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Analyse comparative du transcriptome et miRNone des cancers de l'oropharynx en fonction du statut HPV16 / Comparative analysis of the transcriptome and mirnome of oropharyngeal cancers according to HPV16 status

Mirghani, Haitham 15 September 2014 (has links)
Avec plus de 600 000 nouveaux cas par an, les cancers des voies aéro-digestives supérieures (VADS) se classent au sixième rang mondial. Ces cancers, traditionnellement causés par la consommation chronique de tabac et d’alcool, connaissent depuis une trentaine d’années de profonds changements épidémiologiques. Alors que l’incidence des cancers développés dans la cavité orale, le larynx et l’hypopharynx tend à se stabiliser voire à régresser en raison de la diminution du tabagisme, ceux développés dans l’oropharynx sont en nette augmentation. Cette augmentation est attribuée aux papillomavirus oncogènes et notamment au génotype 16 (HPV16). Les cancers de l’oropharynx (COP) HPV-induits représentent une pathologie distincte des autres cancers des VADS tant au niveau épidémiologique, clinique, histologique que biologique. Ils affectent des sujets plus jeunes, sont extrêmement lymphophiles et leur pronostic est significativement meilleur. L’émergence de ces cancers impose dès aujourd’hui de réfléchir à des stratégies diagnostiques, thérapeutiques et de surveillance spécifiques. Néanmoins, ces objectifs ne pourront être pleinement atteints qu’à condition de mieux comprendre leur histoire naturelle ainsi que leurs mécanismes oncogéniques propres. L’objectif de ce travail est de contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes biologiques distinguant les COP HPV-induits de leurs homologues HPV-négatifs sur la base de l’analyse de leur profil d’expression génomique. A partir d’une cohorte de 38 COP, sélectionnés sur des critères stricts, nous avons identifié un set d’ARNm et de miRNA dont l’expression est exclusivement corrélée au statut HPV. L’analyse fonctionnelle de ces sets confirme que les bases biologiques des COP varient en fonction de leur statut HPV et confortent au niveau moléculaire des données cliniques et pathologiques déjà connues ou fortement suspectées (différenciation tumorale, infiltration lymphocytaire…). Cette étude souligne également le rôle potentiel de plusieurs voies de signalisation dont les dérégulations contribueraient au développement de ces tumeurs. L’exploration plus approfondie de ces voies pourrait à terme permettre de mieux comprendre ces tumeurs et avoir d’éventuelles retombées thérapeutiques. / Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCCs) represent the sixth most common form of cancer with an annual incidence of approximately 600,000 new cases worldwide. Tobacco and alcohol abuse are the traditional risk factors. Whilst the incidence of oral cavity, larynx and hypopharynx cancers is stabilizing or falling, because of a drop in tobacco consumption, those arising in the oropharynx are on the increase. This epidemiologic change has been attributed to high-risk human papillomavirus and particularly to type 16 (HPV16), which is now recognized as a causative agent in a growing subset of oropharyngeal squamous cell carcinomas (OPSCCs).HPV-induced OPSCCs represent a distinct subgroup, separate from other HNSCCs, with unique epidemiologic, clinical, pathological and molecular characteristics. They affect young patients, are highly lymphophilic and have markedly improved survival outcomes compared to those with HPV-negative HNSCC. The emergence of these cancers demands special attention, as in the coming years diagnosis, treatment and follow up in HNSCC may vary according to HPV status. However, these objectives will not be fully achieved without a better understanding of their natural history and specific oncogenic mechanisms. The goal of this work is to contribute to a better understanding of the biological basis that differentiates HPV-induced OPSCCs from their HPV-negative counterparts. To this end, we have investigated global changes in gene expression in a cohort of 38 strictly selected OPSCCs. We have identified a set of mRNA and miRNA that discriminated between OPSCCs solely according to HPV16 status. The functional analysis of these 2 sets confirms that the biological basis of OPSCCs varies according to their HPV status and consolidates at the molecular level known or suspected clinical and pathological data (e.g tumoral differentiation, lymphoid infiltrations…). This study highlights the potential role of several pathways that, once deregulated, could contribute to the development of HPV-induced OPSCC. Further investigation is required for a more comprehensive understanding of the biological properties of HPV related OPSCCs. These properties may be exploited to develop novel therapeutic agents.
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Prévalence du VPH dans le cancer ORL localement avancé et impact sur le pronostic et l'efficacité de la chimio-radiothérapie concomitante

Thibaudeau, Eve-Aimée 08 1900 (has links)
Problématique : Bien que le tabac et l’alcool soient les facteurs causaux principaux des cancers épidermoïdes de l’oropharynx, le virus du papillome humain (VPH) serait responsable de l’augmentation récente de l’incidence de ces cancers, particulièrement chez les patients jeunes et/ou non-fumeurs. La prévalence du VPH à haut risque, essentiellement de type 16, est passée de 20% à plus de 60% au cours des vingt dernières années. Certaines études indiquent que les cancers VPH-positifs ont un meilleur pronostic que les VPH- négatifs, mais des données prospectives à cet égard sont rares dans la littérature, surtout pour les études de phase III avec stratification basée sur les risques. Hypothèses et objectifs : Il est présumé que la présence du VPH est un facteur de bon pronostic. L’étude vise à documenter la prévalence du VPH dans les cancers de l’oropharynx, et à établir son impact sur le pronostic, chez des patients traités avec un schéma thérapeutique incluant la chimio-radiothérapie. Méthodologie : Les tumeurs proviennent de cas traités au CHUM pour des cancers épidermoïdes de la sphère ORL à un stade localement avancé (III, IVA et IVB). Elles sont conservées dans une banque tumorale, et les données cliniques sur l’efficacité du traitement et les effets secondaires, recueillies prospectivement. La présence du VPH est établie par biologie moléculaire déterminant la présence du génome VPH et son génotype. Résultats: 255 spécimens ont été soumis au test de génotypage Linear Array HPV. Après amplification par PCR, de l’ADN viral a été détecté dans 175 (68.6%) échantillons tumoraux ; le VPH de type 16 était impliqué dans 133 cas (52.25 %). Conclusion: Une proportion grandissante de cancers ORL est liée au VPH. Notre étude confirme que la présence du VPH est fortement associée à une amélioration du pronostic chez les patients atteints de cancers ORL traités par chimio-radiothérapie, et devrait être un facteur de stratification dans les essais cliniques comprenant des cas de cancers ORL. / Background: HPV is recognised as a good prognostic factor in head and neck (H&N) cancer. However, most of the data is derived from randomised trials with different treatment options or small heterogeneous cohorts. This trial aims to determine the prevalence and prognostic impact of HPV on overall survival (OS), disease-free survival (DFS), local regional control (LRC) and treatment toxicity, in patients with locally advanced SCCHN treated with concomitant platinum-based chemoradiation therapy (CRT) and followed prospectively. Methods: Prospective data on efficacy and toxicity was available for 560 patients treated with CRT. Of these, 270 fixed and paraffin embedded specimens were collected. DNA was extracted from specimens and HPV detection was performed as previously described (Coutlée, J Clin Microbiol, 2006). Analysis was performed using Kaplan-Meier survival curves, Fisher's test for categorical data and log-rank statistics for failure times. Results: Median follow-up was 4.7 years. DNA extraction was successful in 255 cases. HPV prevalence was 68.6%, and 53.3% for HPV-16 specifically. For HPV+ and HPV- respectively, median LRC were 8.9 and 2.2 years (log-rank p = 0.0002), median DFS were 8.9 and 2.1 years (log-rank p=0.0014) and median OS were 8.9 and 3.1 years (log-rank p=0.0002). Survival was statistically significantly different based on HPV genotype, stage, treatment period and chemotherapy regimen. COX adjusted analysis for T, N, age, and treatment remained significant (HR 0.45, p=0.004). Subgroup analysis for genotype, TNM, primary site and chemotherapy regimen will be presented at the meeting. Conclusions: An increasing proportion of oropharyngeal cancer is linked to HPV. This large study with confirms that HPV status is strongly associated with improved prognosis among H&N cancer patients receiving CRT, and should be a stratification factor for clinical trials including H&N cases. Toxicity of CRT is not modified for the HPV population.
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Prévalence du VPH dans le cancer ORL localement avancé et impact sur le pronostic et l'efficacité de la chimio-radiothérapie concomitante

Thibaudeau, Eve-Aimée 08 1900 (has links)
Problématique : Bien que le tabac et l’alcool soient les facteurs causaux principaux des cancers épidermoïdes de l’oropharynx, le virus du papillome humain (VPH) serait responsable de l’augmentation récente de l’incidence de ces cancers, particulièrement chez les patients jeunes et/ou non-fumeurs. La prévalence du VPH à haut risque, essentiellement de type 16, est passée de 20% à plus de 60% au cours des vingt dernières années. Certaines études indiquent que les cancers VPH-positifs ont un meilleur pronostic que les VPH- négatifs, mais des données prospectives à cet égard sont rares dans la littérature, surtout pour les études de phase III avec stratification basée sur les risques. Hypothèses et objectifs : Il est présumé que la présence du VPH est un facteur de bon pronostic. L’étude vise à documenter la prévalence du VPH dans les cancers de l’oropharynx, et à établir son impact sur le pronostic, chez des patients traités avec un schéma thérapeutique incluant la chimio-radiothérapie. Méthodologie : Les tumeurs proviennent de cas traités au CHUM pour des cancers épidermoïdes de la sphère ORL à un stade localement avancé (III, IVA et IVB). Elles sont conservées dans une banque tumorale, et les données cliniques sur l’efficacité du traitement et les effets secondaires, recueillies prospectivement. La présence du VPH est établie par biologie moléculaire déterminant la présence du génome VPH et son génotype. Résultats: 255 spécimens ont été soumis au test de génotypage Linear Array HPV. Après amplification par PCR, de l’ADN viral a été détecté dans 175 (68.6%) échantillons tumoraux ; le VPH de type 16 était impliqué dans 133 cas (52.25 %). Conclusion: Une proportion grandissante de cancers ORL est liée au VPH. Notre étude confirme que la présence du VPH est fortement associée à une amélioration du pronostic chez les patients atteints de cancers ORL traités par chimio-radiothérapie, et devrait être un facteur de stratification dans les essais cliniques comprenant des cas de cancers ORL. / Background: HPV is recognised as a good prognostic factor in head and neck (H&N) cancer. However, most of the data is derived from randomised trials with different treatment options or small heterogeneous cohorts. This trial aims to determine the prevalence and prognostic impact of HPV on overall survival (OS), disease-free survival (DFS), local regional control (LRC) and treatment toxicity, in patients with locally advanced SCCHN treated with concomitant platinum-based chemoradiation therapy (CRT) and followed prospectively. Methods: Prospective data on efficacy and toxicity was available for 560 patients treated with CRT. Of these, 270 fixed and paraffin embedded specimens were collected. DNA was extracted from specimens and HPV detection was performed as previously described (Coutlée, J Clin Microbiol, 2006). Analysis was performed using Kaplan-Meier survival curves, Fisher's test for categorical data and log-rank statistics for failure times. Results: Median follow-up was 4.7 years. DNA extraction was successful in 255 cases. HPV prevalence was 68.6%, and 53.3% for HPV-16 specifically. For HPV+ and HPV- respectively, median LRC were 8.9 and 2.2 years (log-rank p = 0.0002), median DFS were 8.9 and 2.1 years (log-rank p=0.0014) and median OS were 8.9 and 3.1 years (log-rank p=0.0002). Survival was statistically significantly different based on HPV genotype, stage, treatment period and chemotherapy regimen. COX adjusted analysis for T, N, age, and treatment remained significant (HR 0.45, p=0.004). Subgroup analysis for genotype, TNM, primary site and chemotherapy regimen will be presented at the meeting. Conclusions: An increasing proportion of oropharyngeal cancer is linked to HPV. This large study with confirms that HPV status is strongly associated with improved prognosis among H&N cancer patients receiving CRT, and should be a stratification factor for clinical trials including H&N cases. Toxicity of CRT is not modified for the HPV population.

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