Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2014. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2015-10-29T16:48:27Z No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Desenvolvimento de um painel de marcadores snp de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando. Ronyere Olegário de Araújo e Alexandre Rodrigues Caetano – Pesquisador PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. A crescente evolução de tecnologias tornaram possível analisar o genoma de várias espécies, compreender suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os efeitos ambientais que estão envolvidos com a expressão de características de interesse econômico. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar um painel personalizado a partir de um ensaio de 384 marcadores SNP localizados em genes candidatos que afetam características de produção, doenças genéticas, e para controle de parentesco, em animais da raça Girolando. Um total de 576 animais foram testados com o painel de 384 SNPs. Os SNPs selecionados foram usados para construir um painel baseado na tecnologia GoldenGate®. Os dados brutos da genotipagem foram analisados com o Módulo de Genotipagem do programa GenomeStudio, V2010.1, utilizando parâmetros padrão para clusterização dos dados de cada SNP. Como critério de filtragem dos SNPs e das amostras foram adotados os parâmetros: Separação de Clusters, Frequência de Genotipagem e a Taxa de Genotipagem. Após aplicação destes critérios, o arquivo final ficou composto de 249 SNPs e 419 animais. Após aplicação dos critérios de filtragem, foi possível observar uma diminuição da proporção de SNPs polimórficos (53,4%). Deste painel, 72 e 47 SNPs, estavam localizados nos cromossomos BTA06 e BTA14, respectivamente, e foram utilizados para os estudos de desequilíbrio de ligação - DL (parâmetros D’ e r2) e construção de blocos de haplótipos. As estimativas dos valores de DL entre os SNPs variaram de moderada à baixa magnitude, entre si e entre os BTAs. Para o parâmetro D’, a menor estimativa foi obtida para o BTA15 (0,0954) e a maior para o BTA24 (0,5311). Por outro lado, o parâmetro r2 apresentou menor estimativa no BTA17 (0,0011) e a maior no BTA22 (0,0834). Observou-se na população estudada a existência de 32 haplótipos em seis regiões do BTA06, com frequências observadas variando de 0,011 a 0,970. O número de SNPs capturados (TagSNPs) no BTA6 variou de 2 a 4 entre as regiões estruturadas e a distância entre eles variou de 75 a 70.177 pb. Para o BTA14, a estimativa de DL revelou a existência de 13 haplótipos em 4 regiões deste cromossomo, com frequências observadas variando de 0,023 à 0,589. Em geral, o número de SNPs capturados entre as regiões estruturadas no BTA14 foi igual a 2 e a distância entre eles variou de 225 a 17.284 pb, o que reduz em 50% os esforços no processo de genotipagem para cada uma das regiões gênicas estruturadas. Os resultados deste trabalho permitiram a caracterização de estruturas de blocos de haplótipos, em regiões genômicas relacionados com características de interesse zootécnico em animais da raça Girolando e poderão ser utilizados em estudos de associação entre essas regiões com características produtivas. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Development of a low density SNP marker panel and analysis of linkage disequilibrium of polymorphisms in candidate genes in Girolando cattle. Ronyere Olegário de Araújo and Alexandre Rodrigues Caetano – Research PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. Recent technological advances made it possible to analyze the genomes of several species, understand their function within biological systems, and above all allow for initial understanding of mechanisms that control interactions between genotypes and environmental effects that are involved in the expression of traits of economic interest. The objective of this study was to develop and validate a custom panel with 384 SNP markers located in candidate genes affecting production traits, genetic diseases, and that could be usef for paternity control in Girolando cattle. A total of 576 animals were tested with 384 SNP panel using GoldenGate® technology on a BeadExpress platform. Raw genotyping data were analyzed with the Genotyping Module in the GenomeStudio platform v2010.1 using standard parameters for clustering the data from each SNP. Data quality control and filtering was performed usingthe following parameters: Clusters separation, Genotyping Frequency and Genotyping Rate. After application of those criteria the final dataset was composed of 249 SNPs and 419 animals. After applying QC criteria, we observed a decrease in the proportion of polymorphic SNPs (53.4%). The panel contained 72 and 47 SNPs from chromosomes BTA06 and BTA14, respectively. Linkage disequilibrium studies - LD (parameter D' and r2) and construction of haplotype blocks were performed. Estimates of LD values between SNPs ranged from moderate to low magnitude among themselves and between BTAs. For the parameter D', the lowest estimate was obtained for the BTA15 (0.0954) and the highest estimated in BTA24 (0.5311). Conversely, r2 showed the lowest estimates in BTA17 (0.0011) and higher in BTA22 (0.0834). A total of 32 haplotypes in six regions of BTA06 with frequencies ranging from 0.011 to 0.970 were observed. The number of SNPs captured (TagSNPs) in BTA6 ranged from 2 to 4 between the structured regions and the distance between them ranged from 75 to 70177 pb. For BTA14, estimated LD revealed 13 haplotypes in four regions of the chromosome with observed frequencies ranging from 0.023 to 0.589. In general, the number of SNPs captured between the structured regions in BTA14 was equal to 2 (the own TagSNP and the adjacent SNP) and the distance between them ranged from 225 to 17284 pb, which could result in reductions of 50% in genotyping efforts for each gene structured regions. These results allowed the characterization of haplotype block structures in genomic regions related to traits of interest in Girolando cattle and will be useful for performing association studies between the characterized regions with production traits.