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Molecular analysis of ovarian resorption by hydric stress in Blatella germanica

Herráiz Yebes, Alba, 1984- 31 January 2014 (has links)
In the present thesis we studied the effects of hydric stress in the ovary of the cockroach Blattella germanica. At morphological level, we described ovarian resorption induced by water deprivation. At a molecular level, we looked for markers differentially expressed under hydric stress. First, we focused on aquaporins given their role as water channel proteins. We cloned, sequenced and functionally characterised an aquaporin that transports water and urea. Then, we obtained a library of microRNAs (small non-coding RNAs that regulate gene expression post transcriptionally) present in the ovary under stress conditions. We analysed the differential expression of 13 of them and we observed that the majority were overexpressed under hydric stress. We selected miR-34-5p to perform a deeper study, including a study of their potential target mRNAs. Among the possible targets, we studied the function of Windei, a factor that resulted necessary for the trimethylation of lysine 9 in histone H3 and for chorion formation. Finally, we selected CARMER (an arginine methyltransferase) as hydric stress marker candidate. We assessed that it is overexpressed in response to hydric stress and that it is necessary for the dimethylation of arginine 17 in histone H3. / En esta tesis estudiamos los efectos del estrés hídrico en el ovario de la cucaracha Blattella germanica. A nivel morfológico describimos el proceso de reabsorción ovárica tras la privación de agua. A nivel molecular buscamos marcadores diferencialmente expresados en respuesta a este estrés. Primero nos centramos en las acuaporinas por su papel como proteínas que forman un canal transportador de agua. Clonamos, secuenciamos y caracterizamos funcionalmente una acuaporina que transporta agua y urea. Después obtuvimos una biblioteca de microRNAs (RNAs cortos no codificantes que regulan la expresión génica post-transcripcionalmente) presentes en el ovario en situación de estrés. Analizamos la expresión diferencial de 13 de ellos y observamos que la mayoría se sobreexpresaban en situación de estrés. Elegimos miR-34-5p para hacer un estudio más profundo, incluyendo un análisis de sus potenciales mRNA diana. De entre ellos, estudiamos la función de Windei y comprobamos que dicho factor es necesario para la trimetilación de la lisina 9 en la histona H3 y para la formación del corion. Por último, seleccionamos CARMER (una arginina methyltransferasa) como candidato a marcador de estrés hídrico. Comprobamos que CARMER se sobreexpresa en respuesta a estrés y que es necesario para la dimetilación de la arginina 17 en la histona H3.
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Regulation of BK channel by tungstate and its relevance for the control of vascular tone and intracellular signalling

Fernández Mariño, Ana Isabel, 1984- 29 July 2013 (has links)
The large-conductance Ca2+- and voltage-gated K+ (BK) channel containing the pore-forming and the regulatory B1 subunits play a pivotal role in the control of arterial tone and modification of channel function is associated to changes in blood pressure in both animal models and humans. Tungstate, a compound with antidiabetic and antiobesity properties, also reduces blood pressure in experimental animal models of both hypertension and metabolic syndrome, although the underlying mechanisms are not completely understood. This Thesis evaluates the effect of tungstate on BK channel function and its relevance for both the regulation of vascular resistance and intracellular signaling. Our results show that tungstate activates BK channels in a - and Mg2+-dependent manner and induces vasodilatation only in mouse arteries that express the BK B1 subunit. Our functional and comparative structural analysis suggest that, although the tungstate interaction site is located in the BK subunit, its positive effect on the channel requires residues of the B1 subunit extracellular loop that stabilize the active configuration of the voltage sensor. In addition, we have found that tungstate-induced, Gi/o protein-mediated ERK phosphorylation is enhanced by BK B1 channels. / El canal de potasio (K+) de alta conductancia dependiente de voltaje y Ca2+ (BK) y compuesto por la subunidad alfa(formadora del poro) y la subunidad reguladora B1, tiene un papel fundamental en el control del tono arterial. Cambios en la función del canal tienen una relación directa con modificaciones en la presión sanguínea tanto en modelos animales como en humanos. El tungstato, un compuesto con propiedades antidiabéticas y antiobesidad, también reduce la presión sanguínea en modelos animales de hipertensión y síndrome metabólico, aunque los mecanismos subyacentes no son del todo conocidos. Esta Tesis, evalúa el efecto del tungstato sobre la función del los canales BK y su relevancia en la regulación de la resistencia vascular y la señalización intracelular. Nuestros resultados demuestran que el tungstato activa los canales BK en una manera B- y Mg2+-dependiente, induciendo vasodilatación de arterias murinas que expresan la subunidad B1. Nuestros análisis funcionales junto a estudios estructurales comparativos sugieren que, aunque el sitio de interacción del tungstato está situado en la subunidad B, su efecto positivo sobre el canal requiere residuos pertenecientes al lazo extracelular de la subunidad B1 implicados en la estabilización del sensor de voltaje del canal BK en su configuración activa. Además, hemos observado que la fosforilación de ERK inducida por el tungstato y mediada por proteínas Gi/o está potenciada en presencia de canales BKBB1.
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Nuclear DYRK1A :new insights into its role within the nucleus

Di Vona, Chiara, 1981- 20 September 2013 (has links)
The view on how protein kinases regulate gene expression have recently expanded to include not only transcription factors but also histones, chromatin remodelers or components of the basal transcription machinery, which are directly modified on genomic loci. For the shuttling kinase DYRK1A (dual-specificity tyrosine-regulated kinase), most of its nuclear-associated functions can be explained by DYRK1A cytosolic activities, questioning a role for DYRK1A within the nuclear compartment. In the present study, through an unbiased proteomic approach the first “DYRK1A nuclear interactome” have been generated. DYRK1A interacts with several components of the basal transcriptional machinery as well as with the pre-mRNA processing machinery. Moreover, evidences uncovering a new role for DYRK1A as a transcriptional regulator of specific target genes have been generated. Genome-wide DYRK1A-chromatin analysis shows that the kinase is recruited to RNA polymerase II proximal promoters, via a highly conserved palindromic sequence, and also to RNA polymerase III-dependent promoters. Growth-dependent induction of the expression of a subset of target genes (protein coding and tRNAs) depends on DYRK1A protein levels and/or activity. In addition, downregulation of DYRK1A leads to a reduction in cell size. DYRK1A could therefore work by sitting on promoters of specific genes and act on different components of the basal transcription and/or mRNA processing machinery to modulate gene expression. / Resultados recientes han puesto de manifiesto que la regulación de la expresión génica por proteína quinasas va mas allá de su modulación de la actividad de factores de transcripción, ya que tanto histonas como remodeladores de cromatina o componentes de la maquinaria basal de transcripción puedes ser sustratos de fosforilaciones directamente en regiones genómicas reguladoras. La proteína quinasa DYRK1A (dual-specificity tyrosine-regulated kinase) está presente tanto en el núcleo como en el citoplasma de células de mamífero, si bien la mayoría de sus actividades nucleares pueden ser explicadas por fosforilaciones que ocurren en el citosol, lo que ha planteado dudas sobre si esta quinasa posee funciones específicamente nucleares. En este trabajo, se ha definido el primer "interactoma" nuclear de DYRK1A mediante una aproximación proteómica no sesgada, que ha permitido mostrar que DYRK1A interacciona con componentes de la maquinaria basal de transcripción así como con complejos implicados en el procesamiento del pre-mRNA. Los resultados también han puesto de manifiesto un nuevo papel de DYRK1A como regulador de la transcripción de un grupo específico de genes relacionados con la traducción de proteínas. Análisis a nivel genómico de la presencia de DYRK1A en cromatina muestra que la quinasa es reclutada a regiones proximales de promotores dependientes de la RNA polimerasa II, mediante una secuencia palindrómica altamente conservada, así como a genes dependientes de la RNA polimerasa III. La inducción de la expresión de un grupo de estos genes diana (tanto codificantes como tRNAs) en respuesta a factores de crecimiento depende de DYRK1A. Además, la reducción en los niveles de DYRK1A provoca una reducción en el tamaño de las células. Los resultados permiten proponer un modelo por el que DYRK1A podría regular directamente la expresión de genes diana mediante la fosforilación, en regiones reguladoras promotoras, de diferentes componentes de la maquinaria basal de la transcripción y/o de los complejos proteicos implicados en el procesamiento del mRNA.
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Molecular mechanism of PE5-induced cytotoxicity and generation of new cytotoxic nuclear-directed

Vert Company, Anna 30 July 2014 (has links)
Cytotoxic ribonucleases are promising agents to be used in the treatment of cancer. Our group previously described a cytotoxic human pancreatic ribonuclease variant, named PE5, which carries a nuclear localization signal. This protein is routed into the nucleus, where it cleaves nuclear RNA inducing the apoptosis of cancer cells. In the present work, the molecular mechanism of PE5-induced cytotoxicity has been investigated using global gene expression and miRNA microarrays. The results indicate that this ribonuclease causes pleiotropic effects and regulates the expression of numerous genes and miRNAs. On the other hand, we have improved the antitumor properties of PE5. First, we have obtained PE10, which is as cytotoxic as PE5 but it is potentially less immunogenic because its sequence is more similar to that of the wild type human pancreatic ribonuclease. And second, we have obtained NLSPE5, which exhibits 6-14 times higher cytotoxicity for tumor cells than PE5 / Les ribonucleases citotòxiques són proteïnes amb un gran potencial per ser utilitzades en el tractament del càncer. El nostre grup va descriure una variant citotòxica de la ribonucleasa pancreàtica humana, anomenada PE5, que incorpora un senyal de localització nuclear. Aquesta proteïna es dirigeix al nucli, on degrada RNA nuclear induint així l’apoptosi de les cèl•lules tumorals. En aquest treball s’ha investigat el mecanisme de citotoxicitat de PE5 utilitzant microarrays globals d’expressió gènica i de miRNAs. Els resultats obtinguts indiquen que PE5 causa efectes pleiotròpics i regula l’expressió de nombrosos gens i miRNAs. D’altra banda, s’han millorat les propietats antitumorals de PE5. Primer, s’ha produït PE10, la qual presenta la mateixa citotoxicitat que PE5 però és potencialment menys immunogènica perquè la seva seqüència és més similar a la de la ribonucleasa pancreàtica humana. En segon lloc, s’ha construït NLSPE5, la quals exhibeix una citotoxicitat 6-14 vegades superior a PE5
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Modelling of self-organizaton of microtubules in plant cells

Muratov, Alexander 24 April 2014 (has links)
Microtubules are ubiquitous elements of any eucaryotic cell, serving many functions at different stages of its life. In plant cells they form so-called plant cell cortex, where they are organized into parallel arrays. These arrays serve as a matrix of synthesis of a plant cell wall, defining the direction of growth. Microtubule arrays are sensible to tropic stimuli. However, the nature of such sensibility is still not well established. We provide a computational analysis of this phenomenon. Using both kinetic Monte-Carlo simulations and theoretical investigation, we show that compression due to mechanical stress may cause orientation of microtubules along major stress lines. We also show that anisotropic distribution of chemical agents interacting with microtubule-associated proteins may also cause orientation of microtubules. Such mechanisms are primarily connected with gravitropism but similar reorientations of microtubules in response to light may suggest that these mechanisms can also be relevant for other tropisms. / Los microtúbulos son elementos ubicuos de cualquier célula eucariota, que poseen distintas funciones en diferentes etapas de su vida. En células de plantas ellos forman la estructura llamada corteza célula vegetal, donde se organizan en conjuntos paralelos. Estos conjuntos sirven como una matriz de síntesis de una pared celular vegetal, definiendo la dirección del crecimiento de la célula. Los conjuntos de microtúbulos son sensibles a estímulos trópicos. Sin embargo, la naturaleza de dicha sensibilidad todavía no está bien establecida. Les ofrecemos un análisis computacional de este fenómeno. Usando simulaciones cinéticas Monte-Carlo y la investigación teórica, nos mostramos que la compresión debida al estrés mecánico puede causar la orientación de los microtúbulos a lo largo de las principales líneas de tensión. También se muestra que la distribución anisotrópica de agentes químicos que interactúan con las proteínas asociadas a los microtúbulos también puede provocar orientación de los microtúbulos. Estos mecanismos están conectados principalmente con gravitropismo pero reorientaciones similares de microtúbulos en respuesta a la luz puede sugerir que estos mecanismos también pueden ser relevantes para otros tropismos.
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Protein-protein interaction network : management of databases and its applications on the computational study of protein-protein interactions

García-García, Javier, 1982- 23 January 2015 (has links)
The use of protein-protein interaction networks has become crucial due to the emergence of systems biology. The completeness and quality of networks, crucial to understand the biochemical mechanisms underlying a system such as a cell, are still challenging the scientific community. This thesis focuses on the data completeness challenge by the development of flexible tools for biological data management. It presents a database framework, BIANA, in which the integrated access to several information sources tackles this problem by unraveling hidden biological associations. BIANA is used to develop protein-protein interaction inference tools based on sequence similarity and protein-protein interactions. I have applied the approach on Salmonella-host infection, a case study where experimental data is scarce. Finally, I have focused on the integration problem of protein sequence annotation, also addressing the prediction of protein-protein interaction interfaces. I have developed a new evaluation measure to compare the predictive power of interface inference approaches. / Les xarxes d'interacció proteïna-proteïna han esdevingut crucials des del naixement de la biologia de sistemes. La integritat i qualitat de les xarxes, que són essencials per entendre els mecanismes subjacents a un sistema com la cèl•lula, segueixen desafiant a la comunitat científica. Aquesta tesi se centra en el repte de la integritat de les dades mitjançant el desenvolupament d'eines flexibles per a la gestió de dades biològiques. Presento BIANA, un paquet informàtic que enfoca aquest problema facilitant l'accés integrat a diverses fonts d'informació. BIANA ha servit per desenvolupar eines de predicció d'interaccions proteïna-proteïna combinant les xarxes amb similitud entre seqüències. He aplicat aquest mètode sobre la infecció per Salmonella-hoste, un cas en el qual les dades experimentals són escasses. Finalment, m'he centrat en la integració associada a l'anotació de seqüències, abordant la predicció d'interfícies d'interacció proteïna-proteïna. Una nova mesura d'avaluació m'ha permès comparar el poder predictiu de diferents mètodes.
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Development of a multiscale protocol for the study of energetics of protein dymanics

Drechsel, Nils Jan Daniel, 1980- 31 October 2013 (has links)
Multiscale Molecular Dynamics is a popular trend in the field of computational chemistry and physics. Coarse-grained force-fields have been around for years, and used independently, but used cooperatively with all-atom force-fields combines their advantages and cancels their disadvantages. This seems to be the case, however, only when they are both compatible. In this thesis, a Multiscale Molecular Dynamics Protocol is introduced, based on earlier work by Benjamin Messer, Z. Fan, Arieh Warshel, and in other parts by Christopher Fennel and Ken Dill. The protocol consists of the following tool-set: • A parametrization machinery that created a new coarse-grained force-field named AmberCG. • A multiscale thermodynamic cycle utilized within a free energy perturbation context to cooperatively use the best of coarse-grained and all-atom force-fields. • A collective variable that performs a linearization of the phase space to improve separation of product and reactant states. • A new algorithm to calculate functional quantities on spheres bounded by complicated solvent accessible surface areas - which as a special case calculates the amount of solvent accessible surface area. • A novel algorithm based on simple one dimensional Depth-Buffers, to identify atoms which actively form the boundary of the solvent accessible surface areas. Executing the protocol involves the following steps: 1. Construction of a coarse-grained force-field, based on an all-atom force-field. This involves setting up coarse-grained potentials and optimization of their parameters against selected reference structures and conformations. 2. Parametrization of a solvation model which is compatible to the force-field. 3. Usage of the coarse-grained force-field to sample the conformational space of a reaction. 4. Correction of the coarse-grained results with an all-atom force-field. 5. Analysis of the results using appropriate collective coordinates. 6. Reiteration until accuracies are met. Alternatively, instead of using the methods in the protocol, they can be utilized stand-alone. They simplify calculations, thus provid- ing speed-ups, while at the same time aiming to maintain or improve accuracy. Of course, there is no free lunch, and often the methods will include inaccuracies that exceed an acceptable threshold. However, the multiscale protocol is meant to be seen as an iterative technique, in which deficiency can be detected, and the protocol adjusted to restore balance. / Las simulaciones de dinámica molecular multiescala (Multiscale Molecular Dynamics) son una tendencia al alza en el sector de la Química y la Física computacionales. Los coarse-grained force-fields o campos de fuerza de grano grueso han existido desde hace años, utilizados de forma independiente, y también en cooperación con all-atom force-fields o campos de fuerza de todos los átomos dónde se combinan sus ventajas y cancelan sus desventajas. En este último caso sólo es cierto cuando los dos force-fields son compatibles. En esta tesis, introduzco un protocolo de Multiscale Molecular Dynamics basado en parte a trabajos anteriores de Benjamin Messer, Z. Fan, Arieh Warshel, y también en los de Christopher Fennell y Ken Dill. El protocolo consiste el siguiente conjunto de herramientas: 1. Un método de parametrización con cuál creé un nuevo coarse-grained force-field llamado AmberCG. 2. Un ciclo termodinámico multiescala utilizado en un contexto de perturbación de energía libre para usar cooperativamente el mejor de los coarse-grained force-fields y el de los all-atom force-fields. 3. Una variable colectiva que realiza una liberalización del espacio de fases para mejorar la separación de los estados de productos y reactivo. 4. Un nuevo algoritmo para calcular las cantidades funcionales en esferas limitadas por complicadas superficies accesibles al solvente - que como un caso especial calcula la cantidad de superficie accesible a solvente. 5. Un nuevo algoritmo basado en un buffer de profundidad, para identificar los átomos que forman activamente el límite de las superficies accesibles al solvente. La ejecución del protocolo implica los siguientes pasos: 1. Construcción de un coarse-grained force-field, basado en un all-atom force-field. Esto implica la creación de potenciales coarse-grained y la optimización de sus parámetros contra las estructuras de referencia seleccionados y sus conformaciones. 2. Parametrización de un modelo de solvatación compatible con el force-field. 3. Uso del coarse-grained force-field para muestrear el espacio con formacional de una reacción. 4. La corrección de los resultados coarse-grained con un all-atom force-field. 5. Análisis de los resultados utilizando coordenadas colectivas adecuadas. 6. Repetición hasta alcanzar las precisiones deseadas. Alternativamente, los métodos del protocolo pueden ser utilizados de forma independiente. Esto simplifica los cálculos y procura mantener, si no mejorar, la precisión. Sin embargo, todo tiene un coste y con frecuencia, los métodos incluirán inexactitudes que superarán el umbral aceptable. Aun y así, el protocolo multiescala es una técnica iterativa, en la que la deficiencia puede ser detectada, y el protocolo ajustado para restablecer el equilibrio.
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1)Jarid2 regulates mouse epidermal stem cell activation and differentiation ; 2)Tumor heterogeneity and metastasis-initiation in human squamous cell carcinoma

Mejetta, Stefania, 1984- 12 September 2013 (has links)
Jarid2 is required for the genomic recruitment of the polycomb repressive complex-2 (PRC2) in embryonic stem cells. However, its specific role during late development and adult tissues remains largely uncharacterized. In this first part of my thesis, we show that deletion of Jarid2 in mouse epidermis reduces the proliferation and potentiates the differentiation of postnatal epidermal progenitors, without affecting epidermal development. In neonatal epidermis, Jarid2 deficiency reduces H3K27 trimethylation, a chromatin repressive mark, in epidermal differentiation genes previously shown to be targets of the PRC2. However, in adult epidermis Jarid2 depletion does not affect interfollicular epidermal differentiation but results in delayed hair follicle (HF) cycling as a consequence of decreased proliferation of HF stem cells and their progeny. We conclude that Jarid2 is required for the scheduled proliferation of epidermal stem and progenitor cells necessary to maintain epidermal homeostasis. Several human and mouse solid tumors, including squamous cell carcinomas (SCC), contain a population of Cancer Stem Cells (CSCs). CSCs are characterized by their unique ability to initiate and propagate the tumor; however, very little is known about their capacity to disseminate to distant organs and give rise to metastasis. CSCs display a great functional and molecular heterogeneity, and it has been proposed that different CSC subclones might exist to either maintain the primary tumor or to metastasize in distant sites. However, the identity of these heterogeneous populations of CSCs, as well as their molecular and functional characteristics for most type of tumors remains to be elucidated. Using a novel xenograft system that we have developed to study human head and neck squamous cell carcinoma, we have identified a labelretaining (LRC) population inside the cancer stem cell pool defined by the high expression of CD44 and high activity of Aldh1. Unexpectedly, tumor LRC harbor poor initiating potential, and are more sensitive to chemotherapy than their proliferating counterparts. Intriguingly, tumor LRCs are defined by a unique transcriptome signature previously linked with bone and lung identity, two major sites of SCC metastasis, suggesting they might be involved in the colonization of distant tissues by SCC tumors. We have also identified surface molecules, including CD36 and CD37, that are uniquely expressed by tumor LRCs, that can be used as surrogate markers to isolate and characterize them from primary human SCCs. Based on this signature, we could demonstrate that the presence or absence of this population in the primary tumor of a large cohort of patients with cutaneous SCC is highly predictive of the metastatic occurrence. In addition, several markers exclusively expressed by tumor LRCs can be targeted with drugs currently in clinical trials for the treatment of other diseases. We are testing whether some of these therapeutical strategies are effective to preventing or reducing the metastatic potential of SCC tumors. / Jarid2 es necesario para la localización genómica del complejo represor polycomb repressive complex-2 (PRC2) en células stem embrionarias. Sin embargo, la función de Jarid2 en las últimas fases del desarrollo embrionario y su papel en la función de los tejidos adultos no ha sido aún caracterizada en profundidad. En esta primera parte de mi tesis doctoral, mostramos que la deleción de Jarid2 en la piel de ratón no afecta al desarrollo de la epidermis, pero reduce la proliferación y potencia la diferenciación de las células progenitoras epidermales en neonatos. La piel de los ratones neonatos Jarid2-KO muestra niveles reducidos de la marca represora de la cromatina, H3K27me3, en genes necesarios para la diferenciación de las células progenitoras. En cambio, en piel adulta la depleción de Jarid2 no afecta la diferenciación de la epidermis, pero sí que resulta en una reducción del número de células stem activas de los folículos pilosos, lo que desemboca en el retraso del crecimiento de los folículos. Por lo tanto, nuestros resultados demuestran que Jarid2 es necesario para la activación y diferenciación de diferentes células stem del compartimento queratinocítico de la piel necesarios para mantener la homeostasis epidermal. Diversos tipos de tumores sólidos humanos y de ratón, incluyendo carcinomas de células escamosas (SCCs del inglés: Squamous Cell Carcinomas), contienen una población de células madre cancerosas (CSCs del inglés Cancer Stem Cells). Las CSCs se caracterizan porque pueden iniciar y propagar el tumor; sin embargo, se conoce muy poco sobre su capacidad de alcanzar órganos lejos del tumor primario y de formar metastasis. Las CSCs pueden ser muy heterogéneas tanto a nivel funcional como molecular, y se ha propuesto que podrían existir diferentes subclones sea para mantener el tumor primario, sea para formar metástasis. No obstante, no se conoce por ahora ni la identidad de estas poblaciones heterogéneas de CSCs, ni sus características a nivel funcional o molecular. Usando un nuevo sistema de xenoinjerto que hemos desarrollado en nuestro laboratorio para estudiar SCC de cabeza y cuello, hemos identificado una población que es capaz de retener el marcaje con el tiempo (LRC de inglés: Label-retaining Cells), dentro de la población total de CSSs, definidas como células dentro del tumor que muestran alta expression de CD44 y alta actividad de Aldh1. En contra de lo que esperábamos, las LRC del tumor tienen dificultad para iniciar tumores por sí solas y son más sensibles a tratamientos de quimioterapia cuando las comparamos con otras células más proliferativas. Por otra parte, las LRC del tumor se pueden definir con un transcriptoma único que ha sido relacionado anteriormente con hueso y pulmón, que son dos de los órganos donde los SCC forman metástasis preferentemente. Esto sugiere que podrían estar involucradas en la colonización de órganos alejados del SCC primario. Hemos identificado también moléculas de superficie, incluyendo CD36 y CD37, que se expresan exclusivamente en las LRC de tumor y que se pueden usar como marcadores para aislar y caracterizar las LRC de SCCs primarios humanos. Basándonos en estos marcadores, hemos podido demostrar que la presencia o no de esta población en el tumor primario predice la formación de metástasis en pacientes con SCC cutáneos. Además, diversos marcadores que hemos identificado como únicos en LRC de tumor, son diana de fármacos ya usados en la actualidad en ensayos clínicos para tratamiento de otras enfermedades. En la actualidad estamos probando si alguno de estos tratamientos puede ser efectivo para prevenir o reducir el potencial de formar metástasis en SCC.
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Regulation and function of silayltransferases in pancreatic cancer

Bassagañas i Puigdemont, Sònia 03 December 2014 (has links)
Changes in the expression of Lewis-type glycan antigens, especially a predominance of sialyl-Lewis x (SLex) structure, and the glycosyltransferases involved in its synthesis, correlate with pancreatic cancer invasive and metastatic capacities. This Doctoral Thesis has focused on the involvement of sialylated determinants on key stages of pancreatic cancer tumourigenesis, such as cell-extracellular matrix adhesion and cell-cell adhesion, and invasion; and also on the influence of glycosylation on the function of membrane glycoproteins involved in these processes, such as α2β1 integrin and E-cadherin.In addition, this study also describes that pancreatic tumour cells take advantage of the inflammatory environment that accompanies the tumour.It shows that proinflammatory cytokines regulate the cell expression of specific sialyltransferase and fucosyltransferase genes that contribute to the biosynthesis of Lewis-type and sialylated determinants, and thus may contribute to accelerate the tumour progression. / S’ha descrit que canvis en l’expressió d’antígens glucídics tipus Lewis, especialment un predomini de l’estructura sialil-Lewis x (SLex), així com de les glicosiltransferases implicades en la seva síntesi, correlacionen amb la seva capacitat invasiva i metastàtica. En aquesta Tesi Doctoral s’ha aprofundit en l’estudi de la implicació dels determinants sialilats en etapes clau del procés tumorogènic del càncer de pàncrees, com són els processos d’adhesió cèl·lula-matriu extracel·lular i cèl·lula-cèl·lula, i la invasió, estudiant també la influència de la glicosilació en la funció de glicoproteïnes de membrana involucrades en aquests processos, com la integrina α2β1 i la E-cadherina. Alhora es posa de manifest que les cèl·lules tumorals de càncer de pàncrees treuen profit de les característiques de l’ambient inflamatori que acompanya el tumor, ja que les citoquines presents en l’estroma regulen l’expressió cel·lular dels gens involucrats en la biosíntesi dels antígens tipus Lewis i sialilats.
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Estudis cinètics i estructurals de la trans inteïna Npu DnaE de "Nostoc punctiforme"

Soler Campmajó, David 30 October 2014 (has links)
Les inteïnes són dominis proteics que mitjançant un procés de tall i unió s’autoescindeixen de la cadena polipeptídica precursora i catalitzen la unió de les seqüències flanquejants (exteïnes) mitjançant un enllaç peptídic. Actualment, la trans inteïna Npu DnaE és una de les que més s’utilitza en diferents aplicacions biotecnològiques. En aquest treball s’ha estudiat i comparat la termoestabilitat que presenta la inteïna Npu DnaE formant una única cadena polipeptídica, quan es troba partida en dos fragments associats i del fragment IN aïllat. Per altra banda, s’ha estudiat com afecta a l’activitat de la inteïna les substitucions de Cys1 i Cys+1 per una Ser. Finalment, s’ha estudiat i complementat el coneixement del procés associatiu dels fragments IN i IC a partir de tres variants de Npu DnaE amb diferents llargades del fragment IC, utilitzant ressonància magnètica nuclear. / Inteins are protein domains that self-excise from a polypeptide chain precursor and catalyze the ligation of the flanking sequences (exteins) with a peptide bond. Currently, Npu DnaE is one of the best split inteins that is used in different biotechnological applications. In this work we have studied the thermal stability of this intein when it is forming a single polypeptide chain, when it is split into two fragments associated and when the IN fragment is isolated. Furthermore, we studied how the activity of the intein is altered when substituting Cys+1 and Cys1 by Ser. Finally, we have studied and complemented what is known about the associative process between IN and IC fragments. To accomplish this, we have studied by nuclear magnetic ressonance, three variants of Npu DnaE with different lengths of IC fragment.

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