Los Testudinidae sudamericanos actuales están representados por cuatro especies agrupadas en el género Chelonoidis: C. carbonaria, C. chilensis, C. denticulata y C. nigra (Fritz & Havaš 2007). En nuestro país encontramos a C. carbonaria en unas pocas localidades de las provincias de Chaco, Formosa y Salta, mientras que C. chilensis posee casi el 95% de su distribución en la Argentina. La sistemática de esta última especie ha sido muy debatida desde la publicación del trabajo de Freiberg en 1973 donde se describen las especies C. donosobarrosi y C. petersi, además de la clásica C. chilensis previamente descripta por Gray en 1870. La primera de ellas caracterizada por alcanzar un mayor tamaño y una distribución más austral (localidad tipo: San Antonio Oeste, Río Negro), mientras que la segunda presenta tamaño pequeño y su distribución ocupa el centro norte de nuestro país (localidad tipo: Paraje Kishka, Santiago del Estero). Para fundamentar su trabajo, Freiberg (1973) reconoce dos nuevas especies de Chelonoidis proveyendo una serie de rasgos de forma y coloración del caparazón que resultarían útiles para reconocer ambas especies entre sí y respecto de Chelonoidis chilensis. Esta propuesta taxonómica tuvo dispar aceptación, con lo cual se inició un debate que continúa prácticamente hasta el día de hoy. En cuanto a su situación de conservación, las poblaciones de C. chilensis están incluidas en al Apéndice II de la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora (CITES), y son consideradas vulnerables por las Comisiones de Conservación de la UICN (Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, Red List 2011). Los factores más relevantes que ponen en riesgo la integridad de sus poblaciones son la caza extractiva multipropósito (predominantemente mascotismo) y la reducción, modificación y destrucción del hábitat por la expansión de la frontera agrícola. A nivel local, hasta el año 2010 se la categorizó como Amenazada (Richard & Waller 2000) y a partir del año 2012 se la asignó a la categoría vulnerable (Prado et al. 2012) sin que mediara alguna mejora evidente de la situación. A este panorama, debe agregarse el desconocimiento de la biología y ecología de las poblaciones presentes en Argentina. En base a estos antecedentes, el objetivo principal de este trabajo de Tesis fue realizar un análisis de la variabilidad genética de Chelonoidis chilensis a nivel cromosómico y molecular (ADN mitocondrial), en relación a la distribución geográfica y el estado de conservación de las poblaciones naturales de la especie, tanto protegidas como no protegidas, presentes en Argentina. La metodología empleada consistió en primer término, en extraer, amplificar y secuenciar el ADNmt (gen del citocromo b y región Control) proveniente de diversas muestras recolectadas a lo largo de toda la distribución geográfica de la especie en nuestro país y en la obtención de cromosomas a partir de muestras de sangre periférica para elaborar los cariotipos correspondientes. Posteriormente, a partir de los datos moleculares se realizó un análisis filogenético y filogeográfico de las muestras y finalmente la información obtenida se relacionó con los datos citogenéticos y datos de distribución y ecología de la especie, estos últimos obtenidos mediante muestreos poblacionales realizados a campo. A partir del análisis de los datos obtenidos, nuestros resultados permiten concluir que: 1. La variabilidad genética observada corresponde a una única especie: Chelonoidis chilensis (Gray 1870), que presenta una gran variabilidad fenotípica. De esta manera, los datos aquí presentados corroboran, con mayor evidencia, lo recientemente postulado por Fritz et al. (2012) sobre la base del estudio de un menor número de ejemplares y poblaciones. 2. El análisis del ADNmt permitió establecer 2 haplogrupos de C. chilensis, uno correspondiente a las tortugas de la Ecorregión del Monte de Llanuras y Mesetas, y el otro a las tortugas de la Ecorregión Chaco Seco. 3. En cuanto a la constitución cromosómica de la especie, nuestros resultados indicaron que la totalidad de C. chilensis presentó un complemento cromosómico constante (2n=52). Asimismo, los haplogrupos mencionados anteriormente evidenciaron un cariomorfo específico, determinado por la existencia de 12 pares de macrocromosomas y 14 pares de microcromosomas (cariomorfo A) en el caso de las tortugas de la Ecorregión Chaco Seco, y 11 pares de macrocromosomas y 15 de microcromosomas (cariomorfo B) en el caso de las tortugas de la Ecorregión del Monte de Llanuras y Mesetas. La existencia de una tortuga con características genéticas mixtas (haplogrupo del Monte y cariomorfo del Chaco) en el grupo bajo estudio evidenciaría la ocurrencia de cruzamientos entre individuos de las 2 regiones antes mencionadas y, lo más importante, que su descendencia sería viable. 4. La variabilidad genética observada en las poblaciones naturales de C. chilensis podría explicarse por la existencia de un evento vicariante a causa de los cambios climáticos del Plio-Pleistoceno. Se propone que estos cambios generaron dos grupos poblacionales, uno con distribución en la actual Ecorregión del Monte de Llanuras y Mesetas y en parte de la zona más austral de la actual Ecorregión Chaco seco, mientras que el otro grupo es exclusivo de la Ecorregión Chaco Seco. 5. Proponemos que la especie estudiada sea considerada como Amenazada, en vez de Vulnerable, tal cual ha sido recientemente categorizada (Prado et al. 2012). Las razones para ello son: (a) valores bajos de abundancia encontrados en la mayoría de las localidades, (b) la aparente ausencia de poblaciones en gran parte de las localidades estudiadas mediante el método de búsqueda al azar, (c) la existencia de una clara regresión, disminución espacial y pérdida de calidad de hábitat sugerida por diversos autores, fundamentalmente para la Ecorregión Chaco Seco, y (d) la existencia de un mercado ilegal aún prevalente, no cuantificado ni controlado efectivamente.