Introducción: La inactividad física se ha convertido en un problema a nivel mundial, conllevando la aparición de numerosas enfermedades. En la actualidad, los niños y niñas poseen una pobre calidad postural y de movimiento, además de bajos niveles de fuerza. El colegio y la asignatura de Educación Física (EF) pueden ser un contexto ideal para combatir esta problemática. Objetivo: Comprobar si un estímulo de 5-7 minutos de entrenamiento neuromuscular integrado (ENI) durante las clases de EF puede producir cambios en las capacidades físicas, la composición corporal y la calidad del movimiento en jóvenes de edad escolar. Método: Se empleó un diseño experimental natural, distribuyendo una muestra de estudiantes de 1º a 6º de primaria en un grupo experimental (GE n=75) y un grupo control (GC n=63). A lo largo de 24 semanas, el GE realizó un ENI de 5-7 minutos durante las clases de EF (2 días/semana, no consecutivos), mientras que el GC siguió el currículo de la asignatura. Se utilizaron test de valoración corporal (medidas antropométricas), test de valoración física (dinamometría, salto horizontal a pies juntos y aceleración en 10 m) y test de valoración funcional (4 ejercicios del Bunkie Test, Overhead Squat e In-Line Lunge del FMS). Se segmentó la muestra por ciclos o por género para realizar análisis más específicos. Para analizar el efecto de la intervención se utilizó una prueba t de student de muestras relacionadas para comprobar las diferencias intra-grupo y un ANOVA factorial mixto o Split-plot para las diferencias inter-grupo, calculando el tamaño del efecto en base al coeficiente eta parcial cuadrado (η²p). Resultados: El porcentaje de masa ósea (p<0,01) y el diámetro del fémur (p<0,05) aumentó significativamente en el GE de la muestra total, de ambos géneros y del primer y tercer ciclo con respecto al GC. El GE disminuyó significativamente el tiempo en el test de aceleración en 10 metros tras el ENI cuando se comparó con el GC en la muestra total (F=6,88; p=0,01; η²p=0,05), en el segundo (F=4,15; p=0,04; η²p=0,09) y tercer ciclo (F=5,31; p=0,03; η²p=0,10), y en el género masculino (F=5,05; p=0,03; η²p=0,07). Los GE de la muestra total, ambos géneros y los tres ciclos aumentaron la puntuación significativamente con respecto al GC en la sentadilla (p<0,01) y, a excepción del segundo ciclo (p=0,08), también en el lunge (p<0,01). La resistencia muscular del GE mejoró significativamente en los 4 ejercicios Bunkie (p<0,04) en la interacción grupo x tiempo. En el primer y segundo ciclo, y en ambos géneros, también se obtuvieron ganancias significativamente estadísticas en los diferentes Bunkie test dependiendo de la edad y género de la muestra. Conclusiones: Los datos muestran que un ENI de 5-7 minutos puede ser una alternativa eficiente a utilizar durante las clases de EF para mejorar la composición corporal, condición física y calidad de movimiento de los niños y niñas.