Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:44Z : No. of bitstreams: 1 prando_ec_dr_botib.pdf: 1650912 bytes, checksum: 61a3213e2810a3629780bb8a28aa87c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Atualmente, o silenciamento de genes supressores de tumor por mecanismos epigenéticos é reconhecido como uma característica importante das células tumorais. Estudos recentes mostraram que as alterações da metilação do DNA não estão restritas a genes discretos, mas podem afetar ilhas CpG consecutivas em algumas regiões genômicas, levando à hipótese de que mecanismos epigenéticos coordenados poderiam silenciar simultaneamente a expressão de vários genes. A perda da expressão da isoforma A do gene RASSF1, localizado em 3p21.3 (uma região cromossômica frequentemente deletada no câncer), constitui um dos principais exemplos de genes que são inativados tanto por mecanismos genéticos quanto epigenéticos no câncer, incluindo os carcinomas mamários. Este estudo teve como finalidade investigar a ocorrência de alterações epigenéticas em um agrupamento gênico em 3p21.3 contendo vários genes candidatos a supressores tumorais. Foram selecionados 10 genes contíguos (SEMA3B, HYAL3, HYAL1, HYAL2 TUSC2, RASSF1, ZMYND10, NPRL2, TMEM115 e CACNA2D2) e um painel de 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas mamários (BT-20, BT-474, BT-483, BT-549, Hs578T, MCF7, MDA-MB-134 IV, MDA-MB-231, MDA-MB-361, MDA-MB-415, MDA-MB-436, MDAMB- 453, MDA-MB-468, SK-BR-3, T-47D, ZR-75-1 e ZR-75-30), uma linhagem epitelial derivada de doença fibrocística benigna da mama (MCF10A) e duas linhagens derivadas de epitélio mamário normal (184A1 e 184B5). Inicialmente, os níveis de expressão foram quantificados por qRT-PCR (quantitative real time Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction) após o tratamento das linhagens com as drogas 5-aza-2’-desoxicitidina (5AzadC), um agente desmetilante, e tricostatina A (TSA), um inibidor das desacetilases de histonas em... / Currently, the silencing of tumor suppressor genes by epigenetic mechanisms is recognized as an important feature of tumor cells. Recent studies have showed that aberrant DNA methylation patterns are not restricted to discrete genes, but also could affect consecutive CpG islands in some genomic regions, which suggested that epigenetically coordinated mechanisms could lead to the simultaneous silencing of cancer-related genes. The loss of expression of the isoform A of the RASSF1 gene, mapped at 3p21.3 (a chromosomal region frequently deleted in cancer), is listed among those genes inactivated by both, genetic and epigenetic mechanisms in human cancer, including breast carcinomas. The purpose of this study was to investigate the occurrence of epigenetic alterations in a gene cluster at 3p21.3 which contains several candidates to tumor suppressor genes. It was selected 10 contiguous genes (SEMA3B, HYAL3, HYAL1, HYAL2 TUSC2, RASSF1, ZMYND10A, NPRL2, TMEM115 and CACNA2D2) and a panel of 17 breast cancer cell lines (BT-20, BT-474, BT- 483, BT-549, Hs578T, MCF7, MDA-MB-134 IV, MDA-MB-231, MDA-MB-361, MDA-MB-415, MDA-MB-436, MDA-MB-453, MDA-MB-468, SK-BR-3, T-47D, ZR-75-1 and ZR-75-30), one cell line derived from benign fibrocystic disease of the breast (MCF10A) and two cell lines derived from normal mammary epithelium (184A1 and 184B5). Initially, the expression levels were quantified by qRT-PCR (quantitative real time Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction) after the treatments of the cell lines with the 5-aza-2'-deoxycytidine (5Azadc), a DNA demethylating agent and trichostatin A (TSA) a histone deacetylase inhibitor, relative to the untreated controls. The results obtained showed that RASSF1 transcripts were detected in all cell lines; however, the expression of RASSF1A isoform was detected only in the Hs578T and... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-15Bitstream added on 2014-06-13T18:09:16Z : No. of bitstreams: 1 carvalho_ceb_me_araiq.pdf: 1957153 bytes, checksum: b0ae4e0d1fb8956ef357b8e5d40d4f21 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A metilação de ilhas CpG em regiões regulatórias de vários genes tem sido descrita como um processo importante no silenciamento de genes supressores de tumor e diretamente envolvida no processo de carcinogênese de uma série de tumores. O estudo desses genes afetados pela metilação em tumores visa identificar possíveis marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e tratamento de tumores, além de possibilitar a descoberta de fatores importantes no processo biológico do câncer. Neste sentido, ao estudar o perfil diferencial de metilação de genes em carcinomas de células escamosas de cabeça e pescoço, o gene MX1 foi identificado como diferencialmente expresso. Correlação também foi encontrada entre o silenciamento de ADAM23 e estágios tardios da progressão tumoral neste tipo de câncer. Dessa forma, o presente estudo envolveu a identificação de ligantes celulares das proteínas ADAM23 e MX1 por meio de rastreamentos de duplo- híbrido, usando bibliotecas de cDNA de cérebro fetal humano. Inicialmente, foi realizado rastreamento com os domínios desintegrina e rico em cisteína (DIS-ACR) de ADAM23, com um total de 5,1x105 transformantes obtidos, dos quais somente 1 foi confirmado pelo ensaio de “plasmid linkage”. O candidato confirmado pelo “plasmid linkage”, identificado como SPRY1, foi considerado como falso positivo por ser uma proteína estritamente citoplasmática, não podendo, portanto, interagir fisicamente com os domínios DIS-ACR de ADAM23, que são extracelulares. Ainda, foi realizado rastreamento com a proteína MX1, que resultou em aproximadamente 1,0x106 transformantes, dos quais 74 foram confirmados pelo ensaio de duplo- híbrido e codificam para 9 ligantes já conhecidos e 21 ligantes prováveis de MX1. Entre esses ligantes prováveis estão proteínas que já haviam sido descritas como ligantes de MX1, incluindo a própria proteína MX1,... / The methylation of CpG islands at regulatory regions of various genes has been described as an important process for the silencing of tumor suppressor genes and is directly involved in the carcinogenesis of a series of tumors. The study of these methylation-affected genes in tumors aims at identifying possible molecular markers for diagnostic, prognostic and treatment of such tumors, besides making possible the discovery of factors important for cancer biology. On this purpose, the study of differential pattern of gene methylation in head and neck squamous cell carcinoma identified the gene MX1 as differentially methylated. Together with this result, it was found a correlation between ADAM23 silencing and late stages of tumor progression in this type of cancer. In order to identify cellular ligands of ADAM23 and MX1, we performed two-hybrid screenings using fetal brain cDNA libraries. Initially, a screening with the disintegrin and cystein rich (DIS-ACR) domains of ADAM23 was accomplished, with an amount of 5,1x105 transformants obtained, out of which just one was confirmed by plasmid linkage assay and identified as SPRY1. However, it was considered a false positive since this protein is restricted to the cytoplasmatic compartment and, therefore, it may not physically bind the DIS-ACR domains of ADAM23, known to be extracellular. Additionally, a screening with the MX1 protein was performed, resulting in approximately 1.0x106 transformants, out of which 74 were confirmed by two-hybrid assay and revealed 9 already known and 21 putative ligands of MX1. Among the putative ligands there are proteins previously described as MX1 ligands, including MX1 itself, corroborating the results obtained in our screening. Moreover, most of the identified ligands are factors involved in protein SUMOylation, PML-NB assembly and proteins that are related to transcriptional control and apoptosis. The results ... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Fábio Tebaldi Silveira Nogueira / Banca: Ana Elizabete Silva / Banca: Spencer Luiz Marques Payão / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Resumo: Atualmente, o silenciamento de genes supressores de tumor por mecanismos epigenéticos é reconhecido como uma característica importante das células tumorais. Estudos recentes mostraram que as alterações da metilação do DNA não estão restritas a genes discretos, mas podem afetar ilhas CpG consecutivas em algumas regiões genômicas, levando à hipótese de que mecanismos epigenéticos coordenados poderiam silenciar simultaneamente a expressão de vários genes. A perda da expressão da isoforma A do gene RASSF1, localizado em 3p21.3 (uma região cromossômica frequentemente deletada no câncer), constitui um dos principais exemplos de genes que são inativados tanto por mecanismos genéticos quanto epigenéticos no câncer, incluindo os carcinomas mamários. Este estudo teve como finalidade investigar a ocorrência de alterações epigenéticas em um agrupamento gênico em 3p21.3 contendo vários genes candidatos a supressores tumorais. Foram selecionados 10 genes contíguos (SEMA3B, HYAL3, HYAL1, HYAL2 TUSC2, RASSF1, ZMYND10, NPRL2, TMEM115 e CACNA2D2) e um painel de 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas mamários (BT-20, BT-474, BT-483, BT-549, Hs578T, MCF7, MDA-MB-134 IV, MDA-MB-231, MDA-MB-361, MDA-MB-415, MDA-MB-436, MDAMB- 453, MDA-MB-468, SK-BR-3, T-47D, ZR-75-1 e ZR-75-30), uma linhagem epitelial derivada de doença fibrocística benigna da mama (MCF10A) e duas linhagens derivadas de epitélio mamário normal (184A1 e 184B5). Inicialmente, os níveis de expressão foram quantificados por qRT-PCR (quantitative real time Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction) após o tratamento das linhagens com as drogas 5-aza-2'-desoxicitidina (5AzadC), um agente desmetilante, e tricostatina A (TSA), um inibidor das desacetilases de histonas em ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Currently, the silencing of tumor suppressor genes by epigenetic mechanisms is recognized as an important feature of tumor cells. Recent studies have showed that aberrant DNA methylation patterns are not restricted to discrete genes, but also could affect consecutive CpG islands in some genomic regions, which suggested that epigenetically coordinated mechanisms could lead to the simultaneous silencing of cancer-related genes. The loss of expression of the isoform A of the RASSF1 gene, mapped at 3p21.3 (a chromosomal region frequently deleted in cancer), is listed among those genes inactivated by both, genetic and epigenetic mechanisms in human cancer, including breast carcinomas. The purpose of this study was to investigate the occurrence of epigenetic alterations in a gene cluster at 3p21.3 which contains several candidates to tumor suppressor genes. It was selected 10 contiguous genes (SEMA3B, HYAL3, HYAL1, HYAL2 TUSC2, RASSF1, ZMYND10A, NPRL2, TMEM115 and CACNA2D2) and a panel of 17 breast cancer cell lines (BT-20, BT-474, BT- 483, BT-549, Hs578T, MCF7, MDA-MB-134 IV, MDA-MB-231, MDA-MB-361, MDA-MB-415, MDA-MB-436, MDA-MB-453, MDA-MB-468, SK-BR-3, T-47D, ZR-75-1 and ZR-75-30), one cell line derived from benign fibrocystic disease of the breast (MCF10A) and two cell lines derived from normal mammary epithelium (184A1 and 184B5). Initially, the expression levels were quantified by qRT-PCR (quantitative real time Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction) after the treatments of the cell lines with the 5-aza-2'-deoxycytidine (5Azadc), a DNA demethylating agent and trichostatin A (TSA) a histone deacetylase inhibitor, relative to the untreated controls. The results obtained showed that RASSF1 transcripts were detected in all cell lines; however, the expression of RASSF1A isoform was detected only in the Hs578T and... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Paula Rahal / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Cláudia Regina Bonini Domingos / Banca: Paulo Peitl Júnior / Resumo: Os tumores de cabeça e pescoço ocupam, mundialmente, a quinta posição na lista das neoplasias mais freqüentes. O tipo histológico predominante é o carcinoma de células escamosas, que acomete a cavidade oral, a orofaringe, a hipofaringe e a laringe. O tumor de laringe é um dos tipos mais comuns, correspondendo a 25% dos casos, com alto índice de mortalidade e prognóstico reservado. O principal fator etiológico para o seu desenvolvimento é o consumo combinado de álcool e fumo. O desenvolvimento do câncer de cabeça e pescoço é um processo multipasso acompanhado por mudanças genéticas e epigenéticas. Recentemente, estudos envolvendo a tecnologia microarray têm identificado genes específicos, cuja expressão está alterada em câncer de cabeça e pescoço quando comparado ao tecido normal. No entanto, a maioria dos estudos são realizados usando tumores de diferentes sítios. Neste estudo, foi analisado somente amostras de carcinoma de laringe para minimizar as diferenças genéticas. Dessa forma, os objetivos do presente projeto foram identificar e validar possíveis biomarcadores moleculares envolvidos na carcinogênese de laringe. Para tanto, foi construído um cDNA microarray com 340 genes previamente identificados pelo Head and Neck Annotation Consortium. A expressão desses genes foi analisada em 8 amostras de tecido tumoral e em 4 amostras de tecido histologicamente normal de laringe pela técnica de microarray. Foram identificados 35 genes diferencialmente expressos (SNR ½1.0½, p-value 0.001), os quais estão envolvidos em diversos processos celulares como adesão celular, apoptose, ciclo celular, inibição de proteases, metabolismo, proteólise, reparo de DNA, regulação da transcrição e transdução de sinal. A robustez da assinatura dos 35 genes diferencialmente expressos foi confirmada em um conjunto adicional de 5 amostras tumorais e 6 amostras... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the fifth most common cancer world-wide. More than 90% of this cancer type has a squamous origin and common sites include oral cavity, oropharynx, hypopharynx and larynx Laryngeal squamous cell carcinoma is very common in head and neck cancer, corresponding to 25% of cases, with high mortality rates and poor prognosis. Tobacco use and/or alcohol consumption are the two principal risk factors involved in development of HNSCC. The development of head and neck cancer is a multistep process accompanied by genetic and epigenetic changes. In recent years, studies involving microarrays have identified specific genes whose expression has changed in head and neck cancer compared with normal tissue. However, most microarray studies are performed using tumors from different sites in head and neck. In our study, we analyzed only larynx carcinoma samples to minimize the genetic differences. Thus, the purpose of this work was to identify and to validater molecular biomarkers involved in larynx carcinogenesis. Therefore, we constructed a cDNA microarray containing 340 genes previously identified by Head and Neck Annotation Consortium. Expression analysis was applied to 8 larynx tumor samples and 4 larynx normal samples. We identified 35 differentially expressed genes between tumor and non-tumor adjacent tissue of larynx (SNR ½1.0½, p-value 0.001). Genes detected were involved in processes as apoptosis, cell adhesion, cell cycle, DNA repair, metabolism, protease inhibition, proteolysis, signal transduction and transcription regulation. The robustness of the 35-gene signature was confirmed using data from an additional set of 5 larynx tumor samples and 6 adjacent non-tumor larynx tissues. For real time RT-PCR validation we selected fourteen genes, of which 10 (ADCY6, AES, AL2SCR3, CRR9, CSTB, DUSP1, MAP3K5, PLAT, UBL1 and ZNF706) were validated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Debora Aparecida Pires de Campos Zucari / Banca: Paula Rahal / Banca: Alessandra Vidotto / Resumo: As neoplasias mamárias são os tumores mais comuns nas mulheres e fêmeas caninas. Fibroblastos associados ao câncer (CAFs) são células abundantes no microambiente tumoral, capazes de intermediar respostas inflamatórias atuando na diferenciação e progressão tumoral. A melatonina está associada a mecanismos de ação com efeitos oncostáticos e oncoprotetores, e atua na redução da formação de fibroblastos circundantes no câncer de mama. Os objetivos desse estudo foram verificar a ação da melatonina nas linhagens tumorais mamárias metastáticas humana e canina (MDA-MB-231 e CF-41) bem como em co-cultivo com CAFs primários na viabilidade celular e na expressão de proteínas envolvidas nos processos de angiogênese, inflamação e apoptose, buscando o entendimento da interação destas proteínas nas principais vias de sinalização atuantes no processo tumorigênico. A viabilidade celular foi verificada pelo ensaio MTT e a expressão proteica pelo Membrane Antibody Array após o tratamento com melatonina. Verificou-se que 1 mM de melatonina reduziu a viabilidade celular em ambas as linhagens, CAFs humanos e caninos e em seus co-cultivos (p < 0,05). A análise proteica semiquantitativa, após tratamento com melatonina, mostrou redução da expressão de sete proteínas pró-angiogênicas e aumento das proteínas TIMP-1 e IL-6 nas células MDA-MB-231 e redução de IL-6 e MCP-1 e aumento da leptina, TGF-β, trombopoietina e VEGF na co-cultura (p < 0,05). Houve redução de dezenove proteínas pró-inflamatórias e aumento da citocina I-309 nas células MDA-MB-231 (p < 0,05). No co-cultivo, seis proteínas pró-inflamatórias apresentaram-se menos expressas e as proteínas IL-4, MCP-3 e SCF aumentaram sua expressão (p < 0,05). Das proteínas pró-apoptóticas, doze aumentaram a expressão e houve redução da caspase-3 nas células MDA-MB-231 (p < 0,05). Na co-cultura, houve aumento das proteínas BIM, HPS27 e IGF-1R e redução de... / Abstract: Mammary tumors are the most common tumors among women and female dogs. Fibroblasts associated with cancer (CAFS) are the most abundant cells in the tumor microenvironment, able to mediate inflammatory responses acting in the differentiation and tumor progression. Melatonin is associated with mechanisms of action with oncostatics effects and oncoprotectors, and works to reduce the formation of surrounding fibroblasts in breast cancer. The objectives of this study were to assess the action of melatonin on mammary tumor cell lines human and canine metastatic (MDA-MB-231 and CF-41) and in co-culture with primary CAFS on cell viability and expression of proteins involved in the processes of angiogenesis, inflammation and apoptosis searching for the understanding of proteins interaction in the main signaling pathways active in the tumorigenic process. Cell viability was assessed by MTT assay and the semi-quantitative protein analysis by Membrane Antibody Array after treatment with melatonin. It was found that 1 mM of Melatonin reduced cell viability in both cell lines, human and canine CAFS and their co-culture (p <0.05). The semi-quantitative protein analysis after melatonin treatment showed a reduction of the expression of seven pro-angiogenic proteins and increased TIMP-1 and IL-6 protein in MDA-MB-231 cells and reduced IL-6 and MCP-1 and increased leptin, TGF-β, VEGF and thrombopoietin in the co-culture (p <0.05). Nineteen pro-inflammatory cytokine protein were reduced and I-309 increased in MDA-MB-231 cells (p <0.05). In the co-culture, six pro-inflammatory proteins were underexpressed and the IL-4, MCP-3 and SCF proteins were increased the expression (p <0.05). Twelve pro-apoptotic proteins increased and decreased expression of caspase-3 in MDA-MB-231 cells (p <0.05). In the co-culture, an increase of BIM, HPS27 and IGF-1R proteins and TNF-RII reduction was observed (p <0.05)... / Mestre

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Banca: Lígia Niéro-Melo / Banca: Enilze Maria de Souza Fonseca Ribeiro / Resumo: A Síndrome Mielodisplásica (SMD) consiste em um grupo heterogêneo de doenças hematológicas de origem monoclonal e potencialmente maligna. É caracterizada por uma hematopoese ineficaz das células-tronco pluripotentes e morfologia displásica nas três linhagens celulares não-linfóides, evoluindo freqüentemente para leucemia mielóide aguda. A SMD é rara em crianças e adolescentes e apresentam características clínicas e laboratoriais distintas. Este estudo teve como principal objetivo a pesquisa de anormalidades cromossômicas em 23 pacientes pediátricos (0 a 18 anos) com SMD utilizando as metodologias de citogenética clássica (banda GTG) e molecular (Hibridação in situ Fluorescente - FISH). A análise após bandamento GTG revelou a presença de alterações cromossômicas envolvendo, principalmente, deleções nos cromossomos 12 e 17 e monossomia 20. Pela FISH, uma média 150 núcleos interfásicos foi analisada com as sondas RP11-275J11 (3p25) (19 casos), RP11-46J20 (7q22.3) (17 casos), D17Z1 e RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 e 19 casos, respectivamente) e RP11-62N23 (17q21) (16 casos). As perdas homozigotas e heterozigotas significativas em 3p25.1 foram observadas em 17/19 casos (acima de 30% das células). Os genes MKRN2, TSEN2, e PPARG estão mapeados em 3p25.1 e são compatíveis de função. Quinze em dezessete casos apresentaram perdas homozigotas e heterozigotas no cromossomo 7. Em 7q22.3 estão mapeados os genes candidatos a perdas DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1 e HBP1. Em 18/19 casos foram confirmadas a perda significativa do gene supressor tumoral TP53. Apenas um caso de SMD relacionada à terapia não apresentou perda deste gene. Este gene codifica uma fosfoproteína nuclear responsável pela regulação da duplicação do DNA, proliferação celular e apoptose. Assim, mutações ou deleções neste gene podem promover sua inativação gerando instabilidade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Myelodysplasic Syndrome (MDS) is a heterogeneous and potentially malign group of hematological diseases with monoclonal origin. Inefficient hematopoesis of pluripotent stem cells, dysplasic morphology in the three non-lymphoid lineages, and progression to acute myeloid leukemia are features of the disease. MDS is rare in children and adolescents showing distinct clinical and laboratorial features. In this study we investigated chromosomal abnormalities in 23 MDS patients (age ranging from 0 to 18 years) using GTG banding and FISH (Fluorescent in situ Hybridization). The most common chromosomal alterations detected by G-banding were deletions at 12p and 17p and monosomy 20. Using FISH, a mean of 150 interphasic nuclei were evaluated with the probes RP11-275J11 (3p25) (19 cases), RP11-46J20 (7q22.3) (17 cases), D17Z1 and RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 and 19 cases, respectively), and RP11-62N23 (17q21) (16 cases). Homozygous and hemizygous losses at 3p25 were observed in 17/19 cases (over 30% of the cells). The potential candidate genes to losses MKRN2, TSEN2, and PPARG are mapped at 3p25.1. Fifteen out of 17 cases showed homozygous and hemizygous losses at chromosome 7. In 7q22.3 are mapped the putative candidates to losses: DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1, HBP1. In 18 out of 19 cases it was detected significant losses of the tumor suppressor gene TP53. Only one case of MDS therapy-related presented absence of TP53 losses. The TP53 gene codes a nuclear phosphoprotein responsible for DNA replication regulation, cell proliferation and apoptosis. Mutations or deletions on TP53 may promote its inactivation leading to genomic instability and contributing to tumor progression. According to our study, the TP53 gene may be considered a molecular marker in pediatric primary MDS. The ERBB2/HER-2 sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ney Lemke / Banca: José Carlos Merino Mombach / Banca: Marcos Roberto de Mattos Fontes / Banca: Tie Koide / Banca: Deilson Elgui de Oliveira / Resumo: Virtualmente, todas as células normais, com exceção das células hematopoieticas, precisam estar aderi das à matriz extracelular para que elas possam se proliferar. Na ausência de adesão, essas células não se proliferam mais e acabam sofrendo apoptose. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Essa capacidade, cuja base molecular está na regulação anormal da transição G tiS do ciclo celular pela adesão, é uma das propriedades fundamentais das células cancerosas e também requisito para que essas células adquiriam sua capacidade metastática. Como as metástases correspondem a aproximadamente 90% das mortes por câncer, a elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação da transição G IIS do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular é, portanto, essencial para o desenvolvimento de drogas que possam inibir a formação das metástases. Com o intuito de elucidar esses mecanismos, nós adotamos neste trabalho uma abordagem estritamente computacional baseada em teoria das redes e aprendizado de máquina através do desenvolvimento de novos métodos de (i) construção de redes que representam a provável regulação entre dois diferentes processos (nesse caso, regulação da transição G l/S pela adesão à matriz extracelular), (á) predição de interações oncogênicas, (iii) determinação de sub-redes de vias de sinalização oncogênica entre dois genes de interesse em uma rede (batizado de graph2sig) e (iv) predição de potenciais alvos de drogas. A rede potencialmente envolvida na regulação da transição G l/S do ciclo celular pela matriz extracelular construída (Gccam) possui ~ 2000 genes e ~ 20.000 interações e representa ~ 78% dos processos biológicos conhecidamente envolvidos nessa regulação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Virtually all normal cells, excluding the hematopoietic cells, require anchorage to the extracellular matrix for their proliferation and survival. When such cells are deprived of anchorage, they arrest in the G1 phase of the cell cycle and eventually undergo apoptosis. Cancer cells, on the other hand, acquire the ability to perform anchorage-independent proliferation as a result of the disruption of the regulation of the G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix. Anchorage-independent proliferation is the foundation for tumorigenicity and metastatic capability of cancer cells. As metastases are the cause of 90% of human cancer deaths, it is crucial to decipher the molecular mechanisms underlying the regulation of the G1/S cell cycle transition by the adhesion to extracellular cell matrix. In order to decipher such mechanisms, we developed in this present work machine learning and graph theory-based computational methods for the (i) construction of networks representing the regulatory relationships between two biological processes of interest, (ii) prediction of oncogenic interactions, (iii) extraction of oncogenic signaling subnetworks between two genes and (iv) prediction of druggable genes. The network representing the regulatory relationships between G1/S cell cycle transition and adhesion to extracellular matrix, Gccam, is comprised by 2,000 genes and 20,000 interactions. Moreover, 78% of known biological process involved in the regulation of G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix are embedded in Gccam. Through the prediction of oncogenic interactions and the extraction of oncogenic signaling subnetworks between EGFR and CDC6, genes that encode proteins likely to be relevant to anchorage-independent proliferation, we postulate the following hypotheses for the molecular mechanisms underlying the anchorage-independent proliferation: cancer... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-20Bitstream added on 2014-06-13T19:33:14Z : No. of bitstreams: 1 ramos_pmm_me_botib.pdf: 3067176 bytes, checksum: bb2655e0acf6fb1d0c707110baed9681 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os padrões anormais de metilação do DNA, especialmente a hipermetilação de genes com provável função supressora de tumor, representam um dos mais promissores marcadores moleculares do câncer por levarem à inativação funcional de genes críticos. Estudos prévios documentaram altos níveis de expressão do gene H19 em carcinoma de bexiga recorrentes. O gene H19 é regulado por imprinting, está localizado em 11p15.5 adjacente ao gene IGF2 (insulin-like growth factor 2 – somatomedin A) e codifica um transcrito não codificador de proteínas (micro RNA miR-675). Uma região que atua de forma coordenada no controle da expressão desses genes, chamada DMR (Differentially Methylated Region), atua na determinação do imprinting recíproco e na expressão mutuamente exclusiva dos genes IGF2 e H19. Ela encontra-se não metilada no homólogo materno e metilada no homólogo paterno e contém sete regiões de ligação da proteína CTCF (proteína bloqueadora do acentuador), que é sensível à metilação do DNA. Um relato prévio da literatura sugeriu que somente o sexto sítio de ligação do fator CTCF apresenta metilação parental específica. Este achado foi correlacionado com o padrão de expressão regulado por imprinting dos genes IGF2 e H19 em câncer de bexiga. No presente estudo, o padrão de metilação alelo-específico do gene H19 foi determinado em duas regiões distintas: no sexto sítio de ligação do fator CTCF contido na DMR e no primeiro éxon do gene H19 utilizando-se três abordagens diferentes: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) para o sexto sítio e MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confontring Two Pair-Primers) para a região do primeiro éxon em 52 amostras de tecidos... / Abnormal patterns of DNA methylation, especially hypermethylation of genes demonstrating tumoral suppressor functions represent one of the most promising molecular markers of cancer because they can lead to functional inactivation of critical genes. Previous studies have documented high levels of H19 gene expression in recurrent bladder carcinomas. The H19 gene is regulated by imprinting, is located at 11p15.5 adjacent to the IGF2 gene (insulin-like growth factor 2 - somatomedin A) and encodes a non-coding transcript (micro RNA miR-675). A Differentially Methylated Region (DMR) region acts in a coordinated manner to control the expression of the IGF2 and H19 genes by determining their reciprocal imprinting and mutually exclusive expression patterns. The H19-DMR contains seven potential CTCF-binding sites. These sites are located upstream to the transcriptional initiation site, and the gamete-specific methylation acts as an insulator by precluding CTCF binding in the paternal allele. A previous literature report have suggested that only the sixth CTCF-binding site shows parental specific methylation. This finding was correlated with the imprinting expression pattern of IGF2 and H19 genes in bladder cancer. In the present study, the allele-specific methylation pattern of the H19 gene was evaluated in two distinct target regions: the sixth CTCF-binding site located in the DMR and the first exon of the H19 gene using three different approaches: MSRE-PCR-RFLP (Methylation Sensitive Restriction Enzyme - Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), qMSP (quantitative real time Methylation Specific Polymerase Chain Reaction) for the sixth CTCF-binding site, and the first exon of the H19 gene was analyzed by MSP-CTPP (Methylation Specific Polymerase Chain Reaction with Confronting Two-Pair Primers) in 52 samples of bladder tumors matched to normal adjacent tissues obtained... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-10-25Bitstream added on 2014-06-13T19:53:56Z : No. of bitstreams: 1 silveira_cgt_me_botib.pdf: 1519150 bytes, checksum: a9b385b6f94ede5c4547fc86be166f72 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) consiste em um grupo heterogêneo de doenças hematológicas de origem monoclonal e potencialmente maligna. É caracterizada por uma hematopoese ineficaz das células-tronco pluripotentes e morfologia displásica nas três linhagens celulares não-linfóides, evoluindo freqüentemente para leucemia mielóide aguda. A SMD é rara em crianças e adolescentes e apresentam características clínicas e laboratoriais distintas. Este estudo teve como principal objetivo a pesquisa de anormalidades cromossômicas em 23 pacientes pediátricos (0 a 18 anos) com SMD utilizando as metodologias de citogenética clássica (banda GTG) e molecular (Hibridação in situ Fluorescente - FISH). A análise após bandamento GTG revelou a presença de alterações cromossômicas envolvendo, principalmente, deleções nos cromossomos 12 e 17 e monossomia 20. Pela FISH, uma média 150 núcleos interfásicos foi analisada com as sondas RP11-275J11 (3p25) (19 casos), RP11-46J20 (7q22.3) (17 casos), D17Z1 e RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 e 19 casos, respectivamente) e RP11-62N23 (17q21) (16 casos). As perdas homozigotas e heterozigotas significativas em 3p25.1 foram observadas em 17/19 casos (acima de 30% das células). Os genes MKRN2, TSEN2, e PPARG estão mapeados em 3p25.1 e são compatíveis de função. Quinze em dezessete casos apresentaram perdas homozigotas e heterozigotas no cromossomo 7. Em 7q22.3 estão mapeados os genes candidatos a perdas DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1 e HBP1. Em 18/19 casos foram confirmadas a perda significativa do gene supressor tumoral TP53. Apenas um caso de SMD relacionada à terapia não apresentou perda deste gene. Este gene codifica uma fosfoproteína nuclear responsável pela regulação da duplicação do DNA, proliferação celular e apoptose. Assim, mutações ou deleções neste gene podem promover sua inativação gerando instabilidade... / Myelodysplasic Syndrome (MDS) is a heterogeneous and potentially malign group of hematological diseases with monoclonal origin. Inefficient hematopoesis of pluripotent stem cells, dysplasic morphology in the three non-lymphoid lineages, and progression to acute myeloid leukemia are features of the disease. MDS is rare in children and adolescents showing distinct clinical and laboratorial features. In this study we investigated chromosomal abnormalities in 23 MDS patients (age ranging from 0 to 18 years) using GTG banding and FISH (Fluorescent in situ Hybridization). The most common chromosomal alterations detected by G-banding were deletions at 12p and 17p and monosomy 20. Using FISH, a mean of 150 interphasic nuclei were evaluated with the probes RP11-275J11 (3p25) (19 cases), RP11-46J20 (7q22.3) (17 cases), D17Z1 and RP11-89D11 (17p13.1 - TP53) (5 and 19 cases, respectively), and RP11-62N23 (17q21) (16 cases). Homozygous and hemizygous losses at 3p25 were observed in 17/19 cases (over 30% of the cells). The potential candidate genes to losses MKRN2, TSEN2, and PPARG are mapped at 3p25.1. Fifteen out of 17 cases showed homozygous and hemizygous losses at chromosome 7. In 7q22.3 are mapped the putative candidates to losses: DUS4L, BCAP29, SLC26A3, SLC26A4, LAMB1, HBP1. In 18 out of 19 cases it was detected significant losses of the tumor suppressor gene TP53. Only one case of MDS therapy-related presented absence of TP53 losses. The TP53 gene codes a nuclear phosphoprotein responsible for DNA replication regulation, cell proliferation and apoptosis. Mutations or deletions on TP53 may promote its inactivation leading to genomic instability and contributing to tumor progression. According to our study, the TP53 gene may be considered a molecular marker in pediatric primary MDS. The ERBB2/HER-2 sequence... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-29Bitstream added on 2014-06-13T19:02:39Z : No. of bitstreams: 1 acencio_ml_dr_botib.pdf: 1267432 bytes, checksum: cf302219e637097689d48f5505b349bb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Virtualmente, todas as células normais, com exceção das células hematopoieticas, precisam estar aderi das à matriz extracelular para que elas possam se proliferar. Na ausência de adesão, essas células não se proliferam mais e acabam sofrendo apoptose. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Essa capacidade, cuja base molecular está na regulação anormal da transição G tiS do ciclo celular pela adesão, é uma das propriedades fundamentais das células cancerosas e também requisito para que essas células adquiriam sua capacidade metastática. Como as metástases correspondem a aproximadamente 90% das mortes por câncer, a elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação da transição G IIS do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular é, portanto, essencial para o desenvolvimento de drogas que possam inibir a formação das metástases. Com o intuito de elucidar esses mecanismos, nós adotamos neste trabalho uma abordagem estritamente computacional baseada em teoria das redes e aprendizado de máquina através do desenvolvimento de novos métodos de (i) construção de redes que representam a provável regulação entre dois diferentes processos (nesse caso, regulação da transição G l/S pela adesão à matriz extracelular), (á) predição de interações oncogênicas, (iii) determinação de sub-redes de vias de sinalização oncogênica entre dois genes de interesse em uma rede (batizado de graph2sig) e (iv) predição de potenciais alvos de drogas. A rede potencialmente envolvida na regulação da transição G l/S do ciclo celular pela matriz extracelular construída (Gccam) possui ~ 2000 genes e ~ 20.000 interações e representa ~ 78% dos processos biológicos conhecidamente envolvidos nessa regulação... / Virtually all normal cells, excluding the hematopoietic cells, require anchorage to the extracellular matrix for their proliferation and survival. When such cells are deprived of anchorage, they arrest in the G1 phase of the cell cycle and eventually undergo apoptosis. Cancer cells, on the other hand, acquire the ability to perform anchorage-independent proliferation as a result of the disruption of the regulation of the G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix. Anchorage-independent proliferation is the foundation for tumorigenicity and metastatic capability of cancer cells. As metastases are the cause of 90% of human cancer deaths, it is crucial to decipher the molecular mechanisms underlying the regulation of the G1/S cell cycle transition by the adhesion to extracellular cell matrix. In order to decipher such mechanisms, we developed in this present work machine learning and graph theory-based computational methods for the (i) construction of networks representing the regulatory relationships between two biological processes of interest, (ii) prediction of oncogenic interactions, (iii) extraction of oncogenic signaling subnetworks between two genes and (iv) prediction of druggable genes. The network representing the regulatory relationships between G1/S cell cycle transition and adhesion to extracellular matrix, Gccam, is comprised by 2,000 genes and 20,000 interactions. Moreover, 78% of known biological process involved in the regulation of G1/S cell cycle transition by adhesion to extracellular matrix are embedded in Gccam. Through the prediction of oncogenic interactions and the extraction of oncogenic signaling subnetworks between EGFR and CDC6, genes that encode proteins likely to be relevant to anchorage-independent proliferation, we postulate the following hypotheses for the molecular mechanisms underlying the anchorage-independent proliferation: cancer... (Complete abstract click electronic access below)