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Effets du changement climatique sur la distribution de la macrofaune benthique en Manche / Climate change impacts on the distribution of the benthic macrofauna in the English Channel

Gaudin, François 28 February 2017 (has links)
A l’échelle de l’Atlantique Nord-Est, la Manche se situe à un carrefour biogéographique entre les provinces boréale et lusitanienne. Ainsi, de nombreuses espèces y sont en limite d’aire de distribution. L’objectif de cette thèse est d’évaluer les effets du changement climatique récent sur la distribution de la macrofaune benthique subtidale, peu étudiée à ce jour, en se basant sur la comparaison de données collectées à l’échelle de la Manche lors une période froide (i.e. années 1960-70) et lors d’une période chaude (i.e. 2012 et 2014) dans les sédiments grossiers circalittoraux. L’étude de la structure des assemblages inféodés à cet habitat a mis en évidence deux grandes communautés benthiques : la communauté des sédiments grossiers sablo-graveleux et celle des cailloutis et graviers. L’analyse de l’évolution des températures de fond au cours des 30 dernières années a montré l’hétérogénéité spatiale du réchauffement, variant de 0,1 à 0,5°C par décennie d’ouest en est. Ce réchauffement ne se s’est pas traduit par d’importants déplacements de l’aire de distribution des espèces mais par une forte diminution du nombre d’occurrences des espèces d’eaux froides et une forte augmentation de celui des espèces d’eaux chaudes. Le développement de modèles de distribution d’espèces a permis de déterminer l’importance relative des facteurs climatiques et édaphiques dans la distribution des invertébrés benthiques en Manche et d’apprécier l’aptitude des espèces à ajuster leur distribution à la hausse de températures. L’ensemble de ces résultats suggère que le changement climatique en cours pourrait entraîner une diminution de la biodiversité benthique aux limites d’aires de distribution, en particulier si la connectivité entre populations limite l’arrivée de nouveaux individus. / In the North-East Atlantic, the English Channel constitutes a biogeographical transition zone between the Boreal and Lusitanian provinces. Thus, many species reach there their distribution range limits. The aim of this thesis is to assess the effects of recent climate change on the distribution of the subtidal benthic macrofauna, poorly studied to date, basing on the comparison of data collected during a cool period (i.e. 1960s-70s) and during a warm period (i.e. 2012 and 2014) in the circalittoral coarse sediments. Two large communities were highlighted in the study of the structure of the assemblages found in this habitat: the gravelly coarse sand community and the pebbles and gravels community. The analysis of the evolution of seabed temperature for the last 30 years showed the spatial heterogeneity of the warming, varying from 0.1 to 0.5°C per decade from West to East. This warming did not translate into large species distribution shifts but into a sharp decrease in the number of occurrences of cold-water species and a sharp increase in the number of occurrences of warm-water species. Development of species distribution models allowed to identify the relative importance of climatic and edaphic factors in the distribution of benthic invertebrates in the Channel and to assess the species’ ability to adjust their distribution to the rise in temperature. The whole results suggest that ongoing climate change could lead to a decrease in benthic biodiversity at range limits, especially where connection routes are lacking for new migrants.
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The shifting landscape of data : learning to tame distributional shifts

Ibrahim, Adam 05 1900 (has links)
Les modèles d'apprentissage automatique (ML) atteignent des performances remarquables sur les tâches pour lesquelles ils sont entraînés. Cependant, ils sont souvent sensibles aux changements dans la distribution des données, ce qui peut nuir à leur fiabilité. Cela peut se produire lorsque la distribution des données rencontrées au déploiement diffère de celle vue pendant l'entraînement, entraînant une dégradation considérable des performances. Pire encore, les attaquants peuvent également induire de tels changements afin d'induire les modèles d'apprentissage automatique en erreur. Enfin, cela peut même arriver si l'entraînement est effectué séquentiellement sur des distributions de données différentes. Ces changements de distribution sont omniprésents en ML, nuisant à l'équité, à la fiabilité, à la sécurité et à l'efficacité des modèles d'apprentissage automatique. Cette thèse se concentre sur la compréhension et l'amélioration de la robustesse et de l'adaptation des modèles de ML aux changements de distribution, englobant à la fois des travaux théoriques et expérimentaux. Tout d'abord, nous étudions les limites fondamentales de l'optimisation différentiable à plusieurs objectifs. Une meilleure compréhension de ces limites est importante car les travaux sur les changements de distribution reposent souvent sur des formulations de la théorie des jeux. Nous fournissons de nouvelles bornes inférieures sur la vitesse de convergence d'une large classe de méthodes, ainsi que de nouvelles métriques de conditionnement qui aident à évaluer la difficulté d'optimiser des classes de jeux, et expliquent le potentiel de convergence rapide, même sans forte convexité ou forte concavité. Deuxièmement, nous abordons le manque de robustesse aux attaques adversarielles contre plusieurs types d'attaques, une limitation courante des méthodes de pointe. Nous proposons une approche inspirée de la généralisation de domaine, utilisant l'extrapolation des risques (REx) pour promouvoir la robustesse à plusieurs attaques. Notre méthode atteint des performances supérieures aux bases de référence existantes, que les attaques aient été vues ou non lors de l'entraînement. Enfin, nous nous intéressons aux défis du pré-entraînement continu pour les grands modèles de langage (LLM). Ces modèles sont confrontés à un compromis: soit ils oublient de manière catastrophique les connaissances antérieures lorsqu'ils sont mis à jour sur de nouvelles données, soit ils nécessitent un réentraînement complet coûteux en calcul. Nous démontrons qu'une combinaison de réchauffement et de re-décroissance du taux d'apprentissage, et de réutilisation des données précédemment utilisées permet aux LLM d'apprendre continuellement à partir de nouvelles distributions tout en préservant leurs performances sur les données auparavant apprises. Cette approche permet d'atteindre les performances d'un réentraînement complet, mais à une fraction du coût en calcul. Dans l'ensemble, cette thèse apporte des considérations importantes pour améliorer la robustesse et l'adaptation aux changements de distribution. Ces contributions ouvrent des voies prometteuses pour relever les défis du ML du monde réel dans l'optimisation multiobjectif, la défense contre les adversaires et l'apprentissage continu des grands modèles de langage. / Machine learning (ML) models achieve remarkable performance on tasks they are trained for. However, they often are sensitive to shifts in the data distribution, which may lead to unexpected behaviour. This can happen when the data distribution encountered during deployment differs from that used for training, leading to considerable degradation of performance. Worse, attackers may also induce such shifts to fool machine learning models. Finally, this can even happen when training sequentially on different data distribution. These distributional shifts are pervasive in ML, hindering the fairness, reliability, safety and efficiency of machine learning models. This thesis is focused on understanding and improving the robustness and adaptation of ML models to distributional shifts, encompassing both theoretical and experimental work. First, we investigate the fundamental limits of differentiable multiobjective optimisation. This investigation is important because works on distributional shifts often rely on game theoretical formulations. We provide new lower bounds on the speed of convergence of a large class of methods, along with novel condition numbers that help assess the difficulty to optimise classes of games, and explain the potential for fast convergence even without strong convexity or strong concavity. Second, we address the lack of adversarial robustness against multiple attack types, a common limitation of state-of-the-art methods. We propose a domain generalisation-inspired approach, using Risk Extrapolation (REx) to promote robustness across a range of attacks. Our method achieves performance superior to existing baselines for both seen and novel types of attacks. Finally, we tackle the challenges of continual pretraining for large language models (LLMs). These models face a trade-off: either they catastrophically forget previous knowledge when updated on new data, or they require computationally expensive full retraining. We demonstrate that a combination of learning rate re-warming, re-decaying, and the replay of previous data allows LLMs to continually learn from new distributions while preserving past knowledge. This approach matches the performance of full retraining, but at a fraction of the computational cost. Overall, this thesis contributes impactful considerations towards improving robustness and adaptation to distributional shifts. These contributions open promising avenues for addressing real-world ML challenges across multiobjective optimisation, adversarial defense, and continual learning of large language models.

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