Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-18Bitstream added on 2014-06-13T19:21:43Z : No. of bitstreams: 1 calmon_mf_dr_sjrp.pdf: 7036402 bytes, checksum: b702ff2267d57efa64885bfa0453276c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC) é uma doença heterogênea que afeta o epitélio da cavidade oral, laringe e faringe. A maioria dos pacientes é diagnosticada em estágios avançados da doença e ainda não existe nenhum marcador sensível e específico para o comportamento agressivo deste tumor. Portanto, uma detecção precoce e biomarcadores de prognóstico são altamente necessárias para uma administração mais racional da doença. A hipermetilação de ilhas CpGs é um dos mecanismos epigenéticos mais importantes que levam a um silenciamento gênico em tumores e tem sido extensivamente utilizados para a identificação de biomarcadores. Neste estudo foram combinados as análises de Rapid Substractive Hybridization (RaSH) e microarray de uma maneira hierárquica para selecionar genes que, supostamente, são reativados pelo agente desmetilante 5`'Aza'2`'deoxicitidina (5Aza'dC) em linhagens celulares derivados de carcinoma de cabeça e pescoço (FaDu, UM' SCC'14A, UM'SCC'17A e UM'SCC'38). Esta análise combinada identificou 78 genes dos quais 35 foram reativados em, pelo menos, 2 linhagens celulares e apresentavam ilha CpG nas suas regiões 5`. A reativação de três destes 35 genes (CRABP2, MX1 e SLC15A3) foi confirmada por PCR em tempo real (Fold change ≥ 3). O seqüenciamento de bissulfito de sódio das suas ilhas CpGs revelou que eles estão, de fato, diferencialmente metilados em linhagens celulares derivadas de carcinoma de cabeça e pescoço. Foram detectadas uma maior freqüência de hipermetilação dos genes CRABP2 (58.1% para a região 1) e MX1 (46.3%) em amostras primárias de câncer de cabeça e pescoço quando comparados a linfócitos de indivíduos saudáveis utilizando o PCR de metilação específica (MSP). Finalmente a ausência da proteína CRABP2 foi associada com... / Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is a heterogeneous disease affecting the epithelium of the oral cavity, pharynx and larynx. Most patients are diagnosed at late stages of the disease and no sensitive and specific predictors of aggressive behavior have been identified yet. Therefore, early detection and prognostic biomarkers are highly desirable for a more rational management of the disease. Hypermethylation of CpG islands is one of the most important epigenetic mechanisms that leads to gene silencing in tumors and has been extensively used for the identification of biomarkers. In this study, we combined Rapid Subtractive Hybridization (RaSH) and microarray analysis in a hierarchical manner to select genes that are putatively reactivated by the demethylating agent 5'aza'2’'deoxycytidine (5Aza'dC) in HNSCC cell lines (FaDu, UM'SCC'14A, UMSCC'17A, UM'SCC'38A). This combined analysis identified 78 genes of which 35 were reactivated in at least 2 cell lines and harbored a CpG island at their 5’ region. Reactivation of three out of these 35 genes (CRABP2, MX1 and SLC15A3) was confirmed by qRT'PCR (fold change ≥ 3). Bisulfite sequencing of their CpG islands revealed that they are indeed differentially methylated in the HNSCC cell lines. Using Methylation Specific PCR (MSP), we detected a higher frequency of CRABP2 (58.1% for region 1) and MX1 (46.3%) hypermethylation in primary HNSCC, when compared to lymphocytes from healthy individuals. Finally, absence of the CRABP2 protein was associated with decreased disease'free survival rates, supporting a potential use of CRABP2 expression as a prognostic biomarker for HNSCC patients

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 patriciamatosbisellichicote_tese.pdf: 6274386 bytes, checksum: 571eca1fa48891d23de56db3c1872459 (MD5) Previous issue date: 2011-11-17 / Tumor growth and progression depend on angiogenesis, a process that involves the formation of new blood vessels from a preexisting vascular endothelium. Vascular endothelial growth factor (VEGF) is a potent mitogen for endothelial cells and its overexpression is associated with tumor growth and metastasis. However, the selection of a alternative splicing site at the end of the exon 8 of VEGF gene results in a sister-family of isoforms, VEGFxxxb, that seems to have anti-angiogenic proprieties. Objectives: The aim of this work was to quantitatively analyze the expressions of VEGF gene isoforms generated by alternative splicing in samples of head and neck squamous cells carcinoma and adjacent normal tissues, and to determine the effect of regulatory proteins in the control of VEGF gene splicing. Methods: The levels of VEGFxxx e VEGFxxxb mRNA and the splicing regulatory proteins SRp55, SRp40, ASF/SF2 and SRPK1 were quantified by real time quantitative PCR. Results: The overexpression of both VEGF isoforms (VEGFxxx and VEGFxxxb) was observed in head and neck squamous cells carcinoma related to normal tissue samples. A positive correlation between VEGFxxx and VEGFxxxb expression was observed in head and neck tumors. Splicing factor ASF/SF2 presented higher expression in tumors when compared to normal tissues. Pharynx tumors presented overexpression of VEGFxxx. VEGFxxxb was underexpressed in oral cavity tumors. Overexpression of both VEGF isoforms was observed in aggressive tumors. There was a positive correlation among ASF/SF2, SRp55 and SRp40 proteins and both VEGF isoforms, and among SRPK1 protein and ASF/SF2, SRp55 and SRp40 in tumor tissues. Conclusions: The results suggest that both VEGF isoforms play a role in angiogenesis promotion in head and neck tumors. VEGF isoforms present differential expression related to the anatomic sites of tumor and tumor aggressiveness. ASF/SF2, SRp55 and SRp40 proteins are involved in the regulation of the VEGF gene splicing mechanism. / O crescimento e a progressão de tumores dependem da angiogênese, processo de formação de novos vasos sanguíneos a partir de um endotélio vascular preexistente. O fator de crescimento endotelial vascular (VEGF) é um potente mitógeno de células endoteliais e o aumento de sua expressão é associado com crescimento tumoral e metástase. Entretanto, a seleção do sítio alternativo de splicing na extremidade 3 do éxon 8 do gene VEGF resulta em uma família-irmã de isoformas, VEGFxxxb, as quais parecem possuir propriedades anti-angiogênicas. Objetivos: A finalidade deste trabalho foi analisar quantitativamente a expressão de isoformas do gene VEGF geradas por splicing alternativo e de proteínas reguladoras de splicing do gene VEGF em amostras de carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço e tecidos normais adjacentes. Método: Os níveis de RNA mensageiro das isoformas VEGFxxx e VEGFxxxb e das proteínas reguladoras de splicing SRp55, SRp40, ASF/SF2 e SRPK1 foram quantificados por PCR quantitativo em tempo real. Resultados: Expressão elevada de ambas as isoformas de VEGF (VEGFxxx e VEGFxxxb) foi observada nas amostras de carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço quando comparadas às amostras de tecido normal. Correlação positiva entre a expressão de VEGFxxx e VEGFxxxb foi observada em tumores de cabeça e pescoço. O fator de splicing ASF/SF2 apresentou maior expressão em tumores em relação aos tecidos normais. Tumores de faringe apresentaram expressão mais elevada de VEGFxxx em relação aos outros sítios anatômicos. VEGFxxxb apresentou expressão reduzida em tumores de cavidade oral. Expressão elevada de ambas as isoformas de VEGF foi observada em tumores mais agressivos. Correlação positiva foi observada entre as proteínas ASF/SF2, SRp55 e SRp40 e ambas as isoformas de VEGF e entre a proteína SR quinase SRPK1 e ASF/SF2, SRp55 e SRp40 nos tecidos tumorais. Conclusões: Os resultados indicam que ambas as isoformas de VEGF atuam na promoção da angiogênese em tumores de cabeça e pescoço. As isoformas de VEGF apresentam expressão diferencial em relação ao sítio anatômico e em relação à progressão da doença. As proteínas ASF/SF2, SRp55 e SRp40 estão envolvidas na regulação do mecanismo de splicing alternativo do gene VEGF.