Les recherches sur les ARN non codants et leurs rôles biologiques ont transformé la conception des propriétés des génomes et de la régulation de l'expression génétique. Ces recherches sont ici analysées dans une perspective historique et philosophique. Elles permettent de caractériser certaines transformations théoriques, conceptuelles et méthodologiques affectant la biologie moléculaire contemporaine. La diversité des démarches d'investigation employées dans les travaux sur les ARN non codants est soulignée. Parmi ces démarches, les expériences exploratoires occupent une place importante, et sont à l'origine de bouleversements conceptuels et théoriques majeurs. L'affirmation selon laquelle la découverte des ARN non codants constitue une révolution scientifique est nuancée, et les apports de cette découverte sont caractérisés dans toute leur diversité. Les limites rencontrées par le concept de gène dans la biologie post-génomique sont précisées, et reliées à l'histoire de ce concept. Un statut possible pour le gène est alors proposé ; il reconnaît la diversité des éléments génétiques fonctionnels, la dimension historique des génomes, et les différents niveaux d'étude de la relation entre génotype et phénotype. Les recherches sur les ARN non codants affaiblissent par ailleurs la pertinence théorique du discours informationnel pour décrire la diversité des fonctions assurées par les acides nucléiques. Enfin, ce travail montre que les explications du rôle régulateur des ARN mettent en jeu différents types explicatifs, dépassant le cadre mécaniste. Un pluralisme explicatif est défendu, et le statut du concept de mécanisme dans la biologie moléculaire contemporaine est clarifié. / Research on non-coding RNAs and their biological roles has transformed the way biologists conceptualize genomic properties and the regulation of genetic expression. This work analyzes this research from both a historical and philosophical perspective. It helps characterize some theoretical, conceptual and methodological transformation currently affecting moleculau biology. I stress that multiple modes of investigation are employed in research on non coding RNAs. Particularly important among them is exploratory experimentation, which brings about major conceptual and theoretical changes. I temper the claim that the discovery of non-coding RNAs has triggered a scientific revolution and characterize the multifaceted contributions of this discovery. I identify some limits faced by the gene concept in post-genomic biology, and relate them to the history of this concept. I suggest a possible status for the gene, which to study the relation between genotype and phenotype. Besides, research on non-coding RNAs leads to question the theoretical relevance of informational concepts to describe the diverse functions fulfilled by nucleic acids. Finally, I show that explanations of the regulatory roles of RNAs involve different explanatory schemes, which do not fit the mechanistic framework. I advocate an explanatory pluralism, and clarify the status of the concept of mechanism in contemporary molecular biology.