Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2018-06-19T18:06:59Z No. of bitstreams: 1 SAMARA SOCORRO SILVA PEREIRA.pdf: 764936 bytes, checksum: 434a8cd13e6701c05b6ea08edda95150 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-19T18:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SAMARA SOCORRO SILVA PEREIRA.pdf: 764936 bytes, checksum: 434a8cd13e6701c05b6ea08edda95150 (MD5) Previous issue date: 2018-03-14 / Copy Number Variation (CNV) has been associated with intelectual disability (ID) and this condition occur in approximately 2% of world population. Chromosomal Microarray Analysis (CMA) is being indicated as first-tier test for individuals with ID and has also helped to understand the mechanisms of CNV formation, classification of these rearrangements, type of recurrence, and its origin. The aim of this study was to infer the parental chromosome origin of de novo pathogenic CNV in patients with ID and their mechanisms of formation. Patients with clinical indications of ID were referred to Replicon Research Group/LaGene for G-band karyotyping. CMA approach was done for patients without numerical and/or structural rearrangements results in karyotype. After performing CMA and classification of CNVs, the parental origin of pathogenic CNVs was done using Mendelian error check based on SNPs markers available by ChAs software. In addition, the UCSC Genome Browser website was used to detect Low Copy Repeats (LCR) surrounding the CNVs to infer the mechanisms of their formation. In the period from 2013 to 2015 was performed G-band karyotyping in 290 patients with clinical indication of ID and a total of 193/290 (66.5%) were diagnosed by Karyotype. The group of patients who were not diagnosed using the karyotype, only 76/97 (78.3%) agreed to continue the investigation by CMA’s approach. After performing CMA, a total of 15 de novo pathogenic CNVs were observed, 10 CNV of loss and 5 CNV of gain, in 13/76 (17.1%) patients. The analysis of the parental origin showed 60% of CNVs are of maternal origin and 40% of paternal origin. It was not possible to detect the influence of parental age in the formation of CNVs. After analyzing the presence of surrounding LCRs, it was observed that 46.7% are recurrent CNVs and the mechanism of formation was Non- Allelic Homologous Recombination (NAHR), and 71.4% of these recurrent CNVs are of maternal origin. These data are in agreement with studies that affirm that the majority of CNVs of paternal origin are nonrecurrent due to germ cells replicate many times their genetic material in the pre-meiotic phase, being possible to infer the mechanism of formation of CNV that may have been by Microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR) or Non-homologous end joining (NHEJ). / A variação no número de cópias (CNV) no genoma é um dos fatores etiológicos que pode desencadear a condição da deficiência intelectual (DI), sendo que esta condição atinge cerca de 2% da população mundial. A metodologia de análise cromossômica por microarranjo (CMA) além de ser indicada como teste de primeira escolha para pacientes com DI, tem ajudado também na compreensão da formação de CNVs e classificação destes rearranjos, quanto à patogenicidade, o tipo de recorrência e sua origem. E este estudo objetivou inferir a origem cromossômica parental das CNVs de novo patogênicas em pacientes com DI e seu mecanismo de formação. Os pacientes com indicação clínica de DI foram encaminhados ao Núcleo de Pesquisas Replicon/LaGene para realização do cariótipo com bandeamento GTG, e subsequentemente, os que não tiveram alteração numérica e/ou estrutural no cariótipo foram convidados a continuar a investigação em nível genômico, pela metodologia de CMA. Após realização do CMA e classificação das CNVs, foram realizadas a análise da origem parental das CNVs de novo patogênicas pela análise do erro mendeliano usando os marcadores de SNPs disponibilizado pelo software ChAS. Adicionalmente, foi usado o UCSC Genome Browser para detectar Repetições De Poucas Cópias (LCR) circundantes as CNVs para inferir o mecanismo de formação das mesmas. Foi realizado o cariótipo em 290 pacientes com indicação clínica de DI entre os anos de 2013 a 2015 e em 193/290 (66,5%) foram diagnosticados pelo cariótipo. Do conjunto de pacientes que não foram diagnosticados usando o cariótipo, apenas 76/97 (78,3%) aceitaram continuar a investigação pelo CMA. Após realizar o CMA, foi observado 15 CNVs de novo patogênicas, 10 CNVs de perda e 5 CNVs de ganho, em 13/76 (17,1%) pacientes. Na análise da origem parental, observou-se que 60% das CNVs são de origem materna e 40% de origem paterna. Não foi possível detectar a influência da idade parental na formação das CNVs. Ao analisar a presença de LCRs circundantes, observou-se que 46,7% das CNVs de novo patogênicas são recorrentes e o mecanismo de formação foi a Recombinação Homologa Não Alélica (NAHR), e 71,4% dessas CNVs recorrentes são de origem materna. Esses dados corroboram com os estudos que afirmam que a maioria das CNVs de origem paterna são não recorrentes devido às células germinativas replicarem inúmeras vezes o seu material genético na fase pré-meiótica, sendo possível inferir sobre o mecanismo de formação que pode ter sido por Replicação Induzida por Quebra e Mediada por Microhomologia (MMBIR) ou Junção de Extremidade Não Alélica (NHEJ).