplements hétérogènes et l'utilisation d'indicateurs de la diversité cultivée. Enfin, je me suis intéressée aux impacts qu'ont les paramètres du dispositif expérimental mis en place sur les fermes sur l'ajustement et la précision des estimations par les modèles Bayésiens utilisés, afin d'améliorer notre capacité à détecter des différences significatives entre populations et de donner des recommandations pour d'autres projets d'évaluation décentralisée de variétés utilisant les dispositifs et modèles développés dans projet SP blé français. / The transition from a diversified agriculture to a productivist system has led to a decline in cultivated diversity and raises many environmental, societal and health issues. Alternatives such as agro-ecology have emerged, based in particular on the enhancement of agro-biodiversity and genetic diversity within agro-ecosystems. Considering that there are no varieties adapted to their needs in the catalogue, farmers and facilitators from the Réseau Semences Paysannes (RSP) have been conducting a participatory breeding project (PPB) for bread wheat since 2006, in collaboration with the DEAP (Diversity, Evolution and Adaptation of Populations) team at UMR GQE Le Moulon. These farmers are mobilizing diversity to select populations adapted to their practices, terroir and outlets, with the aim of regaining their seed autonomy and a coherence of their system. My thesis focuses on the study of the impacts of collective management and peasant selection practices on wheat crop diversity and population adaptation. It aims to propose possible adaptation of existing PPB practices and to support the implementation of new projects. The impacts of on-farm creation and selection practices of population mixtures on their agronomic and morphological behaviour were evaluated through an experiment in collaboration with about fifteen farmers and facilitators from the RSP. In a second part we studied the impacts of natural selection and peasant selection on the evolution of populations, their stability and adaptation to environments during the wheat PPB project. Then a prospective study on the impacts of the adoption of heterogeneous varieties on cultivated diversity at the landscape level was conducted, by assessing the diversity of populations from PPB, simulating adoption of heterogeneous varieties scenarii and using cultivated diversity indicators. Finally, the impacts of the on-farm experimental design parameters on the adjustment and accuracy of estimates from Bayesian models were assessed, to improve our ability to detect significant differences between populations and to provide recommendations for other decentralized variety evaluation projects using the designs and models developed in the French wheat PPB project.

Le problème de l’accès aux ressources génétiques des plantes pour la sélection variétale est au cœur de la Révolution Verte. A partir des années 1960, les sélectionneurs font de la disparition des variétés locales sous l’effet de la diffusion de nouvelles variétés génétiquement homogènes un problème public à l’échelle mondiale. Dans une perspective qui croise la recherche d’archives et l’enquête de terrain, cette thèse revient sur la formation de ce problème, sur sa trajectoire historique et ses enjeux actuels. Il s’agit d’analyser l’hétérogénéité des savoirs scientifiques et des approches qui sont développés sur le thème de la conservation des ressources génétiques dans les arènes internationales. L’étude des débats et des initiatives menés dans le cadre de la FAO permet de comprendre quels sont les savoirs légitimés, lesquels sont marginalisés et comment la nature et les contours du problème ont été négociés. La place que les ressources génétiques occupent au cours d’épisodes clés de la Révolution Verte est également au cœur de ce travail. Cette thèse analyse spécifiquement l’importance accordée aux variétés locales de maïs dans le programme agricole que la Fondation Rockefeller met en place au Mexique à partir de 1943. Alors que le maïs hybride est généralement présenté comme un vecteur de la modernisation agricole, cette thèse montre que les experts sont confrontés à l’échec du paradigme d’amélioration variétale qu’ils étaient censés exporter. Face à une innovation uniquement applicable à une échelle très limitée, les semences paysannes du maïs restent l’option variétale la plus utilisée au Mexique. Ce travail montre que ce sont bien les choix pragmatiques des agriculteurs qui constituent le fondement de la conservation, de facto, des ressources génétiques du maïs dans ce pays. / The issue of access to plant genetic resources for plant breeding is at the heart of the Green Revolution. Beginning in the 1960s, the disappearance of local varieties with the spread of new genetically homogeneous varieties evolved into a public problem on a global scale. Combining archival research and field investigations, this thesis explores the emergence of this problem, its historical trajectory, and its current forms. I analyze the heterogeneity of scientific knowledge and approaches to the conservation of genetic resources developed in international arenas. An exploration of debates and initiatives within the framework of the FAO sheds light on the issues of which knowledges are legitimated and which marginalized, and on how the nature and outlines of the problem have been negotiated. An examination of the role of genetic resources in key episodes in the Green Revolution is also central to the study. The thesis specifically analyzes the importance attributed to local maize varieties in the agricultural program that the Rockefeller Foundation implemented in Mexico beginning in 1943. While hybrid maize is generally presented as a vector of agricultural modernization, this thesis shows how experts were faced with the failure of the varietal improvement paradigm that they were supposed to export. As hybrid maize is an innovation that is only applicable on a very limited scale, farmers’ maize seeds still are the most widely used varietal option in Mexico. The study shows that it is indeed the pragmatic choices of farmers that form the basis for the de facto conservation of the country’s maize genetic resources.

Dans un contexte de foisonnement des circuits courts de proximité, les enjeux de qualité invitent à déplacer la focale géographique, de produits spécifiques caractérisés par leur origine vers des produits ordinaires caractérisés par leur provenance. Se pose alors la question des modalités d’attachement de ces produits ordinaires aux milieux géographiques. À la fois aliments du quotidien et éléments de matériel végétal communs, les pommes et les pommes de terre permettent d’aborder les enjeux de reconnexion entre agriculture et alimentation autour de la notion de système agri-alimentaire territorial. Sur trois espaces de moyenne montagne – en France (Ardèche, Bauges) et en Italie (Ligurie) – cette thèse propose une analyse des trajectoires de dix collectifs passant par des phases de controverses qui les conduisent à se tourner vers des dispositifs de qualification plus souples que les indications géographiques. Conservant des logiques d’enracinement inspirées d’une rhétorique du terroir, ils ne versent pas pour autant dans le modèle des circuits courts de proximité, et maintiennent pour la plupart la question variétale au cœur de leurs préoccupations. La thèse montre que cette dernière ne peut être traitée à l’échelle des territoires qu’à condition d’envisager la production alimentaire de manière intégrée, c’est-à-dire en impliquant une diversité d’acteurs, capables de concevoir dans un même mouvement différentes étapes de qualification, de la gestion du matériel végétal à la consommation des aliments. L’émergence et la viabilisation de tels systèmes agri-alimentaires territoriaux ouvrent des débats politiques, et posent la question des modalités de l’action publique pour favoriser de tels dispositifs, dont on observe qu’ils tiennent principalement à des figures individuelles et à des lieux de médiation. / In a context of proliferation of short supply chains, issues of quality invite a shift in geographical focus, moving from specific products characterized by their origin to ordinary products characterized by their provenance. This shift raises the question of the modalities of attachment that these common products have to geographical areas. Everyday foods and common plant materials such as apples and potatoes allow for particular discussion around the issues concerning the reconnection of agriculture and food, specifically around the concept of territorial agri-food systems. Looking at three medium mountain areas - in France (Ardèche, Bauges) and Italy (Liguria) - this thesis proposes an analysis of the trajectories of ten different food collectives through the varying phases of controversy that are driving them towards qualification devices which are more flexible than purely geographical indications. Maintaining the logic of 'rooting', inspired by a territorial rhetoric, the collectives do not fall into the short supply chains model, and maintain, for the most part, the varietal question at the heart of their concerns. This thesis shows that this varietal question can only be treated at the territorial level if we consider the production of food as integrated. That is to say, involving a variety of stakeholders, capable of designing various stages of qualification in the same movement, from plant material management to food consumption. The emergence and realizable qualities of these territorial agri-food systems incite political debate, and raise the question of the public action modalities to promote these devices, which we notice are mainly due to individuals and places of mediation.