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Approches physiologiques et génomiques d'une archée thermo-piézophile Thermococcus piezophilus / Physiological and genomic approaches of a thermo-piezophile archeon involved in the sulfur cycle

Dalmasso, Cécile 09 December 2016 (has links)
Suite à la découverte récente des sources hydrothermales les plus profondes de la planète au niveau de laFosse des Caïmans, des échantillons hydrothermaux y ont été prélevés en vue de cultiver des microorganismes de ce site encore peu documenté. Des cultures d’enrichissement ont été réalisées à partir de ces échantillons en vue d’isoler de nouveaux taxons microbiens ayant des métabolismes clés des cycles biogéochimiques du soufre et du carbone ou une physiologie particulière (piézophilie). Parmi les isolats obtenus, il y avait notamment une nouvelle archée hyperthermophile anaérobie sulfo-réductrice, désignée comme CDGST, qui provenait du champ hydrothermal Beebe, à 4964 m de profondeur. Cette souche, affiliée au genre Thermococcus, présentait une certaine plasticité physiologique et se démarquait de ses plus proches parents du point de vue de sa physiologie.Elle a été caractérisée en détails aux niveaux métabolique, physiologique et génomique. Cette souche estpiézophile et possède la plus large gamme de pression de croissance jamais décrite pour un organisme. Elle se développe de manière optimale à 75°C, pH 6,0 et sous une pression hydrostatique de 50 MPa, la pression in situ de son habitat naturel. Elle appartient à une nouvelle espèce qui a été appelée Thermococcus piezophilus sp.nov. Son génome a été séquencé et annoté.La croissance de ce nouvel isolat est efficace de pression atmosphérique jusqu’à au moins 120 MPa, et la souche croît avec plus de difficultés jusqu'à 130 MPa. Aucun autre microorganisme, qu’il soit psychrophile, mésophile ou hyperthermophile ne possède une telle gamme de pression de croissance. Pour cette raison, les mécanismes d’adaptation de cette souche à la pression ont été étudiés par une approche de transcriptomique.Cette souche s’adapte aux variations de pression notamment en modulant sa production et sa conversion d’énergie (transporteurs, hydrogénases, etc.) en fonction de la pression. / Following the recent discovery of the world’s deepest hydrothermal vents at the Cayman Trough, hydrothermal samples were taken for culturing microorganisms of this site still poorly documented. Enrichment cultures were performed using these samples to isolate new microbial taxa having key metabolisms of biogeochemical cycles of carbon and sulfur or a particular physiology (piezophily). Among the isolates, there was a new hyperthermophilic and anaerobic sulfur-reducing archaea, designated as CDGST, originating from the hydrothermal field Beebe, at 4964 m depth. This strain belonged to the Thermococcus genus. It exhibited some physiological plasticity and was distinguishable from its closest relatives from the point of view of its physiology. It has been characterized in great details at metabolic, physiological and genomics levels. This strain is piezophilic and has the broadest range pressure for growth ever described for an organism. It grows optimally at 75°C, pH 6.0 and under a hydrostatic pressure of 50 MPa, the in situ pressure of its natural habitat. It belongs to a new species that was called Thermococcus piezophilus sp. nov. Its genome has been sequenced and annotated.The growth of this new isolate is effective from atmospheric pressure to at least 120 MPa, and the strain grows with more difficulties up to 130 MPa. No other organism, whether psychrophilic, mesophilic or hyperthermophilic has such a range of growth pressure. For this reason, the adaptation mechanisms to pressure of the strain were studied by a transcriptomic approach. This strain adapts to pressure variations, by modulating notably its energy production and energy conversion (carriers, hydrogenases, etc.) depending on the pressure.
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Structure et Origine de la Plaque Caraïbe. Implications Géodynamiques

Leroy, Sylvie 21 December 1995 (has links) (PDF)
La géodynamique du domaine Caraïbe, sa déformation et son évolution sont analysés à partir des données de géologie et de géophysique marine, telles que la bathymétrie, la sismique réflexion et réfraction, la gravimétrie et le magnétisme. Ce travail commence par une étude bibliographique du domaine Caraïbe établissant un état des recherches au début de notre étude. L'instrument géophysique majeur utilisé est la sismique multitrace, et notamment les données de la campagne Casis qui ont été traitées classiquement et plus spécifiquement par migration avant sommation (Leroy et al, 1996). Notre travail s'est divisé en deux parties, la première concerne le domaine Nord Caraïbe et plus particulièrement le fossé Cayman, et la deuxième examine, en détail, la Grande Province Volcanique Caraïbe, sa déformation et sa structure crustale. Dans le fossé Cayman, les deux marges conjuguées sont asymétriques, la marge du Belize est abrupte tandis que la marge Jamaïcaine est large et peu sédimentée. L'ensemble des données a permis de définir les blocs basculés de la croûte continentale, non enfouis sous les sédiments, une transition Continent-Océan constituée par un mont arrondi et par une importante dépression syn-rift, et le domaine océanique où les blocs océaniques sont basculés vers la dorsale. Des failles de détachements et les réflexions du Moho sont imagées grâce à la sismique de haute qualité. Les bordures Nord et Sud du fossé sont formées par des fosses profondes qui constituent des marges transformantes entre les croûtes Jamaïcaine et Cubaine épaisses et la croûte continentale amincie ou océanique. Dans le domaine océanique, une discontinuité majeure a été identifiée à l'axe d'expansion. L'identification des anomalies magnétiques sur l'ensemble du fossé conduit à la datation de la Transition Continent Océan (Lutétien inférieur; 49 Ma), à refermer le bassin et à proposer un modèle d'évolution de la zone Nord Caraïbe par le fonctionnement successif (du Nord au Sud) de failles transformantes senestres qui accommodent le mouvement de la plaque vers l'Est. La dorsale océanique s'est propagée vers le Sud entre les anomalies 6 et 8. A la même époque, au Néogène, la trace fossile de la faille transformante Swan a été réactivée entraînant la formation de structures compressives jusqu'à Hispaniola à l'Est. Une déformation Miocène compressive est observée sur la plaque Caraïbe, formée en majeure partie par un plateau volcanique d'âge Crétacé, et divisée en deux bassins (Colombien à l'Ouest, et Vénézuélien à l'Est). La compression augmente du Sud vers le Nord et les structures compressives sont décalées de manière dextre par des accidents orientés NE-SW. La partie centrale et occidentale de la ride de Beata est formée par des hauts topographiques orientés NS décalés de façon dextre. Le point culminant est situé au Nord, se reliant au massif montagneux de Hispaniola (Bahoruco). La tectonique compressive s'effectue sous une contrainte orientée E-W à NE-SW. Son maximum est situé dans la presqu'île Sud d'Haïti et se traduit par une collision avec le bâti Nord d'Hispaniola. On peut évaluer le raccourcissement à 170 km. Le bassin Caraïbe apparaît formé de deux microplaques et la microplaque Colombienne se déplace plus rapidement vers l'Est que la microplaque Vénézuélienne. Ce mouvement différentiel peut être la conséquence d'un mouvement de convergence plus important à l'Ouest qu'à l'Est des plaques Amériques et d'une influence de la rapide convergence de la plaque Cocos. La Grande Province Magmatique Caraïbe atteint 800 000 km2, dont une partie est accrétée sur le continent par obduction et/ou collision. La taille de la province magmatique est de 2500 km de diamètre. On distingue des petits plateaux séparés par des bassins. L'âge des formations volcaniques s'échelonne depuis l'Albien (110 Ma) jusqu'au Campanien (80 Ma), avec un épisode important à 88 Ma (Coniacien) qui affecte l'ensemble de la province magmatique et nous concluons que le volcanisme n'est pas instantané. Nous avons compilé les données de sismique réfraction et différencié une couche 2 (4.6 et 6 km/s) et une couche 3 (plus de 6 km/s). L'épaississement de la croûte s'effectue au niveau de la couche 3, comme sur le plateau des Kerguelen, par sous-placage. En effet, la couche 2 reste mince aussi bien sur les plateaux (4 km) que dans les bassins (2 km); cette disposition explique les affleurements de gabbros (couche 3) le long de l'escarpement Ouest de la ride de Beata. Nous optons pour une origine Pacifique de la plaque Caraïbe et on note de nombreuses analogies avec les Grandes Provinces Magmatiques du Pacifique Ouest (bassin de Nauru, Ontong Java et bassin de Pigafetta), mais nous rejetons l'hypothèse du panache géant situé dans le Pacifique, et nous rattachons la Grande Province Caraïbe au point chaud des Galápagos.

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