En réponse à une carence en azote dans le sol, les légumineuses sont capables d’interagir avec une bactérie du sol, Rhizobium, pour former un nouvel organe spécifique: la nodosité fixatrice d’azote atmosphérique. Chez la plante modèle des légumineuses Medicago truncatula, le récepteur aux cytokinines MtCRE1 est essentiel pour cette interaction symbiotique. Cependant, trois autres récepteurs aux cytokinines CHASE Histidine Kinase (CHK) existent chez M. truncatula. Les quatre CHKs ont des profils d’expression redondants dans les étapes précoces de la formation des nodosités, et plus divergeant dans les nodosités différenciées, même si MtCRE1 est le plus exprimé. Le locus génomique du plus proche homologue de MtCRE1 chez la plante non-symbiotique Arabidopsis, AHK4, complémente l’initiation des nodosités, mais seulement partiellement les phénotypes de croissance des nodosités et de fixation d’azote. Parmi les Régulateurs de Réponse de type B agissant en aval des CHKs, RRB3 a été sélectionné pour réaliser une stratégie de délétion de domaines protéiques, révélant son rôle positif dans la nodulation. Des données transcriptomiques indiquant une régulation de MtCRE1 dans l’épiderme en réponse à un « traitement symiotique », des approches fonctionnelles ont été réalisées et ont permis d’identifier un rôle négatif des cytokinines et de la voie MtCRE1 dans l’épiderme en réponse à ces « conditions symbiotiques ».En parallèle de ces travaux, des mutants des CHKs chez le pois ont été générés. A terme, ces recherches permettront de sélectionner un génotype tolérant à différents stress biotiques et abiotiques sans affecter les symbioses bénéfiques chez une espèce d’intérêt agronomique. / Legume plants adapt to low nitrogen by developing an endosymbiosis with nitrogen-fixing soil bacteria to form a new specific organ: the nitrogen-fixing nodule. In the Medicago truncatula model legume, the MtCRE1 cytokinin receptor is essential for this symbiotic interaction. As three other CHASE Histidine Kinase (CHK) cytokinin receptors exist in M. truncatula, we determined their potential contribution to this symbiotic interaction. The four CHKs have extensive redundant expression patterns at early nodulation stages but diverge in differentiated nodules, even though MtCRE1 has the strongest expression. Interestingly, a genomic locus of the MtCRE1 homolog from the aposymbiotic Arabidopsis plant, AHK4, rescues noduleinitiation, but only partially the nodule growth phenotype, and not the nitrogen fixation capacity. Among type-B Response Regulators acting downstream of CHKs, RRB3 has been selected to perform protein deletions, revealing a positive role RRB3 in nodulation. Transcriptomic data indicating an epidermis MtCRE1 regulation during a « symbiotic traitment », functional approaches showed a negative role of cytokinins and MtCRE1 pathway in epidermis in response to « symbiotic conditions ». chk mutants have been generated in Pisum sativum. Ultimately, the aim of these researches is to set the bases to select in legume species of agronomic interest a genotype tolerant to biotic and abiotic stresses without affecting beneficial symbioses.

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La protéine E4F1 découverte comme cible cellulaire de l'oncoprotéine adénovirale E1A est une protéine ubiquitaire agissant comme facteur de transcription et comme E3-ligase atypique. La protéine E4F1 interagit également directement avec plusieurs gènes suppresseurs de tumeurs et des oncoprotéines, suggérant son implication dans la tumorigénèse. Des travaux antérieurs du laboratoire, sur les fonctions cellulaires d’E4F1 dans les cellules cancéreuses ont montré que sa déplétion entraîne une mort cellulaire massive dans les Mefs transformés déficients en p53. De plus, E4F1 contrôle directement l'expression de 38 gènes, notamment impliqués dans le métabolisme cellulaire et les checkpoints du cycle cellulaire/Réponse aux dommages de l'ADN (DDR), tel que Chek1 qui code un composant majeur du checkpoint ATR/ATM. Conformément à ce rôle d’E4F1 dans la survie des cellules cancéreuses chez la souris, des patientes atteintes d'un cancer du sein triple négatif (TNBC) exprimant fortement E4F1 présentent une survie sans rechute (RFS) plus faible.Nous avons donc décidé d’étudier pour la première fois le programme transcriptionnel d’E4F1 dans les cellules humaines et d’explorer son rôle dans la survie des cellules de TNBC, avec une attention particulière pour son rôle dans la réponse aux agents de chimiothérapie.Les transcriptomes (RNAseq) de cellules SUM159 de TNBC montrent, lors de la déplétion d’E4F1, une diminution de l’expression de 147 des 276 gènes associés à la DDR. La combinaison de RNAseq et de ChIPseq révèle qu’E4F1 régule directement 57 gènes dans les cellules de TNBC humaines. Parmi ces gènes, E4F1 lui-même, CHEK1, mais aussi TTI2 et PPP5C codant pour des régulateurs post-transcriptionnels de l'axe ATM/ATR-CHK1, et définissant ainsi un "régulon" ATM/ATR-CHK1, encore inconnu et dépendant d’E4F1. TTI2 forme avec TELO2 et TTI1, le complexe TTT nécessaire au repliement correct et à la stabilité des protéines de la famille PIKK, telles qu’ATR et ATM. La phosphatase PPP5C est impliquée dans l'activation de la signalisation ATR-CHK1. Fait important, nous montrons qu’E4F1 se fixe sur et régule probablement ces trois gènes in vivo dans des tumeurs TNBC dérivées de patientes (PDTX). Dans la lignée SUM159 et les PDTX, le recrutement d’E4F1 sur ces gènes est augmenté lors du traitement avec la Gemcitabine, un agent de chimiothérapie bloquant la réplication de l’ADN. Étonnamment, nous avons révélé qu’E4F1 contrôle aussi indirectement l'expression de TELO2, un second membre du complexe TTT. Par conséquent, dans les cellules TNBC déplétées en E4F1, les taux de protéines des CHK1, TTI2, TELO2 mais aussi des kinases ATM/ATR, sont fortement diminués, entraînant une déficience de la DDR. Ainsi, les cellules SUM159 déplétées en E4F1 ne parviennent pas à s'arrêter en phase S lors du traitement à la Gemcitabine et sont hautement sensibilisées à cet agent de chimiothérapie, ainsi qu'à d'autres agents endommageant l'ADN comme le Cisplatine. Dans leur ensemble, mes travaux de thèse révèlent que la voie de signalisation ATM/ATR-CHK1, et la réponse au stress / dommages de l'ADN sont étroitement contrôlées aux niveaux transcriptionnel et post-transcriptionnel par E4F1. E4F1 apparait donc comme un acteur central dans la survie cellulaire des cellules TNBC, en particulier lorsqu'elles sont exposées à des agents endommageant l'ADN ou à des agents de chimiothérapie. Ainsi E4F1 pourrait représenter un marqueur pronostique de réponse à la chimiothérapie et une cible thérapeutique potentielle. / The E4F1 protein discovered as the cellular target of the adenoviral oncoprotein E1A is a ubiquitous protein acting both as a transcription factor and as an atypical E3-ligase. E4F1 protein also interacts directly with several cellular tumor suppressors and oncoproteins, suggesting its involvement in tumorigenesis. Previous laboratory work on the cellular functions of E4F1 in cancer cells has shown that its depletion leads to massive cell death in transformed Mefs deficient in p53. In addition, E4F1 directly controls the expression of 38 genes, including genes involved in cell metabolism and cell cycle checkpoints/DNA Damage Response (DDR), such as Chek1 that encodes a major component of the ATR/ATM checkpoint. Consistent with this role of E4F1 in cancer cell survival in mice, patients with triple-negative breast cancer (TNBC) with high E4F1 expression exhibit a poorer relapse free survival (RFS).We therefore aimed to study for the first time the transcriptional program of E4F1 in human cells and explore its role in the survival of TNBC cells, with particular focus on its role in the response to chemotherapy agents.Transcriptomes (RNAseq) of SUM159 TNBC cells show, when E4F1 is depleted, a decrease in expression of 147 out of 276 DDR-associated genes. The combination of RNAseq and ChIPseq shows that E4F1 directly regulates 57 genes in human TNBC cells. Among these genes, E4F1 itself, CHEK1, but also TTI2 and PPP5C coding for post-transcriptional regulators of the ATM/ATR-CHK1 axis, and thus defining an ATM/ATR-CHK1 "regulon", undescribed and E4F1-dependent. TTI2 composes with TELO2 and TTI1, the TTT complex required for the correct folding and stability of PIKK family proteins, such as ATR and ATM. PPP5C phosphatase is involved in the activation of ATR-CHK1 signaling. Importantly, we show that E4F1 binds to and probably regulates these three genes in vivo in Patient Derived TNBC Xenografts (PDTX). In both SUM159 cells and PDTX, the recruitment of E4F1 on these genes is increased upon Gemcitabine treatment, a chemotherapy agent that impairs DNA replication. Surprisingly, we found that E4F1 also indirectly controls the expression of TELO2, a second member of the TTT complex. Consequently, in TNBC cells depleted of E4F1, the protein levels of CHK1, TTI2, TELO2 but also ATM/ATR kinases, are significantly decreased, leading to DDR deficiency. Thus, SUM159 cells depleted of E4F1 fail to stop in phase S during Gemcitabine treatment and are highly sensitized to this chemotherapy agent, as well as other DNA damaging agents such as Cisplatin. Altogether, my thesis results demonstrate that the ATM/ATR-CHK1 signaling pathway, and the response to stress / DNA damage are tightly controlled at the transcription and post-transcription levels by E4F1. E4F1 therefore appears to be a central actor in the cellular survival of TNBC cells, particularly when exposed to DNA-damaging agents or chemotherapy agents. Thus, E4F1 could represent a prognostic marker for chemotherapy response and a potential therapeutic target.