Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2024 / L'administration préventive de chlortétracycline dans l'alimentation des porcelets au sevrage est une pratique courante pour assurer leur santé, particulièrement pour ceux ayant un statut sanitaire inférieur. Dans un contexte où la réduction de l'utilisation des antibiotiques est souhaitée pour réduire le développement de l'antibiorésistance, l'impact sur l'écologie microbienne de la chaîne de valeur du porc doit être établi. L'objectif poursuivi consistait à caractériser l'écologie microbienne porcine sur l'ensemble de la chaîne de valeur lorsque des animaux à statut sanitaire inférieur sont élevés avec et sans chlortétracycline au sevrage. L'hypothèse étant que lorsque le traitement d'antibiotique se limite au moment du sevrage, il influencera l'écologie microbienne des porcs, mais celle-ci se rétablira avec le temps pour devenir similaire à celle du groupe non traité au moment de l'abattage et sur la viande. Deux groupes de 600 porcelets ayant reçu ou non de la chlortétracycline (660 g/t moulée administrés pendant 21 jours) ont été suivis de la pouponnière à l'abattoir. Des analyses métataxonomiques ont été effectuées sur les échantillons prélevés en ferme, en usine, sur les carcasses, ainsi que sur les longes gauches emballées sous vide et réfrigérées. Le traitement d'antibiotique a modifié l'écologie microbienne de l'air de la ferme temporairement et celle des porcs jusqu'à l'abattage (abondance relative et diversité bactérienne). Il a aussi influencé la qualité microbiologique des carcasses (diversité bactérienne et les comptes microbiens), mais au final, peu d'effet a été observé sur la qualité microbiologique des longes et sur leur durée de vie. / The preventive administration of chlortetracycline in piglets' feed is a common practice to ensure their health, particularly for ones with a lower health status. In a context of antibiotics use reduction to diminish the development of antibiotic resistance, the impact on the microbial ecology of the pork value chain must be established. The objective of this study was to characterize the swine microbiota across the entire value chain when animals with lower health status are raised with and without chlortetracycline at weaning. The hypothesis was that the antibiotic treatment will influence the microbial ecology of pigs, but it will recover over time to become similar to the untreated group microbiota by slaughter time and on the meat, if the antibiotic treatment is restricted to the time of weaning. Two experimental groups of 600 piglets receiving or not chlortetracycline (660 g/t of feed administered for 21 days) were followed from the nursery to the slaughterhouse. Metataxonomic analyses were performed on farm, meat plant, carcass surface as well as on refrigerated vacuum-packed left loin surface samples. The antibiotic treatment at weaning changed the microbial ecology of farm air temporarily and that of pigs until slaughter (relative abundance and bacterial diversity). It also influenced carcasses microbiological quality (bacterial diversity and microbial counts), but overall, it had a limited to no effect on the microbiological quality of meat and its shelf life.

La production porcine utilisant des antibiotiques, il est primordial d'évaluer son impact sur la présence d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques. L'objectif du projet était d'évaluer l'impact d'un traitement de chlortétracycline administré à des porcs trois semaines après le sevrage sur l'abondance des entérobactéries résistantes aux antibiotiques et sur leur contenu en gènes de résistance. Pour y répondre, 600 porcelets ont été séparés en deux groupes à l'entrée en pouponnière. Un groupe a reçu une alimentation supplémentée en chlortétracycline (660 mg/kg d'aliment) pendant 21 jours, alors que l'autre groupe a reçu une alimentation sans antibiotiques. Des échantillons de fèces et des frottis du groin ont été récoltés 16, 38, 45, 98 et 143 jours après le sevrage. Les entérobactéries totales ainsi que celles résistantes à la tétracycline, au cotrimoxazole ainsi qu'au céfotaxime ont été dénombrées. Un sous-ensemble d'entérobactéries a été isolé et testé pour sa susceptibilité à 24 antibiotiques. Le génome bactérien de certains isolats a été séquencé. L'abondance des entérobactéries totales ainsi que celles résistantes au cotrimoxazole étaient plus élevée 16 jours après le sevrage (P < 0,05). Les entérobactéries résistantes au céfotaxime étaient plus abondantes chez tous les porcs en engraissement (jours 98 et 143; P < 0,05). Le profil de résistance des isolats était différent selon le milieu de sélection et le type d'échantillon. Le contenu en gènes de résistance était similaire entre les deux groupes. Les gènes tetA et tetB étaient les déterminants de la résistance à la tétracycline les plus prévalent et ont été identifiés sur des plasmides à proximité d'autres gènes de résistance. L'administration de chlortétracycline en pouponnière n'a pas eu d'impact significatif, sauf pour l'abondance des entérobactéries fécales résistantes au céfotaxime en période de finition. Il est tout de même primordial d'utiliser tous les antibiotiques judicieusement en raison du potentiel de co-sélection de résistances. / Since swine industry uses antibiotics, it is primary to assess the impact of this use on the presence of antibiotic-resistant enterobacteria. The aim of this study was to evaluate the impact of a chlortetracycline treatment given to pigs three weeks after weaning on the abundance of enterobacteria and their antibiotic resistance genes content. To achieve this goal, 600 weaners were split into two groups when arriving in nursery. One group was fed, for 21 days, a diet supplemented with chlortetracycline (660 mg/kg of feed), while the other group received an antibiotic-free diet. Samples of feces and swabs of snouts were collected 16, 38, 45, 98 and 143 days after weaning. Total enterobacteria as well as tetracycline-, co-trimoxazole- and cefotaxime-resistant enterobacteria from samples were counted. A subset of enterobacteria was isolated and tested for its susceptibility to 24 antibiotics. Some of those enterobacteria isolates were whole-genome sequenced. Abundance of total enterobacteria as well as co-trimoxazole-resistant enterobacteria was higher 16 days after weaning (P < 0.05). Cefotaxime-resistant enterobacteria were more abundant for all pigs in fattening (days 98 and 143; P < 0.05). Antibiotic resistance profiles of the isolates were different according to the selection medium used and the sample type. The content of antibiotic resistance genes was similar between both groups. tetA and tetB genes were the most prevalent determinants for tetracycline resistance and were identified on plasmids near other antibiotic resistance genes. The administration of in-feed chlortetracycline in nursery pigs did not have a significant impact, except for the abundance of fecal cefotaxime-resistant enterobacteria found in finishing phase. It is still primary to use all antibiotics wisely since there are risks for co-selection of resistance.

La production porcine utilisant des antibiotiques, il est primordial d'évaluer son impact sur la présence d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques. L'objectif du projet était d'évaluer l'impact d'un traitement de chlortétracycline administré à des porcs trois semaines après le sevrage sur l'abondance des entérobactéries résistantes aux antibiotiques et sur leur contenu en gènes de résistance. Pour y répondre, 600 porcelets ont été séparés en deux groupes à l'entrée en pouponnière. Un groupe a reçu une alimentation supplémentée en chlortétracycline (660 mg/kg d'aliment) pendant 21 jours, alors que l'autre groupe a reçu une alimentation sans antibiotiques. Des échantillons de fèces et des frottis du groin ont été récoltés 16, 38, 45, 98 et 143 jours après le sevrage. Les entérobactéries totales ainsi que celles résistantes à la tétracycline, au cotrimoxazole ainsi qu'au céfotaxime ont été dénombrées. Un sous-ensemble d'entérobactéries a été isolé et testé pour sa susceptibilité à 24 antibiotiques. Le génome bactérien de certains isolats a été séquencé. L'abondance des entérobactéries totales ainsi que celles résistantes au cotrimoxazole étaient plus élevée 16 jours après le sevrage (P < 0,05). Les entérobactéries résistantes au céfotaxime étaient plus abondantes chez tous les porcs en engraissement (jours 98 et 143; P < 0,05). Le profil de résistance des isolats était différent selon le milieu de sélection et le type d'échantillon. Le contenu en gènes de résistance était similaire entre les deux groupes. Les gènes tetA et tetB étaient les déterminants de la résistance à la tétracycline les plus prévalent et ont été identifiés sur des plasmides à proximité d'autres gènes de résistance. L'administration de chlortétracycline en pouponnière n'a pas eu d'impact significatif, sauf pour l'abondance des entérobactéries fécales résistantes au céfotaxime en période de finition. Il est tout de même primordial d'utiliser tous les antibiotiques judicieusement en raison du potentiel de co-sélection de résistances. / Since swine industry uses antibiotics, it is primary to assess the impact of this use on the presence of antibiotic-resistant enterobacteria. The aim of this study was to evaluate the impact of a chlortetracycline treatment given to pigs three weeks after weaning on the abundance of enterobacteria and their antibiotic resistance genes content. To achieve this goal, 600 weaners were split into two groups when arriving in nursery. One group was fed, for 21 days, a diet supplemented with chlortetracycline (660 mg/kg of feed), while the other group received an antibiotic-free diet. Samples of feces and swabs of snouts were collected 16, 38, 45, 98 and 143 days after weaning. Total enterobacteria as well as tetracycline-, co-trimoxazole- and cefotaxime-resistant enterobacteria from samples were counted. A subset of enterobacteria was isolated and tested for its susceptibility to 24 antibiotics. Some of those enterobacteria isolates were whole-genome sequenced. Abundance of total enterobacteria as well as co-trimoxazole-resistant enterobacteria was higher 16 days after weaning (P < 0.05). Cefotaxime-resistant enterobacteria were more abundant for all pigs in fattening (days 98 and 143; P < 0.05). Antibiotic resistance profiles of the isolates were different according to the selection medium used and the sample type. The content of antibiotic resistance genes was similar between both groups. tetA and tetB genes were the most prevalent determinants for tetracycline resistance and were identified on plasmids near other antibiotic resistance genes. The administration of in-feed chlortetracycline in nursery pigs did not have a significant impact, except for the abundance of fecal cefotaxime-resistant enterobacteria found in finishing phase. It is still primary to use all antibiotics wisely since there are risks for co-selection of resistance.

Les hormones et les antibiotiques administrés aux animaux d'élevage peuvent contaminer les terres agricoles et parfois les plantes lors de l'épandage du fumier. Pour déterminer les concentrations d'antibiotiques dans les fumiers de ferme, il est important d'élaborer une méthode d'extraction et de détection fiable, rapide et peu coûteuse. Dans la présente étude, des méthodes d'extraction liquide et les ultrasons ont été employés pour extraire l'oxytétracycline (OTC), la chlortétracycline (CTC) et la tylosine (TYL) dans quelques fumiers de ferme enrichis en OTC, CTC et TYL. Plusieurs paramètres ont été analysés pour optimiser les méthodes d'extraction d'antibiotiques développées par Blackwell et al. (2004b) : la longueur d'onde de détection, la dégradation des antibiotiques dans le méthanol, le type de fumiers, le temps de contact entre l'antibiotique et le fumier, la concentration en solutés, le volume de la solution extractive, la température d'extraction et le type de méthode SPE (Solid phase extraction). La détection a été effectuée par LC-UV. Après un ajout de 20 ppm d'antibiotiques, les taux d'extraction de l'OTC, de la CTC et de la TYL étaient respectivement de 79,4 ± 0,4 %, 58,9 ± 1,3 %, 40,7 ± 1,5 % pour le fumier de porc frais et de 72,2 ± 10,8 %, 40,2 ± 3,7 % et 49,6 ± 4,2 % pour le fumier de bovin de boucherie frais. Quant au fumier lyophilisé, les taux d'extraction étaient de 81,7 ± 32,3 % et de 55,7 ± 4,7 % pour l'OTC et la CTC respectivement. D'autres techniques ont été testées à savoir l'ELISA, le LC-MS et le FT-NIR. L'utilisation de l'ELISA pour la détection de CTC et de TYL est possible, mais la variabilité entre les répétitions est élevée. Des enrichissements allant de 1,4 à 75 ppm en CTC dans des fumiers préalablement lyophilisés et broyés à 1mm ont été analysés par FT-NIR (Fourier transform near-infrared). Des régions spécifiques ont été sélectionnées et le modèle de régression PLS (Partial least square) a permis la prédiction des données (validation). Selon les lignes directrices interprétant des indices de précision (r², RPD, RER), le FT-NIR peut être utilisable pour la plupart des applications, car sa classification est acceptable et son filtrage non précis.

Les interactions aliment-médicaments nuisant aux processus de libération et/ou à la stabilité de leurs principes actifs doivent être caractérisées en raison de leurs conséquences adverses sur la biodisponibilité orale, l’efficacité thérapeutique et, dans le cas des agents anti infectieux, la sélection d’organismes résistants. Notre étude a évalué la relation entre l'efficacité de la libération in vitro de la chlortétracycline (CTC) et de la lincomycine (LIN) dans le liquide gastrique simulé de porc (LGSP) et la capacité de rétention d'eau (CRE) d’ingrédients couramment utilisés dans l’alimentation des porcs (tourteau de soja (TS), drèche de distillerie sèche avec solubles (DDS) et farine de viande et d'os (FVO), maïs, blé, et seigle), que l’on a fortifié avec 880 ppm de CTC ou 440 ppm de LIN. La CRE des ingrédients différait significativement (p <0,0001) et était maximale avec le TS, aussi bien dans l'eau que le LGSP. Le FVO avait une CRE significativement plus basse dans le LGSP que dans l'eau (p <.0001). Les effets du temps de trempage sur la CRE étaient négligeables pour tous les ingrédients (p> 0,50). La CRE diminue avec l'augmentation de la taille des particules pour tous les aliments, mais leurs relations différaient significativement (p<0.0001). Tous les ingrédients alimentaires testés ont diminué la vitesse et l'étendue de la dissolution des prémélanges de CTC et de LIN. Le CRE était le principal facteur qui a empêché la dissolution des deux médicaments (p <0,0001), tandis que le temps et la teneur en cendres des ingredients favorisaient significativement leur dissolution (p ≤ 0,008). En comparaison des prémélanges dissouts seuls, le DDS et le seigle ont libéré 80% de ces antibiotiques, tandis que le TS, le blé et le maïs en ont libéré entre 40 et 50%. La neutralisation du LGSP au pH intestinal porcin a diminué les proportions dissoutes d’antibiotiques, mais pas significativement (p>0.69). La CRE des ingrédients utilisés dans la fabrication d'aliments médicamenteux serait donc un indicateur prometteur des interactions aliment-prémélange médicamenteux de LIN et de CTC. Afin d'augmenter leur libération et leur potentiel thérapeutique, la formulation des aliments médicamenteux pourrait être améliorée en utilisant des ingrédients alternatifs, dont la CRE est moindre. / Food-drug interactions adversely affecting the release process and the stability of their active ingredients must be characterized because of their adverse consequences on oral bioavailability, therapeutic efficacy and, in the case of antibiotics, selection resistant organisms. Our study evaluated the relationship between the efficiency of the in vitro release of chlortetracycline (CTC) and lincomycin (LIN) in simulated pig gastric fluid (SPGF) and the water-holding capacity (WHC) of feedstuffs commonly used in pig feed (soybean meal (SBM), dry distillers' grain with solubles (DDGS) and meat and bone meal (MBM), corn (gC), wheat (gW), and rye (gR), which it was fortified with 880 ppm CTC or 440 ppm LIN. The WHC of ingredients differed significantly (p <0.0001) among feedstuffs with the highest value for SBM both in water and SPGF and lowest value for MBM. The MBM had a significantly lower WHC in SPGF than in water (p <.0001). The effects of soaking time on WHC were negligible for all feedstuffs (p> 0.50). The WHC decreased with increasing particle size for all feedstuffs, but their relationships differed significantly (p <0.0001). All the tested feedstuffs decreased the rate and extent of dissolution of the CTC and LIN premixes. WHC was the main factor that hindered the dissolution of both drugs (p <0.0001), while the time and ash content of the ingredients significantly favored their dissolution (p ≤ 0.008). Compared to the dissolved premixes alone, DDGS and gR released 80% of these antibiotics, while SBM, gW and gC released between 40% and 50%. Neutralization of SPGF at swine intestinal pH decreased the dissolved proportions of antibiotics, but not significantly (p> 0.69). The WHC of the used feedstuffs in the manufacture of medicated feed would therefore be a promising indicator of the feed-drug interactions of LIN and CTC. To increase their release and therapeutic potential, the formulation of medicated feeds could be improved by using alternative ingredients, with less WHC.