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Nucleotide sequence and phylogeny of a plastocyanin gene in the marine diatom, «Thalassiosira oceanica»

Woo, Edward Samuel January 2009 (has links)
Diatoms are thought to have acquired an Fe-containing cytochrome (cyt) c6 to transfer electrons between cyt b6f and photosystem (PS) I of the photosynthetic apparatus like other chlorophyll a/c-containing phytoplankton. Here we report the isolation and cloning of a plastocyanin gene from Thalassiosira oceanica (CCMP 1005). The gene encoded a Cu-containing protein that is known in other organisms to functionally replace the Fe-containing cyt c6. The inferred protein sequence had the highest identity with the green haptophyte, Emiliania huxleyi, and possessed many of the globular properties necessary for function and interaction with upstream and downstream partners. Eleven strains of oceanic and coastal diatoms were screened for the presence of the plastocyanin gene using degenerate primers: one other species was observed to contain the gene; T. oceanica (CCMP 1006). Phylogenetic analysis of the 5.8 rRNA gene of these species showed that both T. oceanica strains with plastocyanin were closely related to each other. The cloned sequence of T. oceanica (CCMP 1006) contained greater than 80% of the protein-coding region and shared 99% nucleotide identity and 100% conserved unique intronic region. The inferred protein sequence of this species had 100% identity with the inferred protein sequence of T. oceanica (CCMP 1005). / Durant l'évolution de la photosynthèse, il est pensé que les diatomées ont acquis cytochrome (cyt) c6, une protéine contenant un atome de Fe, pour le transfert des électrons entre le complexe cyt b6f et le photosystème (PS) I de l'appareil photosynthetique, comme d'autres phytoplanctons ayant les chlorophyll a/c. Ici, nous rapportons l'isolement et clonage du gène de plastocyanin du diatomée Thalassiosira oceanica (CCMP 1005). Le gene codait une protéine contenant un atome de Cu qui est connue de remplacer fonctionellement cyt c6 (contenant un atome de Fe). La sequence inférée de la proteine montrait la plus grande identité avec Emiliania huxleyi, un haptophyte vert (green haptophyte), et possèdait de nombreuses propriétés globulaires nécessaires aux fonctions et intérections avec les protéines partenaires en amont et en aval. Onze espèces de diatomées océanique et côtières ont été examinées pour la présence du gène codant pour plastocyanin en utilisant les amorces dégénérées (degenerate primers): une autre espèce a révélé la présence du gène de plastocyanin; T. ocenica (CCMP 1006). L'analyse phylogénétique des gènes 5.8 rRNA de cet espèce a démontré que la souche de T. oceanica possèdant le plastocyanin sont étroitement reliées entre elles. Les séquences clônées de T. oceanica (CCMP 1006) recelaient plus de 80% de la région cryptant la protéine et partageaient 99% des nucléotides et 100% des régions introniques uniques. La séquence de protéine inférée de ces espèces de phytoplanctons ont démontré 100% d'identité avec celle inférée pour T. oceanica (CCMP 1005).
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The influence of normal intestinal flora of chickens on Salmonella infantis and Salmonella typhimurium in the gut of chicks

Caldwell, Margaret January 1978 (has links)
No description available.
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«Citrobacter rodentium» causes fatal diarrhea through R-spondin 2-mediated activation of Wnt signaling

Teatero, Sarah Ann January 2012 (has links)
Acute infectious diarrhea is a serious cause of morbidity and mortality worldwide, in particular among young children in the developing world. Citrobacter rodentium is a mouse-specific pathogen that is widely used as a model for the human-specific diarrheal pathogens enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli (EPEC and EHEC). Despite evidence of variability in disease severity and outcome of EPEC and EHEC infection, little is known about the mechanisms that regulate host susceptibility to these organisms. However, the inter-strain differences in susceptibility of mice to C. rodentium can be used to identify genes involved in host response to infection. To this end, we recently identified a major genetic locus within the mouse genome on chromosome 15 that controls mortality during C. rodentium infection. In order to characterize the genetic control of susceptibility to C. rodentium, we first refined the boundaries of the locus of interest using subcongenic mice, which defined a region of 4 Mb containing eight annotated genes. We examined mRNA expression of these genes in colonic tissue in response to infection. Of these genes, R-spondin 2 (Rspo2), an activator of the Wnt/β-catenin signaling pathway, was found to be upregulated by as much as 80-fold in colonic tissue in susceptible mice in response to infection with C. rodentium. We confirmed Rspo2 induction in several other susceptible mouse strains. Rspo2 is an activator of the β-catenin signaling cascade through the canonical Wnt pathway. Thus, we propose that Rspo2 induction in susceptible mice drives a potent Wnt-mediated proliferative response of colonic crypt cells, leading to immature and poorly differentiated colonic epithelium. This work highlights a novel mechanism of susceptibility to bacterium-induced diarrheal disease, and suggests new targets for the treatment of infectious diarrhea. / E. coli entero-hémoragique (EHEC) et E. coli entero-pathogenique (EPEC) sont des enterobactéries responsables de gastro-entérites sévères, en particulier chez l'enfant, qui constituent un important problème de santé publique. Néanmoins, les mécanismes physiopathologiques impliqués lors de l'infection par ces pathogènes restent mal connus et aucun traitement spécifique n'est disponible. Citrobacter rodentium est un pathogène naturel des souris, génétiquement proche des EPEC et EHEC, qui possède une même stratégie pathogénique et représente un modèle de choix pour les pathologies humaines. De façon remarquable, dans le modèle murin le fond génétique de l'hôte joue un rôle majeur dans la colite infectieuse: alors que la maladie est généralement non-létale, certaines souches de souris hautement susceptibles meurent de diarrhée aigue. Par une étude génétique de clonage positionnel, notre groupe a récemment identifié sur le chromosome 15 de la souris un locus contrôlant la mortalité suite à l'infection (locus Cri1). Dans ce travail, nous présentons le clonage positionnel du locus Cri1 dans un intervalle de 4 Mb et l'identification du gène Rspo2 comme régulateur de la susceptibilité à l'infection par C. rodentium. Rspo2 est un activateur de la voie de signalisation Wnt qui possède une forte activité mitogénique sur l'épithélium intestinal. Au cours de l'infection, et de façon spécifique aux souches de souris susceptibles, Rspo2 est fortement induit dans la muqueuse du colon, il induit une réponse proliférative exacerbée et la génération d'un épithélium non différentié, caractérisé par des défauts dans l'expression de transporteurs ioniques nécessaire à l'absorption de sel et d'eau. Nos résultats démontrent un nouveau mécanisme critique dans la susceptibilité à l'infection par C. rodentium et suggèrent de nouvelles pistes thérapeutiques contre les bactéries EPEC et EHEC.
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Relationship between toxic cyanobacterial blooms, physico-chemical factors and multiple source excreta contamination in affected watershed

Muñoz Ramos, Valentina January 2013 (has links)
Missisquoi Bay (MB) is a temperate eutrophic freshwater ecosystem located in an agricultural watershed and it frequently experiences toxic Microcystis-dominated cyanobacterial blooms. Cyanobacterial population dynamics are influenced by a plethora of factors that may differ from system to system, requiring a site-specific assessment of bloom-promoting factors to design more effective bloom prevention or remediation strategies. This is the first biomonitoring study that combined data from high-throughput 16S rRNA gene amplicon sequencing, qPCR and environmental parameters from temporal and spatial samples to identify the main bloom-promoting factors. In addition, high-throughput amplicon sequencing of mitochondrial DNA genes was performed to qualitatively identify potential external sources of nutrients originating from animal excreta. Particular emphasis was placed on 1) determining whether there was a link between nutrients from external sources and cyanobacterial blooms and 2) analyzing in situ the effect of environmental factors (particularly nitrogen (N) and phosphorus (P) concentrations) on the dynamics of cyanobacterial community composition, abundance and toxicity.The concentrations of total P (TP) and total N (TN) in MB in 2009 correlated significantly with the abundance of total cyanobacterial cells, the Microcystis 16S rRNA and mcyD genes and intracellular microcystin. The results suggest that external sources of nutrients, such as surface runoff and animal excreta, played a significant role in the load of nutrients into the bay and thus in the proliferation of toxic cyanobacterial blooms. This was indicated by the detection of non-aquatic mitochondrial DNA hosts in the bay and the relationships between the pattern of surface runoff, nutrient concentrations, E. coli counts and total cyanobacterial abundance. Potential sources of nutrients from non-aquatic animal excreta in the system comprised rodents, birds, cattle and humans, indicating that efforts are required to control pollution from animal excreta in MB. During the growing season, the major cyanobacterial taxa were members of the orders Chroococcales and Nostocales. The genus Microcystis was identified as the main mcyD-carrier and main microcystin producer, hence the most problematic taxon in the cyanobacterial bloom. The correlations observed with environmental parameters suggest that increasing nutrient concentrations and TN:TP (mass) ratios approaching 11:1, coupled with an increase in temperature, promoted Microcystis-dominated toxic cyanobacterial blooms. Although the importance of nutrient ratios and absolute concentrations on cyanobacterial and Microcystis dynamics has been documented, this is the first time that an optimum TN:TP ratio for Microcystis dominance has been observed in the field. This observation provides further support to the theory that nutrient supply ratios are an important determinant of species composition in natural phytoplankton assemblages. Although the validity and prediction potential of this optimum ratio for Microcystis dominance has yet to be verified through longer-term studies, it may provide practical guidelines for nutrient management strategies to avoid the proliferation of this toxin producing cyanobacterial genus in MB. / La baie Missisquoi (BM) est un écosystème d'eau douce tempérée situé dans un bassin versant où les activités agricoles sont importantes. La baie est fréquemment exposée à la prolifération de Microcystis, des cyanobactéries qui ont un potentiel toxique. La dynamique des populations de cyanobactéries est influencée par une multitude de facteurs qui peuvent varier d'un site à l'autre. Une caractérisation spécifique des facteurs qui sont responsables des floraisons est donc nécessaire afin de développer des mesures préventives et des stratégies de remédiation efficaces. C'est la première fois qu'une étude de biosurveillance combine des données de séquençage d'amplicons ARN ribosomal 16S à haut débit, la PCR en temps réel et des paramètres environnementaux d'échantillons qui ont été prélevés de façon spatio-temporelle pour identifier les facteurs qui causent les floraisons. De plus, le séquençage à haut débit d'amplicons ciblant l'ADN mitochondrial a été utilisé pour identifier qualitativement les sources potentielles de nutriments qui proviennent d'excréments d'origine animale. Une insistance a été accordée plus spécifiquement à 1) l'évaluation de l'existence d'un lien entre les nutriments provenant de sources externes et les périodes de floraison de cyanobactéries et 2) l'analyse in situ des impacts des facteurs environnementaux (particulièrement les concentrations d'azote (N) et de phosphore (P)) sur la structure des communautés de cyanobactéries, leur abondance et leur toxicité.Les concentrations de P et de N à la baie Missisquoi en 2009 étaient fortement corrélées avec l'abondance des cellules de cyanobactéries, des gènes de Microcystis (ARNr 16S et mcyD) ainsi qu'avec la concentration de microcystine intracellulaire. Les résultats suggèrent que les sources externes de nutriments telles que le ruissellement de surface et les excréments d'origine animale ont contribué de manière importante à la charge d'éléments nutritifs dans la baie et ainsi à la prolifération de cyanobactéries qui produisent des toxines. Ces conclusions ont été corroborées par la présence d'ADN mitochondrial d'hôtes non aquatiques et les liens entre les types de ruissellement de surface, les concentrations de nutriments, et les dénombrements de E.coli et de cyanobactéries. Les sources potentielles de nutriments provenant des excréments animaux dans la baie incluaient les rongeurs, les oiseaux, le bétail et les humains. Ces résultats indiquent que des efforts sont requis dans la baie Missisquoi pour contrôler la pollution provenant des excréments d'origine animale.Pendant la période de floraison, la communauté de cyanobactéries était principalement composée de Chroococcales et Nostocales. Les cyanobactéries du genre Microcystis étaient à la fois les principales porteuses du gène mcyD et les principales productrices de microcystine. Ce taxon a donc été le plus problématique pendant les fleurs d'eau. Les corrélations observées entre les facteurs environnementaux suggèrent que la dominance des Microcystis a été associée à l'augmentation des concentrations en nutriments, à un ratio TN:TP (masse) d'une valeur aux environs de 11:1, combinée à une hausse de température.Même si l'importance des concentrations et des ratios de nutriments sur la dynamique des cyanobactéries et des Microcystis a déjà été documentée, c'est la première fois qu'un ratio optimum pour le genre Microcystis est observé sur le terrain. Cette observation est en accord avec la théorie voulant que les ratios de nutriments soient importants pour déterminer la composition des espèces faisant partie de la communauté phytoplanctonique. La validité et le potentiel de prédiction de ce ratio optimum pour la dominance des Microcystis devraient être vérifiés à l'aide d'études à long terme, car il pourrait devenir un critère important pour développer des stratégies de gestion de nutriments qui permettraient d'éviter la prolifération de ce genre de cyanobactéries nocives.
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Functional characterization of the bacterial virulence factor NleA

Thanabalasuriar, Ajitha January 2013 (has links)
Enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli (EPEC and EHEC) are food-borne pathogens that cause severe diarrheal illnesses and death in humans. Citrobacter rodentium is a mouse pathogen that serves as a small animal model for EPEC and EHEC infections of humans. EPEC, EHEC, and C. rodentium translocate bacterial virulence proteins directly into host cells via a type III secretion system (T3SS). NleA (non-LEE-encoded effector A) is a T3SS effector that is common to these pathogens and is required for bacterial virulence. NleA localizes to the host cell secretory pathway and inhibits vesicle trafficking by interacting with the Sec24 subunit of mammalian COPII (coatamer protein II complex). Mammalian cells express four paralogues of Sec24 (Sec24A-D), that mediate selection of cargo proteins for transport and possess distinct, but overlapping cargo specificities. We have recently shown that NleA binds Sec24A-D with two distinct mechanisms. Furthermore, a mutant NleA protein with greatly diminished interaction with all Sec24 paralogues does not properly localize in the host cell, does not inhibit vesicle trafficking, and does not confer virulence in the mouse infection model. The inhibition of COPII results in NleA playing a role in intestinal epithelial barrier tight-junction disruption during EPEC infections. EPEC mediated tight-junction disruption occurs in a two-tier process. While the bacterial effectors EspF and Map are proposed to play a direct role in the breakdown of existing tight-junctions, NleA actively inhibits the translocation of newly synthesized tight junctions to the sites of tight-junctions. This results in tight-junctions being irreparably disrupted during infection. Together, this work provides strong evidence that the interaction and inhibition of COPII by NleA is an important aspect of EPEC and EHEC-mediated disease. / Les bactéries entéropathogènes et entérohémorragiques Escherichia coli (EPEC et EHEC) sont des pathogènes d'origine alimentaire pouvant causer de sévères diarrhées et même la mort chez l'humain. Citrobacter rodentium est un pathogène de la souris qui sert de modèle animal pour les infections causées par EPEC et EHEC chez l'homme. EPEC, EHEC et Citrobacter rodentium transportent les protéines de virulence bactériennes directement dans la cellule hôte via un système de sécrétion de type III (T3SS). Le NleA (non-LEE-encoded effector A ou effecteur A non encodé par LEE) est un effecteur T3SS commun chez ces bactéries et est requis pour conférer la virulence bactérienne. Le NleA repère la voie de sécrétion de la cellule hôte et inhibe le transport vésiculaire en interagissant avec la sous-unité Sec24 du COPII (coatamer protein II complex ou complexe de protéines coatamer II) des mammifères. Les cellules de mammifères expriment quatre paralogues de Sec24 (Sec24A-D), qui interviennent dans la sélection des protéines transporteuses cargo et possèdent des spécificités cargo distinctes mais se chevauchant. Nous avons récemment démontré que NleA lie Sec24A-D selon deux mécanismes distincts. De plus, une protéine mutante ayant une interaction grandement diminuée avec tous les paralogues Sec24 ne se localise pas adéquatement dans la cellule hôte, n'inhibe pas le transport des vésicules et ne confère pas de virulence dans le modèle d'infection de la souris. L'inhibition de COPII résulte en une rupture des jonctions serrées de la barrière épithéliale impliquant NleA durant l'infection à EPEC. La rupture des jonctions serrées associée à EPEC survient en deux phases. Tandis que les effecteurs bactériens EspF et Map démantèlent les protéines existantes de la jonction serrée, NleA inhibe activement la translocation vers leur site des protéines de la jonction serrée nouvellement synthétisées par l'épithélium de l'hôte. Ceci résulte en une rupture irréparable de la jonction serrée durant l'infection. Ces travaux suggèrent fortement que l'intéraction et l'inhibition de COPII par NleA est un aspect important de la maladie médiée par EPEC et EHEC.
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Quantitation of macrophages

Kulisek, Ellen S. January 1978 (has links)
No description available.
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Comparative growth and locomotion of anaerobic oral spirochetes

Klitorinos, Antonia January 1991 (has links)
A positive relationship has been established between the number of oral spirochetes in diseased periodontal pockets and the severity of periodontal disease. Growth studies were carried out in order to obtain a better understanding of the nutritional requirements of three species of oral spirochetes. Long-chain fatty acids were shown to support the growth of all treponemes studied with the exception of Treponema socranskii. Short-chain fatty acids and rabbit serum were found to be essential for growth. Glucuronic acid was shown to stimulate growth. / Video time-lapse microscopy using darkfield optics was employed to study the locomotory behaviour of spirochetes in media of different densities. Optimal migration of spirochetes was found to be viscosity-dependent. Treponema denticola ATCC 35404 and T. denticola ATCC 35405 exhibited the greatest mean speeds at 0.2-0.3 % (wt./vol.) Nobel agar. Optimal motility for T. vincentii ATCC 35580 and T. socranskii ss. socranskii ATCC 35536 was achieved at 0.35-0.40 % (wt./vol.) Noble agar.
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Revegetation and reclamation of oil sands process-affected material using «Frankia»-inocculated alders: field and greenhouse trials

Lefrançois, Elisabeth January 2009 (has links)
Canada's oil sand industry produces substantial quantities of oil sands process-affected material (OSPM) including composite tailings (CT) and tailings sands (TS) that need to be reclaimed on site. This work evaluated the establishment of a pioneer plant species, alder, inoculated with a nitrogen-fixing actinomycete, Frankia. The main objectives were to evaluate alder performance in OSPM and its impact on soil characteristics and microbial community structure and function. This project was divided into two phases: a field study and a greenhouse trial. The greenhouse trial tested 2 alder species, Alnus glutinosa and A. crispa, in CT and TS. In addition to Frankia inoculation, a tripartite association with a mycorrhizal fungus, Glomus intraradices was evaluated. The field study consisted of a 2 year monitoring of Frankia-inoculated alders (A. crispa (Ait.) Pursh.) planted in TS capped with overburden material and peat moss. The parameters tested were the following: plant biomass and nitrogen content; soil chemical characteristics; microbial biomass; microbial petroleum hydrocarbon mineralization capability; and microbial community diversity and composition using the molecular techniques, PCR and DGGE. Alders performed well in OSPM and Frankia inoculation improved biomass acquisition. Frankia-alders improved a number of soil quality parameters such as pH, sodium content, and CEC. Frankia-alders presence modified soil microbial activity and diversity. Alder rhizosphere sustained more microbial biomass than unplanted soil, whereas the tripartite association did not provide additional benefits. Overall, Frankia-inoculated alders are an interesting biotechnological approach for the reclamation and revegetation of oil sand process-affected materials. Abbreviation: PCR (polymerase chain reaction), DGGE (Denaturating Gradient Gel Electrophoresis), CEC (Cation Exchange Capacity), TS (Tailings Sands), CT (Composite / L'exploitation des sables bitumineux d'Alberta par les compagnies pétrolières entraîne une importante production de matières résiduelles de sable bitumineux (MRSB). Ces MRSB, incluant les résidus de sable (RS) et les résidus composites ou consolidés (RC), doivent être réhabilités à même les sites d'exploitation. Ce projet a évalué l'utilisation d'une espèce pionnière, l'aulne, inoculée avec un actinomycète fixant l'azote, Frankia, pour la végétalisation de ces résidus. Les objectifs principaux étaient d'évaluer la performance des aulnes dans les MRSB et leurs impacts sur les caractéristiques du sol et ses communautés microbiennes. Le projet a été divisé en 2 volets : un essai sur le site minier et un essai en serre. L'essai en serre a évalué 2 espèces d'aulne, Alnus glutinosa et A. crispa, dans les RS et les RC. En plus de l'inoculation avec Frankia, une association tripartite avec un champignon mycorrhizien, Glomus intraradices, a été évaluée. L'essai sur le site minier a consisté en un suivi sur 2 ans d'aulnes (A. crispa (Ait.) Pursh.), inoculés avec Frankia, plantés dans des RS recouverts de morts-terrain et de mousse de tourbe. Les paramètres suivants ont été évalués : la biomasse et le contenu en azote des aulnes, les caractéristiques chimiques du sol, la biomasse microbienne, la capacité microbienne de minéralisation d'hydrocarbures pétroliers et, à l'aide de technique de biologie moléculaire (PCR et DGGE), la diversité et la composition des communautés microbiennes. Les aulnes ont bien performés dans les MRSB et l'inoculation avec Frankia a entraîné un important gain en biomasse. Les aulnes inoculés avec Frankia ont entraîné l'amélioration de plusieurs caractéristiques du sol, dont le pH, la CEC, et le contenu en sodium. Ils ont aussi modifié l'activité et la diversité des communautés microbiennes du sol. La rhizosphère des aulnes a$
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Microbial biodiversity of high Arctic wetland cryosolic soils and development of phylogenetic microarrays for polar applications

Wilhelm, Roland January 2009 (has links)
This thesis consisted of two studies: the microbial biodiversity of Arctic wetland cryosol and the testing of two phylogenetic microarrays using environmental samples from the Canadian high Arctic. The first involved culture-independent and dependent analyses which assessed the diversity and structure of cryosol microorganisms. Active layer communities were distinct from permafrost communities in DGGE profiles, 16S rRNA gene clone libraries for Bacteria and Archaea and total cell enumerations and viable cell counts. Findings suggest novel aspects of Arctic wetland permafrost soil compared to previously studies. Comparisons to other Arctic permafrost and more temperate wetland 16S rRNA gene clones demonstrated the existence of common features of cold-adapted communities and Arctic wetlands. The second study was to compare characterizations from two phylogenetic microarrays (PGMAs) against 6 previously constructed clone libraries from high Arctic sites. A general environmental PGMA (GE.10) and a PGMA specifically for cyro-environments (Cryo-PGMA) were tested. The combined data, or "dual-PGMA", had moderate coverage of the taxa identified in clone libraries (51%) and detected corresponding genera at a relatively low rate (26%). The dual-PGMA demonstrated capability of reproducing broad phylogenetic community structures identified in clone libraries and contributed additional taxonomic detail not found there. The dual-PGMA had comparable sensitivity to other PGMA platforms and detected taxa occupying 0.6% of the total clone library. Principle coordinate analysis grouped communities from similar geographical and physical environments. The dual-PGMA demonstrated a capacity for profiling patterned differences in microbial communities while providing general approximations of taxonomic structure. / Cette thèse comprenait deux études : la biodiversité de cryosols arctiques humides et l'examen de deux biopuces à ADN phylogénétiques en utilisant des échantillons environnementaux du grand arctique canadien. La première partie impliquait des analyses dépendantes et indépendantes des conditions de culture pour évaluer la diversité et la structure des communautés microbiennes. Les communautés des couches actives étaient clairement distinctes des communautés du pergélisol dans les profils DGGE, les librairies de clones 16S pour Bactéries et Archaea de même que les énumérations du nombre total de cellules et du nombre de cellules viables. Les résultats ont indiqué de nouveaux aspects des cryosols arctiques humides comparés aux études précédentes de pergélisol. Comparaisons à d'autres pergélisols arctiques et des sols humides tempérés dans les études des clones 16S rDNA démontrent des caractéristiques communes aux communautés adaptes au froid et des sols humides arctiques. La deuxième partie impliquait la comparaison des caractérisations de deux biopuces phylogénétiques (PGMA) à deux librairies de clones de six sites du grand arctique, construites préalablement. Un environnement général PGMA (GE.10) et un PGMA spécifiquement concu pour des cryo-environnements (cryo-PGMA) ont été évalués. Les données combinées, « dual-PGMA », avaient une couverture modérée des taxons des librairies de clones (51%) et ont détecté les genres correspondants des échantillons à un taux relativement bas (26%). Le « dual-PGMA » a démontré sa capacité de reproduire la structure phylogénétique générale de la communauté identifiée dans les librairies de clones et a contribue des détails taxonomiques non trouvés préalablement. Le « dual-PGMA » avait une sensitivité comparable à d'autres plateformes PGMA et a détecté des taxons regroupant 0.6% du total des lib
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Role of eucaryotic mRNA cap binding proteins in protein synthesis and regulation in poliovirus infected HeLa cells

Lee, Kevin A. W. January 1985 (has links)
The cap structure m('7)GpppX(m)...at the 5' terminus of eucaryotic mRNAs facilitates ribosomes binding to mRNA via interaction with cap binding proteins (CBP). Polypeptides of 24, 50 and 80 kilodaltons in crude initiation factors can be specifically crosslinked to the cap structure of mRNA. Crosslinking of the 50 and 80 kilodalton polypeptides requires ATP hydrolysis, but shows reduced dependence on ATP if the mRNA has less secondary structure. Purification by m('7)GDP affinity chromatography yields the CBP complex, comprising polypeptides of 24, 50 and (TURN)220 kilodaltons. The CBP complex and eucaryotic initiation factor-4B (eIF-4B, 80 kilodaltons) are sufficient to allow a cap specific mRNA protein interaction between the 24 and 50 kilodalton polypeptides of the CBP complex, eIF-4B and mRNA. In relation to the cap specific polypeptides in crude initiation factors, the 50 kilodalton polypeptide is eucaryotic initiation factor-4A (eIF-4A) and the 80 kilodalton polypeptide is most probably eIF-4B. This suggests that the cap binding protein complex and possibly eIF-4B, denature mRNA. In poliovirus-infected cells, uncapped poliovirus RNA is translated when cellular (capped) mRNA translation is inhibited. The 220 kilodalton polypeptide of the CBP complex is proteolyzed in poliovirus-infected cells, correlating with a reduction in the crosslinking of the 24, 50 and 80 kilodalton polypeptides, thus probably explaining the inhibition of cellular mRNA translation. mRNAs with reduced secondary structure are less dependent on the fully active CBP complex for ribosome binding, consistent with the suggestion that the CBP complex can denature capped mRNAs. The data indicate an important role for the 220 kilodalton polypeptide in ribosome binding and, that mRNA secondary structure is a significant determinant in translation of capped mRNAs.

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